Ontwerpen van een real-time PCR methode voor aantonen van de Neisseria
gonorrhoeae bacterie in patiënten.
VL420
Studenten:
1
,Inhoudsopgave
Samenvatting
Nederlands
Het doel van dit project is onderzoeken of 9 patiënten geïnfecteerd zijn met de
Neisseria gonorrhoeae bacterie. Om dit te doen is er een real-time PCR methode
ontwikkeld hiernaast worden determinatie testen en kweken gebruikt.
Voor het ontwikkelen van de PCR was er een artikel aangereikt door de school als
hulp voor hiervoor. Het principe bij onze PCR is dat er een 2 probes (Probe opa-1
(CCC TTC AAC ATC AGT GAA A-MGB) en Probe opa-2 (CTT TGA ACC ATC AGT
GAA A-MGB)) binden op het plek in het genoom van N. gonorrhoeae waar opa-1 of
opa-2 wordt afgeschreven, opa-1 en opa-2 zijn specifiek voor N. gonorrhoeae en dus
zal alleen N. gonorrhoeae aangetoond worden met deze PCR.
Er zijn de 3 PCR's uitgevoerd, op dag 1 een PCR met alleen controles, dag 2
controles + patiënten materiaal en dag 3 weer controles + patiënten materiaal.
Bij de PCR van dag 1 was alleen opa-1 gebonden aan de positieve controles. Dus
leek de PCR te kloppen maar er is gebleken dat er te veel taq polymerase
toegevoegd was en ten gevolg hiervan waren de resultaten onbetrouwbaar.
Bij de PCR van dag 2 heeft opa-1 gebonden aan patiënt 1 t/m 5 en 9 en opa-2
gebonden aan patiënt 1,6 en 9. Maar de achtergrond controle en positieve controle
zijn waarschijnlijk omgedraaid dus kunnen er hier geen concrete conclusies uit
getrokken worden. Wel is met behulp van de determinatie en morfologie van de
bacteriën van patiënt 1,4 en 9 gebleken dat deze patiënten waarschijnlijk
geïnfecteerd zijn met N. gonorrhoea.
De PCR van dag 3 is mislukt en heeft geen goede resultaten opgeleverd dus kan
hieruit geen conclusie getrokken worden.
Voor de resistentie meting was er alleen bij patiënt 9 genoeg bacterie groei, en uit de
resultaten hiervan blijkt dat patiënt 9 geen resistente stam heeft.
Waarschijnlijk bevatten patiënt 1,4 en 9 niet resistente Neisseria gonorrhoeae
bacteriën.
2
,English
The goal of this project was to test 9 patients for the presence of the Neisseria
gonorrhoeae. In order to test for the presence of Neisseria gonorrhoeae a real-time
PCR was developed and in addition determination tests and cultures were used.
For the development of the PCR an article was provided by the school. Besides the
PCR determination test and cultures were also performed as an additional method
for determination of N. gonorrhoeae in the patients. The principle of our PCR is using
two probes (Probe opa-1 (CCC TTC AAC ATC AGT GAA A-MGB) and Probe opa-2
(CTT TGA ACC ATC AGT GAA A-MGB)) that bind to the site in the genome of N.
gonorrhoeae where opa-1 or opa-2 is transcripted, opa-1 and opa-2 are specific for
N. gonorrhoeae and therefore only N. gonorrhoeae will be determined with this PCR.
3 PCR´s were performed, on day 1 a PCR containing only controls, on day 2 a PCR
containing controls + patient samples and lastly on day 3 a PCR containing controls
+ patient samples.
On the PCR of day 1 opa-1 was only bound to the positive controls. Thus the PCR
seemed a success but later is was found that too much taq polymerase was added
and as a result, the results were unreliable.
On the PCR of day 2 opa-1 was bound to patients 1 to 5 and 9. opa-2 was bound to
patients 1,6 and 9. However, the background and positive controls were most likely
switched. As a result no concrete conclusions can be drawn. But the determination
and morphology of the bacteria revealed a high chance of patients 1,4 and 9 to being
infected with N. gonorrhoeae.
The PCR of day 3 failed and thus no conclusions could be drawn from the found
results.
For the antibiotic test only patient 9 yielded enough bacterial growth to reliably test
the resistance against the antibiotics. The bacteria on patient 9 were of a
non-resistant strain of bacteria.
Patients 1,4 and 9 have a high hance of being infected with a non-resistant Neisseria
gonorrhoeae bacteria strain.
3
, Afkortingslijst
AMC30 Augmentin
AMP2 Ampiciline
API Application program interface
API NH Application program interface voor determinatie van Neiseria en
Haemophilus stammen
CIP5 Ciprofloxacin
CN10 Gentamycine
CQ Aantal cycli van vermeerdering in PCR
CRO30 Ceftriaxone
DNA Deoxyribonucleic acid
dNTP nucleoside triphosphate
EDTA Ethyleendiaminetetra-azijnzuur
FAM Familie
F300 Nitrofrantoine
IgA Immunoglobuline A
IO oligonnulceotide
LPS Lipopolysaccharide
NAAT Nucleic Acid Amplification test
N. Gon Neisseria gonorrhoeae
N. men Neisseria meningitidis
P5 Pen G
PCR Polymerase chain reaction
Siba Strand Invasion-Based Amplification
SOA Sexueel overdraagbare aandoening
TE Tris EDTA buffer
VA30 Vancomycine
4
gonorrhoeae bacterie in patiënten.
VL420
Studenten:
1
,Inhoudsopgave
Samenvatting
Nederlands
Het doel van dit project is onderzoeken of 9 patiënten geïnfecteerd zijn met de
Neisseria gonorrhoeae bacterie. Om dit te doen is er een real-time PCR methode
ontwikkeld hiernaast worden determinatie testen en kweken gebruikt.
Voor het ontwikkelen van de PCR was er een artikel aangereikt door de school als
hulp voor hiervoor. Het principe bij onze PCR is dat er een 2 probes (Probe opa-1
(CCC TTC AAC ATC AGT GAA A-MGB) en Probe opa-2 (CTT TGA ACC ATC AGT
GAA A-MGB)) binden op het plek in het genoom van N. gonorrhoeae waar opa-1 of
opa-2 wordt afgeschreven, opa-1 en opa-2 zijn specifiek voor N. gonorrhoeae en dus
zal alleen N. gonorrhoeae aangetoond worden met deze PCR.
Er zijn de 3 PCR's uitgevoerd, op dag 1 een PCR met alleen controles, dag 2
controles + patiënten materiaal en dag 3 weer controles + patiënten materiaal.
Bij de PCR van dag 1 was alleen opa-1 gebonden aan de positieve controles. Dus
leek de PCR te kloppen maar er is gebleken dat er te veel taq polymerase
toegevoegd was en ten gevolg hiervan waren de resultaten onbetrouwbaar.
Bij de PCR van dag 2 heeft opa-1 gebonden aan patiënt 1 t/m 5 en 9 en opa-2
gebonden aan patiënt 1,6 en 9. Maar de achtergrond controle en positieve controle
zijn waarschijnlijk omgedraaid dus kunnen er hier geen concrete conclusies uit
getrokken worden. Wel is met behulp van de determinatie en morfologie van de
bacteriën van patiënt 1,4 en 9 gebleken dat deze patiënten waarschijnlijk
geïnfecteerd zijn met N. gonorrhoea.
De PCR van dag 3 is mislukt en heeft geen goede resultaten opgeleverd dus kan
hieruit geen conclusie getrokken worden.
Voor de resistentie meting was er alleen bij patiënt 9 genoeg bacterie groei, en uit de
resultaten hiervan blijkt dat patiënt 9 geen resistente stam heeft.
Waarschijnlijk bevatten patiënt 1,4 en 9 niet resistente Neisseria gonorrhoeae
bacteriën.
2
,English
The goal of this project was to test 9 patients for the presence of the Neisseria
gonorrhoeae. In order to test for the presence of Neisseria gonorrhoeae a real-time
PCR was developed and in addition determination tests and cultures were used.
For the development of the PCR an article was provided by the school. Besides the
PCR determination test and cultures were also performed as an additional method
for determination of N. gonorrhoeae in the patients. The principle of our PCR is using
two probes (Probe opa-1 (CCC TTC AAC ATC AGT GAA A-MGB) and Probe opa-2
(CTT TGA ACC ATC AGT GAA A-MGB)) that bind to the site in the genome of N.
gonorrhoeae where opa-1 or opa-2 is transcripted, opa-1 and opa-2 are specific for
N. gonorrhoeae and therefore only N. gonorrhoeae will be determined with this PCR.
3 PCR´s were performed, on day 1 a PCR containing only controls, on day 2 a PCR
containing controls + patient samples and lastly on day 3 a PCR containing controls
+ patient samples.
On the PCR of day 1 opa-1 was only bound to the positive controls. Thus the PCR
seemed a success but later is was found that too much taq polymerase was added
and as a result, the results were unreliable.
On the PCR of day 2 opa-1 was bound to patients 1 to 5 and 9. opa-2 was bound to
patients 1,6 and 9. However, the background and positive controls were most likely
switched. As a result no concrete conclusions can be drawn. But the determination
and morphology of the bacteria revealed a high chance of patients 1,4 and 9 to being
infected with N. gonorrhoeae.
The PCR of day 3 failed and thus no conclusions could be drawn from the found
results.
For the antibiotic test only patient 9 yielded enough bacterial growth to reliably test
the resistance against the antibiotics. The bacteria on patient 9 were of a
non-resistant strain of bacteria.
Patients 1,4 and 9 have a high hance of being infected with a non-resistant Neisseria
gonorrhoeae bacteria strain.
3
, Afkortingslijst
AMC30 Augmentin
AMP2 Ampiciline
API Application program interface
API NH Application program interface voor determinatie van Neiseria en
Haemophilus stammen
CIP5 Ciprofloxacin
CN10 Gentamycine
CQ Aantal cycli van vermeerdering in PCR
CRO30 Ceftriaxone
DNA Deoxyribonucleic acid
dNTP nucleoside triphosphate
EDTA Ethyleendiaminetetra-azijnzuur
FAM Familie
F300 Nitrofrantoine
IgA Immunoglobuline A
IO oligonnulceotide
LPS Lipopolysaccharide
NAAT Nucleic Acid Amplification test
N. Gon Neisseria gonorrhoeae
N. men Neisseria meningitidis
P5 Pen G
PCR Polymerase chain reaction
Siba Strand Invasion-Based Amplification
SOA Sexueel overdraagbare aandoening
TE Tris EDTA buffer
VA30 Vancomycine
4
