ONCOLOGIE
BMW seminars 1-6
[DATUM]
[BEDRIJFSNAAM]
[Bedrijfsadres]
,Inhoud
Seminar BMW 1......................................................................................................................................1
Seminar BMW 2 proteomics, global analysis of the functionally relevant..............................................5
Seminar BMW 3 MicroRNAs from trash to treasure...............................................................................6
Seminar BMW 4: History of sequencing.................................................................................................8
Seminar BMW 5: Angio Immuno..........................................................................................................10
Seminar BMW 6: Precision Medicine...................................................................................................14
Seminar BMW 1
Genomics als je kijkt naar gen. Vele verschillende samples worden geprepareerd en gekeken of er
een bepaald effect is in de ene groep en de andere groep. Groen betekent meer expressie en rood
, betekent minder expressie. Dit profiel kan gebruikt worden om de prognose van een patient te
voorspellen. Of of een patient beter reageert op een bepaalde behandeling. Maar er is een nadeel.
We weten niet wat de signature betekent, we weten wel dat het per persoon verschillend kan zijn.
We weten niet welk verschillende veranderingen in de expressie verantwoordelijk is voor de
verandering van de kanker biologie. Dus we weten niet waarom ene groep patienten beter reageren
op een behandeling dan andere. Dus wat gebeurt er als we kijken naar 1 gen (1 rij van de array).
Functional oncegenomics: directe link proberen te vinden tussen gen expressie data en de
fenotype/biologie van de kankercellen. Je kunt naar vele verschillende functies van de kankercel
kijken.
Dus stel we vinden dat dit gen verantwoordelijk is voor de verschillen in vatbaarheid voor de
behandeling. Dan weten we dat we als de ene groep met een gen dat uit staat beter vatbaar is voor
een behandeling, dan weten dat de andere groep ook het gen uit moeten zetten. Dit kan een target
zijn voor een treatment.
Functional oncogenomics research: wordt gedaan door functional genetic screening. Wat je doet is je
gaat cellen clusteren, je gaat de cellen modulaten in de expresssie in de genen. Daarna ga je
analyseren wat de fenotype is. dan ga je de cellen vergelijken met een controle. Hoe kun je gen
expressie moduleren?
- Expressive van cDNA, dit is meestal een virus. Zo krijg je een extra ORF in het DNA, dus krijg
je een gain of function.
- Je kunt ook RNA interference gebruiken om genen minder te expressen. Hiermee heb je een
loss of function. Je breekt de transcripten af.
- Je kunt de Crisp/Cas techniek gebruiken om het gen volledig uit te schakelen: dus een
knockout te maken. je kunt een complete loss of function krijgen.
Wat zijn de voordelen/nadelen van knockdown vs knockout?
- KD: een voordeel is dat je het aan en uit kan zetten. Een nadeel is dat je voor vele genen
hebben cellen een klein beetje van deze genen om te overleven. De cellen zullen dus sterven.
De genen zijn belangrijk voor hun survival.
- KO: een voordeel is dat je farmacologische middelen kunt nabootsen. Je doet dit om nieuwe
behandelingen te ontwerpen. Dit zijn altijd klein moleculaire farmacologische stofjes. Deze
moleculen kunnen nooit een complete knockout geven, alleen een verlaging van de activiteit.
Als je een knockdown doet, waarbij je de dalende effect ziet bij bijvoorbeeld 70%, dan is er een
goede kans dat je dezelfde effect kunt zien bij een medicijn. Een limitation is dat je de effectiviteit
van een knockdown, hoeft niet altijd hetzelfde te zijn om een biologisch effect waar te nemen. Als er
een knockdown van 80% nodig is om dit effect te zien maar in je experiment is een knockdown te
zien van 60% dan zie je het effect niet en identificeer je de target niet.
In de RNAi ben je de genen aan het silencen en kijk je naar de fenotype. Verschillende
screeningsprocessen zijn:
- Targeted lethality screens: je silenced verschillende genen en kijkt of de cellen doodgaan of
overleven. Er zijn 2 soorten: synthetic en colleteral lethality screens.
o synthetic lethality: betekent de lethale conditie waarbij de lethaliteit af hangt van de
interactie van 2 genen. Gen A kan wilttype zijn of gemuteerd. Nu willen we een gen B
vinden waarbij de cel lethaal wordt als je B uitschakelt of supressed. Alleen in het
geval wanneer gen A gemuteerd is. Als je een medicijn geeft die gen B muteerd, is dit
niet lethaal voor gezonde cellen, omdat gezonde cellen hebben gezonde gen A
cellen. Wat je nodig om gen B te identificeren is een isogenic cell pair: dit betekent
dat de genetisch materiaal identiek is alleen voor 1 verschil. In dit geval is het
BMW seminars 1-6
[DATUM]
[BEDRIJFSNAAM]
[Bedrijfsadres]
,Inhoud
Seminar BMW 1......................................................................................................................................1
Seminar BMW 2 proteomics, global analysis of the functionally relevant..............................................5
Seminar BMW 3 MicroRNAs from trash to treasure...............................................................................6
Seminar BMW 4: History of sequencing.................................................................................................8
Seminar BMW 5: Angio Immuno..........................................................................................................10
Seminar BMW 6: Precision Medicine...................................................................................................14
Seminar BMW 1
Genomics als je kijkt naar gen. Vele verschillende samples worden geprepareerd en gekeken of er
een bepaald effect is in de ene groep en de andere groep. Groen betekent meer expressie en rood
, betekent minder expressie. Dit profiel kan gebruikt worden om de prognose van een patient te
voorspellen. Of of een patient beter reageert op een bepaalde behandeling. Maar er is een nadeel.
We weten niet wat de signature betekent, we weten wel dat het per persoon verschillend kan zijn.
We weten niet welk verschillende veranderingen in de expressie verantwoordelijk is voor de
verandering van de kanker biologie. Dus we weten niet waarom ene groep patienten beter reageren
op een behandeling dan andere. Dus wat gebeurt er als we kijken naar 1 gen (1 rij van de array).
Functional oncegenomics: directe link proberen te vinden tussen gen expressie data en de
fenotype/biologie van de kankercellen. Je kunt naar vele verschillende functies van de kankercel
kijken.
Dus stel we vinden dat dit gen verantwoordelijk is voor de verschillen in vatbaarheid voor de
behandeling. Dan weten we dat we als de ene groep met een gen dat uit staat beter vatbaar is voor
een behandeling, dan weten dat de andere groep ook het gen uit moeten zetten. Dit kan een target
zijn voor een treatment.
Functional oncogenomics research: wordt gedaan door functional genetic screening. Wat je doet is je
gaat cellen clusteren, je gaat de cellen modulaten in de expresssie in de genen. Daarna ga je
analyseren wat de fenotype is. dan ga je de cellen vergelijken met een controle. Hoe kun je gen
expressie moduleren?
- Expressive van cDNA, dit is meestal een virus. Zo krijg je een extra ORF in het DNA, dus krijg
je een gain of function.
- Je kunt ook RNA interference gebruiken om genen minder te expressen. Hiermee heb je een
loss of function. Je breekt de transcripten af.
- Je kunt de Crisp/Cas techniek gebruiken om het gen volledig uit te schakelen: dus een
knockout te maken. je kunt een complete loss of function krijgen.
Wat zijn de voordelen/nadelen van knockdown vs knockout?
- KD: een voordeel is dat je het aan en uit kan zetten. Een nadeel is dat je voor vele genen
hebben cellen een klein beetje van deze genen om te overleven. De cellen zullen dus sterven.
De genen zijn belangrijk voor hun survival.
- KO: een voordeel is dat je farmacologische middelen kunt nabootsen. Je doet dit om nieuwe
behandelingen te ontwerpen. Dit zijn altijd klein moleculaire farmacologische stofjes. Deze
moleculen kunnen nooit een complete knockout geven, alleen een verlaging van de activiteit.
Als je een knockdown doet, waarbij je de dalende effect ziet bij bijvoorbeeld 70%, dan is er een
goede kans dat je dezelfde effect kunt zien bij een medicijn. Een limitation is dat je de effectiviteit
van een knockdown, hoeft niet altijd hetzelfde te zijn om een biologisch effect waar te nemen. Als er
een knockdown van 80% nodig is om dit effect te zien maar in je experiment is een knockdown te
zien van 60% dan zie je het effect niet en identificeer je de target niet.
In de RNAi ben je de genen aan het silencen en kijk je naar de fenotype. Verschillende
screeningsprocessen zijn:
- Targeted lethality screens: je silenced verschillende genen en kijkt of de cellen doodgaan of
overleven. Er zijn 2 soorten: synthetic en colleteral lethality screens.
o synthetic lethality: betekent de lethale conditie waarbij de lethaliteit af hangt van de
interactie van 2 genen. Gen A kan wilttype zijn of gemuteerd. Nu willen we een gen B
vinden waarbij de cel lethaal wordt als je B uitschakelt of supressed. Alleen in het
geval wanneer gen A gemuteerd is. Als je een medicijn geeft die gen B muteerd, is dit
niet lethaal voor gezonde cellen, omdat gezonde cellen hebben gezonde gen A
cellen. Wat je nodig om gen B te identificeren is een isogenic cell pair: dit betekent
dat de genetisch materiaal identiek is alleen voor 1 verschil. In dit geval is het
