MOLECULAIRE CELBIOLOGIE SAMENVATTING
College 1 DNA : chromatine en genexpressie
kan zich verspreiden /Kettingreactiel :
nucleosomen dichter -
gen uit . Barriere-eiwitten stoppen deze
↓ verspreiding
Chromatine :
DNA + eiwitten ·
heterochromatine :
dicht in actief
·
euchromatine : open , actief
nucleosoom :
DNA + historen (HZA HIB , ,
H3 , H4) :
H3-H4 tetrameer ,
DNA Wikkelt , HLA-HLB toegevoegd (H1 stabiliseert DNA)
4
dynamisch mbv chromatine remoddeling enzymes (trekt DNA over histon
↳
gebruikt ATP + ADP ,
histon chaperones wisselen histonen uit
HISTON CODE
histon mods o acetylering neutraal DNA losser+ ac tief fosforylering (Serine)
->
: :
,
:
neutraal >
-
negatief , DNA-abstoting
dus actief
·
methylering : Vaan -> inactief
histon-code en readercomplex : 1. mod op histon
Zet na repl mods terug op histones
L
.
2 reader complex herkent
.
3 trekt andere eiwitten aan +
genexpressie of silencing
in loops van DNA meer toegankelijkheid + meer expressie I midden van hern hoog ,
rand hern laag)
translocatie : stuk DNA naar ander chromosoom
College 2 genoom en DNA-replicatie
mutaties
:
·
duplicatie coderend DNA veranderd minder door purifying
·
deletie Selection
inversie omkering DNA stuk
· :
transpositie Verplaatsing
·
:
DNA binnen genoom
·
DNA schade
, genduplicatie :
zorgt voor nieuwe genen +
gen inactivatie +
pseudogen
·
gen diversificatie + nieuwe functie
DNA variatie tussen individuen ·
DNA polymerase profreading controleert basenparing : verkeerde
SND CND UNTR base via editing site verwijderd
·
· ·
·
strand-directed mismatch repair verwijdert 99 9 %
.
↳
DNA replicatie MutS herkent ,
Muth boekt nick (breuk nieuwe streng) , nieuwe
1. origin of replication wordt herkend synthese
2
. helicase Opent DNA dmv ATP
.
3 Single stranded binding proteins stabiliseren enkelstrengs DNA
4. primase maakt RNA primer
5
. DNA polymerase voegt nucleotiden toe
6 .
Sliding clamp houdt polymerase vast op DNA
RNA polymerase geen primer en profreading
:
College 3 DNA reparatie en transcriptie
DNA schade door :
Spontane hydrolyse +
depurinering (vaakst
·
reactieve radicalen (oxidatieve fosforylering)
straling
·
·
belangrijke vormen o depurinering : verlies base (A of 6) , vervangen door of
·
deaminering : ( + U ,
NH2 - O , herkenning van fout want DNA heeft geen U
reparatiemechanismen :
·
Base excision repair BER :
via flipping-out mechanisme +
base 1800 uit DNA gedraaid en enzym controleert
↳
uracil DNA glycosylase herkent en verwijdert U
·
Nucleotide excision repair NER :
voor grotere schade bu UV
↳
schade herkenning + E aan beide kanten schade + helicase verwijdert stuk + DNA polymerase vult aan + DNA ligase plakt dicht
↑
↑ elkaar
bu pyrimidine dimeer (basen naast elkaar plakken aan
door vervorming
, reparatie dubbelstrengsbreuken :
alles behalve geslachtscel
↓
·
non homologe end joining (" quick & dirty") :
Uiteinden gewoon aan elkaar geplakt - nucleotiden verloren . Vooral somatische
Cellen .
breuk herkend door ku heterodimeren
homologe recombinatie gebruikt zusterchromatide
·
: als template. herstel met exact kopie .
(
gereguleerd weinig DNA schade
·
sterk : te I
ophoping
te veel (verkeerd en onnauwkeurig) :
uitwisseling tussen homologe chromosomen
(die veel op elkaar lijken) , zorgt voor mutaties , translocaties en instabiliteit
transposon :
DNA stukken die zich kunnen verplaatsen in genoom , gevolgen :
mutaties ,
· DNA transposon : Knip en plak , bewegen direct
verandering genexpressie .
·
retrotransposon :
Via RNA tussenstap , kopiëren zichzelf
reparatie gebroken replicatie vork :
rad51 katalyseert DNA synapsis / homologe
·
paren
chromosomen gaan parallel naast elkaar liggen
en checkt of de paren voldoende complementair zijn
conservatieve specifieke integratie :
DNA inbouw op specifieke plek , gebruikt door virussen en bacteriofagen
integratie , exisie ,
inversie
Mitose :
verdubbeling van een cel
meiose : 1 diploïde cel 14 haploïde geslachtscellen , uitwisseling tussen moeder- en vadergenen :
crossing recombinante
·
over :
uitwisseling genen = chromosomen
·
gene conversion
tijdens meiose met opzet breuken gemaakt voor homologe recombinatie
heteroduplex DNA = DNA met 1
streng van papa en e van mama
als hun sequenties verschillen, mismatches ,
DNA mismatch repair systeem herkent fouten en Verwijdert +
vervangt
gevolg :
gene conversion
College 1 DNA : chromatine en genexpressie
kan zich verspreiden /Kettingreactiel :
nucleosomen dichter -
gen uit . Barriere-eiwitten stoppen deze
↓ verspreiding
Chromatine :
DNA + eiwitten ·
heterochromatine :
dicht in actief
·
euchromatine : open , actief
nucleosoom :
DNA + historen (HZA HIB , ,
H3 , H4) :
H3-H4 tetrameer ,
DNA Wikkelt , HLA-HLB toegevoegd (H1 stabiliseert DNA)
4
dynamisch mbv chromatine remoddeling enzymes (trekt DNA over histon
↳
gebruikt ATP + ADP ,
histon chaperones wisselen histonen uit
HISTON CODE
histon mods o acetylering neutraal DNA losser+ ac tief fosforylering (Serine)
->
: :
,
:
neutraal >
-
negatief , DNA-abstoting
dus actief
·
methylering : Vaan -> inactief
histon-code en readercomplex : 1. mod op histon
Zet na repl mods terug op histones
L
.
2 reader complex herkent
.
3 trekt andere eiwitten aan +
genexpressie of silencing
in loops van DNA meer toegankelijkheid + meer expressie I midden van hern hoog ,
rand hern laag)
translocatie : stuk DNA naar ander chromosoom
College 2 genoom en DNA-replicatie
mutaties
:
·
duplicatie coderend DNA veranderd minder door purifying
·
deletie Selection
inversie omkering DNA stuk
· :
transpositie Verplaatsing
·
:
DNA binnen genoom
·
DNA schade
, genduplicatie :
zorgt voor nieuwe genen +
gen inactivatie +
pseudogen
·
gen diversificatie + nieuwe functie
DNA variatie tussen individuen ·
DNA polymerase profreading controleert basenparing : verkeerde
SND CND UNTR base via editing site verwijderd
·
· ·
·
strand-directed mismatch repair verwijdert 99 9 %
.
↳
DNA replicatie MutS herkent ,
Muth boekt nick (breuk nieuwe streng) , nieuwe
1. origin of replication wordt herkend synthese
2
. helicase Opent DNA dmv ATP
.
3 Single stranded binding proteins stabiliseren enkelstrengs DNA
4. primase maakt RNA primer
5
. DNA polymerase voegt nucleotiden toe
6 .
Sliding clamp houdt polymerase vast op DNA
RNA polymerase geen primer en profreading
:
College 3 DNA reparatie en transcriptie
DNA schade door :
Spontane hydrolyse +
depurinering (vaakst
·
reactieve radicalen (oxidatieve fosforylering)
straling
·
·
belangrijke vormen o depurinering : verlies base (A of 6) , vervangen door of
·
deaminering : ( + U ,
NH2 - O , herkenning van fout want DNA heeft geen U
reparatiemechanismen :
·
Base excision repair BER :
via flipping-out mechanisme +
base 1800 uit DNA gedraaid en enzym controleert
↳
uracil DNA glycosylase herkent en verwijdert U
·
Nucleotide excision repair NER :
voor grotere schade bu UV
↳
schade herkenning + E aan beide kanten schade + helicase verwijdert stuk + DNA polymerase vult aan + DNA ligase plakt dicht
↑
↑ elkaar
bu pyrimidine dimeer (basen naast elkaar plakken aan
door vervorming
, reparatie dubbelstrengsbreuken :
alles behalve geslachtscel
↓
·
non homologe end joining (" quick & dirty") :
Uiteinden gewoon aan elkaar geplakt - nucleotiden verloren . Vooral somatische
Cellen .
breuk herkend door ku heterodimeren
homologe recombinatie gebruikt zusterchromatide
·
: als template. herstel met exact kopie .
(
gereguleerd weinig DNA schade
·
sterk : te I
ophoping
te veel (verkeerd en onnauwkeurig) :
uitwisseling tussen homologe chromosomen
(die veel op elkaar lijken) , zorgt voor mutaties , translocaties en instabiliteit
transposon :
DNA stukken die zich kunnen verplaatsen in genoom , gevolgen :
mutaties ,
· DNA transposon : Knip en plak , bewegen direct
verandering genexpressie .
·
retrotransposon :
Via RNA tussenstap , kopiëren zichzelf
reparatie gebroken replicatie vork :
rad51 katalyseert DNA synapsis / homologe
·
paren
chromosomen gaan parallel naast elkaar liggen
en checkt of de paren voldoende complementair zijn
conservatieve specifieke integratie :
DNA inbouw op specifieke plek , gebruikt door virussen en bacteriofagen
integratie , exisie ,
inversie
Mitose :
verdubbeling van een cel
meiose : 1 diploïde cel 14 haploïde geslachtscellen , uitwisseling tussen moeder- en vadergenen :
crossing recombinante
·
over :
uitwisseling genen = chromosomen
·
gene conversion
tijdens meiose met opzet breuken gemaakt voor homologe recombinatie
heteroduplex DNA = DNA met 1
streng van papa en e van mama
als hun sequenties verschillen, mismatches ,
DNA mismatch repair systeem herkent fouten en Verwijdert +
vervangt
gevolg :
gene conversion
