Zelfgemaakte cursus: Bio-informatica -> leerpaden + lessen (S. Vermeulen)
Mareel M. opzoeken via Pubmed
Dan vinden we dus dit. Een vraag zou kunnen
zijn hoeveel publicaties hij al op zijn naam
heeft. (rood)
Als je wil zoeken hoeveel hij er in een bepaald
jaartal heeft gepubliceerd dan zet je gewoon
het jaartal achter de punt van zijn naam.
Vraag: wat is de meest recente review van
Mareel M.? -> achter zijn punt van zijn naam
typen we dan gewoon “review” en de meest
recente verschijnt bovenaan.
Het meest recente artikel vind je door bovenaan te kijken. Hier verschijnt direct het meest recente artikel.
Opmerking: termen moeten altijd in het Engels worden getypt dus ga deze eerst vertalen via translate.
Opmerking: het aantal per jaar kan ook worden gezien door op de grafiek links te kijken bij het juiste jaartal. Dit
is meestal juister want als je het bovenaan intypt kan het zijn dat 2007 ook gewoon een woord of pagina is.
Vraag: Zoek op NCBI alle informatie op rond lysosomale opslag ziekten (google translate : lysosomal storage
disorder). Zoek de artikels van Reuser op waarbij hij eerste auteur is? -> typen in de zoekbalk “lysosomal
storage disorder Reuser” Hierna kan ook nog het jaartal als je het jaar nog wil weten.
➢ GAA intypen in NCBI bij all databeses
➢ Een synoniem voor deze naam staat bij
“also known as”
➢ Je kan ook verder naar beneden scrollen
als je het hebt opgezocht en dan zie je hoeveel keer
in welke database voorkomt.
Bij rood vinden we dan de
referentiesequenties terug van dit gen.
, Dan bekomen we dus dit als we op de
referentiesequenties hebben geklikt.
Het cijfer achter het punt van de sequenties
staat voor de versie. (zwart)
Wij moeten altijd gebruik maken van de langste
transcriptvariant, dus altijd goed kijken bij
discription wat de langste is. (groen)
Dit zullen we dan krijgen als we op de langste sequentie
hebben geklikt.
Hier kan je de locus vinden, hoe lang de sequentie is in
basenparen, wanneer deze is geüpdatet, het
accessienummer, …
Meer naar onder scrollen zie je eerst de vertaalde sequentie
(KLDENDOENF) en daarna de normale sequentie (ctag) maar
deze bevat veel spaties als je die wil kopiëren.
Helemaal bovenaan vinden we deze knop om de sequentie weer te geven in een
makkelijk kopieerbare tekst.
Bovenste lijn mag daarbij altijd meegekopieerd worden.
Volgende opdracht.
, We gaan dit dus gewoon zo intypen in de zoekbalk. Als hij dus een vraag
stelt over een gen in een ander species dan homo sapiens dan gewoon het
species achter dit gen typen.
Als GAA gewoon wordt ingetypt dan krijgen we gewoon homo sapiens.
Beetje naar onder scrollen en je ziet dit.
De dunne lijntjes zijn de intronen en de
dikke stukjes zijn de exonen. Hier vindt je
specifieke informatie over dit gen.
Hier kan je de genomische locatie van het
gen vinden (groen) en de plaats van het
chromosoom (zwart).
Mareel M. opzoeken via Pubmed
Dan vinden we dus dit. Een vraag zou kunnen
zijn hoeveel publicaties hij al op zijn naam
heeft. (rood)
Als je wil zoeken hoeveel hij er in een bepaald
jaartal heeft gepubliceerd dan zet je gewoon
het jaartal achter de punt van zijn naam.
Vraag: wat is de meest recente review van
Mareel M.? -> achter zijn punt van zijn naam
typen we dan gewoon “review” en de meest
recente verschijnt bovenaan.
Het meest recente artikel vind je door bovenaan te kijken. Hier verschijnt direct het meest recente artikel.
Opmerking: termen moeten altijd in het Engels worden getypt dus ga deze eerst vertalen via translate.
Opmerking: het aantal per jaar kan ook worden gezien door op de grafiek links te kijken bij het juiste jaartal. Dit
is meestal juister want als je het bovenaan intypt kan het zijn dat 2007 ook gewoon een woord of pagina is.
Vraag: Zoek op NCBI alle informatie op rond lysosomale opslag ziekten (google translate : lysosomal storage
disorder). Zoek de artikels van Reuser op waarbij hij eerste auteur is? -> typen in de zoekbalk “lysosomal
storage disorder Reuser” Hierna kan ook nog het jaartal als je het jaar nog wil weten.
➢ GAA intypen in NCBI bij all databeses
➢ Een synoniem voor deze naam staat bij
“also known as”
➢ Je kan ook verder naar beneden scrollen
als je het hebt opgezocht en dan zie je hoeveel keer
in welke database voorkomt.
Bij rood vinden we dan de
referentiesequenties terug van dit gen.
, Dan bekomen we dus dit als we op de
referentiesequenties hebben geklikt.
Het cijfer achter het punt van de sequenties
staat voor de versie. (zwart)
Wij moeten altijd gebruik maken van de langste
transcriptvariant, dus altijd goed kijken bij
discription wat de langste is. (groen)
Dit zullen we dan krijgen als we op de langste sequentie
hebben geklikt.
Hier kan je de locus vinden, hoe lang de sequentie is in
basenparen, wanneer deze is geüpdatet, het
accessienummer, …
Meer naar onder scrollen zie je eerst de vertaalde sequentie
(KLDENDOENF) en daarna de normale sequentie (ctag) maar
deze bevat veel spaties als je die wil kopiëren.
Helemaal bovenaan vinden we deze knop om de sequentie weer te geven in een
makkelijk kopieerbare tekst.
Bovenste lijn mag daarbij altijd meegekopieerd worden.
Volgende opdracht.
, We gaan dit dus gewoon zo intypen in de zoekbalk. Als hij dus een vraag
stelt over een gen in een ander species dan homo sapiens dan gewoon het
species achter dit gen typen.
Als GAA gewoon wordt ingetypt dan krijgen we gewoon homo sapiens.
Beetje naar onder scrollen en je ziet dit.
De dunne lijntjes zijn de intronen en de
dikke stukjes zijn de exonen. Hier vindt je
specifieke informatie over dit gen.
Hier kan je de genomische locatie van het
gen vinden (groen) en de plaats van het
chromosoom (zwart).
