Inhoud
1. Inleiding ............................................................................................................................................... 2
2. Hoe microbiota bestuderen ................................................................................................................ 2
3. Nieuwe inzichten ................................................................................................................................. 4
4. Het vaginale microbioom .................................................................................................................... 4
Klinische diagnose van bacteriële vaginosis (BV) = Amsel criteria ...................................................... 6
Nugent score van Gram-gekleurde vaginale uitstrijkjes (zie ook practicum!) .................................... 6
Waarom hebben sommige vrouwen met Gardnerella vaginalis GEEN symptomen?......................... 6
Sommige vrouwen met BV hebben een BIOFILM op hun vaginale mucosa ....................................... 7
Lactobacillus crispatus......................................................................................................................... 8
Het vaginaal microbioom kan zeer dynamisch zijn ............................................................................. 8
De behandeling van BV ....................................................................................................................... 9
5. BV en SEQUELAE (onrechtstreekse gezondheidsgevolgen) .............................................................. 10
Vroeggeboorte (PTB) → neonatale sterfte ....................................................................................... 10
SOA’s; seksueel overdraagbare aandoening (= STI; sexually transmitted infection) ........................ 11
6. Mijn eerste bacteriën ........................................................................................................................ 13
Factoren die het neonatale microbioom vormen ............................................................................. 14
7. Het darmmicrobioom ........................................................................................................................ 14
Gerelateerde ziektes ......................................................................................................................... 15
The gut-brain axis .............................................................................................................................. 15
De vaginale microbiota in communicatie .......................................................................................... 16
8. Microbioom transplantaties .............................................................................................................. 16
9. Microbioom en kanker ...................................................................................................................... 17
Darmmicrobioom en borstkanker? ................................................................................................... 17
HPV en baarmoederhalskanker (=cervicale kanker) ......................................................................... 17
HPV16 en HPV18 zijn de meest prevalente hoog-risico (HR) HPV types ...................................... 17
Van HPV infectie tot baarmoederhalskanker ................................................................................ 18
Meta-analyses: BV en HPV ............................................................................................................ 18
1
,Les 5: microbiomen
1. Inleiding
• Microbiome = hele habitat, inclusief de micro-organismen (bacteriën, archaea, lagere en
hogere eukaryoten en virussen), hun genomen (dwz genen) en de
omgevingsomstandigheden
• Microbiota = verzameling micro-organismen aanwezig in een gedefinieerde omgeving
• Metagenomics = verzameling van genomen en genen van de leden van een microbiota
• Microflora = wordt niet meer gebruikt
• Flora =
2. Hoe microbiota bestuderen
• Microscopie
o Antoni Van Leeuwenhoek
• Kweken/cultiveren
o Robert Koch
o Maar heel veel diversiteit gaat verloren op voedingsbodem
Daarom is men overgeschakeld naar:
• Metagenomische karakterisatie van een microbioom
o DNA wordt geëxtraheerd uit klinisch staal en alle sequenties aanwezig in staal
worden bepaald
2
, o 16S rRNA gen: bacterieel deel van het microbioom (bacterioom)
▪ Maw: deel van genoom dat in elke bacterie aanwezig is !
▪ Heeft regio’s die identiek zijn voor elke bacterie met daartussen variabele
regio’s (elk species heeft unieke sequentie)
➢ Met geconserveerde regio’s kan men via PCR het deel dat ertussen
ligt amplificeren
➢ Hoe meer variabele regio’s je sequeneert, hoe meer informatie je
krijgt over identiteit van micro-organisme
▪ Read length = lengte van stuk dat je sequeneert -> hoe meer read length,
hoe meer informatie
▪ Depth = diepte van sequeneren (bv. 100 000 vs 1 biljard) -> hangt af van
complexiteit van samenstelling klinisch staal
▪ Je hebt altijd bias door je technologie
Hoe hoger y-as,
hoe meer variatie in
bepaalde regio overheen
bacteriële species
o Nex-generation Sequencing
o MinION Oxford Nanopore Sequencing
o Selective Sequencing
3
1. Inleiding ............................................................................................................................................... 2
2. Hoe microbiota bestuderen ................................................................................................................ 2
3. Nieuwe inzichten ................................................................................................................................. 4
4. Het vaginale microbioom .................................................................................................................... 4
Klinische diagnose van bacteriële vaginosis (BV) = Amsel criteria ...................................................... 6
Nugent score van Gram-gekleurde vaginale uitstrijkjes (zie ook practicum!) .................................... 6
Waarom hebben sommige vrouwen met Gardnerella vaginalis GEEN symptomen?......................... 6
Sommige vrouwen met BV hebben een BIOFILM op hun vaginale mucosa ....................................... 7
Lactobacillus crispatus......................................................................................................................... 8
Het vaginaal microbioom kan zeer dynamisch zijn ............................................................................. 8
De behandeling van BV ....................................................................................................................... 9
5. BV en SEQUELAE (onrechtstreekse gezondheidsgevolgen) .............................................................. 10
Vroeggeboorte (PTB) → neonatale sterfte ....................................................................................... 10
SOA’s; seksueel overdraagbare aandoening (= STI; sexually transmitted infection) ........................ 11
6. Mijn eerste bacteriën ........................................................................................................................ 13
Factoren die het neonatale microbioom vormen ............................................................................. 14
7. Het darmmicrobioom ........................................................................................................................ 14
Gerelateerde ziektes ......................................................................................................................... 15
The gut-brain axis .............................................................................................................................. 15
De vaginale microbiota in communicatie .......................................................................................... 16
8. Microbioom transplantaties .............................................................................................................. 16
9. Microbioom en kanker ...................................................................................................................... 17
Darmmicrobioom en borstkanker? ................................................................................................... 17
HPV en baarmoederhalskanker (=cervicale kanker) ......................................................................... 17
HPV16 en HPV18 zijn de meest prevalente hoog-risico (HR) HPV types ...................................... 17
Van HPV infectie tot baarmoederhalskanker ................................................................................ 18
Meta-analyses: BV en HPV ............................................................................................................ 18
1
,Les 5: microbiomen
1. Inleiding
• Microbiome = hele habitat, inclusief de micro-organismen (bacteriën, archaea, lagere en
hogere eukaryoten en virussen), hun genomen (dwz genen) en de
omgevingsomstandigheden
• Microbiota = verzameling micro-organismen aanwezig in een gedefinieerde omgeving
• Metagenomics = verzameling van genomen en genen van de leden van een microbiota
• Microflora = wordt niet meer gebruikt
• Flora =
2. Hoe microbiota bestuderen
• Microscopie
o Antoni Van Leeuwenhoek
• Kweken/cultiveren
o Robert Koch
o Maar heel veel diversiteit gaat verloren op voedingsbodem
Daarom is men overgeschakeld naar:
• Metagenomische karakterisatie van een microbioom
o DNA wordt geëxtraheerd uit klinisch staal en alle sequenties aanwezig in staal
worden bepaald
2
, o 16S rRNA gen: bacterieel deel van het microbioom (bacterioom)
▪ Maw: deel van genoom dat in elke bacterie aanwezig is !
▪ Heeft regio’s die identiek zijn voor elke bacterie met daartussen variabele
regio’s (elk species heeft unieke sequentie)
➢ Met geconserveerde regio’s kan men via PCR het deel dat ertussen
ligt amplificeren
➢ Hoe meer variabele regio’s je sequeneert, hoe meer informatie je
krijgt over identiteit van micro-organisme
▪ Read length = lengte van stuk dat je sequeneert -> hoe meer read length,
hoe meer informatie
▪ Depth = diepte van sequeneren (bv. 100 000 vs 1 biljard) -> hangt af van
complexiteit van samenstelling klinisch staal
▪ Je hebt altijd bias door je technologie
Hoe hoger y-as,
hoe meer variatie in
bepaalde regio overheen
bacteriële species
o Nex-generation Sequencing
o MinION Oxford Nanopore Sequencing
o Selective Sequencing
3
