Index
Hoofdstuk Pagina Aantal p
&
Aminozuren P 2-6 5
2 Hoe werken eiwitten P 7-11 4
3 Eiwitniveaus en structuren P 12-15 4
U
Enzymen P 16-20 5
Koolhydraten P 21 0,5
Nucleotiden P 21 0,5
Lipiden P 22-28 7
5
Membranen P 29-35 7
Signaaltransductie P 35-40 6
Energiemetabolisme P 41-43 3
Glycolyse en gluconeogenese P 44-48 5
Citroenzuur cyclus P 48-51 4
6 Vetzuurafbraak P 51-54 4
H Ureum synthese P 55-56 2
Oxidatieve fosforylering P 57-62 6
Fotosynthese P 63-71 9
= les
Index
= hoofdstuk Les en onderwerp
Les 1 : aminozuren
Les 2: werken met ei
-Term
Les 3: eiwitstructuren
Les 4 :werken met en
=
hoofdvraag Les 5: Membraan, kan
Les 6: Lipiden
Les7: membranen, stru
Les 8: Signaaltransdu
Les 9: Signaaltransdu
Les 10: energiemetabolisme
Les 11: glycolyse
En glucogeogenese en
Les 13 citroenzuurcyc
Les 14: oxidatieve fos
Les 15: fotosynthese
,Les 12/02 —AMINOZUREN —
Structuren vn moleculen ni perse m ku tekenen, gwn eigenschappen ke en opbouw drdoor.
Ook alle namen n termen in pathways uitleggen op examen
Aminozuren hs3
Eiwitten keten AZ
Eigensch AZ : alfa-c, carboxygroep, amino, h, restgroep.
Alfa-C meestal vier versch bindingen wrdr stereo-isomeren bestaan ( ni vr alle AZ zoals glycine heeft ni 4
versch groepen) —> chiraal. In de natuur komen bijna alleen de ‘L’ vormen voor in de natuur. (L en R
hebben zelfde chemische eigenschappen). Door natuurlijke selectie L-vorm bevoordeeld. 1 meer
abundant geworden. Allebei naast elkaar bestaan : ni energetisch efficiënt : 2x zoveel eiwitten nodig : ni
efficiËnt
5 groepen AZ : apolair, aromatisch, polair(ongeladen, geen dissosiatie) , polair + en polair — dus restgroep
vn deze geladen is gedissocieerd, + of — bij ph7.
Drie lettercode en 1 lettercode ->> vr het bestuderen vn eiwitsequenties ->> veel beter dn drielettercode
Pka waarde vn carboxygroep : bij welke ph waarde de carboxygroep dissocieert: proton afstaat
Pka waarde aminogroep
Pka waarde R groep vb lysine heeft secundaire amines in restgroep en die ku ook geprotoneerd of
gedeprotoneerd worden: belangrijk bij functies vn AZ: gedrag restgroep hangt af vn pka waarde wrin zich
bevindt
Zure Pka = negatief geladen bij neutrale Ph, alkalische pka eerder + bij neutrale Ph
PI : iso elektrisch punt vn AZ/eiwit = Ph waarde wrbij de netto lading op molecule nul is. Vb serine heeft
nettolading = 0 bij Ph 5,68; hydropathie index : gt over oplosbaarheid in n waterig polair of apolair
-
mileu. Maat voor vr de verhouding hoe goed n molecule oplost in n waterig mileu of in n apolair mileu.
#
Occurence in proteins : relatieve voorkomen in procent in alle eiwitten. Doorgaans zn AZ met kleinere R
die meervoorkomen dn AZ met grotere R.
Bepaalde AZ komt ni veel voor vb soort het ‘bulky’ zijn vn de restgroep.
Er komen buiten de 20 ook n paar andere AZ voor in eiwitten maar heeel weinig.
Wet van Lamberbeer absorptie-concentratie opgeloste stof
Tryptofaan loglo/1 = EextinctieC 1-weglengte
=
. .
L
coeff
Selenocysteïne 21e AZ, afgeleid vn serine,
Aminozuren zn allemaal zwitterionen, dissociëren in opl
, Ala, val, heu , isolem, met
gly, pro
,
apolacer-groep
glycine alanine prome valine Leucine
H
200 200 200 200
H-
Hon - -
H -
I- H -
H HN - -
H
H CH3
Ee artHe e
Isoleucine
200 methionine sche
H- 200
Hun 4
-
H
-
- -
H te
di
i
"He
try
phe byr ,
aromatische R-groep
,
Tryptophaan
Phenylalanine
200
Tyroyinee 200
Han -
c
I
-
H H- - Hun -
4 -
H
CHz
CH2 CHz
I E
elt
n
Glutamine
Thu cys , asp
,
ongeladen
R ser , ,
polair glutamine
Threonine cysteine asparagine
200
serive 200 200
200
200
Han c
-
H
Hon -
Hon H Hon - H
- -
Han c H
-
-
H I
-
- -
a
I
CH2 CHz
0H
CH20l H
4
- -
Si '
in
CHs
HN'0 =
o
positief geladen R-groep Positiefgeladen groep cup Glutamat
.
, his
hys , ang G Intamenat
istidine aspartact
Lupine arginine H
200
200 200 200
200
H- -
HHn - - Hun -
4 -
H H- -
Hun - -
H
CHz
i
CH2
c i
He
i
Wit
i coo
He
"WH =W H
,
NHz
, Eigenschappen vn de 20 aminozuren ; de 5 groepen
— apolaire AZ: Gly, Ala, Pro, Val, Leu, Iso, Met
Je ziet nooit elektronegatieve elementen in de Restgroepen daardoor structuur volledig apolair : geen
minder of meer geladen deel (nauwelijks)
Methionine heeft wel enige polairiteit door de zwavel, maar deze is nauwelijks polair
Apolaire AZ geven aan n eiwit n apolair deel;
— aromatische AZ: Phe, Tyr, Typ
Hebben allemaal n ringstructuur,
Phe is nagenoeg n apolair en tyr is wel polair door OH, tyr is ook n beetje polair door de N
Als n molecule zichtbaar licht absorbeert, wat zegt dat over structuur vn molecule? —> geconjugeerde
alternerende dubbele enkele bindingen : deze structuren absorberen zichtbaarlicht -> hebben n kleur
Alsje absorptie spectrum meet TERM (absorptie spectrum tegen actie spectrum VRAAG) , je kn meten welk
-
licht tegengehouden wordt en welk licht doorgelaten w, en je kn meten mij welke golflengte het licht
maximum absorbeert.
Je kn concentratie te schatten door lichtabsorptie vn Tyr bij 280nm te meten (lambert beer wet: zegt dat
absorptie vn molecule evenredig is met concentratie n weglengte die het licht aflegt in oplossing. Er is n
factor die evenredigheid bepaalt = extinctie-coëfficient = > golflengte afhankelijk.
Cuvet maken we meestal 1cm zodat l: weglengte = 1
Licht gaat door oplossing, deel wordt geabsorbeerd, en we meten verschil/ratio tussen de twee => lezen
we af als absorptie. We gebruiken n monochromator : buis met spiegels n absorberende plaatjes : maakt
dat bij draaien vn monochromator : alsje die draait scan je over het hele golflengte gebied. Afstand tussen
2 meetpunten bepaalt de kwaliteit vn het toestel -> precisie : dat is de absorptie gemeten door n
spectrofotometer.
Alsje extinctiecoeff kent en je hebt onbekende concentratie -> zo kn je deze berekenen. (Extinctie coeff vn
n stof moet je dn wel vr de versch golflengten ke)
Je kn bv concentratie tyr meten in n eiwitoplossing bij 280nm. Hierbij maak je de assumptie dat er Tyr
voorkomt en dat er Tyr voorkomt als gemiddelde tyr voorkomt in de wereld. Drm werkt dit enkel efficient
als je mengeling vn versch eiwitten hebt om schatting te maken vn globale eiwitconcentratie. (Bij
aromatische AZ)
Hoofdstuk Pagina Aantal p
&
Aminozuren P 2-6 5
2 Hoe werken eiwitten P 7-11 4
3 Eiwitniveaus en structuren P 12-15 4
U
Enzymen P 16-20 5
Koolhydraten P 21 0,5
Nucleotiden P 21 0,5
Lipiden P 22-28 7
5
Membranen P 29-35 7
Signaaltransductie P 35-40 6
Energiemetabolisme P 41-43 3
Glycolyse en gluconeogenese P 44-48 5
Citroenzuur cyclus P 48-51 4
6 Vetzuurafbraak P 51-54 4
H Ureum synthese P 55-56 2
Oxidatieve fosforylering P 57-62 6
Fotosynthese P 63-71 9
= les
Index
= hoofdstuk Les en onderwerp
Les 1 : aminozuren
Les 2: werken met ei
-Term
Les 3: eiwitstructuren
Les 4 :werken met en
=
hoofdvraag Les 5: Membraan, kan
Les 6: Lipiden
Les7: membranen, stru
Les 8: Signaaltransdu
Les 9: Signaaltransdu
Les 10: energiemetabolisme
Les 11: glycolyse
En glucogeogenese en
Les 13 citroenzuurcyc
Les 14: oxidatieve fos
Les 15: fotosynthese
,Les 12/02 —AMINOZUREN —
Structuren vn moleculen ni perse m ku tekenen, gwn eigenschappen ke en opbouw drdoor.
Ook alle namen n termen in pathways uitleggen op examen
Aminozuren hs3
Eiwitten keten AZ
Eigensch AZ : alfa-c, carboxygroep, amino, h, restgroep.
Alfa-C meestal vier versch bindingen wrdr stereo-isomeren bestaan ( ni vr alle AZ zoals glycine heeft ni 4
versch groepen) —> chiraal. In de natuur komen bijna alleen de ‘L’ vormen voor in de natuur. (L en R
hebben zelfde chemische eigenschappen). Door natuurlijke selectie L-vorm bevoordeeld. 1 meer
abundant geworden. Allebei naast elkaar bestaan : ni energetisch efficiënt : 2x zoveel eiwitten nodig : ni
efficiËnt
5 groepen AZ : apolair, aromatisch, polair(ongeladen, geen dissosiatie) , polair + en polair — dus restgroep
vn deze geladen is gedissocieerd, + of — bij ph7.
Drie lettercode en 1 lettercode ->> vr het bestuderen vn eiwitsequenties ->> veel beter dn drielettercode
Pka waarde vn carboxygroep : bij welke ph waarde de carboxygroep dissocieert: proton afstaat
Pka waarde aminogroep
Pka waarde R groep vb lysine heeft secundaire amines in restgroep en die ku ook geprotoneerd of
gedeprotoneerd worden: belangrijk bij functies vn AZ: gedrag restgroep hangt af vn pka waarde wrin zich
bevindt
Zure Pka = negatief geladen bij neutrale Ph, alkalische pka eerder + bij neutrale Ph
PI : iso elektrisch punt vn AZ/eiwit = Ph waarde wrbij de netto lading op molecule nul is. Vb serine heeft
nettolading = 0 bij Ph 5,68; hydropathie index : gt over oplosbaarheid in n waterig polair of apolair
-
mileu. Maat voor vr de verhouding hoe goed n molecule oplost in n waterig mileu of in n apolair mileu.
#
Occurence in proteins : relatieve voorkomen in procent in alle eiwitten. Doorgaans zn AZ met kleinere R
die meervoorkomen dn AZ met grotere R.
Bepaalde AZ komt ni veel voor vb soort het ‘bulky’ zijn vn de restgroep.
Er komen buiten de 20 ook n paar andere AZ voor in eiwitten maar heeel weinig.
Wet van Lamberbeer absorptie-concentratie opgeloste stof
Tryptofaan loglo/1 = EextinctieC 1-weglengte
=
. .
L
coeff
Selenocysteïne 21e AZ, afgeleid vn serine,
Aminozuren zn allemaal zwitterionen, dissociëren in opl
, Ala, val, heu , isolem, met
gly, pro
,
apolacer-groep
glycine alanine prome valine Leucine
H
200 200 200 200
H-
Hon - -
H -
I- H -
H HN - -
H
H CH3
Ee artHe e
Isoleucine
200 methionine sche
H- 200
Hun 4
-
H
-
- -
H te
di
i
"He
try
phe byr ,
aromatische R-groep
,
Tryptophaan
Phenylalanine
200
Tyroyinee 200
Han -
c
I
-
H H- - Hun -
4 -
H
CHz
CH2 CHz
I E
elt
n
Glutamine
Thu cys , asp
,
ongeladen
R ser , ,
polair glutamine
Threonine cysteine asparagine
200
serive 200 200
200
200
Han c
-
H
Hon -
Hon H Hon - H
- -
Han c H
-
-
H I
-
- -
a
I
CH2 CHz
0H
CH20l H
4
- -
Si '
in
CHs
HN'0 =
o
positief geladen R-groep Positiefgeladen groep cup Glutamat
.
, his
hys , ang G Intamenat
istidine aspartact
Lupine arginine H
200
200 200 200
200
H- -
HHn - - Hun -
4 -
H H- -
Hun - -
H
CHz
i
CH2
c i
He
i
Wit
i coo
He
"WH =W H
,
NHz
, Eigenschappen vn de 20 aminozuren ; de 5 groepen
— apolaire AZ: Gly, Ala, Pro, Val, Leu, Iso, Met
Je ziet nooit elektronegatieve elementen in de Restgroepen daardoor structuur volledig apolair : geen
minder of meer geladen deel (nauwelijks)
Methionine heeft wel enige polairiteit door de zwavel, maar deze is nauwelijks polair
Apolaire AZ geven aan n eiwit n apolair deel;
— aromatische AZ: Phe, Tyr, Typ
Hebben allemaal n ringstructuur,
Phe is nagenoeg n apolair en tyr is wel polair door OH, tyr is ook n beetje polair door de N
Als n molecule zichtbaar licht absorbeert, wat zegt dat over structuur vn molecule? —> geconjugeerde
alternerende dubbele enkele bindingen : deze structuren absorberen zichtbaarlicht -> hebben n kleur
Alsje absorptie spectrum meet TERM (absorptie spectrum tegen actie spectrum VRAAG) , je kn meten welk
-
licht tegengehouden wordt en welk licht doorgelaten w, en je kn meten mij welke golflengte het licht
maximum absorbeert.
Je kn concentratie te schatten door lichtabsorptie vn Tyr bij 280nm te meten (lambert beer wet: zegt dat
absorptie vn molecule evenredig is met concentratie n weglengte die het licht aflegt in oplossing. Er is n
factor die evenredigheid bepaalt = extinctie-coëfficient = > golflengte afhankelijk.
Cuvet maken we meestal 1cm zodat l: weglengte = 1
Licht gaat door oplossing, deel wordt geabsorbeerd, en we meten verschil/ratio tussen de twee => lezen
we af als absorptie. We gebruiken n monochromator : buis met spiegels n absorberende plaatjes : maakt
dat bij draaien vn monochromator : alsje die draait scan je over het hele golflengte gebied. Afstand tussen
2 meetpunten bepaalt de kwaliteit vn het toestel -> precisie : dat is de absorptie gemeten door n
spectrofotometer.
Alsje extinctiecoeff kent en je hebt onbekende concentratie -> zo kn je deze berekenen. (Extinctie coeff vn
n stof moet je dn wel vr de versch golflengten ke)
Je kn bv concentratie tyr meten in n eiwitoplossing bij 280nm. Hierbij maak je de assumptie dat er Tyr
voorkomt en dat er Tyr voorkomt als gemiddelde tyr voorkomt in de wereld. Drm werkt dit enkel efficient
als je mengeling vn versch eiwitten hebt om schatting te maken vn globale eiwitconcentratie. (Bij
aromatische AZ)
