Eiwit-eiwit en eiwit-ligandinteracties
1. Inleiding
Eiwitten of proteïne spelen cruciale rol in biologische processen
Functies:
- Enzymatische katalyse
o Alle moleculaire omzetting worden gestuurd door enzymen
- Transport en stockering
o Transport van moleculen/ionen naar andere cellen of organen
- Gecoördineerde beweging
o Beweging van 2 biomoleculen tegenover elkaar
o Bv: spiercontractie komt door beweging van actine- en
myosinefilamenten
- Fysische/mechanische steun:
o Belangrijke structurele componenten van cellen
o Bv: collageenvezelfs
Uitvoeren van deze functies vereist samenwerking van eiwitten
onderling, met andere biomoleculen of kleine moleculen
Eiwit-eiwitcomplexen: verschillende of gelijkaardige eiwitten die met
elkaar associëren, gebaseerd op moleculaire herkenning via zwakke
krachten
Eiwit-ligandcomplexen: interactie van eiwitten met kleinere moleculen
(analoog aan eiwit-eiwitcomplex)
Contactplaats op een eiwit voor een 2de eiwit ligt op het oppervlak
Complementair van vorm
Polair karakter
2 eiwitten kunnen elkaar ook contacteren via meerdere
contactoppervlakken
Sterkere of beter controleerbare interactie
Anderzijds zijn hebben sommige eiwitten een scaffold functie:
Fungeren als bouwsteiger
Verschillende eiwitten kunnen zich eraan vasthechten met vorming
van een multi-eiwitcomplex
, De bindingplaats voor een ligand op een eiwit kan in een ‘depressie’ liggen
of ter hoogte van een ‘potrusie’
In vele gevallen is het ligand gebonden in een diepe groeve of een diepe
holte (pocket) op het oppervlak
Het ligand kan zelfs in een holte in het binnenste van het opgevouwen
eiwit (cavity) aanwezig zijn
Het ligand is in een intern micromilieu
Eiwit-eiwitinteracties en eiwit-ligandinteracties vormen de structurele basis
van eiwitfuncties en de controle van deze eiwitfuncties. Ze zijn essentieel
voor de werking van cellen, weefsels en organismen
2. Eigenschappen van eiwit-eiwit en
eiwit-ligandcomplexen
- Heteromeer: eiwitcomplex bestaande uit verschillende eiwitten
- Homomeer: eiwitcomplex bestaande uit dezelfde eiwitten
Hoeveel eiwitten wordt aangeduid door latijns voorvoegsel
Eigenschappen van eiwitcomplexen:
- Samenstelling:
o 2 tot 100-den eiwitten vormen samen een niet-covalent
complex
- Tijdsduur van complexvorming:
o Sommige zijn blijvend en dus stabiel
o Sommige zijn niet-blijvend en dus dynamisch
- Sterkte van de associatie of binding of interactie
o Wordt bepaalt door:
Grootte contactoppervlak
Aard van de niet-covalente aantrekkingen tussen de
bindingspartners
Aantal van de niet-covalente aantrekkingen tussen de
bindingspartners
1. Inleiding
Eiwitten of proteïne spelen cruciale rol in biologische processen
Functies:
- Enzymatische katalyse
o Alle moleculaire omzetting worden gestuurd door enzymen
- Transport en stockering
o Transport van moleculen/ionen naar andere cellen of organen
- Gecoördineerde beweging
o Beweging van 2 biomoleculen tegenover elkaar
o Bv: spiercontractie komt door beweging van actine- en
myosinefilamenten
- Fysische/mechanische steun:
o Belangrijke structurele componenten van cellen
o Bv: collageenvezelfs
Uitvoeren van deze functies vereist samenwerking van eiwitten
onderling, met andere biomoleculen of kleine moleculen
Eiwit-eiwitcomplexen: verschillende of gelijkaardige eiwitten die met
elkaar associëren, gebaseerd op moleculaire herkenning via zwakke
krachten
Eiwit-ligandcomplexen: interactie van eiwitten met kleinere moleculen
(analoog aan eiwit-eiwitcomplex)
Contactplaats op een eiwit voor een 2de eiwit ligt op het oppervlak
Complementair van vorm
Polair karakter
2 eiwitten kunnen elkaar ook contacteren via meerdere
contactoppervlakken
Sterkere of beter controleerbare interactie
Anderzijds zijn hebben sommige eiwitten een scaffold functie:
Fungeren als bouwsteiger
Verschillende eiwitten kunnen zich eraan vasthechten met vorming
van een multi-eiwitcomplex
, De bindingplaats voor een ligand op een eiwit kan in een ‘depressie’ liggen
of ter hoogte van een ‘potrusie’
In vele gevallen is het ligand gebonden in een diepe groeve of een diepe
holte (pocket) op het oppervlak
Het ligand kan zelfs in een holte in het binnenste van het opgevouwen
eiwit (cavity) aanwezig zijn
Het ligand is in een intern micromilieu
Eiwit-eiwitinteracties en eiwit-ligandinteracties vormen de structurele basis
van eiwitfuncties en de controle van deze eiwitfuncties. Ze zijn essentieel
voor de werking van cellen, weefsels en organismen
2. Eigenschappen van eiwit-eiwit en
eiwit-ligandcomplexen
- Heteromeer: eiwitcomplex bestaande uit verschillende eiwitten
- Homomeer: eiwitcomplex bestaande uit dezelfde eiwitten
Hoeveel eiwitten wordt aangeduid door latijns voorvoegsel
Eigenschappen van eiwitcomplexen:
- Samenstelling:
o 2 tot 100-den eiwitten vormen samen een niet-covalent
complex
- Tijdsduur van complexvorming:
o Sommige zijn blijvend en dus stabiel
o Sommige zijn niet-blijvend en dus dynamisch
- Sterkte van de associatie of binding of interactie
o Wordt bepaalt door:
Grootte contactoppervlak
Aard van de niet-covalente aantrekkingen tussen de
bindingspartners
Aantal van de niet-covalente aantrekkingen tussen de
bindingspartners
