Samenvatting biologische database leerjaar 2

,Cheyenne van Kraaij, P2.2, BMO, Biologische database



2022




Biologische
database




BMO PERIODE 2.2
CHEYENNE VAN KRAAIJ




AVANS HOGESCHOOL | Breda


1

, Cheyenne van Kraaij, P2.2, BMO, Biologische database



Leerdoelen

Les 1

 Weet wat NCBI betekend
 Weet welke databases er zijn in NCBI
 Ken de types van BLAST
 Ken de BLAST parameters
 Weet wat de genen AMELX en AMELY betekenen
 Wat kun je verwachten bij een AMELX en AMELY PCR experiment
 Weet hoe je een primer(set) moet plaatsen in een gene sequence
 Weet hoe je de verwachte size van je PCR product kan berekenen

Les 2

 Weet hoe je de BLAST output moet evalueren
o E-value
o Bit-score
o Identy/similarity percentage
 Weet de statistics van E-value calculation while considering DNA
 Begrijp de alignment penalty
 Begrijp de amino acid substitution table
 Wat is een local aligment
 Wat is een global aligment
 Weet welke aligment methode is gebruikt in BLAST
 Wat is pairwise alignment
 Wat is een multiple sequence alignment

Les 3

 Herken verschillende typen nodes in een phylogenetic tree
 Interpeteer branch lengtes m.b.t. de evolutionary tijd
 Weet wat bootstrapping is
 Weet wat support value is
 Rotate branches en interpreteer radial en polar trees
 Distinguish orhologous en pralogous genen in een boom
 Leg uit hoe gen functions evolueren
 Transfer functional annotations between genes
 Reconcilate gene trees en species trees




2