Biochemie les 1
isocitraat dehydrogenase
maakt onderdeel uit van de citroenzuurcyclus.
Wat is de rol van citroenzuur?
Centrale metabole pathway
Wat is metabolisme?
omzetting van:
- brandstof naar energie en bouwstenen (katabolisme)
en/of
- Energie en bouwstenen naar verschillende moleculen waaruit een cel is opgebouwd (anabolisme)
Wat gebeurt er met suiker als het in
onze lichaamscellen komt, wanneer
deze cellen energie nodig hebben?
Glycolyse in cytosol.
Omzetting van pyruvaat naar acetyl-
CoA in de mitochondriën
Citroenzuurcyclus in de mitochondriën
Ademhalingsketen en oxidatieve
fosforylatie in het binnen membraan
van de mitochondriën
Bij bacteriën gebeurd dit in het cytosol
en in het plasmamembraan.
Volledige omzetting van glucose
Splitsen van glucose 2 pyruvaat +energie
Glucose + 2ADP + 2Pi + 2 NAD+ 2 pyruvaat + 2 ATP + 2 NADH + 2 H20 + 2H+
,Investeringsfase: op 2 plekken gaat er ATP in
Pay-off fase: er wordt op 2 plekken ATP gevormd er een NADH. 2 moleculen.
Voorbereidingsfase: Kost 2 ATP.
1e en 3e stap: ATP wordt geïnvesteerd.
hexokinase kan maar één kant op.
enzymen leren en producten leren!
Enzymen
kinase: enzym draagt fosfaatgroep over van ATP naar ander molecuul
Dehydrogenases: behoort tot de oxidoreductases; katalyseert oxidatieve reacties (NADH/FADH2
vorming, overdracht elektronen).
Isomerases: katalyseren isomersaties (mutase verplaats fosfaatgroepen)
Enolases: enzym uit de lyase-klasse (splitst C-O binding)
Verschil kinase en fosfatase: fosfatase is nodig om de omgekeerde reactie van een kinase te doen.
Payoff phase
het molecuul 1,3-Bisphosphoglycerate heeft
minder elektronen dan Glyceraldehyde 3-fosfaat.
Kinase vormt in dit geval 2 ATP.
Mutase: maakt van het ene isomeer een ander
isomeer, zie afbeelding. Dit is nodig zodat er met
behulp van enolase en afsplitsing van water er
pyruvaat kan ontstaan.
Je krijgt 4 ATP en 2 NADH.
Netto: 2 ATP + 2 NADH
,Pyruvaat shuttle: transport van het cytoplasma naar de mitochondriële matrix (kost 1 ATP)
Acetyl-CoA wordt gevormd.
2 pyruvaat + 2 CoA + 2 NAD+ 2 Acetyl-CoA + 2CO2 + 2 NADH + 2H+
Omzetten van pyruvaat naar acetyl-coa
* wordt gekatalyseerd door het pyruvaat dehydrogenase complex
- 5 co-enzymen nodig
- TPP, lipoyllysine en FAD zijn prosthetische groepen, die moeten wel binden aan het enzym en
zitten er vast, maar met de stof gebeurd zelf verder niks.
- NAD+ en CoA-SH zijn co-substraten, want daar veranderd iets.
Co-enzymen: niet-eiwit moleculen die bijdragen aan de functie van een enzym.
- als ze voortdurend aan het enzym gebonden zijn worden ze soms prosthetische groepen genoemd.
co-enzymen zijn geen permanent onderdeel van de structuur van een enzym
- ze binden, vervullen een functie en laten weer los.
De functie van CoA is het accepteren en dragen van acetyl-groepen.
Acetyl-CoA kan de citroenzuurcyclus in. In de citroenzuurcyclus wordt géén zuurstof gebruikt.
Citroenzuurcyclus
2 Acetyl-CoA + 6NAD+ + 2FAD + 2 GDP + 2 P i + 4H20 4CO2 + 6NADH + 6H+ + 2FADH2 + 2GTP + 2CoA
, FADH2 wordt gebruikt omdat deze minder energie oplevert.
6 CO2 komt uiteindelijk vrij uit de citroenzuurcyclus.
Citroenzuurcyclus is afhankelijk van cofactoren zoals NAD+ etc.
Er is steeds aanvoer van acetylCoA, waardoor de reactie telkens dezelfde kant op loopt
isocitraat dehydrogenase
maakt onderdeel uit van de citroenzuurcyclus.
Wat is de rol van citroenzuur?
Centrale metabole pathway
Wat is metabolisme?
omzetting van:
- brandstof naar energie en bouwstenen (katabolisme)
en/of
- Energie en bouwstenen naar verschillende moleculen waaruit een cel is opgebouwd (anabolisme)
Wat gebeurt er met suiker als het in
onze lichaamscellen komt, wanneer
deze cellen energie nodig hebben?
Glycolyse in cytosol.
Omzetting van pyruvaat naar acetyl-
CoA in de mitochondriën
Citroenzuurcyclus in de mitochondriën
Ademhalingsketen en oxidatieve
fosforylatie in het binnen membraan
van de mitochondriën
Bij bacteriën gebeurd dit in het cytosol
en in het plasmamembraan.
Volledige omzetting van glucose
Splitsen van glucose 2 pyruvaat +energie
Glucose + 2ADP + 2Pi + 2 NAD+ 2 pyruvaat + 2 ATP + 2 NADH + 2 H20 + 2H+
,Investeringsfase: op 2 plekken gaat er ATP in
Pay-off fase: er wordt op 2 plekken ATP gevormd er een NADH. 2 moleculen.
Voorbereidingsfase: Kost 2 ATP.
1e en 3e stap: ATP wordt geïnvesteerd.
hexokinase kan maar één kant op.
enzymen leren en producten leren!
Enzymen
kinase: enzym draagt fosfaatgroep over van ATP naar ander molecuul
Dehydrogenases: behoort tot de oxidoreductases; katalyseert oxidatieve reacties (NADH/FADH2
vorming, overdracht elektronen).
Isomerases: katalyseren isomersaties (mutase verplaats fosfaatgroepen)
Enolases: enzym uit de lyase-klasse (splitst C-O binding)
Verschil kinase en fosfatase: fosfatase is nodig om de omgekeerde reactie van een kinase te doen.
Payoff phase
het molecuul 1,3-Bisphosphoglycerate heeft
minder elektronen dan Glyceraldehyde 3-fosfaat.
Kinase vormt in dit geval 2 ATP.
Mutase: maakt van het ene isomeer een ander
isomeer, zie afbeelding. Dit is nodig zodat er met
behulp van enolase en afsplitsing van water er
pyruvaat kan ontstaan.
Je krijgt 4 ATP en 2 NADH.
Netto: 2 ATP + 2 NADH
,Pyruvaat shuttle: transport van het cytoplasma naar de mitochondriële matrix (kost 1 ATP)
Acetyl-CoA wordt gevormd.
2 pyruvaat + 2 CoA + 2 NAD+ 2 Acetyl-CoA + 2CO2 + 2 NADH + 2H+
Omzetten van pyruvaat naar acetyl-coa
* wordt gekatalyseerd door het pyruvaat dehydrogenase complex
- 5 co-enzymen nodig
- TPP, lipoyllysine en FAD zijn prosthetische groepen, die moeten wel binden aan het enzym en
zitten er vast, maar met de stof gebeurd zelf verder niks.
- NAD+ en CoA-SH zijn co-substraten, want daar veranderd iets.
Co-enzymen: niet-eiwit moleculen die bijdragen aan de functie van een enzym.
- als ze voortdurend aan het enzym gebonden zijn worden ze soms prosthetische groepen genoemd.
co-enzymen zijn geen permanent onderdeel van de structuur van een enzym
- ze binden, vervullen een functie en laten weer los.
De functie van CoA is het accepteren en dragen van acetyl-groepen.
Acetyl-CoA kan de citroenzuurcyclus in. In de citroenzuurcyclus wordt géén zuurstof gebruikt.
Citroenzuurcyclus
2 Acetyl-CoA + 6NAD+ + 2FAD + 2 GDP + 2 P i + 4H20 4CO2 + 6NADH + 6H+ + 2FADH2 + 2GTP + 2CoA
, FADH2 wordt gebruikt omdat deze minder energie oplevert.
6 CO2 komt uiteindelijk vrij uit de citroenzuurcyclus.
Citroenzuurcyclus is afhankelijk van cofactoren zoals NAD+ etc.
Er is steeds aanvoer van acetylCoA, waardoor de reactie telkens dezelfde kant op loopt
