Woordenlijst examenwiki
Viroïde
• Circulair stukje RNA zonder proteïne.
• In tegenstelling tot RNA-virussen geen omhulsel in de vorm van een proteïne capside.
• Binnen in de cirkel vindt er baseparing plaats -> plaatselijke delen dsRNA, maar meeste
viroïden blijven gewoon enkelstrengig.
• Pathogene partikels, maar gebruiken geen receptoren om een cel binnen te dringen
o binnendringen via verwonding en zich vervolgens
o verplaatsen door de plasmodesmata in cytoplasma
• Afhankelijk van de gastheercel voor replicatie (gelijkaardig aan het rolling circle mechanisme)
-> Het lange stuk RNA met verschillende viroïden wordt vervolgens geknipt door de ribosyme
activiteit die het viroïde partikel zelf bezit.
• Er zijn nog geen ziekten in dieren veroorzaakt door viroïden bekend, maar wel in planten.
o Symptomen zijn meestal gelinkt aan gehinderde groei. Men vermoed dat viroïden
kleine regulerende RNAs (bv. siRNA) nabootsen.
Evolutionaire chronometers
• Meten van de evolutionaire afstanden tussen organismen, op basis van sequentieverschillen
o Hoe meer verschil tussen homologen, hoe minder evolutionair verwant.
• Criteria voor geschikte macromoleculen:
o Het moet in alle organismen aanwezig zijn
o Het moet in alle organismen dezelfde functie hebben
o Precieze alignatie moet mogelijk zijn. M.a.w de homologie moet hoog genoeg zijn.
o De mutatiesnelheid moet evenredig zijn met de evolutionaire afstand. (Hoe meer
mutaties, hoe minder evolutionair verwant)
• Enkele voorbeelden van geschikten moleculen: cytochromen, RecA, ATPasen, rRNA (16S bij
prokaryoten en 18S bij eukaryoten).
Eclipsperiode
• Vindt plaats enkele minuten na de infectie.
• Gedurende deze fase vindt transcriptie en translatie van het viraal genoom plaats.
• Gedurende deze fase kan het infectieuze virion niet waargenomen worden als plaque-
vormende units, want het virus bevindt zich in zijn gastheercel, die hij nog niet gedood heeft.
• Deel van de latente fase, die ook de maturatie fase omvat, gedurende welke het virion in de
cel samengesteld wordt ter voorbereiding van de vrijzetting.
, CO2-fixatie via de acetyl-CoA pathway
• Komt voor in acetogenen.
• <-> andere metabolische wegen geen cyclus.
• Het katalyseert de reductie van CO2 langs twee lineair wegen.
o Eén van deze wegen vormt het methylgedeelte van acetyl-CoA,
o de andere de carbonyl groep.
• Bij omzetting van acetyl-CoA naar acetaat komt er genoeg energie vrij om één ATP molecule
te maken via substraatfosforylatie.
• Aan het begin van de weg wordt 1 ATP gebruiky om de methylgroep te vormen (gengenereerd
van pmf of ion (Na) motion force)
• Een belangrijk enzyme in deze pathway is CO dehydrogenase:
o CO2 + H2 -> CO + H2O
o Deze reactie is nodig om het carbonyl deel van acetyl-CoA aan te maken. (C=O)
o Vorming methyl: coenzyme tetrahydrofolaat: overdracht van de methylgroep.
• Om de twee delen (carbonyl en methyl) samen te voegen en Acetyl-CoA te vormen, zijn de
enzymen CO dehydrogenase en actetyl-CoA synthase nodig.
Griseofulvin
• Griseofulvine is een antifungaal middel dat behoort tot de categorie aromatische antibiotica.
• Deze categorie werkt door middel van mitose inhibitie.
• Het wordt oraal ingenomen.
Tegument
• Amorfe fibrillaire laag rond icosaëder nucleocapside van herpesvirussen.
• Rond dit tegument zit de enveloppe met spikeproteïnen (= peplomeren).
Peplomeren
• Synoniem voor spikes.
• Proteïnen op de enveloppe van virussen die herkenning van en vasthechting aan de
gastheercel mogelijk maken.
• Mogelijke target voor antivirale drugs
Quinolones
• Synthetisch antibacterieel middel dat interfereert met DNA gyrase, zodat supercoiling en
samenpakking van bacterieel DNA voorkomen wordt.
• Het is een breed spectrum antibioticum, aangezien DNA gyrase voorkomt in alle bacteriën
Amensalisme – commensalisme
• Beide vormen van symbiose -> interactie tussen twee organismen plaatsvindt.
• Amensalisme: Unidirectioneel. Organisme 1 zet een stof vrij waardoor organisme 2 hinder
ondervindt (inhiberend). Organisme 1 heeft hier geen na- of voordeel aan. Bv. antibiotica,
defensines.
• Commensalisme: Unidirectioneel. Organisme 1 heeft voordeel aan deze vorm van symbiose,
organisme 2 ondervindt geen na- of voordeel. Bv. microflora op de huid.
Viroïde
• Circulair stukje RNA zonder proteïne.
• In tegenstelling tot RNA-virussen geen omhulsel in de vorm van een proteïne capside.
• Binnen in de cirkel vindt er baseparing plaats -> plaatselijke delen dsRNA, maar meeste
viroïden blijven gewoon enkelstrengig.
• Pathogene partikels, maar gebruiken geen receptoren om een cel binnen te dringen
o binnendringen via verwonding en zich vervolgens
o verplaatsen door de plasmodesmata in cytoplasma
• Afhankelijk van de gastheercel voor replicatie (gelijkaardig aan het rolling circle mechanisme)
-> Het lange stuk RNA met verschillende viroïden wordt vervolgens geknipt door de ribosyme
activiteit die het viroïde partikel zelf bezit.
• Er zijn nog geen ziekten in dieren veroorzaakt door viroïden bekend, maar wel in planten.
o Symptomen zijn meestal gelinkt aan gehinderde groei. Men vermoed dat viroïden
kleine regulerende RNAs (bv. siRNA) nabootsen.
Evolutionaire chronometers
• Meten van de evolutionaire afstanden tussen organismen, op basis van sequentieverschillen
o Hoe meer verschil tussen homologen, hoe minder evolutionair verwant.
• Criteria voor geschikte macromoleculen:
o Het moet in alle organismen aanwezig zijn
o Het moet in alle organismen dezelfde functie hebben
o Precieze alignatie moet mogelijk zijn. M.a.w de homologie moet hoog genoeg zijn.
o De mutatiesnelheid moet evenredig zijn met de evolutionaire afstand. (Hoe meer
mutaties, hoe minder evolutionair verwant)
• Enkele voorbeelden van geschikten moleculen: cytochromen, RecA, ATPasen, rRNA (16S bij
prokaryoten en 18S bij eukaryoten).
Eclipsperiode
• Vindt plaats enkele minuten na de infectie.
• Gedurende deze fase vindt transcriptie en translatie van het viraal genoom plaats.
• Gedurende deze fase kan het infectieuze virion niet waargenomen worden als plaque-
vormende units, want het virus bevindt zich in zijn gastheercel, die hij nog niet gedood heeft.
• Deel van de latente fase, die ook de maturatie fase omvat, gedurende welke het virion in de
cel samengesteld wordt ter voorbereiding van de vrijzetting.
, CO2-fixatie via de acetyl-CoA pathway
• Komt voor in acetogenen.
• <-> andere metabolische wegen geen cyclus.
• Het katalyseert de reductie van CO2 langs twee lineair wegen.
o Eén van deze wegen vormt het methylgedeelte van acetyl-CoA,
o de andere de carbonyl groep.
• Bij omzetting van acetyl-CoA naar acetaat komt er genoeg energie vrij om één ATP molecule
te maken via substraatfosforylatie.
• Aan het begin van de weg wordt 1 ATP gebruiky om de methylgroep te vormen (gengenereerd
van pmf of ion (Na) motion force)
• Een belangrijk enzyme in deze pathway is CO dehydrogenase:
o CO2 + H2 -> CO + H2O
o Deze reactie is nodig om het carbonyl deel van acetyl-CoA aan te maken. (C=O)
o Vorming methyl: coenzyme tetrahydrofolaat: overdracht van de methylgroep.
• Om de twee delen (carbonyl en methyl) samen te voegen en Acetyl-CoA te vormen, zijn de
enzymen CO dehydrogenase en actetyl-CoA synthase nodig.
Griseofulvin
• Griseofulvine is een antifungaal middel dat behoort tot de categorie aromatische antibiotica.
• Deze categorie werkt door middel van mitose inhibitie.
• Het wordt oraal ingenomen.
Tegument
• Amorfe fibrillaire laag rond icosaëder nucleocapside van herpesvirussen.
• Rond dit tegument zit de enveloppe met spikeproteïnen (= peplomeren).
Peplomeren
• Synoniem voor spikes.
• Proteïnen op de enveloppe van virussen die herkenning van en vasthechting aan de
gastheercel mogelijk maken.
• Mogelijke target voor antivirale drugs
Quinolones
• Synthetisch antibacterieel middel dat interfereert met DNA gyrase, zodat supercoiling en
samenpakking van bacterieel DNA voorkomen wordt.
• Het is een breed spectrum antibioticum, aangezien DNA gyrase voorkomt in alle bacteriën
Amensalisme – commensalisme
• Beide vormen van symbiose -> interactie tussen twee organismen plaatsvindt.
• Amensalisme: Unidirectioneel. Organisme 1 zet een stof vrij waardoor organisme 2 hinder
ondervindt (inhiberend). Organisme 1 heeft hier geen na- of voordeel aan. Bv. antibiotica,
defensines.
• Commensalisme: Unidirectioneel. Organisme 1 heeft voordeel aan deze vorm van symbiose,
organisme 2 ondervindt geen na- of voordeel. Bv. microflora op de huid.
