Planten en Micro-organismen – Leerdoelen – Deeltoets II – Yanniek Vos
Leerdoelen week 7:
Aangeven wat Antoni van Leeuwenhoek, Martinus Beijerinck, Robert Koch, Carl Woese en Craig
Venter betekend hebben voor de microbiologie.
Antoni van Leeuwenhoek: hij maakte de eerste microscoop met een vergroting van 300x waardoor hij
in 1676 een tekening van een prokaryoot kon maken.
Martinus Beijerink: hij kwam erachter door onderzoek naar tabak dat die ziekteverwekker kleiner was
dan een bacterie. Hij noemde het een virus en beredeneerde dus dat deze bestonden.
Robert Koch: hij was erg belangrijk voor het kweken van micro-organismen en liet de verbanden zien
tussen de ziekteverwekker en de ziekte.
Carl Woese: hij baseerde een tree of life op ribosomale RNA genen en benoemde de Archaea tot een
apart domein.
Craig Venter: hij bedacht shot gun sequencing, waardoor het sequencen van DNA en RNA sterk
verbeterden.
De groepen micro-organismen noemen met hun belangrijkste karakteristieken.
Prokaryote micro-organismen:
Domein bacteria en archea
Geen nucleus en andere organellen
Eencellig (bijna altijd)
Eukaryote micro-organismen:
Schimmels
Protisten (alle micro-organismen die geen schimmel, plant of dier zijn)
Kern en organellen
Virussen:
Genetisch materiaal
Eiwitmantel
Afhankelijk van andere cellen voor replicatie
De basisonderdelen van een virus benoemen.
1. Genetisch materiaal: ssDNA, dsDNA, ssRNA, dsRNA
2. Eiwitmantel (capsid): deze zit om het DNA heen en bestaat uit capsomeren
3. Enzymen: deze bevinden zich ook in de capsid en zijn nodig om de cel binnen te komen of om
zich te repliceren (zoals peptidoglycaan-afbraak enzym, reverse transcriptase).
4. Envelop: sommige virussen hebben ook nog een envelop. Dit is een membraan van de
gastheercel met virale eiwitten (komt veel voor bij animale virussen)
De stappen van een algemene replicatie cyclus van een virus aangeven en uitleggen wat de host
range van een virus is.
1. Entry en uncoating: het naar binnengaan van de gastheercel vindt plaats doordat een eiwit
aan de buitenkant van het virus bindt aan een receptor op het membraan van de
gastheercel. Hierdoor kan het eiwit naar binnen en komt het DNA vrij voor de gastheercel.
2. Replicatie: Het DNA zal in de cel gerepliceerd worden. Vaak gaat hierbij de gastheercel dood.
3. Transcriptie en aanmaak van capsid eiwitten : Ook zal datzelfde DNA gebruikt worden om
eiwitten van te maken, die gebruikt gaan worden als caspideiwitten voor de nieuwe virussen.
4. Self-assembly en exit: Dan zal het DNA met de capsid eiwitten zelf samenvoegen en zullen de
nieuwe virussen de gastheercel verlaten.
Hostrange is het aantal gastheersoorten dat door één bepaald pathogeen kan worden gebruikt. Bij
een grote hostrange zijn er veel gastheersoorten waarin het pathogeen kan verblijven.
De lysogene en de lytische cyclus van bacteriofagen met elkaar vergelijken.
, Planten en Micro-organismen – Leerdoelen – Deeltoets II – Yanniek Vos
Lytische cyclus: dit eindigt met het openbreken (doodgaan) van de
gastheer. En een faag die deze manier gebruikt wordt een virulente
faag genoemd.
Bacteriofaag bindt aan de buitenkant van E.coli.
Bacteriofaag injecteert het DNA in de bacterie, verder wordt
het DNA van de bacterie afgebroken en blijft alleen het DNA
van de bacteriofaag over.
Dit DNA van de bacteriofaag wordt gerepliceerd, verder
worden ook de bacteriofaag eiwitten gemaakt vanaf
datzelfde DNA.
De bacteriofaagpartikels en het DNA vormen samen meerder
nieuwe bacteriofagen waarna de bacterie openbreekt.
Lysogene cyclus: hierbij wordt het DNA van de bacteriofaag opgenomen in het DNA van de bacterie.
En een faag die deze manier gebruikt wordt een temperate faag genoemd.
Een bacteriofaag bindt aan de buitenkant van E.coli.
De bacteriofaag injecteert het DNA in de bacterie, waar het DNA wordt opgenomen in het
eigen DNA van E.coli.
De geïntegreerde faag wordt een profaag genoemd
De faag repliceert zonder de gastheer kapot te maken.
De vier verschillende vormen van voeding uitleggen en herkennen.
Energiebron Koolstofbron
Foto-autotroof Licht CO2
Chemo-autotroof Anorganisch materiaal CO2
Foto-heterotroof Licht Organisch materiaal
Chemo-heterotroof Anorganisch materiaal Organisch materiaal
Aangeven wat globaal het aantal kweekbare bacteriën in de bodem is.
1-10% kweekbare bacteriën
De mogelijkheden en beperkingen van licht microscopie, transmissie en scanning
electronenmicroscopie bespreken.
Lichtmicroscoop: je kan de allerkleinste organismen niet zien.
Elektronenmicroscoop: je kan alleen dode dingen zien en je kan niet diep het organismen / voorwerp
in. De oplossing is transmissie (dunne coupes maken) of scanning (metaal over een monster heen
sprayen en dan de buitenkant van het organismen / voorwerp zien).
Uitleggen hoe de Gram kleuring werkt, beschrijven hoe celwanden van Gram-positieve en Gram-
negatieve bacteriën verschillen in structuur en hoe ze kleuren tijdens de Gram-kleuring.
De Gram-positieve bacteriën hebben plasmamembraan met daarop een dikke laag peptidoglycaan.
In deze dikke laag wordt de kristalviolet kleuring goed opgenomen waardoor bij het uitwassen deze
er nauwelijks uitgaat en deze dus paars kleuren.
De Gram-negatieve bacteriën hebben een dunne peptidoglycaan met daarop een buitenmembraan.
Hierdoor wordt er minder kristalviolet opgenomen waardoor er bij het uitspoelen dus een rode kleur
ontstaat op deze negatieve bacteriën.
Structuren van de prokaryote cel benoemen.
, Planten en Micro-organismen – Leerdoelen – Deeltoets II – Yanniek Vos
Klein
Eencellig
Geen organellen
Geen kern maar een nucleoid
Circulair DNA
Meestal peptidoglycaan in de celwand
Bevat een flagel
Verschil aangeven en herkennen tussen complexe (rijke) media en defined (minimale) media.
Complexe rijke media:
Media met verschillende componenten die niet allemaal geïdentificeerd zijn (melk/bloed)
Een ongedefineerd of rijk medium bevat complexe ingrediënten zoals gist-extract en pepton
(afgebroken eiwitten) en de samenstelling dus niet precies bekend is.
Defined minimale media:
Media dat bestaat uit exacte hoeveelheden geïdentificeerde componenten die chemisch
puur zijn.
Een minimaal of gedefineerd medium heeft bekende hoeveelheden van alle ingrediënten.
Verschil uitleggen tussen selectieve en differentiële media en aangeven wat MacConkey medium is
en hoe te interpreteren.
Er zijn ook selectieve media, die de groei van bepaalde micro-organismen mogelijk maken en die van
andere remmen. Daarnaast zijn er ook differentiële media die onderscheid kunnen maken tussen
bacteriën op basis van een bepaalde eigenschap.
Een MacConkey medium is een medium dat zowel selectief als differentieel is:
Het bevat galzouten en is daarom selectief voor Gram-negatieve bacteriën. Deze kunnen er
wel op groeien maar remt tegelijkertijd de groei van Gram-positieve bacteriën
Daarnaast is het medium differentieel sinds het als koolstofbron lactose en pepton bevat. Als
een bacterie lactose kan vergisten, zal het medium zuur en donkerroze worden.
De verschillende fases in een groeicurve opnoemen en aangeven wat er tijdens iedere fase gebeurt.
Bij A is de groeicurve van bacteriën te
zien. Hierin zie je dat deze exponentieel
toenemen over de tijd. Maar bij B zijn de
virussen zichtbaar en hier is eerst een
bepaalde tijd geen toename, dan een
grote toename en dan weer even niks.
Dit komt doordat virussen een cel
moeten infecteren, hier moeten nieuwe
fagen worden gemaakt / samengesteld
en dit heeft tijd nodig. Maar als de fagen dan gereed zijn, neemt het aantal virussen erg snel toe tot
de nieuwe fagen andere cellen gaan infecteren.
De lagfase: de bacteriën passen zich aan aan de omstandigheden
De logfase: de populatie groeit exponentieel ( de y-as is een log-schaal
waardoor het een rechte lijn wordt)
De stationaire fase: de populatie heeft netto geen nieuwe bacteriën
De afstervingsfase: het aantal bacteriën neemt af
Uitleggen en berekenen wat de generatietijd is.
De generatietijd is de tijd die nodig is om van het ontwikkelingsstadia te hetzelfde
ontwikkelingsstadia te komen in de opeenvolgende generaties.
Leerdoelen week 7:
Aangeven wat Antoni van Leeuwenhoek, Martinus Beijerinck, Robert Koch, Carl Woese en Craig
Venter betekend hebben voor de microbiologie.
Antoni van Leeuwenhoek: hij maakte de eerste microscoop met een vergroting van 300x waardoor hij
in 1676 een tekening van een prokaryoot kon maken.
Martinus Beijerink: hij kwam erachter door onderzoek naar tabak dat die ziekteverwekker kleiner was
dan een bacterie. Hij noemde het een virus en beredeneerde dus dat deze bestonden.
Robert Koch: hij was erg belangrijk voor het kweken van micro-organismen en liet de verbanden zien
tussen de ziekteverwekker en de ziekte.
Carl Woese: hij baseerde een tree of life op ribosomale RNA genen en benoemde de Archaea tot een
apart domein.
Craig Venter: hij bedacht shot gun sequencing, waardoor het sequencen van DNA en RNA sterk
verbeterden.
De groepen micro-organismen noemen met hun belangrijkste karakteristieken.
Prokaryote micro-organismen:
Domein bacteria en archea
Geen nucleus en andere organellen
Eencellig (bijna altijd)
Eukaryote micro-organismen:
Schimmels
Protisten (alle micro-organismen die geen schimmel, plant of dier zijn)
Kern en organellen
Virussen:
Genetisch materiaal
Eiwitmantel
Afhankelijk van andere cellen voor replicatie
De basisonderdelen van een virus benoemen.
1. Genetisch materiaal: ssDNA, dsDNA, ssRNA, dsRNA
2. Eiwitmantel (capsid): deze zit om het DNA heen en bestaat uit capsomeren
3. Enzymen: deze bevinden zich ook in de capsid en zijn nodig om de cel binnen te komen of om
zich te repliceren (zoals peptidoglycaan-afbraak enzym, reverse transcriptase).
4. Envelop: sommige virussen hebben ook nog een envelop. Dit is een membraan van de
gastheercel met virale eiwitten (komt veel voor bij animale virussen)
De stappen van een algemene replicatie cyclus van een virus aangeven en uitleggen wat de host
range van een virus is.
1. Entry en uncoating: het naar binnengaan van de gastheercel vindt plaats doordat een eiwit
aan de buitenkant van het virus bindt aan een receptor op het membraan van de
gastheercel. Hierdoor kan het eiwit naar binnen en komt het DNA vrij voor de gastheercel.
2. Replicatie: Het DNA zal in de cel gerepliceerd worden. Vaak gaat hierbij de gastheercel dood.
3. Transcriptie en aanmaak van capsid eiwitten : Ook zal datzelfde DNA gebruikt worden om
eiwitten van te maken, die gebruikt gaan worden als caspideiwitten voor de nieuwe virussen.
4. Self-assembly en exit: Dan zal het DNA met de capsid eiwitten zelf samenvoegen en zullen de
nieuwe virussen de gastheercel verlaten.
Hostrange is het aantal gastheersoorten dat door één bepaald pathogeen kan worden gebruikt. Bij
een grote hostrange zijn er veel gastheersoorten waarin het pathogeen kan verblijven.
De lysogene en de lytische cyclus van bacteriofagen met elkaar vergelijken.
, Planten en Micro-organismen – Leerdoelen – Deeltoets II – Yanniek Vos
Lytische cyclus: dit eindigt met het openbreken (doodgaan) van de
gastheer. En een faag die deze manier gebruikt wordt een virulente
faag genoemd.
Bacteriofaag bindt aan de buitenkant van E.coli.
Bacteriofaag injecteert het DNA in de bacterie, verder wordt
het DNA van de bacterie afgebroken en blijft alleen het DNA
van de bacteriofaag over.
Dit DNA van de bacteriofaag wordt gerepliceerd, verder
worden ook de bacteriofaag eiwitten gemaakt vanaf
datzelfde DNA.
De bacteriofaagpartikels en het DNA vormen samen meerder
nieuwe bacteriofagen waarna de bacterie openbreekt.
Lysogene cyclus: hierbij wordt het DNA van de bacteriofaag opgenomen in het DNA van de bacterie.
En een faag die deze manier gebruikt wordt een temperate faag genoemd.
Een bacteriofaag bindt aan de buitenkant van E.coli.
De bacteriofaag injecteert het DNA in de bacterie, waar het DNA wordt opgenomen in het
eigen DNA van E.coli.
De geïntegreerde faag wordt een profaag genoemd
De faag repliceert zonder de gastheer kapot te maken.
De vier verschillende vormen van voeding uitleggen en herkennen.
Energiebron Koolstofbron
Foto-autotroof Licht CO2
Chemo-autotroof Anorganisch materiaal CO2
Foto-heterotroof Licht Organisch materiaal
Chemo-heterotroof Anorganisch materiaal Organisch materiaal
Aangeven wat globaal het aantal kweekbare bacteriën in de bodem is.
1-10% kweekbare bacteriën
De mogelijkheden en beperkingen van licht microscopie, transmissie en scanning
electronenmicroscopie bespreken.
Lichtmicroscoop: je kan de allerkleinste organismen niet zien.
Elektronenmicroscoop: je kan alleen dode dingen zien en je kan niet diep het organismen / voorwerp
in. De oplossing is transmissie (dunne coupes maken) of scanning (metaal over een monster heen
sprayen en dan de buitenkant van het organismen / voorwerp zien).
Uitleggen hoe de Gram kleuring werkt, beschrijven hoe celwanden van Gram-positieve en Gram-
negatieve bacteriën verschillen in structuur en hoe ze kleuren tijdens de Gram-kleuring.
De Gram-positieve bacteriën hebben plasmamembraan met daarop een dikke laag peptidoglycaan.
In deze dikke laag wordt de kristalviolet kleuring goed opgenomen waardoor bij het uitwassen deze
er nauwelijks uitgaat en deze dus paars kleuren.
De Gram-negatieve bacteriën hebben een dunne peptidoglycaan met daarop een buitenmembraan.
Hierdoor wordt er minder kristalviolet opgenomen waardoor er bij het uitspoelen dus een rode kleur
ontstaat op deze negatieve bacteriën.
Structuren van de prokaryote cel benoemen.
, Planten en Micro-organismen – Leerdoelen – Deeltoets II – Yanniek Vos
Klein
Eencellig
Geen organellen
Geen kern maar een nucleoid
Circulair DNA
Meestal peptidoglycaan in de celwand
Bevat een flagel
Verschil aangeven en herkennen tussen complexe (rijke) media en defined (minimale) media.
Complexe rijke media:
Media met verschillende componenten die niet allemaal geïdentificeerd zijn (melk/bloed)
Een ongedefineerd of rijk medium bevat complexe ingrediënten zoals gist-extract en pepton
(afgebroken eiwitten) en de samenstelling dus niet precies bekend is.
Defined minimale media:
Media dat bestaat uit exacte hoeveelheden geïdentificeerde componenten die chemisch
puur zijn.
Een minimaal of gedefineerd medium heeft bekende hoeveelheden van alle ingrediënten.
Verschil uitleggen tussen selectieve en differentiële media en aangeven wat MacConkey medium is
en hoe te interpreteren.
Er zijn ook selectieve media, die de groei van bepaalde micro-organismen mogelijk maken en die van
andere remmen. Daarnaast zijn er ook differentiële media die onderscheid kunnen maken tussen
bacteriën op basis van een bepaalde eigenschap.
Een MacConkey medium is een medium dat zowel selectief als differentieel is:
Het bevat galzouten en is daarom selectief voor Gram-negatieve bacteriën. Deze kunnen er
wel op groeien maar remt tegelijkertijd de groei van Gram-positieve bacteriën
Daarnaast is het medium differentieel sinds het als koolstofbron lactose en pepton bevat. Als
een bacterie lactose kan vergisten, zal het medium zuur en donkerroze worden.
De verschillende fases in een groeicurve opnoemen en aangeven wat er tijdens iedere fase gebeurt.
Bij A is de groeicurve van bacteriën te
zien. Hierin zie je dat deze exponentieel
toenemen over de tijd. Maar bij B zijn de
virussen zichtbaar en hier is eerst een
bepaalde tijd geen toename, dan een
grote toename en dan weer even niks.
Dit komt doordat virussen een cel
moeten infecteren, hier moeten nieuwe
fagen worden gemaakt / samengesteld
en dit heeft tijd nodig. Maar als de fagen dan gereed zijn, neemt het aantal virussen erg snel toe tot
de nieuwe fagen andere cellen gaan infecteren.
De lagfase: de bacteriën passen zich aan aan de omstandigheden
De logfase: de populatie groeit exponentieel ( de y-as is een log-schaal
waardoor het een rechte lijn wordt)
De stationaire fase: de populatie heeft netto geen nieuwe bacteriën
De afstervingsfase: het aantal bacteriën neemt af
Uitleggen en berekenen wat de generatietijd is.
De generatietijd is de tijd die nodig is om van het ontwikkelingsstadia te hetzelfde
ontwikkelingsstadia te komen in de opeenvolgende generaties.
