EMBRYOLOGIE
SLIDES
H1
DNA
DNA
- Polynucleotide ketens
• Bestaan uit nucleotiden
o Desoxyribose
o Fosfaatgroep
o Base
§ Purines
o Adenine
o Guanine
§ Pyrimidines
o Thymine
o Cytosine
• Ordening
o Van groot naar klein
o Uitzondering
§ Chromosoom 21 is kleiner dan 22
• In chromatine
o Samen met eiwitten
§ Histon
§ Niet-histon
o Vaststellen goede omgeving
o Voor normale chromosoomgedrag
o Voor juiste genexpressie
- Karyotype
• Fase celdeling zichtbaar
• Grote chromosoomafwijkingen zichtbaar
- Locus
• Plaats op chromosoom met gen
- Dubbele helix
• A+T
o 2 H-bruggen
• G+C
o 3 H-bruggen
• Waarom dubbelstreng?
o Replicatie
o DNA-herstel
- Cytogenese
• Studie van chromosomen
- Satelliet DNA
• Niet coderend
• Opeenvolgende repeats
- Kiemcellen
• Differentiëren tot gameten
- Somatische cellen
• Alle cellen in 1 lichaam
• Behalve die ontwikkelen tot gameten
- Genoom
• 22 paar autosomen
• 1 paar geslachtschromosomen
1
, - Homologe chromosomen
• Binnen chromosomenpaar
• Zelfde genen in zelfde sequentie
- 43
• 64 codons
• Voor 20 aminozuren
• Verschillende codons voor hetzelfde aminozuur
- 1 gen
• Kan leiden tot verschillende proteïne
- 21000 eiwit coderende genen
- 22000 RNA genen
RNA
- Enkelstrengs
• i.p.v. dubbelstrengs
- Uracil
• i.p.v. thymine
- Ribose
• i.p.v. desoxyribose
1956
- Normale cel heeft 46 chromosomen
• 23 paren
• 22 autosomen
• 1 geslachtschromosoom
• Schikking
o Normaal van groot naar klein
o 21 is kleiner dan 22
- Aandoeningen
• Syndroom van Down
o 3 chromosomen op 21
• Trisomie 18
o Edwards syndroom
o 3 chromosomen op 18
o Groeiachterstand
• Trisomie 13
o Patau syndroom
o 3 chromosomen op 18
o Faciale gebreken
Sanger sequencing methode 1975
- =chain-terminator methode
- Werking
• 4 reactiebuizen " elk DNA + primer + DNA-polymerase + alle nucleotiden (bv. dATP)
+ 1 additionele nucleotide aanwezig (didioxi) " polymerase activiteit " vorming
sequenties met verschillende lengtes " gel-elektroforese
• Didioxi
o Bevat H-groep i.p.v. OH-groep
§ OH-groep zorgt voor nieuwe reactie
o Zet gewone reactie stop
o Bv. ddATP
- Gel
• Scheiding van producten
• Volgens grootte
o Kortste fragment zit onderaan
- Toepassing
2
, • Is lastig
o Kan 3-600 letters lezen
o Je bent een dag bezig
• Humaan genoom
o Bevat 6,2 miljard letters
o 28.000 jaar bezig
Aflezen: GATGATGGCCTGAGCATTCG
Moleculen eindigen op bijbehorende nucleotide
Variaties
- Neutraal
• Geen invloed op ontwikkeling
- Normale
• Wel invloed op ontwikkeling
• Niet zichtbaar
- Ziekte
• Wel invloed op ontwikkeling
• Wel zichtbaar
Nucleair genoom
- Bestaat uit
• Transposon-based repeats
o Doen aan kopie-paste
• Heterochromatine
o Sequenties aan centromeer en telomeer
- Mitochondriaal genoom
• Sterk geconserveerd
o Vergelijkende DNA met een muis
o Variëren slechts weinig tussen soorten over jaren heen
3
, GEN STRUCTUUR
Transcriptie
- mRNA-synthese
- Kopiëren/overschrijven
- In celkern
- Door RNA-polymerase II
- Van 5’-3’
- Sense/coderende streng
• Wordt niet afgelezen
- Complementaire/niet-coderende streng
• Wordt wel afgelezen
• Van 3’-5’
• Vanaf startcodon (AUG-Met)
- Promotor
• Start
- Terminator
• Stop
- Splicing
• Intronen worden verwijderd
• Extronen blijven over
o 5’ krijgt een cap
§ 7-methylguanosine (m7G) koppelen aan 5’ " verkrijgen 5’-5’ fosfodiester-
binding " cap
§ Functies
o Beschermen 5’-3’ tegen exonuclease aanval
o Vergemakkelijken RNA splicing
o Vergemakkelijken transport van kern naar cytoplasma
o Voor aanhechting van 40S subunit aan mRNA
o 3’ krijgt poly-A-staart
§ Functies
o Transport mRNA naar cytoplasma
o Stabiliseren mRNA moleculen in cytoplasma
o Vergemakkelijken translatie door herkenning van mRNA
o (Pre-)mRNA is klaar
• Verloop/volgorde
o Splice donor site – 10.000 nucleotides – branch site - <20 nucleotides – splice
acceptor site
• Looping
o Streng wordt opgerold
o Hierdoor kan intron verwijderd worden
- Alternatieve splicing
• Als exon wordt overgeslagen
• Aanmaak ander eiwit
Translatie
- Eiwitsynthese
- In cytoplasma
- Vertalen van mRNA code
• Van 5’-3’
- rRNA
• Ribosomaal RNA
• Andere vormen van RNA kunnen tijdelijk aan ribosoom worden gekoppeld
• Kleine deel (40S)
o Bindt mRNA
• Grote deel (60S)
o Bestaat uit een enzym dat peptidebanden tussen aminozuren vormt
- tRNA
4
SLIDES
H1
DNA
DNA
- Polynucleotide ketens
• Bestaan uit nucleotiden
o Desoxyribose
o Fosfaatgroep
o Base
§ Purines
o Adenine
o Guanine
§ Pyrimidines
o Thymine
o Cytosine
• Ordening
o Van groot naar klein
o Uitzondering
§ Chromosoom 21 is kleiner dan 22
• In chromatine
o Samen met eiwitten
§ Histon
§ Niet-histon
o Vaststellen goede omgeving
o Voor normale chromosoomgedrag
o Voor juiste genexpressie
- Karyotype
• Fase celdeling zichtbaar
• Grote chromosoomafwijkingen zichtbaar
- Locus
• Plaats op chromosoom met gen
- Dubbele helix
• A+T
o 2 H-bruggen
• G+C
o 3 H-bruggen
• Waarom dubbelstreng?
o Replicatie
o DNA-herstel
- Cytogenese
• Studie van chromosomen
- Satelliet DNA
• Niet coderend
• Opeenvolgende repeats
- Kiemcellen
• Differentiëren tot gameten
- Somatische cellen
• Alle cellen in 1 lichaam
• Behalve die ontwikkelen tot gameten
- Genoom
• 22 paar autosomen
• 1 paar geslachtschromosomen
1
, - Homologe chromosomen
• Binnen chromosomenpaar
• Zelfde genen in zelfde sequentie
- 43
• 64 codons
• Voor 20 aminozuren
• Verschillende codons voor hetzelfde aminozuur
- 1 gen
• Kan leiden tot verschillende proteïne
- 21000 eiwit coderende genen
- 22000 RNA genen
RNA
- Enkelstrengs
• i.p.v. dubbelstrengs
- Uracil
• i.p.v. thymine
- Ribose
• i.p.v. desoxyribose
1956
- Normale cel heeft 46 chromosomen
• 23 paren
• 22 autosomen
• 1 geslachtschromosoom
• Schikking
o Normaal van groot naar klein
o 21 is kleiner dan 22
- Aandoeningen
• Syndroom van Down
o 3 chromosomen op 21
• Trisomie 18
o Edwards syndroom
o 3 chromosomen op 18
o Groeiachterstand
• Trisomie 13
o Patau syndroom
o 3 chromosomen op 18
o Faciale gebreken
Sanger sequencing methode 1975
- =chain-terminator methode
- Werking
• 4 reactiebuizen " elk DNA + primer + DNA-polymerase + alle nucleotiden (bv. dATP)
+ 1 additionele nucleotide aanwezig (didioxi) " polymerase activiteit " vorming
sequenties met verschillende lengtes " gel-elektroforese
• Didioxi
o Bevat H-groep i.p.v. OH-groep
§ OH-groep zorgt voor nieuwe reactie
o Zet gewone reactie stop
o Bv. ddATP
- Gel
• Scheiding van producten
• Volgens grootte
o Kortste fragment zit onderaan
- Toepassing
2
, • Is lastig
o Kan 3-600 letters lezen
o Je bent een dag bezig
• Humaan genoom
o Bevat 6,2 miljard letters
o 28.000 jaar bezig
Aflezen: GATGATGGCCTGAGCATTCG
Moleculen eindigen op bijbehorende nucleotide
Variaties
- Neutraal
• Geen invloed op ontwikkeling
- Normale
• Wel invloed op ontwikkeling
• Niet zichtbaar
- Ziekte
• Wel invloed op ontwikkeling
• Wel zichtbaar
Nucleair genoom
- Bestaat uit
• Transposon-based repeats
o Doen aan kopie-paste
• Heterochromatine
o Sequenties aan centromeer en telomeer
- Mitochondriaal genoom
• Sterk geconserveerd
o Vergelijkende DNA met een muis
o Variëren slechts weinig tussen soorten over jaren heen
3
, GEN STRUCTUUR
Transcriptie
- mRNA-synthese
- Kopiëren/overschrijven
- In celkern
- Door RNA-polymerase II
- Van 5’-3’
- Sense/coderende streng
• Wordt niet afgelezen
- Complementaire/niet-coderende streng
• Wordt wel afgelezen
• Van 3’-5’
• Vanaf startcodon (AUG-Met)
- Promotor
• Start
- Terminator
• Stop
- Splicing
• Intronen worden verwijderd
• Extronen blijven over
o 5’ krijgt een cap
§ 7-methylguanosine (m7G) koppelen aan 5’ " verkrijgen 5’-5’ fosfodiester-
binding " cap
§ Functies
o Beschermen 5’-3’ tegen exonuclease aanval
o Vergemakkelijken RNA splicing
o Vergemakkelijken transport van kern naar cytoplasma
o Voor aanhechting van 40S subunit aan mRNA
o 3’ krijgt poly-A-staart
§ Functies
o Transport mRNA naar cytoplasma
o Stabiliseren mRNA moleculen in cytoplasma
o Vergemakkelijken translatie door herkenning van mRNA
o (Pre-)mRNA is klaar
• Verloop/volgorde
o Splice donor site – 10.000 nucleotides – branch site - <20 nucleotides – splice
acceptor site
• Looping
o Streng wordt opgerold
o Hierdoor kan intron verwijderd worden
- Alternatieve splicing
• Als exon wordt overgeslagen
• Aanmaak ander eiwit
Translatie
- Eiwitsynthese
- In cytoplasma
- Vertalen van mRNA code
• Van 5’-3’
- rRNA
• Ribosomaal RNA
• Andere vormen van RNA kunnen tijdelijk aan ribosoom worden gekoppeld
• Kleine deel (40S)
o Bindt mRNA
• Grote deel (60S)
o Bestaat uit een enzym dat peptidebanden tussen aminozuren vormt
- tRNA
4
