Biochemie
HOOFDSTUK 1: BIOMOLECULEN
Biochemie = 3D wetenschap
à Bv. R-Thalidomide en S-Thalidomide zijn hetzlefde maar hebben verschillende 3D structuren
R-Thalidomide = geneesmiddel voor zwangerschapsmisselijkheid à bindt op receptoren die
misselijkheid verminderen
S-Thalidomide = veroorzaakt afwijking bij foetussen à bindt op receptoren die de groei van
ledenmaten beïnvloedt
R-caravone = pepermunt
S-caravone = karwij
D en L vorm à D-vorm is
zoeter dan L-vorm
1
, DE AMINOZUREN
Centraal C atoom met een carboxylgroep, een aminogroep en een waterstofatoom
Numerieke weergave à begin te tellen van carboxylgroep
Elk aminozuur kan als D en L-vorm voorkomen (wij zien alleen mar de L-vorm) (D-vorm alleen in bacteriën)
Non-polaire, alifatische R groepen
Glycine: makkelijkste AZ en niet assymetrisch.
à neemt weinig plaats in en veel glycines aan
elkaar: grote flexibiliteit
à Want als zijketen te groot zou zijn: zou overal
tegen botsen (lagere flexibiliteit)
Rest van deze groep: geen functionele groepn
en keren zich van het water
à keren zich in het binnenste van het eiwit naar
elkaar en bepalen daarmee sterkte waarmee
eiwit is opgebouwd
Alle zijketens clusteren samen
extra symmetrisch centrum
thioether
Alanine: veel gebruikt voor in vitro mutagenesis = geneesmiddel die op een receptor kan binden
(meestal een zijketen van een AZ). Bij experimenten knippen ze de zijketen er vanaf en dan zien ze of
het geneesmiddel effectief op deze zijketen bindt.
à Kunnen we doen door codon voor lysine te vervangen door codon van alanine, en dan zien of het
geneesmiddel bindt.
n Men gebruikt Alanine want zijketen is methylgroep en is heel klein en dus perfect. Men
gebruikt niet glycine want die is te flexibel
Polaire, ongeladen R groepen
Cysteine: polaire zijketens, 2 cysteines kunnen met elkaar reageren in een oxidatiereactie tot cystine,
maar kunenn ook met elkaar reagren in een eiwit door een disulfidebrug à 3D-structuur
Komt ook voor in katalytisch centrum van enzymes
vergemakkelijkt reacties
2
, Threonine en serine: polaire met een OH-groep, kunnen
gefosforyleerd worden en H-bruggen aanmaken
Asparagine en glutamine: zijn polair en hebben amines,
kunnen ook H-bruggen aanmaken
Proline: geen losse zijketen (vast aan N) en zal dus niet
kunnen roteren en H-bruggen aanmaken
à belangrijk in knikvorming of draaivorming van de
eiwitten, met trans-configuratie het meest stabiele (cis
heeft sterische hinder)
Maar bij prolines is dat anders à geen verschil in
sterische hinder tussen cis en trans
gebruikt in het maken van bochten bij eiwitten
Positief geladen R groepen
Histidine en lysine: hebben beide een
imidzol zijketen
Histidine: heeft een veelvuldige functie
in een eiwit, de 2 stikstoffen hebben een
eiwit, de ene elektrofiel (donor van H-
bruggen) en de andere nucleofiel
(=acceptor van H)bruggen)
Arginine: heeft een guanidinogroep in
zijketen
3
, Negatief geladen R groepen
Asparaginezuur en glutaminezuur: kationen
en metalen binden door een negatief geladen
carboxylgroep
Asparaginezuur: volledig geioniseerd op
pH=7en zeer polair
Glutaminezuur: kunnen metalen en kationen
cheleren
Aromatische R groepen
In thyrosine kan eer een fosfaatgroep ingepland
worden (zie later), het is ook intermediair polair
met H-bruggen
De functionele groep in enzymes is een
fosforylaiteplaats
Tryptophan is intermediair polair en is zeer
zeldzaam
Phenylalanine is zeer apolair en weinig reactief
Aromatische AZ absorberen veel licht à handig om te bepalen in vloeistofstalen van het lichaam
hoeveel eiwitten er in zitten
à Bv. Hoeveel insuline ergens in zit: eiwitten bevatten meerdere aromatische AZ
Deze lichtabsorbaties: met een monochromator: zendt licht uit met een bepaalde golflengte. Licht
valt in op de oplossing en komt ‘eruit’ met een lagere intensitiet à deze I meten met detector
verschil van de 2 intensiteiten à Hoeveel eiwitten
4
HOOFDSTUK 1: BIOMOLECULEN
Biochemie = 3D wetenschap
à Bv. R-Thalidomide en S-Thalidomide zijn hetzlefde maar hebben verschillende 3D structuren
R-Thalidomide = geneesmiddel voor zwangerschapsmisselijkheid à bindt op receptoren die
misselijkheid verminderen
S-Thalidomide = veroorzaakt afwijking bij foetussen à bindt op receptoren die de groei van
ledenmaten beïnvloedt
R-caravone = pepermunt
S-caravone = karwij
D en L vorm à D-vorm is
zoeter dan L-vorm
1
, DE AMINOZUREN
Centraal C atoom met een carboxylgroep, een aminogroep en een waterstofatoom
Numerieke weergave à begin te tellen van carboxylgroep
Elk aminozuur kan als D en L-vorm voorkomen (wij zien alleen mar de L-vorm) (D-vorm alleen in bacteriën)
Non-polaire, alifatische R groepen
Glycine: makkelijkste AZ en niet assymetrisch.
à neemt weinig plaats in en veel glycines aan
elkaar: grote flexibiliteit
à Want als zijketen te groot zou zijn: zou overal
tegen botsen (lagere flexibiliteit)
Rest van deze groep: geen functionele groepn
en keren zich van het water
à keren zich in het binnenste van het eiwit naar
elkaar en bepalen daarmee sterkte waarmee
eiwit is opgebouwd
Alle zijketens clusteren samen
extra symmetrisch centrum
thioether
Alanine: veel gebruikt voor in vitro mutagenesis = geneesmiddel die op een receptor kan binden
(meestal een zijketen van een AZ). Bij experimenten knippen ze de zijketen er vanaf en dan zien ze of
het geneesmiddel effectief op deze zijketen bindt.
à Kunnen we doen door codon voor lysine te vervangen door codon van alanine, en dan zien of het
geneesmiddel bindt.
n Men gebruikt Alanine want zijketen is methylgroep en is heel klein en dus perfect. Men
gebruikt niet glycine want die is te flexibel
Polaire, ongeladen R groepen
Cysteine: polaire zijketens, 2 cysteines kunnen met elkaar reageren in een oxidatiereactie tot cystine,
maar kunenn ook met elkaar reagren in een eiwit door een disulfidebrug à 3D-structuur
Komt ook voor in katalytisch centrum van enzymes
vergemakkelijkt reacties
2
, Threonine en serine: polaire met een OH-groep, kunnen
gefosforyleerd worden en H-bruggen aanmaken
Asparagine en glutamine: zijn polair en hebben amines,
kunnen ook H-bruggen aanmaken
Proline: geen losse zijketen (vast aan N) en zal dus niet
kunnen roteren en H-bruggen aanmaken
à belangrijk in knikvorming of draaivorming van de
eiwitten, met trans-configuratie het meest stabiele (cis
heeft sterische hinder)
Maar bij prolines is dat anders à geen verschil in
sterische hinder tussen cis en trans
gebruikt in het maken van bochten bij eiwitten
Positief geladen R groepen
Histidine en lysine: hebben beide een
imidzol zijketen
Histidine: heeft een veelvuldige functie
in een eiwit, de 2 stikstoffen hebben een
eiwit, de ene elektrofiel (donor van H-
bruggen) en de andere nucleofiel
(=acceptor van H)bruggen)
Arginine: heeft een guanidinogroep in
zijketen
3
, Negatief geladen R groepen
Asparaginezuur en glutaminezuur: kationen
en metalen binden door een negatief geladen
carboxylgroep
Asparaginezuur: volledig geioniseerd op
pH=7en zeer polair
Glutaminezuur: kunnen metalen en kationen
cheleren
Aromatische R groepen
In thyrosine kan eer een fosfaatgroep ingepland
worden (zie later), het is ook intermediair polair
met H-bruggen
De functionele groep in enzymes is een
fosforylaiteplaats
Tryptophan is intermediair polair en is zeer
zeldzaam
Phenylalanine is zeer apolair en weinig reactief
Aromatische AZ absorberen veel licht à handig om te bepalen in vloeistofstalen van het lichaam
hoeveel eiwitten er in zitten
à Bv. Hoeveel insuline ergens in zit: eiwitten bevatten meerdere aromatische AZ
Deze lichtabsorbaties: met een monochromator: zendt licht uit met een bepaalde golflengte. Licht
valt in op de oplossing en komt ‘eruit’ met een lagere intensitiet à deze I meten met detector
verschil van de 2 intensiteiten à Hoeveel eiwitten
4
