Bacteriologie 1
1.1 Inleiding
1.1. TAXONOMIE BINNEN DE BACTERIOLOGIE
1.1.1. Terrein van de medische microbiologie
M.O’s die zich aangepast hebben aan de mens:
1) Microbiota: normaal onschadelijk
2) Transiënte omgevingsflora: regelmatig terug te vinden en normaal onschadelijk
3) Opportunistische pathogenen: schadelijk -> virulentiefactoren (vb. toxines)
1.1.2. Classificatie van M.O.
1.1.2.1. Morfologische classificatie
= op basis van microscopisch uitzicht, op basis van vorm, kleur en groepsverband
Filamenteuze bacteriën: 3 belangrijke geslachten:
1) Actinemyces
o Gram +
o Niet zuurvast
o Anaëroob
Vaak aanwezig in de mond en t.h.v de vaginale flora
2) Nocardia
o Gram +
o Zuurvast
o Aëroob
Grondbacterie
Veroorzaakt opportunistische pneumonie
na inhalatie en mycetomen na een
verwonding
3) Streptomyces
o Gram +
o Niet zuurvast
o Aëroob
Grondbacterie
Scheidt natuurlijk antibiotica uit, en
sommige soorten kunnen mycetomen
veroorzaken
Echte bacterien:
1) Kokken
- Steptokokken => rijen (gram +)
▪
, - Stafylokokken => trossen (gram +)
▪ Staphylococcus aureus / staphylococcus epidermidis
- Tetraden => per 4, in een vierkant
- Sarcinae => 3 dimentionele vierkant (gram +)
- Neisseriae => boonvormig (gram -)
▪ Neisseriae meningitis / Neisseriae gonorrhoeae
- Veillonella => (diplo)coccen (gram -)
2) Bacillen
- Zuurvaste
▪ Mycobacterium tuberculosis
- Gram + sporevormers
▪ Bacillus (aëroob)
▪ Clostridium (anaëroob)
- Gram – staven
▪ Enterobacteriaceae !!
▪ Pseudomonas Clostridium
3) Vibrio’s (gram -)
4) Spirillen (gram -)
5) Spirocheten
▪ Borrelia burgdorferi (gram -)
▪ Treponema pallidum (gram -)
▪ Leptospira interrogans
1.1.2.2. Biochemische classificatie
=> deze eigenschappen worden bepaald op een reincultuur -> afstammen van 1 cel
Isolaten = een kolonie verkregen op een vaste VB afkomstig van staal
Species = soort: kleinste groepering van bacterien met dezelfde eigenschappen
Identificatie tot op species-niveau
Stammen = 2 versch stammen, met dezelfde naam en verschillend nummer
Typeren van een stam (serotyperiing, moleculair, biochemisch,…)
Biotypen of variëteiten = biotypen van bacterien verschillen in kleinere minder belangrijke
biochemische reacties (versch stammen)
Serotypen = bv serotypen van salmonella: verschillen in celwandantigenen. Bij gram - =>
verschil in LPS laag (endotoxines!), bacterien met versch serotypes kunnen ook versch virulentie
tonen
Bergey’s manual: geeft overzicht van de bacterien ingedeeld volgens: biochemisch
classificatiesyteem (determinative bacteriology) of 16S rRNA (systematic bacteriology)
Hiërarchisch classificatiesysteem dat verwantschap weerspiegeld:
- species samen = genus of geslacht
- geslachten samen = familie (“aceae”)
- families samen = orde (“ales”)
- ordes samen = klasse
, - klasses samen = afdeling (phylum)
- afdelingen samen = rijk
vb: orde der Eubacteriales, familie der Enterobacteriaceae, genus Escherichia,
species Escherichia coli
ATCC: american type culture collection: verzameling van stammen
1.1.2.3. Fylogenetische classificatie
GC-AT verhouding bepaald -> kijken naar evolutionaire verwantschap
2. Microscopie
2.1. DE MICROSCOOP
2.1.1. De helderveldmicroscoop
➔ Met zichtbaar licht, tot 1000x vergroting
2.1.2. De donkerveldmicroscoop
➔ Voor moeilijk kleurbare kiemen, nat preparaat (mobiliteit)
2.1.3. De fasecontrastmicroscoop
➔ Ongekleurde preparaten, nat preparaat (mobiliteit)
2.1.4. Fluorescentiemicroscoop
➔ UV microscoop
2.2. VERS ONDERZOEK
Rechtstreeks onderzoek (RO): rechtstreeks onderzoek van klinisch staal
- Nat preparaat: -> voor vorm, beweeglijkheid
▪ H2O (0.9% NaCl), en vitale kleurstof (gewone kleurstof = toxisch voor
de cel)
- Aanwezigheid, vorm en beweeglijkeheid van bacterien, schimmels, parasiete of
gisten nagaan
- Onderscheiden leukocyten en epitheelcellen
- Ook uitstrijkpreparaat (gram)
2.3. DE GRAMKLEURING
Gram + => paars, gram - => rood
2.3.1. Uitvoering
- kristalviolet: 1’
- water
- Lugol: 1’ en ontkleuren (cruciaal)
- rode kleurstof (safranine/fuchsine): 1’
- water
- Drogen of droogdeppen
2.3.2. Principe van gram-kleuring
- De primaire basische kleurstof, kristalviolet, kleurt alle cellen paars (het dringt
binnen in de peptidoglycaanlaag)
- Lugol => combinatie I2/KI, deze vormt met kristalviolet een moeilijk oplosbaar
complex in ethanol
, - Ontkleuren met ethanol: kleurstofcomplex bij gram – wordt weggekleurd, maar
blijft achter bij gram+ door dikke laag peptidoglycaan. Ethanol zorgt dat die dikke
peptidoglycaanlaag samenkrimpt en minder doorlaatbaar wordt, kristalviolet
blijft in de celwand
- Contrastkleurstof safranine, tegenkleuring voor gram – te visualiseren
2.4. DE ZIEHL-NEELSEN-KLEURING
-> voor zuurvaste bacteriën op te sporen, bv Mycobacterium: blijft rood door aanwezigheid van
mycolzuur in celwand
2.5. DE AURAMINEKLEURING
-> alternatieve zuurvaste kleuring, fel gele bacillen (fluorescentie) op groenblauwe tot
donkerblauwe achtergrond
2.6. IMMUNOFLUORESCENTIEKLEURING
-> opsporen specifiek organisme
2.7. FLAGELLAKLEURING
-> Deze kleuring heeft een beperkt nut maar kan vooral bij niet-fermenteerders gebruikt worden
als identificatiekenmerk
2.8. DE GIËMSAKLEURING
-> opsporen parasieten in het bloed
2.9. DE CALCOFLUORKLEURING
-> kleuring fungi en opsporen Pneumocystis jirovecii
3. Kweekmethoden
3.1. ALGEMENE INLEIDING
=> doel: MO identificeren
Staal enten op isolatieboodem -> voor afzonderlijke kolonies te verkrijgen (=reincultuur)
Geschikte voedingsbodem bevat:
- Organische bestandsdelen: suikers, afbraakproducten van eiwitten en DNA
(=energie bron)
- Buffers
- Soms groeifactoren (zoals bloed, vitaminen,…)
- Bepaald % agar
Men kan oftewel gelyofiliseerd poeder kopen voor bodem zelf te maken, of kant en klare bodems
Keuze van voedingsbodem hangt af van: type staal, en te verwachte kiemen
Hierna: identificatieprocedure (reincultuur vereist!)
Kan manueel (biochemisch, microscopie,…) of automaat (MALDITOF, VITEK,..)
1.1 Inleiding
1.1. TAXONOMIE BINNEN DE BACTERIOLOGIE
1.1.1. Terrein van de medische microbiologie
M.O’s die zich aangepast hebben aan de mens:
1) Microbiota: normaal onschadelijk
2) Transiënte omgevingsflora: regelmatig terug te vinden en normaal onschadelijk
3) Opportunistische pathogenen: schadelijk -> virulentiefactoren (vb. toxines)
1.1.2. Classificatie van M.O.
1.1.2.1. Morfologische classificatie
= op basis van microscopisch uitzicht, op basis van vorm, kleur en groepsverband
Filamenteuze bacteriën: 3 belangrijke geslachten:
1) Actinemyces
o Gram +
o Niet zuurvast
o Anaëroob
Vaak aanwezig in de mond en t.h.v de vaginale flora
2) Nocardia
o Gram +
o Zuurvast
o Aëroob
Grondbacterie
Veroorzaakt opportunistische pneumonie
na inhalatie en mycetomen na een
verwonding
3) Streptomyces
o Gram +
o Niet zuurvast
o Aëroob
Grondbacterie
Scheidt natuurlijk antibiotica uit, en
sommige soorten kunnen mycetomen
veroorzaken
Echte bacterien:
1) Kokken
- Steptokokken => rijen (gram +)
▪
, - Stafylokokken => trossen (gram +)
▪ Staphylococcus aureus / staphylococcus epidermidis
- Tetraden => per 4, in een vierkant
- Sarcinae => 3 dimentionele vierkant (gram +)
- Neisseriae => boonvormig (gram -)
▪ Neisseriae meningitis / Neisseriae gonorrhoeae
- Veillonella => (diplo)coccen (gram -)
2) Bacillen
- Zuurvaste
▪ Mycobacterium tuberculosis
- Gram + sporevormers
▪ Bacillus (aëroob)
▪ Clostridium (anaëroob)
- Gram – staven
▪ Enterobacteriaceae !!
▪ Pseudomonas Clostridium
3) Vibrio’s (gram -)
4) Spirillen (gram -)
5) Spirocheten
▪ Borrelia burgdorferi (gram -)
▪ Treponema pallidum (gram -)
▪ Leptospira interrogans
1.1.2.2. Biochemische classificatie
=> deze eigenschappen worden bepaald op een reincultuur -> afstammen van 1 cel
Isolaten = een kolonie verkregen op een vaste VB afkomstig van staal
Species = soort: kleinste groepering van bacterien met dezelfde eigenschappen
Identificatie tot op species-niveau
Stammen = 2 versch stammen, met dezelfde naam en verschillend nummer
Typeren van een stam (serotyperiing, moleculair, biochemisch,…)
Biotypen of variëteiten = biotypen van bacterien verschillen in kleinere minder belangrijke
biochemische reacties (versch stammen)
Serotypen = bv serotypen van salmonella: verschillen in celwandantigenen. Bij gram - =>
verschil in LPS laag (endotoxines!), bacterien met versch serotypes kunnen ook versch virulentie
tonen
Bergey’s manual: geeft overzicht van de bacterien ingedeeld volgens: biochemisch
classificatiesyteem (determinative bacteriology) of 16S rRNA (systematic bacteriology)
Hiërarchisch classificatiesysteem dat verwantschap weerspiegeld:
- species samen = genus of geslacht
- geslachten samen = familie (“aceae”)
- families samen = orde (“ales”)
- ordes samen = klasse
, - klasses samen = afdeling (phylum)
- afdelingen samen = rijk
vb: orde der Eubacteriales, familie der Enterobacteriaceae, genus Escherichia,
species Escherichia coli
ATCC: american type culture collection: verzameling van stammen
1.1.2.3. Fylogenetische classificatie
GC-AT verhouding bepaald -> kijken naar evolutionaire verwantschap
2. Microscopie
2.1. DE MICROSCOOP
2.1.1. De helderveldmicroscoop
➔ Met zichtbaar licht, tot 1000x vergroting
2.1.2. De donkerveldmicroscoop
➔ Voor moeilijk kleurbare kiemen, nat preparaat (mobiliteit)
2.1.3. De fasecontrastmicroscoop
➔ Ongekleurde preparaten, nat preparaat (mobiliteit)
2.1.4. Fluorescentiemicroscoop
➔ UV microscoop
2.2. VERS ONDERZOEK
Rechtstreeks onderzoek (RO): rechtstreeks onderzoek van klinisch staal
- Nat preparaat: -> voor vorm, beweeglijkheid
▪ H2O (0.9% NaCl), en vitale kleurstof (gewone kleurstof = toxisch voor
de cel)
- Aanwezigheid, vorm en beweeglijkeheid van bacterien, schimmels, parasiete of
gisten nagaan
- Onderscheiden leukocyten en epitheelcellen
- Ook uitstrijkpreparaat (gram)
2.3. DE GRAMKLEURING
Gram + => paars, gram - => rood
2.3.1. Uitvoering
- kristalviolet: 1’
- water
- Lugol: 1’ en ontkleuren (cruciaal)
- rode kleurstof (safranine/fuchsine): 1’
- water
- Drogen of droogdeppen
2.3.2. Principe van gram-kleuring
- De primaire basische kleurstof, kristalviolet, kleurt alle cellen paars (het dringt
binnen in de peptidoglycaanlaag)
- Lugol => combinatie I2/KI, deze vormt met kristalviolet een moeilijk oplosbaar
complex in ethanol
, - Ontkleuren met ethanol: kleurstofcomplex bij gram – wordt weggekleurd, maar
blijft achter bij gram+ door dikke laag peptidoglycaan. Ethanol zorgt dat die dikke
peptidoglycaanlaag samenkrimpt en minder doorlaatbaar wordt, kristalviolet
blijft in de celwand
- Contrastkleurstof safranine, tegenkleuring voor gram – te visualiseren
2.4. DE ZIEHL-NEELSEN-KLEURING
-> voor zuurvaste bacteriën op te sporen, bv Mycobacterium: blijft rood door aanwezigheid van
mycolzuur in celwand
2.5. DE AURAMINEKLEURING
-> alternatieve zuurvaste kleuring, fel gele bacillen (fluorescentie) op groenblauwe tot
donkerblauwe achtergrond
2.6. IMMUNOFLUORESCENTIEKLEURING
-> opsporen specifiek organisme
2.7. FLAGELLAKLEURING
-> Deze kleuring heeft een beperkt nut maar kan vooral bij niet-fermenteerders gebruikt worden
als identificatiekenmerk
2.8. DE GIËMSAKLEURING
-> opsporen parasieten in het bloed
2.9. DE CALCOFLUORKLEURING
-> kleuring fungi en opsporen Pneumocystis jirovecii
3. Kweekmethoden
3.1. ALGEMENE INLEIDING
=> doel: MO identificeren
Staal enten op isolatieboodem -> voor afzonderlijke kolonies te verkrijgen (=reincultuur)
Geschikte voedingsbodem bevat:
- Organische bestandsdelen: suikers, afbraakproducten van eiwitten en DNA
(=energie bron)
- Buffers
- Soms groeifactoren (zoals bloed, vitaminen,…)
- Bepaald % agar
Men kan oftewel gelyofiliseerd poeder kopen voor bodem zelf te maken, of kant en klare bodems
Keuze van voedingsbodem hangt af van: type staal, en te verwachte kiemen
Hierna: identificatieprocedure (reincultuur vereist!)
Kan manueel (biochemisch, microscopie,…) of automaat (MALDITOF, VITEK,..)
