lOMoARcPSD|4217152
Zelfstudie technieken
Moleculaire biologie (Universiteit Antwerpen)
StuDocu wordt niet gesponsord of ondersteund door een hogeschool of universiteit
Gedownload door Jitse Opdebeeck ()
, lOMoARcPSD|4217152
Zelfstudie moleculaire biologie
Technieken
Doelstellingen:
Nucleïnezuur hybridisatie is zelf geen techniek, maar is meestal de basis van andere
technieken!
Stringentie moet je ook kennen!
Vragen:
Vraag 1: Je werkt in een genetisch centrum met specialisatie oogziektes. Je krijgt geld van
een liga tegen blindheid om een genetische test te ontwikkelen om mutaties op te sporen
voor retinitis pigmentosa (RP). RP is monogeen, en erg genetisch heterogeen, met 60
verschillende genen, en verschillende overervingswijzen. Men wil dat de patiënt een
resultaat krijgt op minder dan één maand tijd. Beschrijf kort welke test je zou ontwikkelen.
Genetrisch heterogeen, er zijn dus meerdere genen mutant.
In eerste instantie zou ik voor de sanger sequencing kiezen. Dit bepaalt de sequentie van een
stukje van het genoom. Zo kan men dus gemakkelijk de mutaties opsporen.
Maar het moet op minder dan 1 maand tijd klaar zijn. Omdat het zo een korte tijdspanne is
zou ik twijfelen over de next generation sequencing. Hiermee kan ik ook grotere stukjes
genoom in 1 keer bepalen en het is ook veel sneller als sanger sequencing. Een groot nadeel
is dat deze techniek heel duur is.
Next generation sequencing: we moeten 60 genen testen (echt allemaal!). We willen ook
alle soorten mutaties opsporen. Via DNA sequencing kunnen we de meeste mutaties
opsporen. Maar bij grote deleties kunnen we dit niet opsporen. Het gaat over 500 aantal
verschillende exonen (60 genen) die je allemaal wil nakijken (niet intronen,…). Bij sanger
sequencing moet je 500 sanger reacties doen en dit kan je niet verwezelijken op 1 maand.
Daarom is next generetion sequencing beter. Je moet er ook meerdere doen want het zijn
genetische testen dus is het minder duur. De next generation sequencer kost ook veel
minder want er is maar 1 arbeider die betaalt moeten worden. Maar als je sanger
sequencing doet, dan moeten er veel meer arbeiders betaald worden en dit wordt heel
duur! We kijken deze 60 genen ongeveer 30 keer na, want dan kunnen we de fouten van de
sequencer zien of dit echte mutaties zijn of dat deze gewoon verkeerd gesequenst is.
Southern blotting is geschikt om deleties op te sporen, maar puntmutaties kan je wel niet
opsporen. Het is wel mogelijk, maar je detecteerd maar erg weinig mutaties.
DNA klonering is niet geschikt. Dit dient vooral om 1 eiwit op te zuiveren en te bestuderen.
PCR of qPCR is geen mutatie-detectie systeem. Je zal deze misschien wel als eerste stap
gebruiken, maar niet om mutaties te zoeken.
Gedownload door Jitse Opdebeeck ()
Zelfstudie technieken
Moleculaire biologie (Universiteit Antwerpen)
StuDocu wordt niet gesponsord of ondersteund door een hogeschool of universiteit
Gedownload door Jitse Opdebeeck ()
, lOMoARcPSD|4217152
Zelfstudie moleculaire biologie
Technieken
Doelstellingen:
Nucleïnezuur hybridisatie is zelf geen techniek, maar is meestal de basis van andere
technieken!
Stringentie moet je ook kennen!
Vragen:
Vraag 1: Je werkt in een genetisch centrum met specialisatie oogziektes. Je krijgt geld van
een liga tegen blindheid om een genetische test te ontwikkelen om mutaties op te sporen
voor retinitis pigmentosa (RP). RP is monogeen, en erg genetisch heterogeen, met 60
verschillende genen, en verschillende overervingswijzen. Men wil dat de patiënt een
resultaat krijgt op minder dan één maand tijd. Beschrijf kort welke test je zou ontwikkelen.
Genetrisch heterogeen, er zijn dus meerdere genen mutant.
In eerste instantie zou ik voor de sanger sequencing kiezen. Dit bepaalt de sequentie van een
stukje van het genoom. Zo kan men dus gemakkelijk de mutaties opsporen.
Maar het moet op minder dan 1 maand tijd klaar zijn. Omdat het zo een korte tijdspanne is
zou ik twijfelen over de next generation sequencing. Hiermee kan ik ook grotere stukjes
genoom in 1 keer bepalen en het is ook veel sneller als sanger sequencing. Een groot nadeel
is dat deze techniek heel duur is.
Next generation sequencing: we moeten 60 genen testen (echt allemaal!). We willen ook
alle soorten mutaties opsporen. Via DNA sequencing kunnen we de meeste mutaties
opsporen. Maar bij grote deleties kunnen we dit niet opsporen. Het gaat over 500 aantal
verschillende exonen (60 genen) die je allemaal wil nakijken (niet intronen,…). Bij sanger
sequencing moet je 500 sanger reacties doen en dit kan je niet verwezelijken op 1 maand.
Daarom is next generetion sequencing beter. Je moet er ook meerdere doen want het zijn
genetische testen dus is het minder duur. De next generation sequencer kost ook veel
minder want er is maar 1 arbeider die betaalt moeten worden. Maar als je sanger
sequencing doet, dan moeten er veel meer arbeiders betaald worden en dit wordt heel
duur! We kijken deze 60 genen ongeveer 30 keer na, want dan kunnen we de fouten van de
sequencer zien of dit echte mutaties zijn of dat deze gewoon verkeerd gesequenst is.
Southern blotting is geschikt om deleties op te sporen, maar puntmutaties kan je wel niet
opsporen. Het is wel mogelijk, maar je detecteerd maar erg weinig mutaties.
DNA klonering is niet geschikt. Dit dient vooral om 1 eiwit op te zuiveren en te bestuderen.
PCR of qPCR is geen mutatie-detectie systeem. Je zal deze misschien wel als eerste stap
gebruiken, maar niet om mutaties te zoeken.
Gedownload door Jitse Opdebeeck ()
