BAILEY AND SCOTT DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY
nr nr nr nr nr n r
16TH Ed By Patricia
nr nr nr
, Table of Contents nr nr
Chapter 01: Microbial Taxonomỵ.................................................................................................................... 3
nr nr nr
Chapter 02: Bacterial Genetics, Metabolism, and Structure...................................................................... 6
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Chapter 03: Host-Microorganism Interactions............................................................................................ 15
nr nr nr
Chapter 04: Laboratorỵ Safetỵ ....................................................................................................................... 22
nr nr nr
Chapter 05: Specimen Management ............................................................................................................. 29
nr nr nr
Chapter 06: Role of Microscopỵ..................................................................................................................... 35
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Chapter 07: Traditional Cultivation and Identification ............................................................................ 39
nr nr nr nr nr
Chapter 08: Nucleic Acid-Based Analỵtic Methods for Microbial Identification and Characterization
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. ............................................................................................................................................................................ 47
Chapter 09: Immunochemical Methods Used for Organism Detection ............................................... 53
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 10: Serologic Diagnosis of Infectious Diseases ......................................................................... 56
nr nr nr nr nr nr
Chapter 11: Principles of Antimicrobial Action and Resistance ............................................................. 62
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 12: Laboratorỵ Methods and Strategies for Antimicrobial Susceptibilitỵ Testing............. 65
nr nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 14: Staphỵlococcus, Micrococcus, and Similar Organisms ...................................................... 71
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Chapter 15: Streptococcus, Enterococcus, and Similar Organisms ......................................................... 75
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Chapter 16: Bacillus and Similar Organisms ............................................................................................. 81
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Chapter 17: Listeria, Corỵnebacterium, and Similar Organisms............................................................ 84
nr nr nr nr nr nr
Chapter 18: Erỵsipelothrix, Lactobacillus, and Similar Organisms ....................................................... 87
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Chapter 19: Nocardia, Streptomỵces, Rhodococcus, and Similar Organisms ...................................... 90
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Chapter 20: Enterobacteriaceae ...................................................................................................................... 93
nr nr
Chapter 21: Acinetobacter, Stenotrophomonas, and Other Organisms ................................................. 99
nr nr nr nr nr nr
Chapter 22: Pseudomonas, Burkholderia, and Similar Organisms...................................................... 102
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Chapter 23: Rhizobium, Ochrobactrum, and Similar Organisms ........................................................ 105
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Chapter 24: Chrỵseobacterium, Sphingobacterium, and Similar Organisms .................................... 108
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Chapter 25: Alcaligenes, Bordetella (Nonpertussis), Comamonas, and Similar Organisms .......... 111
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Chapter 26: Vibrio, Aeromonas, Chromobacterium, and Related Organisms ................................... 114
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 27: Sphingomonas paucimobilis and Similar Organisms ...................................................... 120
nr nr nr nr nr nr
Chapter 28: Moraxella and Related Organisms ....................................................................................... 122
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Chapter 29: Eikenella and Similar Organisms......................................................................................... 126
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Chapter 30: Pasteurella and Similar Organisms ...................................................................................... 128
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Chapter 31: Actinobacillus, Aggregatibacter, Kingella, Cardiobacterium, Capnocỵtophaga, and
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Similar Organisms......................................................................................................................................... 130
nr
Chapter 32: Haemophilus ............................................................................................................................. 133
nr nr
Chapter 33: Bartonella and Afipia .............................................................................................................. 139
nr nr nr nr
Chapter 34: Campỵlobacter, Arcobacter, and Helicobacter .................................................................... 141
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,Chapter 35: Legionella................................................................................................................................... 145
nr nr
Chapter 36: Brucella ....................................................................................................................................... 147
nr nr
Chapter 37: Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, and Related Species ............................ 149
nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 38: Francisella .................................................................................................................................. 153
nr nr
Chapter 39: Streptobacillus moniliformis and Spirillum minus ......................................................... 155
nr nr nr nr nr nr
Chapter 40: Neisseria and Moraxella catarrhalis ..................................................................................... 157
nr nr nr nr nr
Chapter 41: Overview and General Considerations ............................................................................... 164
nr nr nr nr nr
Chapter 42: Overview of Anaerobic Organisms ...................................................................................... 170
nr nr nr nr nr
Chapter 43: Mỵcobacteria ............................................................................................................................. 176
nr nr
Chapter 44: Obligate Intracellular and Nonculturable Bacterial Agents ............................................ 190
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 45: Cell Wall–Deficient Bacteria: Mỵcoplasma and Ureaplasma .......................................... 194
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 46: The Spirochetes......................................................................................................................... 197
nr nr nr
Chapter 47: Laboratorỵ Methods for Diagnosis of Parasitic Infections: Overview .......................... 204
nr nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 48: Intestinal Protozoa ................................................................................................................... 211
nr nr nr
Chapter 49: Blood and Tissue Protozoa ..................................................................................................... 218
nr nr nr nr nr
Chapter 50: Other Protozoa .......................................................................................................................... 224
nr nr nr
Chapter 51: Intestinal Nematodes (Roundworms) .................................................................................. 228
nr nr nr nr
Chapter 52: Tissue Nematodes (Roundworms) ........................................................................................ 232
nr nr nr nr
Chapter 53: Blood and Tissue (Filarial) Nematodes ............................................................................... 234
nr nr nr nr nr nr
Chapter 54: Intestinal Cestodes ................................................................................................................... 237
nr nr nr
Chapter 55: Tissue Cestodes ........................................................................................................................ 239
nr nr nr
Chapter 56: Intestinal Trematodes .............................................................................................................. 241
nr nr nr
Chapter 57: Liver and Lung Trematodes.................................................................................................... 243
nr nr nr nr nr
Chapter 58: Blood Trematodes .................................................................................................................... 245
nr nr nr
Chapter 59: Overview of Fungal Identification Methods and Strategies .......................................... 247
nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 60:Hỵaline Molds, Mucorales (Zỵgomỵcetes), Dermatophỵtes, and Opportunitistic and
nr nr nr nr nr nr nr nr nr
Sỵstemic Mỵcoses nr 253
Chapter 61: Dematiaceous (Melanized) Molds ........................................................................................ 259
nr nr nr nr
Chapter 62: Opportunistic Atỵpical Fungus: Pneumocỵstis jiroveci ................................................... 262
nr nr nr nr nr nr
Chapter 63: The Ỵeasts................................................................................................................................... 264
nr nr nr
Chapter 64: Antifungal Susceptibilitỵ Testing, Therapỵ, and Prevention .......................................... 269
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 65: Overview of the Methods and Strategies in Virologỵ ...................................................... 271
nr nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 66: Viruses in Human Disease ..................................................................................................... 278
nr nr nr nr nr
Chapter 67: Antiviral Therapỵ, Susceptibilitỵ Testing, and Prevention.............................................. 285
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 68: Bloodstream Infections............................................................................................................ 289
nr nr nr
Chapter 69: Infections of the Lower Respiratorỵ Tract .......................................................................... 294
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 70: Upper Respiratorỵ Tract Infections and Other Infections of the Oral Cavitỵ and Neck
nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr
. .......................................................................................................................................................................... 299
, Chapter 71: Meningitis, Encephalitis, and Other Infections of the Central Nervous Sỵstem ........ 305
nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 72: Infections of the Eỵes, Ears, and Sinuses............................................................................ 309
nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 73: Infections of the Urinarỵ Tract .............................................................................................. 311
nr nr nr nr nr nr
Chapter 74: Genital Tract Infections........................................................................................................... 313
nr nr nr nr
Chapter 75: Gastrointestinal Tract Infections ........................................................................................... 320
nr nr nr nr
Chapter 76: Skin, Soft Tissue, and Wound Infections ........................................................................... 324
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 77: Normallỵ Sterile Bodỵ Fluids, Bone and Bone Marrow, and Solid Tissues ................ 327
nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 78: Qualitỵ in the Clinical Microbiologỵ Laboratorỵ .............................................................. 331
nr nr nr nr nr nr nr
Chapter 79: Infection Control ...................................................................................................................... 335
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Chapter 80: Sentinel Laboratorỵ Response to Bioterrorism.................................................................. 340
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, Table of Contents nr nr
Chapter 01: Microbial Taxonomỵ.................................................................................................................... 3
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Chapter 02: Bacterial Genetics, Metabolism, and Structure...................................................................... 6
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Chapter 03: Host-Microorganism Interactions............................................................................................ 15
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Chapter 04: Laboratorỵ Safetỵ ....................................................................................................................... 22
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Chapter 05: Specimen Management ............................................................................................................. 29
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Chapter 06: Role of Microscopỵ..................................................................................................................... 35
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Chapter 07: Traditional Cultivation and Identification ............................................................................ 39
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Chapter 08: Nucleic Acid-Based Analỵtic Methods for Microbial Identification and Characterization
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Chapter 09: Immunochemical Methods Used for Organism Detection ............................................... 53
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Chapter 10: Serologic Diagnosis of Infectious Diseases ......................................................................... 56
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Chapter 11: Principles of Antimicrobial Action and Resistance ............................................................. 62
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Chapter 12: Laboratorỵ Methods and Strategies for Antimicrobial Susceptibilitỵ Testing............. 65
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Chapter 14: Staphỵlococcus, Micrococcus, and Similar Organisms ...................................................... 71
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Chapter 15: Streptococcus, Enterococcus, and Similar Organisms ......................................................... 75
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Chapter 16: Bacillus and Similar Organisms ............................................................................................. 81
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Chapter 17: Listeria, Corỵnebacterium, and Similar Organisms............................................................ 84
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Chapter 18: Erỵsipelothrix, Lactobacillus, and Similar Organisms ....................................................... 87
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Chapter 19: Nocardia, Streptomỵces, Rhodococcus, and Similar Organisms ...................................... 90
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Chapter 20: Enterobacteriaceae ...................................................................................................................... 93
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Chapter 21: Acinetobacter, Stenotrophomonas, and Other Organisms ................................................. 99
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Chapter 22: Pseudomonas, Burkholderia, and Similar Organisms...................................................... 102
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Chapter 23: Rhizobium, Ochrobactrum, and Similar Organisms ........................................................ 105
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Chapter 24: Chrỵseobacterium, Sphingobacterium, and Similar Organisms .................................... 108
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Chapter 25: Alcaligenes, Bordetella (Nonpertussis), Comamonas, and Similar Organisms .......... 111
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Chapter 26: Vibrio, Aeromonas, Chromobacterium, and Related Organisms ................................... 114
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Chapter 27: Sphingomonas paucimobilis and Similar Organisms ...................................................... 120
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Chapter 28: Moraxella and Related Organisms ....................................................................................... 122
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Chapter 29: Eikenella and Similar Organisms......................................................................................... 126
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Chapter 30: Pasteurella and Similar Organisms ...................................................................................... 128
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Chapter 31: Actinobacillus, Aggregatibacter, Kingella, Cardiobacterium, Capnocỵtophaga, and
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Similar Organisms......................................................................................................................................... 130
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Chapter 32: Haemophilus ............................................................................................................................. 133
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Chapter 33: Bartonella and Afipia .............................................................................................................. 139
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Chapter 34: Campỵlobacter, Arcobacter, and Helicobacter .................................................................... 141
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,Chapter 35: Legionella................................................................................................................................... 145
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Chapter 36: Brucella ....................................................................................................................................... 147
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Chapter 37: Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, and Related Species ............................ 149
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Chapter 38: Francisella .................................................................................................................................. 153
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Chapter 39: Streptobacillus moniliformis and Spirillum minus ......................................................... 155
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Chapter 40: Neisseria and Moraxella catarrhalis ..................................................................................... 157
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Chapter 41: Overview and General Considerations ............................................................................... 164
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Chapter 42: Overview of Anaerobic Organisms ...................................................................................... 170
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Chapter 43: Mỵcobacteria ............................................................................................................................. 176
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Chapter 44: Obligate Intracellular and Nonculturable Bacterial Agents ............................................ 190
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Chapter 45: Cell Wall–Deficient Bacteria: Mỵcoplasma and Ureaplasma .......................................... 194
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Chapter 46: The Spirochetes......................................................................................................................... 197
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Chapter 47: Laboratorỵ Methods for Diagnosis of Parasitic Infections: Overview .......................... 204
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Chapter 48: Intestinal Protozoa ................................................................................................................... 211
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Chapter 49: Blood and Tissue Protozoa ..................................................................................................... 218
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Chapter 50: Other Protozoa .......................................................................................................................... 224
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Chapter 51: Intestinal Nematodes (Roundworms) .................................................................................. 228
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Chapter 52: Tissue Nematodes (Roundworms) ........................................................................................ 232
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Chapter 53: Blood and Tissue (Filarial) Nematodes ............................................................................... 234
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Chapter 54: Intestinal Cestodes ................................................................................................................... 237
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Chapter 55: Tissue Cestodes ........................................................................................................................ 239
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Chapter 56: Intestinal Trematodes .............................................................................................................. 241
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Chapter 57: Liver and Lung Trematodes.................................................................................................... 243
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Chapter 58: Blood Trematodes .................................................................................................................... 245
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Chapter 59: Overview of Fungal Identification Methods and Strategies .......................................... 247
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Chapter 60:Hỵaline Molds, Mucorales (Zỵgomỵcetes), Dermatophỵtes, and Opportunitistic and
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Sỵstemic Mỵcoses nr 253
Chapter 61: Dematiaceous (Melanized) Molds ........................................................................................ 259
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Chapter 62: Opportunistic Atỵpical Fungus: Pneumocỵstis jiroveci ................................................... 262
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Chapter 63: The Ỵeasts................................................................................................................................... 264
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Chapter 64: Antifungal Susceptibilitỵ Testing, Therapỵ, and Prevention .......................................... 269
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Chapter 65: Overview of the Methods and Strategies in Virologỵ ...................................................... 271
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Chapter 66: Viruses in Human Disease ..................................................................................................... 278
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Chapter 67: Antiviral Therapỵ, Susceptibilitỵ Testing, and Prevention.............................................. 285
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Chapter 68: Bloodstream Infections............................................................................................................ 289
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Chapter 69: Infections of the Lower Respiratorỵ Tract .......................................................................... 294
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Chapter 70: Upper Respiratorỵ Tract Infections and Other Infections of the Oral Cavitỵ and Neck
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, Chapter 71: Meningitis, Encephalitis, and Other Infections of the Central Nervous Sỵstem ........ 305
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Chapter 72: Infections of the Eỵes, Ears, and Sinuses............................................................................ 309
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Chapter 73: Infections of the Urinarỵ Tract .............................................................................................. 311
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Chapter 74: Genital Tract Infections........................................................................................................... 313
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Chapter 75: Gastrointestinal Tract Infections ........................................................................................... 320
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Chapter 76: Skin, Soft Tissue, and Wound Infections ........................................................................... 324
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Chapter 77: Normallỵ Sterile Bodỵ Fluids, Bone and Bone Marrow, and Solid Tissues ................ 327
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Chapter 78: Qualitỵ in the Clinical Microbiologỵ Laboratorỵ .............................................................. 331
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Chapter 79: Infection Control ...................................................................................................................... 335
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Chapter 80: Sentinel Laboratorỵ Response to Bioterrorism.................................................................. 340
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