SAMENVATTING VAN
METABOLISME TOT
SYSTEEMBIOLOGIE
NENA VOSSEN
2021 - 2022
Klaartje Pellens
,Inhoudsopgave
Hoe leer ik het ................................................................................................................................................ 3
BIOLOGIE ....................................................................................................................................................... 4
Metabole kaart .............................................................................................................................................. 4
HC1 Proteïnen ................................................................................................................................................ 5
1. Aminozuren .................................................................................................................................................... 5
Basisstructuur................................................................................................................................................ 5
Eigenschappen van restgroepen ................................................................................................................... 5
Eigenschappen van aminozuren.................................................................................................................... 5
2. Structuur van proteïnen ................................................................................................................................. 6
HC2 Enzymen ................................................................................................................................................. 7
Nomenclatuur en eigenschappen van enzymen................................................................................................. 7
Werking van enzymen ........................................................................................................................................ 8
Factoren die reactiesnelheid beïnvloeden .......................................................................................................... 8
Enzymkinetiek .................................................................................................................................................... 9
Regulatie van enzymen .................................................................................................................................... 10
HC3 Metabolisme en energie citroenzuurcyclus ........................................................................................... 11
Metabole reactiewegen ................................................................................................................................... 11
Metabole homeostase ..................................................................................................................................... 11
Energiemetabolisme ........................................................................................................................................ 12
Metabole pathways: Fase III ............................................................................................................................ 12
HC4 Glycolyse............................................................................................................................................... 15
Van glucose tot pyruvaat ................................................................................................................................. 15
1e regelenzym .............................................................................................................................................. 15
2e regelenzym .............................................................................................................................................. 16
3e regelenzym .............................................................................................................................................. 17
SAMENGEVAT .............................................................................................................................................. 17
Aerobe vs anaerobe glycolyse .......................................................................................................................... 18
SAMENGEVAT .............................................................................................................................................. 18
HC5 Gluconeogenese.................................................................................................................................... 19
Substraten ........................................................................................................................................................ 19
Unieke reacties ................................................................................................................................................. 20
HC6 Glycogeenmetabolisme ......................................................................................................................... 22
Structuur en functie van glycogeen .................................................................................................................. 22
Synthese van glycogeen (glycogenese) ............................................................................................................ 22
Afbraak van glycogeen (glycogenolyse) ........................................................................................................... 23
Regulatie .......................................................................................................................................................... 24
,HC7 Metabolsime van vetzuren, TAG en ketonlichamen ............................................................................... 25
Opslag .............................................................................................................................................................. 25
Mobilisatie v vetzuren uit TAG ......................................................................................................................... 25
Lotsbestemming v glycerol ............................................................................................................................... 26
Lotsbestemming v vetzuren ............................................................................................................................. 26
Beta-oxidatie ............................................................................................................................................... 26
ATP- opbrengst uit vetzuuroxidatie .................................................................................................................. 28
Vorming & gebruik v ketonlichamen ................................................................................................................ 28
HC9 Aminozuren & stikstofmetabolisme ...................................................................................................... 29
1 Afbraak eigen proteïnen................................................................................................................................ 29
Cytosol ......................................................................................................................................................... 29
Lysosoom..................................................................................................................................................... 29
2 Proteïnen uit dieet ......................................................................................................................................... 30
3 Afbraak v aminozuren ................................................................................................................................... 30
Transaminatie.............................................................................................................................................. 30
Oxidatieve deaminatie ................................................................................................................................ 31
Transport van NH3 naar lever ..................................................................................................................... 31
Omzetten naar ureum ................................................................................................................................. 31
Excretie door nieren .................................................................................................................................... 31
Dat was allemaal amine stukje nu koolstofskelet ....................................................................................... 32
4 Novo AZ synthese .......................................................................................................................................... 32
,Hoe leer ik het
Documenten:
• Ppt’s + notities
• Handboek: biochemistry (Lippincott)
• Samenvatting
• Cursustekst
• Practicumverslagen
• ZSO (in cursus)
Studiepunten: 8
,BIOLOGIE
Metabole kaart
• Suikermetabolisme
• Lipidenmetabolisme
• Stikstofmetabolisme
,HC1 Proteïnen
1. Aminozuren
Basisstructuur
• Carboxylgroep (C-therminus)
peptidebinding
• Primaire aminogroep (N-therminus)
• Restgroep (bepalen
eigenschappen)
è Gebonden aan 𝛼-koolstofatoom
è assymetrisch daarom L- & D-aminozuren (L in
proteïnen)
Eigenschappen van restgroepen
• Apolair è vetachtig è binnenkant v proteine (zo
weinig mogelijk contact met water)
• Polair
o Niet geladen è er zit O in of cysteïne (CH2-SH)
o Zuur è er zit - in
o Basisch è er zit + in
Eigenschappen van aminozuren
= amfolyt
• Carboxylgroep = zwak zuur
• Aminogroep = zwakke base
,2. Structuur van proteïnen
• Primair: info voor 3D struct
• Secundair: soorten bindingen
o Supersecundaire struct = opeenvolging vd struct
o Rest = niet-repetitieve sec struct
• Tertiair: interacties tussen restgroepen
o H-, S-bruggen, vdw interacties & ionische binding
• Quaternair: tertiare komen samen
, HC2 Enzymen
Nomenclatuur en eigenschappen van enzymen
6 grote groepen:
• Oxidoreductase: redoxreactie katalyseren è elektronendrager(NAD+/FADH)
• Transferase: katalyseren vd transfer van een groepje met C-,N- of P-
• Hydrolase: katalyseren vh breken vd bindingen door de toevoeging v water
• Lyase: katalyseren vh breken vd bindingen C-C, C-S, C-N
• Isomerase: isomeren vormen (alle bouwstenen zijn hetzelfde maar veranderen van
plaats)
• Ligase: katalyseren vh maken v bindingen tss C & O/S/N (E nodig (ATP))
Eigenschappen:
è Bepaald door structuur
• Substraatspecificiteit è enzymsubstraatcomplex è E lager + chem veranderingen
è rea vlotter
• Temperatuurverandering è alle niveaus verloren (behalve prim. struct. dankzij
peptide bind.)
• pH verschillen
Actief enzym(holoenzym) vormen è nog een enzym nodig:
• Apoenzym = niet-actief, eiwit
gedeelte
• Cofactor:
o Coenzym: bind maar tijdelijk
(vaak afgeleid v bep vitaminen)
o Prosthetische groep = covalent
gebonden aan apoenzyme
o Metaalion
METABOLISME TOT
SYSTEEMBIOLOGIE
NENA VOSSEN
2021 - 2022
Klaartje Pellens
,Inhoudsopgave
Hoe leer ik het ................................................................................................................................................ 3
BIOLOGIE ....................................................................................................................................................... 4
Metabole kaart .............................................................................................................................................. 4
HC1 Proteïnen ................................................................................................................................................ 5
1. Aminozuren .................................................................................................................................................... 5
Basisstructuur................................................................................................................................................ 5
Eigenschappen van restgroepen ................................................................................................................... 5
Eigenschappen van aminozuren.................................................................................................................... 5
2. Structuur van proteïnen ................................................................................................................................. 6
HC2 Enzymen ................................................................................................................................................. 7
Nomenclatuur en eigenschappen van enzymen................................................................................................. 7
Werking van enzymen ........................................................................................................................................ 8
Factoren die reactiesnelheid beïnvloeden .......................................................................................................... 8
Enzymkinetiek .................................................................................................................................................... 9
Regulatie van enzymen .................................................................................................................................... 10
HC3 Metabolisme en energie citroenzuurcyclus ........................................................................................... 11
Metabole reactiewegen ................................................................................................................................... 11
Metabole homeostase ..................................................................................................................................... 11
Energiemetabolisme ........................................................................................................................................ 12
Metabole pathways: Fase III ............................................................................................................................ 12
HC4 Glycolyse............................................................................................................................................... 15
Van glucose tot pyruvaat ................................................................................................................................. 15
1e regelenzym .............................................................................................................................................. 15
2e regelenzym .............................................................................................................................................. 16
3e regelenzym .............................................................................................................................................. 17
SAMENGEVAT .............................................................................................................................................. 17
Aerobe vs anaerobe glycolyse .......................................................................................................................... 18
SAMENGEVAT .............................................................................................................................................. 18
HC5 Gluconeogenese.................................................................................................................................... 19
Substraten ........................................................................................................................................................ 19
Unieke reacties ................................................................................................................................................. 20
HC6 Glycogeenmetabolisme ......................................................................................................................... 22
Structuur en functie van glycogeen .................................................................................................................. 22
Synthese van glycogeen (glycogenese) ............................................................................................................ 22
Afbraak van glycogeen (glycogenolyse) ........................................................................................................... 23
Regulatie .......................................................................................................................................................... 24
,HC7 Metabolsime van vetzuren, TAG en ketonlichamen ............................................................................... 25
Opslag .............................................................................................................................................................. 25
Mobilisatie v vetzuren uit TAG ......................................................................................................................... 25
Lotsbestemming v glycerol ............................................................................................................................... 26
Lotsbestemming v vetzuren ............................................................................................................................. 26
Beta-oxidatie ............................................................................................................................................... 26
ATP- opbrengst uit vetzuuroxidatie .................................................................................................................. 28
Vorming & gebruik v ketonlichamen ................................................................................................................ 28
HC9 Aminozuren & stikstofmetabolisme ...................................................................................................... 29
1 Afbraak eigen proteïnen................................................................................................................................ 29
Cytosol ......................................................................................................................................................... 29
Lysosoom..................................................................................................................................................... 29
2 Proteïnen uit dieet ......................................................................................................................................... 30
3 Afbraak v aminozuren ................................................................................................................................... 30
Transaminatie.............................................................................................................................................. 30
Oxidatieve deaminatie ................................................................................................................................ 31
Transport van NH3 naar lever ..................................................................................................................... 31
Omzetten naar ureum ................................................................................................................................. 31
Excretie door nieren .................................................................................................................................... 31
Dat was allemaal amine stukje nu koolstofskelet ....................................................................................... 32
4 Novo AZ synthese .......................................................................................................................................... 32
,Hoe leer ik het
Documenten:
• Ppt’s + notities
• Handboek: biochemistry (Lippincott)
• Samenvatting
• Cursustekst
• Practicumverslagen
• ZSO (in cursus)
Studiepunten: 8
,BIOLOGIE
Metabole kaart
• Suikermetabolisme
• Lipidenmetabolisme
• Stikstofmetabolisme
,HC1 Proteïnen
1. Aminozuren
Basisstructuur
• Carboxylgroep (C-therminus)
peptidebinding
• Primaire aminogroep (N-therminus)
• Restgroep (bepalen
eigenschappen)
è Gebonden aan 𝛼-koolstofatoom
è assymetrisch daarom L- & D-aminozuren (L in
proteïnen)
Eigenschappen van restgroepen
• Apolair è vetachtig è binnenkant v proteine (zo
weinig mogelijk contact met water)
• Polair
o Niet geladen è er zit O in of cysteïne (CH2-SH)
o Zuur è er zit - in
o Basisch è er zit + in
Eigenschappen van aminozuren
= amfolyt
• Carboxylgroep = zwak zuur
• Aminogroep = zwakke base
,2. Structuur van proteïnen
• Primair: info voor 3D struct
• Secundair: soorten bindingen
o Supersecundaire struct = opeenvolging vd struct
o Rest = niet-repetitieve sec struct
• Tertiair: interacties tussen restgroepen
o H-, S-bruggen, vdw interacties & ionische binding
• Quaternair: tertiare komen samen
, HC2 Enzymen
Nomenclatuur en eigenschappen van enzymen
6 grote groepen:
• Oxidoreductase: redoxreactie katalyseren è elektronendrager(NAD+/FADH)
• Transferase: katalyseren vd transfer van een groepje met C-,N- of P-
• Hydrolase: katalyseren vh breken vd bindingen door de toevoeging v water
• Lyase: katalyseren vh breken vd bindingen C-C, C-S, C-N
• Isomerase: isomeren vormen (alle bouwstenen zijn hetzelfde maar veranderen van
plaats)
• Ligase: katalyseren vh maken v bindingen tss C & O/S/N (E nodig (ATP))
Eigenschappen:
è Bepaald door structuur
• Substraatspecificiteit è enzymsubstraatcomplex è E lager + chem veranderingen
è rea vlotter
• Temperatuurverandering è alle niveaus verloren (behalve prim. struct. dankzij
peptide bind.)
• pH verschillen
Actief enzym(holoenzym) vormen è nog een enzym nodig:
• Apoenzym = niet-actief, eiwit
gedeelte
• Cofactor:
o Coenzym: bind maar tijdelijk
(vaak afgeleid v bep vitaminen)
o Prosthetische groep = covalent
gebonden aan apoenzyme
o Metaalion
