Algemene biochemie: onderdeel nucleotiden en nucleïnezuren
Nucleotiden en nucleïnezuren
Structuur van DNA
B-DNA A-DNA Z-DNA
Biologisch meest relevant Conformationele verandering van B- Stabilisatie door hoge
DNA (reversibel) zoutconcentraties
Rechtsdraaiend rechtsdraaiend linksdraaiend
Baseparen aan kern helix en Basepaarvlakken 20° gekanteld Zigzag patroon
fosfaat ruggengraad buitenkant
Major groeve en minor groeve Smalle major groeve en brede minor Diepe minor groeve (amper/ geen
axiale holte major groeve)
Anti bindingen Anti bindingen Anti – bindingen : pyrimidines
Syn-bindingen: purines
Torsiehoeken rond glycosidebindingen kunnen 2 algemene conformaties aannemen syn en anti
Purines kunnen beide conformaties aannemen
Pyrimidines kunnen enkel een stabiele anti conformatie aannemen (buiten in de Z-DNA conformatie)
Het dubbele helix-model wordt gestabiliseerd door intramoleculaire krachten , de basenpaar specificiteit van
het Watson en Crick model is mogelijk door de vorming van waterstofbruggen tussen de complementaire
basenparen (de andere intramoleculaire krachten hebben betrekking tot het stabiliseren van het dubbele helix
model)
- Stacking interacties: tussen de opeenvolgende baseparen (hydrofobe interacties)
- Elektrostatische interacties : bij de negatief geladen fosfaatgroepen (niet-specifieke reacties)
Smeltpunt bepaling DNA
Gehalte aan GC baseparen (=%GC) is bij verwante soorten gelijkaardig gebruikt bij identificatie van
bacteriën, het %GC wordt achterhaald via het smeltpunt van het DNA (wordt experimenteel bepaald)
Denaturatie = verwarmen DNA ontwinden strengen en nemen random structuur aan
Verandering fysische eigenschappen, viscositeit verlaagt en UV absorptie stijgt (= breken
waterstofbruggen) = hyperchromisch effect
Smelttemperatuur = helft van de maximale absorbantiestijging
Nucleotiden en nucleïnezuren
Structuur van DNA
B-DNA A-DNA Z-DNA
Biologisch meest relevant Conformationele verandering van B- Stabilisatie door hoge
DNA (reversibel) zoutconcentraties
Rechtsdraaiend rechtsdraaiend linksdraaiend
Baseparen aan kern helix en Basepaarvlakken 20° gekanteld Zigzag patroon
fosfaat ruggengraad buitenkant
Major groeve en minor groeve Smalle major groeve en brede minor Diepe minor groeve (amper/ geen
axiale holte major groeve)
Anti bindingen Anti bindingen Anti – bindingen : pyrimidines
Syn-bindingen: purines
Torsiehoeken rond glycosidebindingen kunnen 2 algemene conformaties aannemen syn en anti
Purines kunnen beide conformaties aannemen
Pyrimidines kunnen enkel een stabiele anti conformatie aannemen (buiten in de Z-DNA conformatie)
Het dubbele helix-model wordt gestabiliseerd door intramoleculaire krachten , de basenpaar specificiteit van
het Watson en Crick model is mogelijk door de vorming van waterstofbruggen tussen de complementaire
basenparen (de andere intramoleculaire krachten hebben betrekking tot het stabiliseren van het dubbele helix
model)
- Stacking interacties: tussen de opeenvolgende baseparen (hydrofobe interacties)
- Elektrostatische interacties : bij de negatief geladen fosfaatgroepen (niet-specifieke reacties)
Smeltpunt bepaling DNA
Gehalte aan GC baseparen (=%GC) is bij verwante soorten gelijkaardig gebruikt bij identificatie van
bacteriën, het %GC wordt achterhaald via het smeltpunt van het DNA (wordt experimenteel bepaald)
Denaturatie = verwarmen DNA ontwinden strengen en nemen random structuur aan
Verandering fysische eigenschappen, viscositeit verlaagt en UV absorptie stijgt (= breken
waterstofbruggen) = hyperchromisch effect
Smelttemperatuur = helft van de maximale absorbantiestijging
