Volledige samenvatting hoofdstuk 7 Methoden in het biomedisch onderzoek 3

Contents
7. Data-analyse en Databanken..............................................................................................................2
7.1. Literatuur.....................................................................................................................................2
7.1.2. Data repositoria....................................................................................................................2
7.1.3. Data platformen....................................................................................................................2
7.2. Data-analyse................................................................................................................................3
7.2.1. Annotatie van genlijsten.......................................................................................................3
7.2.2. Interactienetwerken (3.4.4.2.)..............................................................................................4
7.2.3. Structuuranalyse van biomoleculen (3.4.4.3.)......................................................................4

, 7. Data-analyse en Databanken
Vroeger bottle neck om data te generenen  Nu bottle neck om date te verwerken.

7.1. Literatuur
Pubmed & web of science: Peer reviewed artikels (onderzoek artikels en literatuuroverzichten
(reviews))

Sci-hub: Gratis toegang tot gepubliceerde artikels  normaal betalend in tijdscrhiften.

 erg controversieel!

Google scholar: peer reviewed artikels & zeer recente artikels

Preprint servers: Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben  kwaliteit zeer
variabel! Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen.

JoVE (Journal of Visualized Experiments): Peer reviewed video’s van methoden en protocollen,
slechts beperkt gratis.

Patenten (= octrooien):

- Een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding
- Omvat ook een publicatie van de uitvinding
- Te bekijken in specifieke databanken (bv. Espacenet, The lens, etc.)

7.1.2. Data repositoria
- Data portalen van waarop ‘ruwe’ (= nog niet geanalyseerde) data kunnen worden
gedownload
- Zoeken via ‘accesion number’ uit publicatie of via zoektermen
- Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen

GEO (Gene Expressio Omnibus): RNA expressie datasets

PRIDE database: Maasa spectrometrie proteomics datasets

PDB (Protein Data Bank): 3D structuurinformatie van eiwitten



7.1.3. Data platformen
- Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel
attractieve manier
- Laat toe om zaken gemakkelijker op te zoeken

7.1.3.1. DNA
Genome browsers:

- Ensembl, UCSC
- Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, etc. van een gen opzoeken
- Data ENCODE (ENcyClopedia Of DNA Elements) raadplegen

Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen

Ziektegenen:

- OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man):