Vragenlijst 1
1. Bespreek de vorming van het substraat-enzym complex, welke interacties
stabiliseren het complex? 1.5.1 + 1.5.3 + 2.3.2
We hebben 2 modellen voor de enzym-substraat interactie: lock-and-key model
en induced fit model
Vijf bindingstypes komen tussen in de vorming van een enzym-substraat
complex: de waterstofbrug, de elektrostatische interactie, de hydrofobe interactie,
overdracht van lading en de coördinatieve binding.
2. Wat is het verschil tussen het sequentieel model (KNF) en het concerted model
(MWC) van allosterie? 6.1.2.4
Bij KNF: alle subunits gaan geleidelijk aan van T naar R of van R naar T (één per
één van conformatie veranderen)
Bij MWC: alles of niets (alle subeenheden in T of in R)
zowel bij KNF als bij MWC is er altijd een evenwicht tussen T en R en dat
evenwicht wordt verstoord en verschoven door een effector
3. Hoe noemt men een enzym dat een eiwit fosforyleert en wat is de voornaamste
fosfaatdonor? 5.1
Kinase; ATP
4. Bespreek de activatie van PKA. 6.1.3
Cyclisch AMP activeert proteïne kinase A (=PKA)
Cyclisch AMP bindt op PKA en ondergaat een conformatieverandering waardoor
het echte substraat kan binden en het kan het echte substraat fosforyleren
PKA is een kinase dat eiwitten fosforyleert met een specifieke substraatsequentie:
R – R – X – S/T – Z (waarbij X = klein AZ, Z = groot en hydrofoob AZ)
4 subeenheden: 2R en 2C: (reactie van verteerenzyme)
links zijn de 2 C’s inactief en rechts zijn ze actief
5. Wat zijn zymogenen. Geef ook een voorbeeld. 6.1.4
Het zijn inactieve precursoren en een voorbeeld is pepsinogen.
, 6. Wat is een G-proteïne en hoe wordt die geactiveerd. 7.3.2
Het is een proteine dat een nucleotide kan binden
Guanyl nucleotide-bindend proteïne
Ligand binding aan 7TM receptoren leidt tot de activatie van G- proteïnen
De activatie van G proteïne stimuleert de activiteit van adenylaat cyclase
Niet- actieve vorm : GDP is gebonden aan eiwit; G proteïne komt voor als
heterotrimeer, bestaande uit α, β en γ subeenheden
1. De α subeenheid (Gα)
- Bindt het nucleotide
- Universele bindingsplaats voor nucleotiden
2. De β subeenheid bevat vooral β sheets
3. De γ subeenheid bevat een paar α helixen die zich rond de β subeenheid
bevinden
hormoon receptor complex interageert met het heterotrimere G-proteïne
nucelotidebindingsite opent GDP komt vrij vrije GTP kan binden de α
subeenheid dissocieert spontaan van het βγ dimeer (Gβγ ) door de
opgetreden conformationele veranderingen (sterke binding tussen GTP en Gα)
De dissociatie van het heterotrimeer in de Gα en Gβγ subeenheden geeft het
signaal door
7. Wat is de functie van fosfolipase C. 7.3.3.2
Fosfolipase C knipt PIP2 in IP3 en in Diacylglycerol (2 boodschappers)
8. Welke tweede boodschapper activeert proteïne kinase C
DAG = diacylglycerol
9. Wat is een fosfaat transfer potentiaal en wat is de basis van het hoge fosfaat transfer
potentiaal van ATP 8.3.1
zegt iets over de energie/makkelijkheid waarmee fosfaat is afgesplitst
= de potentie van een molecule om een fosfaat groep te transferen
basis stabiliteit van de producten: meer resonantie, beter oplosbaar in water, …
1. hogere resonantiestabiliteit
2. elektrostatische repulsie
3. solvatatie
10. Welke carrier is CoA en waarom is dit nodig? 8.4.1
Co-enzymA (Co-A): carrier van acyl groepen of acetylgroepen en dat is nodig voor hoge
energetische binding (thio-ester binding) en voor de acetylgroep is het om de verzuring
tegen te gaan of ook voor micelvorming tegen te gaan
1. Bespreek de vorming van het substraat-enzym complex, welke interacties
stabiliseren het complex? 1.5.1 + 1.5.3 + 2.3.2
We hebben 2 modellen voor de enzym-substraat interactie: lock-and-key model
en induced fit model
Vijf bindingstypes komen tussen in de vorming van een enzym-substraat
complex: de waterstofbrug, de elektrostatische interactie, de hydrofobe interactie,
overdracht van lading en de coördinatieve binding.
2. Wat is het verschil tussen het sequentieel model (KNF) en het concerted model
(MWC) van allosterie? 6.1.2.4
Bij KNF: alle subunits gaan geleidelijk aan van T naar R of van R naar T (één per
één van conformatie veranderen)
Bij MWC: alles of niets (alle subeenheden in T of in R)
zowel bij KNF als bij MWC is er altijd een evenwicht tussen T en R en dat
evenwicht wordt verstoord en verschoven door een effector
3. Hoe noemt men een enzym dat een eiwit fosforyleert en wat is de voornaamste
fosfaatdonor? 5.1
Kinase; ATP
4. Bespreek de activatie van PKA. 6.1.3
Cyclisch AMP activeert proteïne kinase A (=PKA)
Cyclisch AMP bindt op PKA en ondergaat een conformatieverandering waardoor
het echte substraat kan binden en het kan het echte substraat fosforyleren
PKA is een kinase dat eiwitten fosforyleert met een specifieke substraatsequentie:
R – R – X – S/T – Z (waarbij X = klein AZ, Z = groot en hydrofoob AZ)
4 subeenheden: 2R en 2C: (reactie van verteerenzyme)
links zijn de 2 C’s inactief en rechts zijn ze actief
5. Wat zijn zymogenen. Geef ook een voorbeeld. 6.1.4
Het zijn inactieve precursoren en een voorbeeld is pepsinogen.
, 6. Wat is een G-proteïne en hoe wordt die geactiveerd. 7.3.2
Het is een proteine dat een nucleotide kan binden
Guanyl nucleotide-bindend proteïne
Ligand binding aan 7TM receptoren leidt tot de activatie van G- proteïnen
De activatie van G proteïne stimuleert de activiteit van adenylaat cyclase
Niet- actieve vorm : GDP is gebonden aan eiwit; G proteïne komt voor als
heterotrimeer, bestaande uit α, β en γ subeenheden
1. De α subeenheid (Gα)
- Bindt het nucleotide
- Universele bindingsplaats voor nucleotiden
2. De β subeenheid bevat vooral β sheets
3. De γ subeenheid bevat een paar α helixen die zich rond de β subeenheid
bevinden
hormoon receptor complex interageert met het heterotrimere G-proteïne
nucelotidebindingsite opent GDP komt vrij vrije GTP kan binden de α
subeenheid dissocieert spontaan van het βγ dimeer (Gβγ ) door de
opgetreden conformationele veranderingen (sterke binding tussen GTP en Gα)
De dissociatie van het heterotrimeer in de Gα en Gβγ subeenheden geeft het
signaal door
7. Wat is de functie van fosfolipase C. 7.3.3.2
Fosfolipase C knipt PIP2 in IP3 en in Diacylglycerol (2 boodschappers)
8. Welke tweede boodschapper activeert proteïne kinase C
DAG = diacylglycerol
9. Wat is een fosfaat transfer potentiaal en wat is de basis van het hoge fosfaat transfer
potentiaal van ATP 8.3.1
zegt iets over de energie/makkelijkheid waarmee fosfaat is afgesplitst
= de potentie van een molecule om een fosfaat groep te transferen
basis stabiliteit van de producten: meer resonantie, beter oplosbaar in water, …
1. hogere resonantiestabiliteit
2. elektrostatische repulsie
3. solvatatie
10. Welke carrier is CoA en waarom is dit nodig? 8.4.1
Co-enzymA (Co-A): carrier van acyl groepen of acetylgroepen en dat is nodig voor hoge
energetische binding (thio-ester binding) en voor de acetylgroep is het om de verzuring
tegen te gaan of ook voor micelvorming tegen te gaan
