Samenvatting theorie zelfstudies menselijke genetica

Zelfstudie 1: nomenclatuur van sequentievarianten
Niveau aangeven: DNA, RNA of eiwit
DNA
- Genomisch: g.
- cDNA: c.
- Mitochondrieel: m.
- Algemeen: nt.
- A, G, C, T
RNA
- Coding RNA: r.
- Non-coding RNA: n.
- A, G, C, U
Proteïne
- p.
- Een lettercode (R, H) of drie lettercode (Arg, His)
- * = stop codon (ook X)

Positie van de verandering aangeven
gDNA
- Van eerste (1) tot laatste nucleotide (≠transcriptiestart en -stop)
- Geen andere symbolen (+, -, *, enz)
cDNA en RNA
- Van de eerste (1) nt van ATG (translatiestart) tot de laatste nt van stopcodon (translatiestop)
- -: 5’ van ATG
- *: 3’ van stopcodon, opnieuw tellen vanaf 1
- Positie coderend nt + x: begin intron positie coderende nt -x: einde intron
- Vb. c.363+2 Vb. c.363-3
Proteïne
- Van eerste tot laatste aminozuur

Aard van de verandering aangeven
Substituties (enkel gebruiken voor 1 nt of AZ!)
Nucleotiden
g./c./m./r., positie nt, substitutie aanduiden met >
Vb. c.957 A>T

Aminozuren
p. normaal AZ, positie van aminozuur, mutant aminozuur
Vb. p.R117H of p.Arg117His (missense mutatie)

Bijzonder geval: stop mutatie (nonsense mutatie)
Vb. p.K385*: codon 385 verandert van lysine (K) naar een stopcodon (*), soms ook p.K385X

Bijzonder geval: substitutie in methionine startcodon waardoor geen proteïne gemaakt wordt -> p.0

Deleties, duplicaties en inserties
Nucleotiden
- g.35delG: deletie van G op positie 35
- g.6232_6236del
g.6232_6236delTGGTC del 5 bp, de eerste op positie 6232

, g.6232_6236del5

- c.546dupT: duplicatie van T op positie 546
- c.546_551dup
c.546_551dupTGGTCA dup 6 bp, de eerste op positie 546
c.546_551dup6
- g.409_410insC: insertie van C na positie 409
- g.1086_1087insGCGTGA (sequentie altijd weergeven!!!!)

Indien er meerdere opties mogelijk zijn, gaat men ervanuit dat de verandering die de meest 3’ positie
omvat de juiste is
Vb. ACT TTG TGCC -> ACTTGCC
ACTTTGTGCC : c.4_delTTG -> onjuist
ACTTTGTGCC : c.5_7delTGT

Aminozuren (3nt, 1 triplet!)
- p.Phe08del OF p.F508del: deletie van aminozuur fenylalanine op positie 508 in het eiwit
- p.Val25dup: duplicatie van aminozuur valine op positie 25 in het eiwit
- p.G4_Q6dup: Vb. CKMGHQQQCC -> CKMGHQGHQQQCC
- p.K29_M30insQSK: insertie van QSK tussen lysine op positie 29 en methionine op positie 30

Inserties/deleties (indels)
Nucleotiden
Vb. op positie 112-117 is AGGTCA vervangen door TG -> g.112_117delinsTG
Vb. c.76_77delinsTT in plaats van c.[76A>T;77G>T]

Aminozuren
Vb. een deletie van 3bp (-> geen frameshift), aminozuren cysteïne (C) en lysine (K) op positie 28 en 29
vervangen door een tryptofaan aminozuur -> p.C28_K29delinsW
Vb. door een insertie van 3bp (-> geen frameshift), wordt aminozuur cysteïne (C) op positie 28
vervangen door een tryptofaan (W) en valine (V) aminozuur -> p.C28delinsWV

Inversies
Nucleotiden
- g.203_506inv OF g.203_506inv304

Frameshift (fs)
Aminozuren
- p.Arg83fs: frameshift met arginine op positie 83 als eerste veranderde aminozuur
- p.Arg83fs*2: arginine op positie 83 is het eerste veranderde aminozuur. Er is een stopcodon
direct volgend na deze Arg. fs*# duidt aan op welke positie het nieuwe leesraam een
stopcodon tegenkomt. Het stopcodon wordt berekend startende van het eerste aminozuur
dat veranderd is door de frameshift (=positie 1). Merk op dat fs*1 dus nooit kan voorkomen.
- p.Val6Alafs*7
Frameshift waardoor aminozuur valine op positie 6 van het eiwit verandert in een alanine. In
het nieuwe reading frame is er een stopcodon op positie 7. In deze telling start Ala als
aminozuur 1
- p.Arg97Profs*23
Frameshift mutatie die start met Arg op positie 97 als eerste aangetaste aminozuur, wat
vervangen wordt door een proline. Dit creeert een nieuw leesraam dat eindigt met een
stopcodon op positie 23 (telling start met Pro als aminozuur 1)