FA-MA201 SAMENVATTING ALLE
HOORCOLLEGES
Inhoud
Hoorcollege 1 – Structuur en Stabiliteit ...................................................................... 2
Hoorcollege 2 – Regelgeving therapeutische eiwitten ................................................ 21
Hoorcollege 3 – Analyse van therapeutische eiwitten ................................................ 33
Hoorcollege 4 - PK/PD van monoclonale antistoffen deel 1: structuur-activiteitsrelaties
............................................................................................................................. 65
Hoorcollege PK/PD – Deel 2 .................................................................................... 91
1
,Hoorcollege 1 – Structuur en Stabiliteit
Aminozuren:
Een eiwit bestaat uit aminozuren. Een aminozuur is een centraal koolstof atoom = alfa
aminozuren waaraan een aminogroep aan vast zit en waar een carboxylgroep aan vast
zit. Een enkel aminozuur kent ook nog een R- groep. Een aminozuur is gekoppeld aan
een andere aminozuur via de carboxyl-groep van de ene aminozuur en de aminogroep
van de ander en dat wordt dan een amide -> dit is dan een andere functionele groep met
een andere eigenschap. De andere eigenschappen resulteren uiteindelijk weer een
overal eigenschappen van het eiwit.
We herkennen ook een N en C terminus. En de volgorde van de aminozuren bepalen
waar de N terminus zit en de C terminus. Het is een afspraak dat de eerste aminozuur,
het aminozuur dat links staat = N-terminale aminozuur is. En het aminozuur dat
helemaal rechts staat, het laatste aminozuur, is het C-terminale aminozuur. Het eerste
aminozuur heeft een vrije aminogroep = N-terminale aminozuur, en het laatste heeft een
C-terminale aminozuur, carbonzuur.
Natuurlijke aminozuren zijn alfa-aminozuren. Dat betekent dat tussen de koolstof
atomen van de carboxylgroep en de stikstof atoom van de aminogroep 1 koolstof atoom
zit. Zit er 2 koolstof atomen tussen de carboxylgroep en de aminogroep dan wordt het
een bèta-aminozuur. Zit er 3 koolstof atomen dan wordt het gamma-aminozuur → die
zijn chemisch toegankelijk, en kunnen soms ook in normale peptiden ingebouwd
worden om ter bevordering van de stabiliteit. Maar alfa-aminozuren kennen hun
oorsprong op het DNA -> en daar kennen we 20 verschillende van omdat ze verschillen
van de R-groep.
Zie afbeelding: het koolstof atoom heeft een aminogroep en carboxylgroep, R-groep en
waterstof. Dat betekent dat als R-groep niet gelijk is aan waterstof, dat daar een chiraal
koolstof atoom is = dat er is dus een zogenaamd sp3 gehybridiseerd koolstof atoom is,
een ruimtelijke oriëntatie heeft, we onderscheiden L- en D-aminozuren (de natuurlijke
aminozuren zijn L), we onderscheiden R- en S-configuratie. Van de 20 aminozuren zijn er
19 die chiraal zijn, en 18 daarvan hebben ze de S-configuratie en 1 daarvan heeft de R-
configuratie. En ze zijn allemaal L-aminozuren.
2
,Aminozuren (uitzondering glycine) zijn chiraal -> dat we dus de target (proteïne, peptide,
receptor, enzym) is dus ook chiraal. De chiraliteit bepaalt in hoeverre de optimale
interactie is, en het bepaalt ook de opvouwing = 3d structuur.
De zijketen van de aminozuur bepaalt de bijdrage aan eigenschappen van het eiwit. De
aminogroep en de carboxylgroep zijn betrokken bij de vorming van de peptide keten, ze
zijn betrokken bij de amide vorming. En dan is dus de zijketen daarvan verantwoordelijk
voor de eigenschap die het heeft.
- Alanine zijketen is CH3 -> dit is hydrofoob, wilt in vette omgeving zitten en wilt
niet graag in water.
- Als je gaat van alanine naar leucine dan ga je steeds lipofieler.
- Proline is het enige cyclus aminozuur.
- De onderstaande lijst bestaat uit hydrofobe aminozuren.
3
, De onderstaande aminozuren hebben een polaire zijketen.
- Serine: heeft een alcohol als zijketen -> waterstofbruggen vormen en interacties
aangaan = polair
- Tyrosine = aromatische alcohol, fenol -> kan bij hele hoge pH (ca. pH 10)
deprotoneren = lading introduceren.
- Asparagine = amide als zijketen.
- Cysteïne: is een bijzondere aminozuur omdat het het enige aminozuur dat in
covalente zijketen-zijketen interacties kan aangaan via de S-S brug. En voor de
stabiliteit van de eiwitten speelt dat een belangrijke rol.
4
HOORCOLLEGES
Inhoud
Hoorcollege 1 – Structuur en Stabiliteit ...................................................................... 2
Hoorcollege 2 – Regelgeving therapeutische eiwitten ................................................ 21
Hoorcollege 3 – Analyse van therapeutische eiwitten ................................................ 33
Hoorcollege 4 - PK/PD van monoclonale antistoffen deel 1: structuur-activiteitsrelaties
............................................................................................................................. 65
Hoorcollege PK/PD – Deel 2 .................................................................................... 91
1
,Hoorcollege 1 – Structuur en Stabiliteit
Aminozuren:
Een eiwit bestaat uit aminozuren. Een aminozuur is een centraal koolstof atoom = alfa
aminozuren waaraan een aminogroep aan vast zit en waar een carboxylgroep aan vast
zit. Een enkel aminozuur kent ook nog een R- groep. Een aminozuur is gekoppeld aan
een andere aminozuur via de carboxyl-groep van de ene aminozuur en de aminogroep
van de ander en dat wordt dan een amide -> dit is dan een andere functionele groep met
een andere eigenschap. De andere eigenschappen resulteren uiteindelijk weer een
overal eigenschappen van het eiwit.
We herkennen ook een N en C terminus. En de volgorde van de aminozuren bepalen
waar de N terminus zit en de C terminus. Het is een afspraak dat de eerste aminozuur,
het aminozuur dat links staat = N-terminale aminozuur is. En het aminozuur dat
helemaal rechts staat, het laatste aminozuur, is het C-terminale aminozuur. Het eerste
aminozuur heeft een vrije aminogroep = N-terminale aminozuur, en het laatste heeft een
C-terminale aminozuur, carbonzuur.
Natuurlijke aminozuren zijn alfa-aminozuren. Dat betekent dat tussen de koolstof
atomen van de carboxylgroep en de stikstof atoom van de aminogroep 1 koolstof atoom
zit. Zit er 2 koolstof atomen tussen de carboxylgroep en de aminogroep dan wordt het
een bèta-aminozuur. Zit er 3 koolstof atomen dan wordt het gamma-aminozuur → die
zijn chemisch toegankelijk, en kunnen soms ook in normale peptiden ingebouwd
worden om ter bevordering van de stabiliteit. Maar alfa-aminozuren kennen hun
oorsprong op het DNA -> en daar kennen we 20 verschillende van omdat ze verschillen
van de R-groep.
Zie afbeelding: het koolstof atoom heeft een aminogroep en carboxylgroep, R-groep en
waterstof. Dat betekent dat als R-groep niet gelijk is aan waterstof, dat daar een chiraal
koolstof atoom is = dat er is dus een zogenaamd sp3 gehybridiseerd koolstof atoom is,
een ruimtelijke oriëntatie heeft, we onderscheiden L- en D-aminozuren (de natuurlijke
aminozuren zijn L), we onderscheiden R- en S-configuratie. Van de 20 aminozuren zijn er
19 die chiraal zijn, en 18 daarvan hebben ze de S-configuratie en 1 daarvan heeft de R-
configuratie. En ze zijn allemaal L-aminozuren.
2
,Aminozuren (uitzondering glycine) zijn chiraal -> dat we dus de target (proteïne, peptide,
receptor, enzym) is dus ook chiraal. De chiraliteit bepaalt in hoeverre de optimale
interactie is, en het bepaalt ook de opvouwing = 3d structuur.
De zijketen van de aminozuur bepaalt de bijdrage aan eigenschappen van het eiwit. De
aminogroep en de carboxylgroep zijn betrokken bij de vorming van de peptide keten, ze
zijn betrokken bij de amide vorming. En dan is dus de zijketen daarvan verantwoordelijk
voor de eigenschap die het heeft.
- Alanine zijketen is CH3 -> dit is hydrofoob, wilt in vette omgeving zitten en wilt
niet graag in water.
- Als je gaat van alanine naar leucine dan ga je steeds lipofieler.
- Proline is het enige cyclus aminozuur.
- De onderstaande lijst bestaat uit hydrofobe aminozuren.
3
, De onderstaande aminozuren hebben een polaire zijketen.
- Serine: heeft een alcohol als zijketen -> waterstofbruggen vormen en interacties
aangaan = polair
- Tyrosine = aromatische alcohol, fenol -> kan bij hele hoge pH (ca. pH 10)
deprotoneren = lading introduceren.
- Asparagine = amide als zijketen.
- Cysteïne: is een bijzondere aminozuur omdat het het enige aminozuur dat in
covalente zijketen-zijketen interacties kan aangaan via de S-S brug. En voor de
stabiliteit van de eiwitten speelt dat een belangrijke rol.
4
