Bouwstenen van het leven
I Elements & Energies
Waarom zijn cellen van relatief weinig elementen gemaakt
- Omdat cellen vooral bestaan uit C (bestaat uit 9%dryboddymass),H en O elementen.
Hoe atomen moleculen vormen
- Meerdere atomen vormen samen 1 molecuul
Hoe polariteit in moleculen ontstaan
- Door een verschil in negativiteit
Wat pH betekent
- De concentratie H+ in een bepaalde oplossing
Hoe polariteit kan leiden tot effecten als protonering
- Door de polaire binding is er een ladingsverschil, waardoor het deeltje wordt
aangetrokken door water
Wat bij oxidaties en reducties gebeurt
Oxidatie: is een chemisch proces waarbij de geoxideerde stof ( reductor), elektronen afstaat
aan de oxidator
Reductie: is een chemisch proces waarbij de oxidator elektronen opneemt van de reductor
1.2
Wat is een state variable
- Dat is de toestand waarin zich een bepaald proces zich verkeerd
Wat is en enthalpie, entropie en vrij energie is
- Enthalpie: een verandering van interne energie van een systeem en de werk die
nodig is voor het veranderen van het volume. Hoe hoger de entropie des te lager de
enthalpie.
- Entropie: Verandering door variatie in waarschijnlijkheid en willekeurigheid.
- Vrije energie: hebben te maken met veranderingen in entropie en enthalpie geven
wat aan over de kant van de reacties.
De eerste en de tweede wet van de thermodynamica
1. De eerste wet; De totale energie van een gesloten systeem blijft altijd behouden of
wordt omgezet in een andere vorm
2. De tweede wet; Warmte stroomt van een koud gebied naar een warm gebied.
Hoe de twee componenten van de vrije energie elkaar beïnvloeden
- ΔG = ΔH -TS
Hoe veranderingen in de vrije energie de richting van de reacties bepaalt
- ΔG<0 betekent dat reacties spontaan veranderene
Wat is de bindingsenergie
- Is de energie die vrijkomt wanneer er een binding plaatsvindt
Ongeveer de bindingsenergie van verschillende interacties
- Peptidebinding(500ca) en disulfide(330ca)
,Het verschil tussen covalent en niet-covalente bindingen
- Covalente bindingen: Het delen van elektronen tussen 2 atomen (apolair).
- Niet covalente bindingen: Dit gaat niet over het delen van elektronen maar over
elektromagnetische interacties tussen moleculen(polair)
Welke verschillende krachten tussen moleculen optreden
- Atoombinding
- Vanderwaalsbinding
- Ionbinding
Hoe het hydrofobe effect ontstaat
- Het is de exclusie van water in hydrofobe delen, er ontstaan
2 lagen.
Hoe je de bindingsenergie meet
- Deze meet je met een calorimeter: hier zit een enzym die
bindt met een substraat. De warmte die daarbij vrijkomt wordt gemeten, na een tijdje
is de binding uitgeput.
1.3
De thermodynamische fundamenten van de bindingsaffiniteit
De reden waarom affiniteit tussen moleculen hoog of laag zijn
Het dynamisch evenwicht tussen gebonden en ongebonden toestanden
De verbinding tussen de thermodynamische kinetiek van een binding
De verschillende suiker in cellen, verschil tussen aldoses en
ketoses, lineaire en circulaire vormen
- Soorten suikers: glucose,fructose,sucrose
- Het verschil tussen ketose en aldose is dat ketose een
carboxylgroep heeft weg van het einde van het molecuul
(zie C4)
De basale kenmerken van suikermoleculen
De algemene structuur van nucleosiden en
nucleotiden en sommige van hun cellulaire
functies.
- Nucleotide → fosfaat, suikermolecuul en een
stikstofbase
- Nucleoside → suikermolecuul en stikstofbase
Een nucleoside is nuttig voor ATP.
De rol van ATP en zijn verwante cellen
- Energie leveren door fosfor los te koppelen
- De nucleotide van ATP kan aan een ander molecuul
gekoppeld worden
- Het kan als signaalmolecuul gebruikt worden
De reden voor het hoge groep-transfer potentiaal van ATP
voor Pi
, - Enthalpisch: Door de 3 O- in ATP die elkaar afstoten staat het molecuul onder veel
stress. De fosfaatgroepen willen uit elkaar, maar dat gaat niet omdat het covalente
bindingen zijn.
- Entropisch: De entropie van 2 moleculen (ATP +H2O → ADP +Pi + H+) naar 3
moleculen. Met 3 moleculen heb je meer wanorde dan met twee.
Als 1 Pi wordt losgelaten ontstaan er 3 grensstructuren van Pi, waar de lading over
verdeeld kan worden. In ATP kan de lading maar op twee plekken verdeeld worden.
Dus bij het loslaten van Pi ontstaat er meer vrijheid in het molecuul.
II.1 AminoAcids
De algemene structurele onderdelen van elk aminozuur
De reden voor chiraliteit (asymmetrie) in aminozuren
De reden hiervoor is omdat het koolstofatoom 4 verschillende groepen heeft dit maakt C een
asymmetrisch molecuul. Hierdoor krijgt een aminozuur 2 stereo-isomeren. De L-variant en
de D-variant, echter alleen de L variant komt voor in mensen.
De 20 meest voorkomende aminozuren aan de hand van hun 1 en 3 lettercodes te
identificeren.
De manier hoe aminozuren polymeriseren om een eiwit te vormen
De aminogroep van het aminozuur reageert met de carboxylgroep, hierbij splitst water af.
De 4 niveaus van eiwitstructuren en hun karakteriserende eigenschappen.
I Elements & Energies
Waarom zijn cellen van relatief weinig elementen gemaakt
- Omdat cellen vooral bestaan uit C (bestaat uit 9%dryboddymass),H en O elementen.
Hoe atomen moleculen vormen
- Meerdere atomen vormen samen 1 molecuul
Hoe polariteit in moleculen ontstaan
- Door een verschil in negativiteit
Wat pH betekent
- De concentratie H+ in een bepaalde oplossing
Hoe polariteit kan leiden tot effecten als protonering
- Door de polaire binding is er een ladingsverschil, waardoor het deeltje wordt
aangetrokken door water
Wat bij oxidaties en reducties gebeurt
Oxidatie: is een chemisch proces waarbij de geoxideerde stof ( reductor), elektronen afstaat
aan de oxidator
Reductie: is een chemisch proces waarbij de oxidator elektronen opneemt van de reductor
1.2
Wat is een state variable
- Dat is de toestand waarin zich een bepaald proces zich verkeerd
Wat is en enthalpie, entropie en vrij energie is
- Enthalpie: een verandering van interne energie van een systeem en de werk die
nodig is voor het veranderen van het volume. Hoe hoger de entropie des te lager de
enthalpie.
- Entropie: Verandering door variatie in waarschijnlijkheid en willekeurigheid.
- Vrije energie: hebben te maken met veranderingen in entropie en enthalpie geven
wat aan over de kant van de reacties.
De eerste en de tweede wet van de thermodynamica
1. De eerste wet; De totale energie van een gesloten systeem blijft altijd behouden of
wordt omgezet in een andere vorm
2. De tweede wet; Warmte stroomt van een koud gebied naar een warm gebied.
Hoe de twee componenten van de vrije energie elkaar beïnvloeden
- ΔG = ΔH -TS
Hoe veranderingen in de vrije energie de richting van de reacties bepaalt
- ΔG<0 betekent dat reacties spontaan veranderene
Wat is de bindingsenergie
- Is de energie die vrijkomt wanneer er een binding plaatsvindt
Ongeveer de bindingsenergie van verschillende interacties
- Peptidebinding(500ca) en disulfide(330ca)
,Het verschil tussen covalent en niet-covalente bindingen
- Covalente bindingen: Het delen van elektronen tussen 2 atomen (apolair).
- Niet covalente bindingen: Dit gaat niet over het delen van elektronen maar over
elektromagnetische interacties tussen moleculen(polair)
Welke verschillende krachten tussen moleculen optreden
- Atoombinding
- Vanderwaalsbinding
- Ionbinding
Hoe het hydrofobe effect ontstaat
- Het is de exclusie van water in hydrofobe delen, er ontstaan
2 lagen.
Hoe je de bindingsenergie meet
- Deze meet je met een calorimeter: hier zit een enzym die
bindt met een substraat. De warmte die daarbij vrijkomt wordt gemeten, na een tijdje
is de binding uitgeput.
1.3
De thermodynamische fundamenten van de bindingsaffiniteit
De reden waarom affiniteit tussen moleculen hoog of laag zijn
Het dynamisch evenwicht tussen gebonden en ongebonden toestanden
De verbinding tussen de thermodynamische kinetiek van een binding
De verschillende suiker in cellen, verschil tussen aldoses en
ketoses, lineaire en circulaire vormen
- Soorten suikers: glucose,fructose,sucrose
- Het verschil tussen ketose en aldose is dat ketose een
carboxylgroep heeft weg van het einde van het molecuul
(zie C4)
De basale kenmerken van suikermoleculen
De algemene structuur van nucleosiden en
nucleotiden en sommige van hun cellulaire
functies.
- Nucleotide → fosfaat, suikermolecuul en een
stikstofbase
- Nucleoside → suikermolecuul en stikstofbase
Een nucleoside is nuttig voor ATP.
De rol van ATP en zijn verwante cellen
- Energie leveren door fosfor los te koppelen
- De nucleotide van ATP kan aan een ander molecuul
gekoppeld worden
- Het kan als signaalmolecuul gebruikt worden
De reden voor het hoge groep-transfer potentiaal van ATP
voor Pi
, - Enthalpisch: Door de 3 O- in ATP die elkaar afstoten staat het molecuul onder veel
stress. De fosfaatgroepen willen uit elkaar, maar dat gaat niet omdat het covalente
bindingen zijn.
- Entropisch: De entropie van 2 moleculen (ATP +H2O → ADP +Pi + H+) naar 3
moleculen. Met 3 moleculen heb je meer wanorde dan met twee.
Als 1 Pi wordt losgelaten ontstaan er 3 grensstructuren van Pi, waar de lading over
verdeeld kan worden. In ATP kan de lading maar op twee plekken verdeeld worden.
Dus bij het loslaten van Pi ontstaat er meer vrijheid in het molecuul.
II.1 AminoAcids
De algemene structurele onderdelen van elk aminozuur
De reden voor chiraliteit (asymmetrie) in aminozuren
De reden hiervoor is omdat het koolstofatoom 4 verschillende groepen heeft dit maakt C een
asymmetrisch molecuul. Hierdoor krijgt een aminozuur 2 stereo-isomeren. De L-variant en
de D-variant, echter alleen de L variant komt voor in mensen.
De 20 meest voorkomende aminozuren aan de hand van hun 1 en 3 lettercodes te
identificeren.
De manier hoe aminozuren polymeriseren om een eiwit te vormen
De aminogroep van het aminozuur reageert met de carboxylgroep, hierbij splitst water af.
De 4 niveaus van eiwitstructuren en hun karakteriserende eigenschappen.
