Introduction Virology; 1/1
Martinus Beijerinck; Deed filtratie-experimenten dat liet zien dat pathogenen een
infectieuze ziekte kunnen overdragen. Hier werd gebruikgemaakt van een porseleinen filter,
als de infectie drager werd tegengehouden door de filter is het een bacterie, maar in het
geval van Beijerinck ging de infectie drager door het filter heen. De ontdekking van het
virus. Elk levensvorm op aarde heeft zijn eigen virus, virussen hebben zelfs virussen. There
are no separate kingdoms for viruses as viruses did not descend from a single prehistoric
virus. Bacteriophagen zijn de meest voorkomende virussen. In het zeewater zitten 10^7
virus particles/ml, in de lucht tussen 1,7x10^6 - 4,0x10^7 per m3. De meest aanwezige
virussen zijn niet de virussen die mensen infecteren. Het virome: alle virussen in het
lichaam of een orgaan. Op de huid zit een hoge diversiteit aan virussen, de meeste op de
huid veroorzaken wratten. Polyoma, papilloma en circoviruses zijn op de huid. Virussen
worden geclassificeerd, belangrijkste is het genoom, (+ of -) ssRNA, dsRNA, ssDNA,
dsDNA. Symmetrie, envelop, gesegmenteerd genoom. Baltimore classificatie; type
genome en wijze van replicatie. Volgens NASA is leven: A self-sustained chemical system
capable of undergoing Darwinian evolution. Virussen zijn niet self-sustained, maar wel
evoluerend. Problemen met het maken van een virus tree; Verschillende soorten genomen,
geen gemeenschappelijke genen tussen alle virussen. Vele virussen en virus families
hebben wel eenschappelijke origine. Virussen zijn gemaakt van nucleotiden, eiwitten en
suikers, ze kunnen evolueren: aanpassen aan hun omgeving. Kleinste mens-infecterend
virus zijn circulerende dsDNA virus, de hepadnavirus zoals HBV met een genoom van 3kb,
kn gemeeleinste is circoviruses ssDNA zoals porcine circovirus 2 met een genoom van
1786 nt. Planten hebben viroids en virusoids, zijn ssRNA zonder eiwit coat en coderen niet
voor eiwitten maar zijn zelfreplicerend: Kleinste genoom van 220 nt RNA. Megaviridae zoals
megavirus en mimivirus hebben lineaire dsDNA met een genoom van >1mb, infecteren
amoeba. Hun genoom codeert voor 1120 eiwitten en 3 tRNAs. Grootste mens infecterende
virus is herpesvirus, lineare dsDNA en een genoom van 200kb. Mpox virus heeft een
genoom van 185600bp. RNA virussen kunnen geen groot genoom hebben omdat RNA een
instabiel molecuul is als het groot is. Grootste mens infecterend virus is coronaviruses,
33kb. Ook infidelity of RNA replication. RNA viruses zijn vaak gesegmenteerd zoals
influenza-, hanta- en rotavirus. Meeste virussen zijn pathogeen door het interfereren met
metabolisme van de cel en/of een immuunrespons opwekken. Proposed origins of
viruses, fossils from an ancient RNA world (Viroids, virusoids, RNA vrius), remnants from a
pre-cellular world (all), degenerate cells becoming parasitic (Megaviridae), escaped genes or
nuclei (DNA virus). Gezien de grote diversiteit tussen viruses kunnen ze allemaal waar zijn.
Andere theorie the butterfly vision: Virus infection transforms cells intro virus factories,
maybe the cellular phase of the virus is the real-life form, not the virion. Concluderend leven
behoren tot het domein der leven. Smallpox virus - Variola virus (VARV) veroorzaakt
blaasjes na het respiratoir infecteren wat blijkt op infectie. Edward Jenner in 1796
introduceerde het vaccineren met het cowpox virus wat in de zelfde familie zit als VARV.
Vaccinia virus (VACV) replaced cowpox virus as the vaccine. Zijn wij klaar voor een
herintroductie van smallpox? In Afrika zijn al wat uitbraken. Rabies is ook een ancient virus
dat een wereldwijd probleem veroorzaakt, vaak door een hondsdolle hond - honden worden
hedendaags gevaccineerd. Zoonose zijn pathgenen die we krijgen uit dieren, dit komt
steeds vaker voor door de verhogende wereldpopulatie, minder habitat voor wilde dieren en
dus dichter op mensen. Klimaatverandering leidt ook tot vergroting van de habitat van
muggen die ook pathogenen mee kunnen dragen. Vleermuizen zijn een reservoir voor
,virussen zoals Sars-Cov2, MERS-CoV, Hendra- en Rabies virus. Dit is omdat middels
vliegen pathogenen over grote afstand verplaatst kunnen worden.
Virus basics: Entry, replication and exit; 2/1
Dit zijn de 3 dingen die het virus doet in haar levenscyclus. Virussen kunnen niet zelf
compleet vermenigvuldigen, ze kunnen geen eiwitten synthetiseren: ze moeten een andere
cel in om deze faciliteiten te kunnen gebruiken. Eerst de entry of a host: De huid is de
barrière tegen de buitenwereld, daarom komt een virus de gastheer binnen via de ogen
(Influenza- en Rhino-), mond (alle respiratoire virussen zoals influenza-, noro-, en meeste
herpes-), vagina/anus (HIV, HSV2, HPV) en mogelijke wonden. Huid via arthropoden
zoals dengue, mammalian rabies, naalden, HCV en HBV. Als een virus in een moeder is
kan het ook getransmitteerd worden in het ongeboren kind via de placenta (HIV, CMV,
Rubella-). Immunosurveillance is minder in anus dan vagina. Nu moet het virus een cel
infecteren, wij focussen alleen op dierlijke cellen. Het virus duwt als het ware tegen het
celmembraan, er volgt een insnoering en binnen afgesnoerd en het virus zit nu binnen in de
cel (endocytosis). Dit gebeurt middels een Trojan horse strategy: The victim assits the
intruder. Het virus doet net alsof het iets is wat de cel kan gebruiken door het gebruik van
een receptor molecuul van de host cell. Er zijn twwe typen viruses; envelop en zonder
envelop, hieruit volgen twee typen van entry; direct membrane fusion, na binding met de
receptor fuseert het vrius met het membraan en kan het viraal genoom de cel in, of
endocytosis. Soms beide opties. Virussen met een envelop hebben een stukje
celmembraan om hen heen, dit komt bij de exit als ze de cel verlaten en een deel van het
celmembraan meenemen, waarna hun eigen stekels hier doorheen steken. Tijdens het
produceren van de virale eiwitten worden de stekels middels membraantransport al tot
expressie gebracht op het membraan van de cel. Als een cel opblaast en zo de virus
particles weer vrij komen dan krijg je je naked virussen, zonder envelop. Rota virus lijkt
stekels te hebben, maar geen membraan. Naked viruses hebben vaak symmetrie. Entry
steps; Virus bindt aan een molecuul in het celmembraan, dit gebeurt aan een attachment
factor die vaak aspecifiek en algemeen is. Hierna kan de specifieke interactie met de
receptor eiwit plaatsvinden. Het virus kan bewegen over het membraan tewrijl het bliijft
binden aan de factoren tot het zijn receptor vind. Hierna worden signalerings pathways
geactiveerd of geïnternaliseerd. Virussen kiezen vaak een receptor die ene specifieke
signalering in beweging zet.
- HIV1 gebruikt mannose binding c-type lextin receptor family members, DC-sign of
L-sign. Het heeft meerdere factoren nodig voor het met CD4 kan binden waarna het
met CXCR4 of CCR5 kan binden.
In geenvelopde viruses, binnen de spikes van glycoproteïne aan de receptor. Bij virussen
zonder envelop zijn de structuren die receptoren binden projections of indentations in de
oppervlakte van de capsid. De specifieke cellulaire eiwit dat ene virus bind bepaald het
tropisme dat zelf kan leiden tot weefsel tropisme of host tropisme. Als een ubiquitous
eiwit wordt gebruikt kunnen vele cellen infecteren. HIV infecteert macrophage, maar geen
neuronen. Influenza longen, maar geen brein en Myxoma konijnen, maar geen mensen.
- HCV bind eerst de receptoren op een cel, waarna het virus-receptorcomplex in de cel
komt door endocytosis.
- HIV gaat via een G-coupled protein interactie and internalisatie en maakt gebruik van
de nucleaire poriën.
, Meeste DNA virussen en sommige RNA viruses gaan door het cytosol naar de nucleus waar
zij gaan repliceren. Ze moeten dus eerst door de nucleaire poriën of wachten op cel divisie
gezien dan het membraan om de kern afbreekt. Virussen kunnen ook infecteren met
mechanismen die waar geen aangrijpen tot cellen nodig is. Cell-cell fusion; In syncytia
kunnen virussen vrij bewegen, na opname door macrophage of dendritische cel wordt het
hele virus gepresenteerd aan CD4-Tcel waardoor het virus de CD4-Tcel kan infecteren.
Virussen repliceren in cytosol of kern, replicatie van het genoom wordt vaak gedaan door
een virus-encoded enzyme. Transcription is done by host polymerases en translatie van
een viraal RNA en eiwitten wordt gedaan door host
ribosomen.
Exit van een virus uit een cel kan via budding: enveloped
viruses. Het viraal genoom wordt omsloten in een viraal
capsid, het membraan eiwit met een transmembraandomein
leidt tot binding met de capsid. Nu werkt het als ene
exosoom, capsid wordt ingepakt door membraan en er is
budding waarna er afsnoering is en je een capsid met lipid
bilayer hebt met spikes. Virussen zorgen dat zij de hun host cell receptors waaraan het virus
downreguleren, of het virus maakt soort antilichamen tegen de receptor die ze zelf
uitscheiden om ervoor te zorgen dat na budding het virus weer niet direct bindt. De niet
envelop virussen gaat via cell lysis.
- HAV is een picornavirus: +ssRNA virus, 7470 nt genome. Sole species of the genus
Hepatovirus. It infects via the fecaal-orale route en zit in poep als naakt virus, maar
circuleert in het bloed met een envelop dat komt van host celmembraan.
Extracellular vesicles zijn natuurlijke lipid particles die worden vrijgegeven door vele cel
types. Exosomes zijn lipid bilayer extracellular vesicles die worden gesecreteerd door vele
cell types en wordt gebruikt om eiwitten of andere dingen naar cellen te transporteren. Via
deze routes kunnen viruses uitgescheiden worden. De 3 routes zijn dus budding,
enveloped. Lysis of cells, non-enveloped viruses in celkweek, maar dus ook via vesicles
dit gebeurt meer in het lichaam. Deze vesicles zijn infectieus. Virussen met een envelop
zijn instabieler door hun lipid bilayer, deze is gevoleig voor hitte en detergent → Ze zijn dus
makkelijk te steriliseren, moeten direct via host naar host overgedragen (zoals
bloedtransfusie of sex) worden en kunnen niet buiten een host overleven. Non enveloped
viruses zijn stabieler buiten de host, ze kunnen voor jaren in soil overleven (noro ). Hoe
groter je steekdichtheid van een envelopde cel, hoe stabieler ze zijn buiten de host.
Martinus Beijerinck; Deed filtratie-experimenten dat liet zien dat pathogenen een
infectieuze ziekte kunnen overdragen. Hier werd gebruikgemaakt van een porseleinen filter,
als de infectie drager werd tegengehouden door de filter is het een bacterie, maar in het
geval van Beijerinck ging de infectie drager door het filter heen. De ontdekking van het
virus. Elk levensvorm op aarde heeft zijn eigen virus, virussen hebben zelfs virussen. There
are no separate kingdoms for viruses as viruses did not descend from a single prehistoric
virus. Bacteriophagen zijn de meest voorkomende virussen. In het zeewater zitten 10^7
virus particles/ml, in de lucht tussen 1,7x10^6 - 4,0x10^7 per m3. De meest aanwezige
virussen zijn niet de virussen die mensen infecteren. Het virome: alle virussen in het
lichaam of een orgaan. Op de huid zit een hoge diversiteit aan virussen, de meeste op de
huid veroorzaken wratten. Polyoma, papilloma en circoviruses zijn op de huid. Virussen
worden geclassificeerd, belangrijkste is het genoom, (+ of -) ssRNA, dsRNA, ssDNA,
dsDNA. Symmetrie, envelop, gesegmenteerd genoom. Baltimore classificatie; type
genome en wijze van replicatie. Volgens NASA is leven: A self-sustained chemical system
capable of undergoing Darwinian evolution. Virussen zijn niet self-sustained, maar wel
evoluerend. Problemen met het maken van een virus tree; Verschillende soorten genomen,
geen gemeenschappelijke genen tussen alle virussen. Vele virussen en virus families
hebben wel eenschappelijke origine. Virussen zijn gemaakt van nucleotiden, eiwitten en
suikers, ze kunnen evolueren: aanpassen aan hun omgeving. Kleinste mens-infecterend
virus zijn circulerende dsDNA virus, de hepadnavirus zoals HBV met een genoom van 3kb,
kn gemeeleinste is circoviruses ssDNA zoals porcine circovirus 2 met een genoom van
1786 nt. Planten hebben viroids en virusoids, zijn ssRNA zonder eiwit coat en coderen niet
voor eiwitten maar zijn zelfreplicerend: Kleinste genoom van 220 nt RNA. Megaviridae zoals
megavirus en mimivirus hebben lineaire dsDNA met een genoom van >1mb, infecteren
amoeba. Hun genoom codeert voor 1120 eiwitten en 3 tRNAs. Grootste mens infecterende
virus is herpesvirus, lineare dsDNA en een genoom van 200kb. Mpox virus heeft een
genoom van 185600bp. RNA virussen kunnen geen groot genoom hebben omdat RNA een
instabiel molecuul is als het groot is. Grootste mens infecterend virus is coronaviruses,
33kb. Ook infidelity of RNA replication. RNA viruses zijn vaak gesegmenteerd zoals
influenza-, hanta- en rotavirus. Meeste virussen zijn pathogeen door het interfereren met
metabolisme van de cel en/of een immuunrespons opwekken. Proposed origins of
viruses, fossils from an ancient RNA world (Viroids, virusoids, RNA vrius), remnants from a
pre-cellular world (all), degenerate cells becoming parasitic (Megaviridae), escaped genes or
nuclei (DNA virus). Gezien de grote diversiteit tussen viruses kunnen ze allemaal waar zijn.
Andere theorie the butterfly vision: Virus infection transforms cells intro virus factories,
maybe the cellular phase of the virus is the real-life form, not the virion. Concluderend leven
behoren tot het domein der leven. Smallpox virus - Variola virus (VARV) veroorzaakt
blaasjes na het respiratoir infecteren wat blijkt op infectie. Edward Jenner in 1796
introduceerde het vaccineren met het cowpox virus wat in de zelfde familie zit als VARV.
Vaccinia virus (VACV) replaced cowpox virus as the vaccine. Zijn wij klaar voor een
herintroductie van smallpox? In Afrika zijn al wat uitbraken. Rabies is ook een ancient virus
dat een wereldwijd probleem veroorzaakt, vaak door een hondsdolle hond - honden worden
hedendaags gevaccineerd. Zoonose zijn pathgenen die we krijgen uit dieren, dit komt
steeds vaker voor door de verhogende wereldpopulatie, minder habitat voor wilde dieren en
dus dichter op mensen. Klimaatverandering leidt ook tot vergroting van de habitat van
muggen die ook pathogenen mee kunnen dragen. Vleermuizen zijn een reservoir voor
,virussen zoals Sars-Cov2, MERS-CoV, Hendra- en Rabies virus. Dit is omdat middels
vliegen pathogenen over grote afstand verplaatst kunnen worden.
Virus basics: Entry, replication and exit; 2/1
Dit zijn de 3 dingen die het virus doet in haar levenscyclus. Virussen kunnen niet zelf
compleet vermenigvuldigen, ze kunnen geen eiwitten synthetiseren: ze moeten een andere
cel in om deze faciliteiten te kunnen gebruiken. Eerst de entry of a host: De huid is de
barrière tegen de buitenwereld, daarom komt een virus de gastheer binnen via de ogen
(Influenza- en Rhino-), mond (alle respiratoire virussen zoals influenza-, noro-, en meeste
herpes-), vagina/anus (HIV, HSV2, HPV) en mogelijke wonden. Huid via arthropoden
zoals dengue, mammalian rabies, naalden, HCV en HBV. Als een virus in een moeder is
kan het ook getransmitteerd worden in het ongeboren kind via de placenta (HIV, CMV,
Rubella-). Immunosurveillance is minder in anus dan vagina. Nu moet het virus een cel
infecteren, wij focussen alleen op dierlijke cellen. Het virus duwt als het ware tegen het
celmembraan, er volgt een insnoering en binnen afgesnoerd en het virus zit nu binnen in de
cel (endocytosis). Dit gebeurt middels een Trojan horse strategy: The victim assits the
intruder. Het virus doet net alsof het iets is wat de cel kan gebruiken door het gebruik van
een receptor molecuul van de host cell. Er zijn twwe typen viruses; envelop en zonder
envelop, hieruit volgen twee typen van entry; direct membrane fusion, na binding met de
receptor fuseert het vrius met het membraan en kan het viraal genoom de cel in, of
endocytosis. Soms beide opties. Virussen met een envelop hebben een stukje
celmembraan om hen heen, dit komt bij de exit als ze de cel verlaten en een deel van het
celmembraan meenemen, waarna hun eigen stekels hier doorheen steken. Tijdens het
produceren van de virale eiwitten worden de stekels middels membraantransport al tot
expressie gebracht op het membraan van de cel. Als een cel opblaast en zo de virus
particles weer vrij komen dan krijg je je naked virussen, zonder envelop. Rota virus lijkt
stekels te hebben, maar geen membraan. Naked viruses hebben vaak symmetrie. Entry
steps; Virus bindt aan een molecuul in het celmembraan, dit gebeurt aan een attachment
factor die vaak aspecifiek en algemeen is. Hierna kan de specifieke interactie met de
receptor eiwit plaatsvinden. Het virus kan bewegen over het membraan tewrijl het bliijft
binden aan de factoren tot het zijn receptor vind. Hierna worden signalerings pathways
geactiveerd of geïnternaliseerd. Virussen kiezen vaak een receptor die ene specifieke
signalering in beweging zet.
- HIV1 gebruikt mannose binding c-type lextin receptor family members, DC-sign of
L-sign. Het heeft meerdere factoren nodig voor het met CD4 kan binden waarna het
met CXCR4 of CCR5 kan binden.
In geenvelopde viruses, binnen de spikes van glycoproteïne aan de receptor. Bij virussen
zonder envelop zijn de structuren die receptoren binden projections of indentations in de
oppervlakte van de capsid. De specifieke cellulaire eiwit dat ene virus bind bepaald het
tropisme dat zelf kan leiden tot weefsel tropisme of host tropisme. Als een ubiquitous
eiwit wordt gebruikt kunnen vele cellen infecteren. HIV infecteert macrophage, maar geen
neuronen. Influenza longen, maar geen brein en Myxoma konijnen, maar geen mensen.
- HCV bind eerst de receptoren op een cel, waarna het virus-receptorcomplex in de cel
komt door endocytosis.
- HIV gaat via een G-coupled protein interactie and internalisatie en maakt gebruik van
de nucleaire poriën.
, Meeste DNA virussen en sommige RNA viruses gaan door het cytosol naar de nucleus waar
zij gaan repliceren. Ze moeten dus eerst door de nucleaire poriën of wachten op cel divisie
gezien dan het membraan om de kern afbreekt. Virussen kunnen ook infecteren met
mechanismen die waar geen aangrijpen tot cellen nodig is. Cell-cell fusion; In syncytia
kunnen virussen vrij bewegen, na opname door macrophage of dendritische cel wordt het
hele virus gepresenteerd aan CD4-Tcel waardoor het virus de CD4-Tcel kan infecteren.
Virussen repliceren in cytosol of kern, replicatie van het genoom wordt vaak gedaan door
een virus-encoded enzyme. Transcription is done by host polymerases en translatie van
een viraal RNA en eiwitten wordt gedaan door host
ribosomen.
Exit van een virus uit een cel kan via budding: enveloped
viruses. Het viraal genoom wordt omsloten in een viraal
capsid, het membraan eiwit met een transmembraandomein
leidt tot binding met de capsid. Nu werkt het als ene
exosoom, capsid wordt ingepakt door membraan en er is
budding waarna er afsnoering is en je een capsid met lipid
bilayer hebt met spikes. Virussen zorgen dat zij de hun host cell receptors waaraan het virus
downreguleren, of het virus maakt soort antilichamen tegen de receptor die ze zelf
uitscheiden om ervoor te zorgen dat na budding het virus weer niet direct bindt. De niet
envelop virussen gaat via cell lysis.
- HAV is een picornavirus: +ssRNA virus, 7470 nt genome. Sole species of the genus
Hepatovirus. It infects via the fecaal-orale route en zit in poep als naakt virus, maar
circuleert in het bloed met een envelop dat komt van host celmembraan.
Extracellular vesicles zijn natuurlijke lipid particles die worden vrijgegeven door vele cel
types. Exosomes zijn lipid bilayer extracellular vesicles die worden gesecreteerd door vele
cell types en wordt gebruikt om eiwitten of andere dingen naar cellen te transporteren. Via
deze routes kunnen viruses uitgescheiden worden. De 3 routes zijn dus budding,
enveloped. Lysis of cells, non-enveloped viruses in celkweek, maar dus ook via vesicles
dit gebeurt meer in het lichaam. Deze vesicles zijn infectieus. Virussen met een envelop
zijn instabieler door hun lipid bilayer, deze is gevoleig voor hitte en detergent → Ze zijn dus
makkelijk te steriliseren, moeten direct via host naar host overgedragen (zoals
bloedtransfusie of sex) worden en kunnen niet buiten een host overleven. Non enveloped
viruses zijn stabieler buiten de host, ze kunnen voor jaren in soil overleven (noro ). Hoe
groter je steekdichtheid van een envelopde cel, hoe stabieler ze zijn buiten de host.
