TECHNIEK genetische analyse kleine WAT VOORDELEN EN NADELEN TOEPASSINGEN
DNA veranderingen
Sanger sequencing Detectie SNVs en kleine inserties en - Goedkoop Detectie van kleine genetische
deleties. - Voor kleine genen en beperkt varianten zoals SNV en kleine
Gebruik maken van 96 en 384 well aantal patiënten de perfecte inserties en deleties.
platen -> binnen 24u 10 tallen techniek
sequencen. - Hoge sensitiviteit Genoom/transcriptoom
Meestal voorafgegaan door PCR Tijdsrovend bij groot aantal
reactie en enzymatische opzuivering genen
van PCR product
1. PCR reactie voor amplificatie van
exon
2. reverse transcriptase PCR -> mRNA
sequencen
Whole exome sequencing Exoom = coderende regio’s van het Beperkte sensitiviteit 1. ziektebeelden waar nog geen
genoom (ziekmakend gen kan in niet- ziekteveroorzakende genen voor
Detectie van kleine varianten (SNVs, coderende gebieden liggen of gevonden zijn
indels, CNV van 10bp tot enkel exon) niet alle genen/exonen zijn 2. ziektebeelden voor groot aantal
aanwezig in het gesequencte ziekteveroorzakende genen
gebied) 3. patiënt met onduidelijk
Duur ziektebeeld
Tijdrovend
Whole genome sequencing Vorm van NGS -> detectie van SNV’s, Duurder dan whole exome - Complexe rearrangement
CNV (beter dan WES), indels sequencing CNV’s
Geen aanrijking nodig voor WGS - - Regulatorische varianten
> prijs is bepaald door sequentie
en analysekost -> prijzen gaan
sneller dalen dan WES
Gen panel sequencing NGS uit voeren voor middelgrote set - Goedkoper dan WES 1. groot aantal kandidaat genen
van genen. - Hogere sensitiviteit dan WES analyseren voor mutaties
Detectie van kleine varianten (SNVs, - Wordt gebruikt als het aantal 2. groot aantal patiënten
indels, CNV van 10bp tot enkel exon) genen te omvangrijk is voor screenen voor beperkte/groot
sanger sequencing aantal set genen
, 3. diagnose van genetisch
heterogene ziektes
RNA sequencing Toegepast voor onderzoek en niet Volledig transcriptoom 1. differentiële expressie
om genetische varianten op te analyseren o.b.v. kwalitatieve en 2. splice site varianten
sporen. kwantitatieve info over 3. de novo transcript sequencing
Effect van splice site variant op RNA genexpressie en alternative
niveau onderzoeken. splicing
Variant interpretatie Zie onderaan
Bisulfiet sequencing Gebruikt bij epigenetica Methylatie opsporen wat bij NGS Methylatie van CpG eilanden thv
-> conversie van C -> U door DNA te en sanger sequencing niet kan promotorregio’s bekijken
behandelen met bisulfiet
-> gevolgd door PCR -> sanger Methylatie bij oorzaak van
sequencing om gemethyleerde C’s op ziektes:
te sporen -> imprinting ziektes
-> epigenetische inactivatie door
tumor supressor gen
DNA veranderingen
Sanger sequencing Detectie SNVs en kleine inserties en - Goedkoop Detectie van kleine genetische
deleties. - Voor kleine genen en beperkt varianten zoals SNV en kleine
Gebruik maken van 96 en 384 well aantal patiënten de perfecte inserties en deleties.
platen -> binnen 24u 10 tallen techniek
sequencen. - Hoge sensitiviteit Genoom/transcriptoom
Meestal voorafgegaan door PCR Tijdsrovend bij groot aantal
reactie en enzymatische opzuivering genen
van PCR product
1. PCR reactie voor amplificatie van
exon
2. reverse transcriptase PCR -> mRNA
sequencen
Whole exome sequencing Exoom = coderende regio’s van het Beperkte sensitiviteit 1. ziektebeelden waar nog geen
genoom (ziekmakend gen kan in niet- ziekteveroorzakende genen voor
Detectie van kleine varianten (SNVs, coderende gebieden liggen of gevonden zijn
indels, CNV van 10bp tot enkel exon) niet alle genen/exonen zijn 2. ziektebeelden voor groot aantal
aanwezig in het gesequencte ziekteveroorzakende genen
gebied) 3. patiënt met onduidelijk
Duur ziektebeeld
Tijdrovend
Whole genome sequencing Vorm van NGS -> detectie van SNV’s, Duurder dan whole exome - Complexe rearrangement
CNV (beter dan WES), indels sequencing CNV’s
Geen aanrijking nodig voor WGS - - Regulatorische varianten
> prijs is bepaald door sequentie
en analysekost -> prijzen gaan
sneller dalen dan WES
Gen panel sequencing NGS uit voeren voor middelgrote set - Goedkoper dan WES 1. groot aantal kandidaat genen
van genen. - Hogere sensitiviteit dan WES analyseren voor mutaties
Detectie van kleine varianten (SNVs, - Wordt gebruikt als het aantal 2. groot aantal patiënten
indels, CNV van 10bp tot enkel exon) genen te omvangrijk is voor screenen voor beperkte/groot
sanger sequencing aantal set genen
, 3. diagnose van genetisch
heterogene ziektes
RNA sequencing Toegepast voor onderzoek en niet Volledig transcriptoom 1. differentiële expressie
om genetische varianten op te analyseren o.b.v. kwalitatieve en 2. splice site varianten
sporen. kwantitatieve info over 3. de novo transcript sequencing
Effect van splice site variant op RNA genexpressie en alternative
niveau onderzoeken. splicing
Variant interpretatie Zie onderaan
Bisulfiet sequencing Gebruikt bij epigenetica Methylatie opsporen wat bij NGS Methylatie van CpG eilanden thv
-> conversie van C -> U door DNA te en sanger sequencing niet kan promotorregio’s bekijken
behandelen met bisulfiet
-> gevolgd door PCR -> sanger Methylatie bij oorzaak van
sequencing om gemethyleerde C’s op ziektes:
te sporen -> imprinting ziektes
-> epigenetische inactivatie door
tumor supressor gen
