Samenvatting Methoden:
Prof. Thorrez
Deel 1: Data intelligence
Hoe vind ik genexpressie data?
Hoe vind ik eiwit expressie data?
Hoe vind / maak ik interactie netwerken?
Help, ik heb een lijst van genen / eiwitten
Hoe literatuur zoeken?
Zoeken: ‘other cool stuff’
Verborgen voor Pubmed: patenten
Protocols zoeken
Data visualisatie
‘Databases’ en ‘webservers’ zoeken
Hoe vind ik genexpressie data?
In heel de cursus zijn er ondertussen al een groot aantal methoden uitgelegd die binnen een
(bio)medisch setting worden gebruikt. Daarentegen blijft het belangrijkste toestel dat een
onderzoeker gebruikt zijn / haar computer waar een groot aantal ‘internettools’ terug te vinden
zijn waarop heel veel informatie samen gebundeld zit. Met de stortvloed aan data zijn er heel
veel van die ‘tools’ ontwikkeld die onderzoekers in staat stellen om deze data te gaan
gebruiken en interpreteren. Dit zijn ‘tools’ en en bijgevolg ook vaardigheden die binnen de
(bio)medische wereld, maar ook daarbuiten, zeer gegeerd zijn om te gaan gebruiken voor tal
van toepassingen.
Om genexpressie daata te verkrijgen, zijn er drie veel gebruikte ‘tools’. Een eerste is
‘Genevestigator’ dat gebruik wordt om na te gaan in welke weefsels in organismen een
bepaald gen tot expressie komt. Zo kan aan de hand van deze ‘tool’ bv. nagegaan worden of
ribosomale proteïnen bv. RPL15 effectief ook goede referentiegenen zijn zoals ze ook worden
voorgesteld.
Een tweede belangrijke ‘tool’ is genaamd ‘Oncomine’. Deze ‘tool’ is een verzameling van
reeds verwerkte tumordata in verband met tumoren die bepaalde genen bv. PDGFA ‘up’- of
‘down’-reguleren. Zo kan de expressie van PDGFA bekeken worden in kanker versus
normaal weefsel.
Een derde en laatste ‘tool’ met betrekking tot genexpressie data is de ‘Gene Expression
Omnibus’ waar heel veel genexpressie daata bij elkaar is gebracht en waarbij kan gekeken
worden naar wat andere onderzoekers reeds hebben gedaan met betrekking tot een bepaald
1
Prof. Thorrez
Deel 1: Data intelligence
Hoe vind ik genexpressie data?
Hoe vind ik eiwit expressie data?
Hoe vind / maak ik interactie netwerken?
Help, ik heb een lijst van genen / eiwitten
Hoe literatuur zoeken?
Zoeken: ‘other cool stuff’
Verborgen voor Pubmed: patenten
Protocols zoeken
Data visualisatie
‘Databases’ en ‘webservers’ zoeken
Hoe vind ik genexpressie data?
In heel de cursus zijn er ondertussen al een groot aantal methoden uitgelegd die binnen een
(bio)medisch setting worden gebruikt. Daarentegen blijft het belangrijkste toestel dat een
onderzoeker gebruikt zijn / haar computer waar een groot aantal ‘internettools’ terug te vinden
zijn waarop heel veel informatie samen gebundeld zit. Met de stortvloed aan data zijn er heel
veel van die ‘tools’ ontwikkeld die onderzoekers in staat stellen om deze data te gaan
gebruiken en interpreteren. Dit zijn ‘tools’ en en bijgevolg ook vaardigheden die binnen de
(bio)medische wereld, maar ook daarbuiten, zeer gegeerd zijn om te gaan gebruiken voor tal
van toepassingen.
Om genexpressie daata te verkrijgen, zijn er drie veel gebruikte ‘tools’. Een eerste is
‘Genevestigator’ dat gebruik wordt om na te gaan in welke weefsels in organismen een
bepaald gen tot expressie komt. Zo kan aan de hand van deze ‘tool’ bv. nagegaan worden of
ribosomale proteïnen bv. RPL15 effectief ook goede referentiegenen zijn zoals ze ook worden
voorgesteld.
Een tweede belangrijke ‘tool’ is genaamd ‘Oncomine’. Deze ‘tool’ is een verzameling van
reeds verwerkte tumordata in verband met tumoren die bepaalde genen bv. PDGFA ‘up’- of
‘down’-reguleren. Zo kan de expressie van PDGFA bekeken worden in kanker versus
normaal weefsel.
Een derde en laatste ‘tool’ met betrekking tot genexpressie data is de ‘Gene Expression
Omnibus’ waar heel veel genexpressie daata bij elkaar is gebracht en waarbij kan gekeken
worden naar wat andere onderzoekers reeds hebben gedaan met betrekking tot een bepaald
1
