Soorten PCR (polymerase chain
reaction)
1. Specificiteit opdrijven via
Nested PCR
o Geconserveerde sequentie amplificeren ; reactieproducten van eerste PCR als
template gebruiken voor een tweede primerkoppel
Hot start PCR
o DNA-polymerase is pas actief na hittebehandeling (94°C)
Touch down PCR
o De annealingstemperatuur neemt telkens af doorheen de verschillende cycli
2. Andere soorten PCR
RT-PCR = reverse transcriptase PCR
o (m)RNA cDNA
o 3 primer systeem / 2 primer systeem
o Huishoudgenen / referentiegenen
Multiplex PCR
o Tegelijkertijd amplificeren van meerdere genen met meerdere primersets in 1 reactie
RFLP-PCR = restriction fragment length polymorphism
o Detecteren van SNP’s genotypering via SNP’s
AS-PCR = allel specifieke PCR
o Steeds interne controle nodig die amplicon vormt bij correct verloop van PCR
SNP array
o Onderzoek van verschillende SNP’s tegelijkertijd
3. 2 verschillende manieren om genotypering (identiteit bacterie) uit te voeren
AFLP-PCR = amplified fragment length polymorphism PCR
o Genotypering van een bacteriestam
o Restrictiedigest, adapter en PCR
o Voordeel : sequentie van PCR target moet niet gekend zijn
o Gelelektroforese (agarose of labchip)
o Genotypering van onbekende soorten en het vergelijken van soorten
RAPD = random amplified polymorphic DNA
o Willekeurige (korte) primers
o Voordeel : sequentie van PCR target moet niet gekend zijn
o Genotypering naar bacteriestam en infectiehaard
o Genotypering van onbekende soorten en het vergelijken van soorten
Methylspecifieke PCR
o Peilt naar de methylering of methyleringsgraad in een specifieke DNA-sequentie (vb:
promotor van bepaald gen)
o Epigenetische merker : komen bovenop gen, overerfbaar (vb : DNA methylering op
CpG eilanden)
o Geassocieerd met zeer dens opgewonden chromatine -> promotor inactief
o De complementaire base voor U wordt een A ipv G in de niet-gemethyleerde vorm
reaction)
1. Specificiteit opdrijven via
Nested PCR
o Geconserveerde sequentie amplificeren ; reactieproducten van eerste PCR als
template gebruiken voor een tweede primerkoppel
Hot start PCR
o DNA-polymerase is pas actief na hittebehandeling (94°C)
Touch down PCR
o De annealingstemperatuur neemt telkens af doorheen de verschillende cycli
2. Andere soorten PCR
RT-PCR = reverse transcriptase PCR
o (m)RNA cDNA
o 3 primer systeem / 2 primer systeem
o Huishoudgenen / referentiegenen
Multiplex PCR
o Tegelijkertijd amplificeren van meerdere genen met meerdere primersets in 1 reactie
RFLP-PCR = restriction fragment length polymorphism
o Detecteren van SNP’s genotypering via SNP’s
AS-PCR = allel specifieke PCR
o Steeds interne controle nodig die amplicon vormt bij correct verloop van PCR
SNP array
o Onderzoek van verschillende SNP’s tegelijkertijd
3. 2 verschillende manieren om genotypering (identiteit bacterie) uit te voeren
AFLP-PCR = amplified fragment length polymorphism PCR
o Genotypering van een bacteriestam
o Restrictiedigest, adapter en PCR
o Voordeel : sequentie van PCR target moet niet gekend zijn
o Gelelektroforese (agarose of labchip)
o Genotypering van onbekende soorten en het vergelijken van soorten
RAPD = random amplified polymorphic DNA
o Willekeurige (korte) primers
o Voordeel : sequentie van PCR target moet niet gekend zijn
o Genotypering naar bacteriestam en infectiehaard
o Genotypering van onbekende soorten en het vergelijken van soorten
Methylspecifieke PCR
o Peilt naar de methylering of methyleringsgraad in een specifieke DNA-sequentie (vb:
promotor van bepaald gen)
o Epigenetische merker : komen bovenop gen, overerfbaar (vb : DNA methylering op
CpG eilanden)
o Geassocieerd met zeer dens opgewonden chromatine -> promotor inactief
o De complementaire base voor U wordt een A ipv G in de niet-gemethyleerde vorm
