Microbiologie en infectieziekten
Onderdeel bacteriologie
H1: Introductie tot klinische microbiologie en de epidemiologie van infectieuze
ziekten
1. Geschiedenis van infectieuze ziektes en antimicrobiële therapieën
- Jaren 1670: Antoni van Leeuwenhoek neemt micro-organismen waar.
- Jaren 1880: Koch stelt postulaten op die specifieke pathogenen koppelen aan specifieke
ziekten (etiologie).
Medische microbiologie = studie van microscopische organismen die ziekten veroorzaken
- Bacteriën
o Eencellige micro-organismen die schade aanrichten via toxinen of invasie
o Ongeveer even groot als mitochondria (mitochondria waren waarschijnlijk bacteriën
die de eukaryotische cel zijn binnengekomen)
- Virussen zijn niet-levend en vermenigvuldigen zich in gastheercellen
- Parasieten en schimmels
1.1 Bacteriën en de gastheer: van structuur tot pathogeniciteit
Menselijke vs bacteriële cel:
Invasie en evasie stragieën:
We staan in contact met
bacteriën. Ze kunnen onze
weefsels koloniseren, zich eraan
hechten en ze binnendringen.
Een minderheid van de bacteriën
is hiertoe in staat en kan een
infectie veroorzaken.
Telkens wanneer we in contact komen, genereren we een immuunrespons (macrofagen, fagocyten).
Toch raken we geïnfecteerd omdat bacteriën manieren hebben om aan deze immuunrespons te
ontsnappen: ze verbergen zich in een biofilm. Hiermee creëren ze een extracellulaire matrix die hen
beschermt tegen de gastheer.
Sommige bacteriën kunnen ook overleven binnenin de macrofaag.
,Humaan microbioom:
Microbioom = complexe gemeenschap van bacteriën, schimmels en virussen op
huid, mond, darmen, urogenitale tractus
- Diversiteit: bacteriën verschillen per lichaamsdeel; binnenkant lichaam
meestal steriel
- Gezondheid: ondersteunt immuunsysteem, spijsvertering, barrièrefunce
- Dysbiose: verstoring evenwicht → ontstekingen, ziekten (bv. hart- en vaatziekten, obesitas,
psychische aandoeningen)
• Mond: voorkomt schadelijke bacteriën; dysbiose → cariës, parodons, systemische
ziekten.
• Huid: barrière, immuuntraining; dysbiose → acne, eczeem, infeces
• Darmen: spijsvertering, immuunregulae; dysbiose → IBD, PDS, obesitas, veranderd
vetmetabolisme
• Urogenitale tractus: lactobacillen beschermen; dysbiose → infeces, vaginose, verhoogd
risico SOA’s
• Luchtwegen: bacteriën aanwezig bij inademing; evenwicht nodig om infeces te
voorkomen
De studie van microbiomen is de laatste jaren enorm gegroeid dankzij 16s sequencing (het bepalen
van de volgorde van DNA).
→ vroeger enkel mogelijk door de bacteriën te gaan kweken, nu kunnen we aan sequencing doen en
bacteriën opsporen die niet gekweekt konden worden
Omics-ladder
1. Metagenomics: DNA onderzoeken en kijken
welke bacteriën er aanwezig zijn
2. Metatranscriptomics: RNA onderzoeken:
toont welke genen worden gebruikt en dus
welke organismen actief zijn
3. metaproteomics: enzymen analyseren die
chemische reacties uitvoeren om te zien welke
processen er plaatsvinden
4. metabolomics: wat is het eindproduct/de
metabolieten
,2. Rol van microbiologie en bacteriologie in de diagnoses van infecties
2.1 Diagnose
• Diagnose en etiologie van infecties: bepalen van pathogeen, behandelkeuzes obv inzicht in
infecties: begrip van hoe infecties zich ontwikkelen en verspreiden
• Monitoring van resistentie en resistentie- epidemiologie
• Monitoring van incidentie en uitbraken
• Empirische behandeling en de rol van laboratoriumresultaten
o Empirische behandeling: artsen starten behandeling op basis van vermoedelijke
infectie
o Verandering naar gerichte behandeling (target therapy) zodar laboresultaten bekend
zijn
• Preventie van infecties: dragers van multiresistente pathogenen identificeren en isoleren
2.2 Behandeling
- Zodra het pathogeen is geïdentificeerd, wordt de
behandeling aangepast naar een specifiek anbiocum
(target therapy)
- Zorgvuldige afweging van antibioticagebruik
- Nauwkeurigheid in behandeling: keuze van antibiotica
moet strikt noodzakelijk en gericht zijn
- Alleen noodzakelijke tests kiezen en overmatig gebruik
van tests voorkomen
▪ Tests hebben een prijs en zijn niet altijd voordelig
Detectie van antilichamen (IgG’s en IgM’s) (= serologie) is voor bacteriën niet de standaard, maar het
kan soms helpen
Rol van referentie laboratoria:
Referentielaboratoria: essentieel voor de wereldwijde bewaking van infectieziekten, gespecialiseerd in
geavanceerde diagnostiek
- Gebruik van moleculaire typologie (DNA-sequencing, PCR) om de genetische samenstelling
van ziekteverwekkers te bepalen en de herkomst en transmissieroute te traceren
- Monitoren van opkomst en verspreiding van resistentie door specifieke tests en het
analyseren van resistentiegenen, zoals whole genome sequencing (WGS)
- Onderzoek naar de oorsprong van epidemieën
, - Meet antilichamen in bloed voor inzicht in immuniteit en afweersysteem van de bevolking
- Waarschuwen voor nieuwe trends, zoals resistente stammen of nieuwe pathogenen, en
ondersteunen volksgezondheidsmaatregelen.
Verschil met diagnostische laboratoria: referentielaboratoria bieden bredere analyses, zoals
luchtmonsters, en kijken verder dan wat ziekenhuislaboratoria detecteren
3. Key challenges in klinische microbiologie
Fasen van infectie
• Infectie begint: ziekteverwekker koloniseert zonder symptomen (incubatietijd)
• Asymptomatische dragers: kunnen de infectie overdragen zonder ziek te zijn
• Symptomatische fase: klachten verschijnen, verhoogd besmeitngsrisico, trigger om naar de
arts te gaan
• Herstelfase: ziekteverwekker wordt opgeruimd, mogelijk immuniteit opgebouwd
• Volksgezondheid: belang van hygiëne, vaccinatie en diagnostiek om verspreiding te
voorkomen
Belangrijk om afhankelijk van de fase, de juiste
test te kiezen!
IgG’s ga je bv niet kunnen waarnemen tijdens
de symptomatische fase
Soms ook moeilijkheden:
- Bv COVID-19
o Weinig symptomen voor sommige bevolkingsgroepen, maar ernstig voor anderen →
zorgt voor snelle verspreiding
o Proberen mensen zonder symptomen te diagnosticeren
- BvHIV
o Je voelt je niet ziek en blijft seksuele activiteit hebben, maar bent je niet bewust van
de overdracht van de ziekte
o Dit is hoe de ziekte zich verspreidde
o We moeten informatie delen: gebruik condooms, waar je je kunt laten testen (testen
vóór de symptomen)
Onderdeel bacteriologie
H1: Introductie tot klinische microbiologie en de epidemiologie van infectieuze
ziekten
1. Geschiedenis van infectieuze ziektes en antimicrobiële therapieën
- Jaren 1670: Antoni van Leeuwenhoek neemt micro-organismen waar.
- Jaren 1880: Koch stelt postulaten op die specifieke pathogenen koppelen aan specifieke
ziekten (etiologie).
Medische microbiologie = studie van microscopische organismen die ziekten veroorzaken
- Bacteriën
o Eencellige micro-organismen die schade aanrichten via toxinen of invasie
o Ongeveer even groot als mitochondria (mitochondria waren waarschijnlijk bacteriën
die de eukaryotische cel zijn binnengekomen)
- Virussen zijn niet-levend en vermenigvuldigen zich in gastheercellen
- Parasieten en schimmels
1.1 Bacteriën en de gastheer: van structuur tot pathogeniciteit
Menselijke vs bacteriële cel:
Invasie en evasie stragieën:
We staan in contact met
bacteriën. Ze kunnen onze
weefsels koloniseren, zich eraan
hechten en ze binnendringen.
Een minderheid van de bacteriën
is hiertoe in staat en kan een
infectie veroorzaken.
Telkens wanneer we in contact komen, genereren we een immuunrespons (macrofagen, fagocyten).
Toch raken we geïnfecteerd omdat bacteriën manieren hebben om aan deze immuunrespons te
ontsnappen: ze verbergen zich in een biofilm. Hiermee creëren ze een extracellulaire matrix die hen
beschermt tegen de gastheer.
Sommige bacteriën kunnen ook overleven binnenin de macrofaag.
,Humaan microbioom:
Microbioom = complexe gemeenschap van bacteriën, schimmels en virussen op
huid, mond, darmen, urogenitale tractus
- Diversiteit: bacteriën verschillen per lichaamsdeel; binnenkant lichaam
meestal steriel
- Gezondheid: ondersteunt immuunsysteem, spijsvertering, barrièrefunce
- Dysbiose: verstoring evenwicht → ontstekingen, ziekten (bv. hart- en vaatziekten, obesitas,
psychische aandoeningen)
• Mond: voorkomt schadelijke bacteriën; dysbiose → cariës, parodons, systemische
ziekten.
• Huid: barrière, immuuntraining; dysbiose → acne, eczeem, infeces
• Darmen: spijsvertering, immuunregulae; dysbiose → IBD, PDS, obesitas, veranderd
vetmetabolisme
• Urogenitale tractus: lactobacillen beschermen; dysbiose → infeces, vaginose, verhoogd
risico SOA’s
• Luchtwegen: bacteriën aanwezig bij inademing; evenwicht nodig om infeces te
voorkomen
De studie van microbiomen is de laatste jaren enorm gegroeid dankzij 16s sequencing (het bepalen
van de volgorde van DNA).
→ vroeger enkel mogelijk door de bacteriën te gaan kweken, nu kunnen we aan sequencing doen en
bacteriën opsporen die niet gekweekt konden worden
Omics-ladder
1. Metagenomics: DNA onderzoeken en kijken
welke bacteriën er aanwezig zijn
2. Metatranscriptomics: RNA onderzoeken:
toont welke genen worden gebruikt en dus
welke organismen actief zijn
3. metaproteomics: enzymen analyseren die
chemische reacties uitvoeren om te zien welke
processen er plaatsvinden
4. metabolomics: wat is het eindproduct/de
metabolieten
,2. Rol van microbiologie en bacteriologie in de diagnoses van infecties
2.1 Diagnose
• Diagnose en etiologie van infecties: bepalen van pathogeen, behandelkeuzes obv inzicht in
infecties: begrip van hoe infecties zich ontwikkelen en verspreiden
• Monitoring van resistentie en resistentie- epidemiologie
• Monitoring van incidentie en uitbraken
• Empirische behandeling en de rol van laboratoriumresultaten
o Empirische behandeling: artsen starten behandeling op basis van vermoedelijke
infectie
o Verandering naar gerichte behandeling (target therapy) zodar laboresultaten bekend
zijn
• Preventie van infecties: dragers van multiresistente pathogenen identificeren en isoleren
2.2 Behandeling
- Zodra het pathogeen is geïdentificeerd, wordt de
behandeling aangepast naar een specifiek anbiocum
(target therapy)
- Zorgvuldige afweging van antibioticagebruik
- Nauwkeurigheid in behandeling: keuze van antibiotica
moet strikt noodzakelijk en gericht zijn
- Alleen noodzakelijke tests kiezen en overmatig gebruik
van tests voorkomen
▪ Tests hebben een prijs en zijn niet altijd voordelig
Detectie van antilichamen (IgG’s en IgM’s) (= serologie) is voor bacteriën niet de standaard, maar het
kan soms helpen
Rol van referentie laboratoria:
Referentielaboratoria: essentieel voor de wereldwijde bewaking van infectieziekten, gespecialiseerd in
geavanceerde diagnostiek
- Gebruik van moleculaire typologie (DNA-sequencing, PCR) om de genetische samenstelling
van ziekteverwekkers te bepalen en de herkomst en transmissieroute te traceren
- Monitoren van opkomst en verspreiding van resistentie door specifieke tests en het
analyseren van resistentiegenen, zoals whole genome sequencing (WGS)
- Onderzoek naar de oorsprong van epidemieën
, - Meet antilichamen in bloed voor inzicht in immuniteit en afweersysteem van de bevolking
- Waarschuwen voor nieuwe trends, zoals resistente stammen of nieuwe pathogenen, en
ondersteunen volksgezondheidsmaatregelen.
Verschil met diagnostische laboratoria: referentielaboratoria bieden bredere analyses, zoals
luchtmonsters, en kijken verder dan wat ziekenhuislaboratoria detecteren
3. Key challenges in klinische microbiologie
Fasen van infectie
• Infectie begint: ziekteverwekker koloniseert zonder symptomen (incubatietijd)
• Asymptomatische dragers: kunnen de infectie overdragen zonder ziek te zijn
• Symptomatische fase: klachten verschijnen, verhoogd besmeitngsrisico, trigger om naar de
arts te gaan
• Herstelfase: ziekteverwekker wordt opgeruimd, mogelijk immuniteit opgebouwd
• Volksgezondheid: belang van hygiëne, vaccinatie en diagnostiek om verspreiding te
voorkomen
Belangrijk om afhankelijk van de fase, de juiste
test te kiezen!
IgG’s ga je bv niet kunnen waarnemen tijdens
de symptomatische fase
Soms ook moeilijkheden:
- Bv COVID-19
o Weinig symptomen voor sommige bevolkingsgroepen, maar ernstig voor anderen →
zorgt voor snelle verspreiding
o Proberen mensen zonder symptomen te diagnosticeren
- BvHIV
o Je voelt je niet ziek en blijft seksuele activiteit hebben, maar bent je niet bewust van
de overdracht van de ziekte
o Dit is hoe de ziekte zich verspreidde
o We moeten informatie delen: gebruik condooms, waar je je kunt laten testen (testen
vóór de symptomen)
