Geneeskunde RuG, thema 1.1.4
Joyce de Jonge
Inhoud:
Mims Medical Microbiology
- Chapter 2 The bacteria (6-26)
- Chapter 3 The virus (27-34)
- Chapter 4 The fungi (35-37)
- Chapter 9 The host-parasite relationship (52-61)
- Chapter 13 Background to the infectious disease (104-110)
- Chapter 14 Entry, exit and transmission (111-128)
- Chapter 16 Spread and replication (144-148)
- Chapter 18 Pathological consequences of infection (168-176)
- Chapter 20 Lower respiratory tract infections (213-214)
- Chapter 21 Urine tract infection (234-240)
- Chapter 25 Central nervous system infections (314-320)
- Chapter 27 Infections of the skin, soft tissue, muscle and associated systems (338-343)
- Chapter 30 Fever of unknown origin (404-407)
- Chapter 32 Diagnosis of infection and assessment of host defense (422-426 & 431-435)
- Chapter 34 Attacking the enemy: antimicrobial agents and chemotherapy (447-452, 473,
477, 479-480)
- Chapter 35 Protecting the host: vaccination (490-500 till HPV)
- Chapter 37 Infection control (511-519)
Cellular and Molecular Immunology
- Chapter 1 Properties and overview of immune system
- Chapter 2 Cells and tissues of the immune system
- tot “Anatomy and functions of lymphoid tissues”
- Chapter 4 Innate immunity
- behalve “The antiviral response”
- Chapter 5 Antibodies and antigens
- Chapter 6 Major Histocompatibility Complex
- Chapter 7 Immune receptors:
- “The T cell receptor complex” tot “Activation of Tyrosine kinases” &
- “Formation of the immune synapse” tot “Mitogen-induced..” &
- “The B lymphocyte antigen receptor” tot “signal initiation..”
- Chapter 8 Lymphocyte development and antigen receptor gene rearrangement
Overige lesstof (niet inbegrepen):
- Table working mechanisms antibiotics & antiviral drugs: Summary of basic knowledge
antibiotics (Ch.34): replaces pages 452-473
- Pdf: Explanation Ct values (Pdf on Nestor)
, Geneeskunde RuG, thema 1.1.4
Joyce de Jonge
Normale relatie microob-gastheer
microbiotica= totale hoeveelheid micro-organismen in een gastheer (individu)
kleine hoeveelheid (verandering) is gezond, (extreem) grote hoeveelheid is pathogeen
microbioom= totale genetisch materiaal van microbiotica
metagenomics = analyse van het microbioom: het onderzoek van genomisch materiaal
en diversiteit in een gegeven omgeving/milieu
Microbiotica en microbioom
- microbioom wordt gauw na geboorte ontwikkeld en verandert gedurende leven
- beïnvloed door leeftijd, voeding en milieu/omgeving van het individu
- Locaties van microbiotica
- Huid heeft veel verschillende micro-milieus = complex microbioom
- productie van vetzuren voorkomt dat andere pathogenen doordringen
- neus en mond kunnen erg gekoloniseerd zijn door bacteriën
- Slokdarm en luchtpijp hebben eigen microbioom, ondanks
grote steriliteit
- Van maag naar dikke darm stijgt de hoeveelheid
micro-organismen (darm= meeste)
- antibacteriële activiteit & metabole afvalproducten
die voorkomen dat andere soorten zich nestelen
- Alle beschikbare niches worden in de darmen al
bezet
- helicobacter pylori (kleine hoeveelheid in maag)
- urinewegen slechts weinig gekoloniseerd (redelijk steriel)
- vagina bevat veel bacteriën en schimmels → behouden lage pH (5,0) en
daardoor remming van groei andere organismen
- Aanwezigheid van eigen micro-organismen verhoogt de afweer en bescherming tegen
pathogenen
- Eigen micro-organismen worden gevaarlijk bij verspreiding naar steriele delen
(bloed!) van het lichaam of als het lokale milieu drastisch verandert
Symbiose commensalisme: +/0
mutualisme: +/+
parasitisme +/-
- alle pathogenen zijn parasieten, maar (nog) niet altijd in schadelijke vorm
(gebalanceerde pathogeniteit) (virus=uitzondering=altijd parasitair
- ontwikkeling van parasieten kan worden gecontroleerd, of gestuurd
- uitzondering = virus = altijd afhankelijk van gastheer
- Evasiestrategiën van parasieten:
- minimale respons veroorzaken of effect ontwijken
- immuunrespons van gastheer verminderen
- antigenische veranderingen aanbrengen
- snelle replicatie
, Geneeskunde RuG, thema 1.1.4
Joyce de Jonge
Soorten ziekteverwekkers
Bacteriën
- Haploïde organismen
- Eencellige prokaryoten zonder celkern
- Double-stranded DNA zonder intronen, los in
cytoplasma (kan ook extracellulair, in vorm van
self-replicating DNA plasmides)
- Enige organellen = ribosomen ter eiwitsynthese
- Beweging door flagella = spiraalvormige aanhangsels van het
membraan (afzonderlijk(polair), in bosjes(iophotrichous) of verdeeld
over celoppervlak(peritrichous))
- beweging is protonafhankelijk (door metabolisme elektronen
transportketen ⇒ proton motive force (vereist voor leven))
- opgebouwd uit eiwitcomponenten ⇒ zijn sterk antigeen
- Classificatie:
- celwand→ metabolisme, virulentie en immuniteit
wel of niet vasthouden van gramkleuring
- Gram-positief: dikke externe (buiten celmembraan) laag peptidoglycaan
(20-80nm), evt met macromoleculen
- Gram-negatief: dunne laag peptidoglycaan, tussen twee membranen in
(5-10nm)
- Ook hydrofiel buitenmembraan, maar wegens lipide componenten
(LPS) ook hydrofoob ⇒ LPS=endotoxine
- vorm: sferisch/rond (cocci), staafvormig (bacilli) en spiraalvormig (spirilla)
- Beschermingsmechanismen:
- Gram-positieve hebben een wax-achtige buitenlaag = bescherming tegen
uitdroging en omgeving (hydrofiel → ook resistent tegen galactiviteit)
- suikercapsule(positief) en/of envelop(negatief)= bescherming tegen fagocytose
- Pili ⇒ voorkomen van fagocytose, gastheer resistentie wordt verminderd
- voornaamste functie= aanhechten (bacterie of gastheercel)
- Voeding ⇒ opname van kleine moleculen door de celwand heen
- gram-negatief ook grotere moleculen door vertering in
periplasmatische ruimte
- Suikers zijn bron voor groei, voorkeur voor glucose
- Alle pathogene bacteriën zijn hetrotrofisch → verschillende
energiemetabolismen (kunnen switchen)
- aeroob (38ATP), anaeroob inorganisch (34ATP),
anaeroob organisch (2 ATP)
- Groei en deling → snelheid afhankelijk van beschikbare voedingsstoffen in milieu
- Na introductie in nieuw milieu → eerst ‘lag phase’ (wennen), daarna
snelle celdeling (generation time)
Joyce de Jonge
Inhoud:
Mims Medical Microbiology
- Chapter 2 The bacteria (6-26)
- Chapter 3 The virus (27-34)
- Chapter 4 The fungi (35-37)
- Chapter 9 The host-parasite relationship (52-61)
- Chapter 13 Background to the infectious disease (104-110)
- Chapter 14 Entry, exit and transmission (111-128)
- Chapter 16 Spread and replication (144-148)
- Chapter 18 Pathological consequences of infection (168-176)
- Chapter 20 Lower respiratory tract infections (213-214)
- Chapter 21 Urine tract infection (234-240)
- Chapter 25 Central nervous system infections (314-320)
- Chapter 27 Infections of the skin, soft tissue, muscle and associated systems (338-343)
- Chapter 30 Fever of unknown origin (404-407)
- Chapter 32 Diagnosis of infection and assessment of host defense (422-426 & 431-435)
- Chapter 34 Attacking the enemy: antimicrobial agents and chemotherapy (447-452, 473,
477, 479-480)
- Chapter 35 Protecting the host: vaccination (490-500 till HPV)
- Chapter 37 Infection control (511-519)
Cellular and Molecular Immunology
- Chapter 1 Properties and overview of immune system
- Chapter 2 Cells and tissues of the immune system
- tot “Anatomy and functions of lymphoid tissues”
- Chapter 4 Innate immunity
- behalve “The antiviral response”
- Chapter 5 Antibodies and antigens
- Chapter 6 Major Histocompatibility Complex
- Chapter 7 Immune receptors:
- “The T cell receptor complex” tot “Activation of Tyrosine kinases” &
- “Formation of the immune synapse” tot “Mitogen-induced..” &
- “The B lymphocyte antigen receptor” tot “signal initiation..”
- Chapter 8 Lymphocyte development and antigen receptor gene rearrangement
Overige lesstof (niet inbegrepen):
- Table working mechanisms antibiotics & antiviral drugs: Summary of basic knowledge
antibiotics (Ch.34): replaces pages 452-473
- Pdf: Explanation Ct values (Pdf on Nestor)
, Geneeskunde RuG, thema 1.1.4
Joyce de Jonge
Normale relatie microob-gastheer
microbiotica= totale hoeveelheid micro-organismen in een gastheer (individu)
kleine hoeveelheid (verandering) is gezond, (extreem) grote hoeveelheid is pathogeen
microbioom= totale genetisch materiaal van microbiotica
metagenomics = analyse van het microbioom: het onderzoek van genomisch materiaal
en diversiteit in een gegeven omgeving/milieu
Microbiotica en microbioom
- microbioom wordt gauw na geboorte ontwikkeld en verandert gedurende leven
- beïnvloed door leeftijd, voeding en milieu/omgeving van het individu
- Locaties van microbiotica
- Huid heeft veel verschillende micro-milieus = complex microbioom
- productie van vetzuren voorkomt dat andere pathogenen doordringen
- neus en mond kunnen erg gekoloniseerd zijn door bacteriën
- Slokdarm en luchtpijp hebben eigen microbioom, ondanks
grote steriliteit
- Van maag naar dikke darm stijgt de hoeveelheid
micro-organismen (darm= meeste)
- antibacteriële activiteit & metabole afvalproducten
die voorkomen dat andere soorten zich nestelen
- Alle beschikbare niches worden in de darmen al
bezet
- helicobacter pylori (kleine hoeveelheid in maag)
- urinewegen slechts weinig gekoloniseerd (redelijk steriel)
- vagina bevat veel bacteriën en schimmels → behouden lage pH (5,0) en
daardoor remming van groei andere organismen
- Aanwezigheid van eigen micro-organismen verhoogt de afweer en bescherming tegen
pathogenen
- Eigen micro-organismen worden gevaarlijk bij verspreiding naar steriele delen
(bloed!) van het lichaam of als het lokale milieu drastisch verandert
Symbiose commensalisme: +/0
mutualisme: +/+
parasitisme +/-
- alle pathogenen zijn parasieten, maar (nog) niet altijd in schadelijke vorm
(gebalanceerde pathogeniteit) (virus=uitzondering=altijd parasitair
- ontwikkeling van parasieten kan worden gecontroleerd, of gestuurd
- uitzondering = virus = altijd afhankelijk van gastheer
- Evasiestrategiën van parasieten:
- minimale respons veroorzaken of effect ontwijken
- immuunrespons van gastheer verminderen
- antigenische veranderingen aanbrengen
- snelle replicatie
, Geneeskunde RuG, thema 1.1.4
Joyce de Jonge
Soorten ziekteverwekkers
Bacteriën
- Haploïde organismen
- Eencellige prokaryoten zonder celkern
- Double-stranded DNA zonder intronen, los in
cytoplasma (kan ook extracellulair, in vorm van
self-replicating DNA plasmides)
- Enige organellen = ribosomen ter eiwitsynthese
- Beweging door flagella = spiraalvormige aanhangsels van het
membraan (afzonderlijk(polair), in bosjes(iophotrichous) of verdeeld
over celoppervlak(peritrichous))
- beweging is protonafhankelijk (door metabolisme elektronen
transportketen ⇒ proton motive force (vereist voor leven))
- opgebouwd uit eiwitcomponenten ⇒ zijn sterk antigeen
- Classificatie:
- celwand→ metabolisme, virulentie en immuniteit
wel of niet vasthouden van gramkleuring
- Gram-positief: dikke externe (buiten celmembraan) laag peptidoglycaan
(20-80nm), evt met macromoleculen
- Gram-negatief: dunne laag peptidoglycaan, tussen twee membranen in
(5-10nm)
- Ook hydrofiel buitenmembraan, maar wegens lipide componenten
(LPS) ook hydrofoob ⇒ LPS=endotoxine
- vorm: sferisch/rond (cocci), staafvormig (bacilli) en spiraalvormig (spirilla)
- Beschermingsmechanismen:
- Gram-positieve hebben een wax-achtige buitenlaag = bescherming tegen
uitdroging en omgeving (hydrofiel → ook resistent tegen galactiviteit)
- suikercapsule(positief) en/of envelop(negatief)= bescherming tegen fagocytose
- Pili ⇒ voorkomen van fagocytose, gastheer resistentie wordt verminderd
- voornaamste functie= aanhechten (bacterie of gastheercel)
- Voeding ⇒ opname van kleine moleculen door de celwand heen
- gram-negatief ook grotere moleculen door vertering in
periplasmatische ruimte
- Suikers zijn bron voor groei, voorkeur voor glucose
- Alle pathogene bacteriën zijn hetrotrofisch → verschillende
energiemetabolismen (kunnen switchen)
- aeroob (38ATP), anaeroob inorganisch (34ATP),
anaeroob organisch (2 ATP)
- Groei en deling → snelheid afhankelijk van beschikbare voedingsstoffen in milieu
- Na introductie in nieuw milieu → eerst ‘lag phase’ (wennen), daarna
snelle celdeling (generation time)
