Deel 4; Regulatie van genexpressie
Paragraaf 4.1 Overzicht genexpressie regulatie
Differentiatie in verschillende celtypes is het gevolg van
1. Regulatie van genexpressie
2. Post-transcriptionele processen
gedifferentieerde cellen kunnen worden omgezet naar IPSCs ( = induced pluripotent stem cells), door toevoegen
van transcriptiefactoren kunnen hiervan opnieuw specifieke gedifferentieerde cellen worden gemaakt.
Celdifferentiatie
Celtypes verschillende van elkaar omdat ze verschillende sets van eiwitten en RNAs tot expressie brengen.
Het expressieniveau van bijna elk actief gen verschilt voor elk celtype.
ELKE cel heeft wel ubiquitination proteins, en ik elke cel staan de genen voor ubiquitination expression dus
aan
Transcriptoom = Alle mRNA informatie
Proteoom = Globaal eiwit patroon van een cel
Genexpressie wordt beïnvloed door externe stimuli
➢ Een cel kan hierdoor het genexpressiepatroon veranderen
➢ Verschillende celtypes kunnen verschillend reageren op hetzelfde externe signaal
○ bijvoorbeeld acetylcholine
Genexpressie wordt op verschillende punten gecontroleerd
1. Bij transcriptie: Controle over wanneer en hoe vaak een gen wordt overgeschreven
2. Controle van RNA splicing en processing
3. Selectie van mRNAs voor transport
4. Degradatie van mRNA → Selectieve destabilisatie van specifieke mRNAs in cytoplasma
5. Eiwit activiteit → Selectieve activatie, inactivatie, degradatie en lokalisatie van eiwitten
Paragraaf 4.2 DNA bindende domeinen in regulatorische eiwitten
Cis-elementen = Korte DNA / RNA sequentie
Trans-elementen = DNA of RNA bindende eiwitten
Lamba repressor = DNA bindend eiwit die gaat controleren wanneer bacteriofaag lysogene of lytische cyclus
moet ondergaan
Buitenkant DNA-helix kan worden gelezen door eiwitten
DNA-helix heeft een minor en major groeve. De major-groove is ideale plek voor een eiwit om het DNA te gaan
herkennen want hier is relatief veel ruimte.
Regulatorische eiwitten herkennen korte DNA sequenties
➢ De herkenningssequenties voor specifieke regulatorische eiwitten bestaan uit nucleotide sequenties van
minder dan 20 basenparen lang
UAS = upstream activating sequence, wordt veel gebruikt in kloneringen
83
Paragraaf 4.1 Overzicht genexpressie regulatie
Differentiatie in verschillende celtypes is het gevolg van
1. Regulatie van genexpressie
2. Post-transcriptionele processen
gedifferentieerde cellen kunnen worden omgezet naar IPSCs ( = induced pluripotent stem cells), door toevoegen
van transcriptiefactoren kunnen hiervan opnieuw specifieke gedifferentieerde cellen worden gemaakt.
Celdifferentiatie
Celtypes verschillende van elkaar omdat ze verschillende sets van eiwitten en RNAs tot expressie brengen.
Het expressieniveau van bijna elk actief gen verschilt voor elk celtype.
ELKE cel heeft wel ubiquitination proteins, en ik elke cel staan de genen voor ubiquitination expression dus
aan
Transcriptoom = Alle mRNA informatie
Proteoom = Globaal eiwit patroon van een cel
Genexpressie wordt beïnvloed door externe stimuli
➢ Een cel kan hierdoor het genexpressiepatroon veranderen
➢ Verschillende celtypes kunnen verschillend reageren op hetzelfde externe signaal
○ bijvoorbeeld acetylcholine
Genexpressie wordt op verschillende punten gecontroleerd
1. Bij transcriptie: Controle over wanneer en hoe vaak een gen wordt overgeschreven
2. Controle van RNA splicing en processing
3. Selectie van mRNAs voor transport
4. Degradatie van mRNA → Selectieve destabilisatie van specifieke mRNAs in cytoplasma
5. Eiwit activiteit → Selectieve activatie, inactivatie, degradatie en lokalisatie van eiwitten
Paragraaf 4.2 DNA bindende domeinen in regulatorische eiwitten
Cis-elementen = Korte DNA / RNA sequentie
Trans-elementen = DNA of RNA bindende eiwitten
Lamba repressor = DNA bindend eiwit die gaat controleren wanneer bacteriofaag lysogene of lytische cyclus
moet ondergaan
Buitenkant DNA-helix kan worden gelezen door eiwitten
DNA-helix heeft een minor en major groeve. De major-groove is ideale plek voor een eiwit om het DNA te gaan
herkennen want hier is relatief veel ruimte.
Regulatorische eiwitten herkennen korte DNA sequenties
➢ De herkenningssequenties voor specifieke regulatorische eiwitten bestaan uit nucleotide sequenties van
minder dan 20 basenparen lang
UAS = upstream activating sequence, wordt veel gebruikt in kloneringen
83
