Naam: Xuan Su Naam partner: Karen Aalbers
Studentnummer: 2488841 Assistenten: Cleo Demeester,
Groep: 1D1 X Romeo Schrage
Datum: 15 oktober 2019
DNA:
Plasmiden
en
nucleases
, Samenvatting
Het doel was om de bacterie E. Coli (Escherichia Coli) te transformeren en het
daarmee resistent te maken tegen een antibioticum. Er is een plasmide uit stam W19
van E. Coli geïsoleerd en gezuiverd. De zuiverheid is bepaald door een
absorbantiewaarde-meting en het A260/A280-ratio was 1,9. Hieruit bleek dat er geen
of weinig sprake was van eiwitverontreiniging. Door een Uv-foto van de agarose-gel
na elektroforese werd geconcludeerd dat het plasmide DNA overeenkwam met het
referentieplasmide pCTB2. Door dit resultaat werd er bepaald dat de restrictie-
enzymen EcoRI en HindIII gebruikt gingen worden voor het transformatieproces. Op
twee LB-agarplaten werden er opnieuw E. Colibacteriën gekweekt. Ditmaal bevatten
de bacteriën het ampicillineresistentie-gen. Dit was omdat pCTB2 het
ampicillineresistentie-gen bevat en de competente bacteriecellen het DNA plasmide
met dit gen hebben opgenomen. Eén LB-agarplaat bevatte wel antibioticum, de
ander niet. De volgende dag zijn er 244 kolonies geteld die resistent waren tegen het
antibioticum. De andere agar-plaat was volledig bedekt met bacteriën. Er is berekend
dat 1 op de 3,8 x 106 bacteriën waren getransformeerd. Hieruit blijkt dat deze
methode niet erg efficiënt is geweest om de bacteriën te voorzien van een nieuwe
eigenschap.
Inleiding
In dit onderzoek is onderzocht of een bacterie, E. Coli, een nieuwe eigenschap krijgt
door plasmide DNA van een andere bacterie op te nemen. Een plasmide is
cirkelvormig DNA en is makkelijk overdraagbaar. Dit houdt in dat de plasmiden
makkelijk worden opgenomen in ander DNA en eigenschappen dus makkelijk
overdraagbaar worden. Een eigenschap die op die manier overgedragen kan worden
is resistentie tegen een bepaald antibioticum. Eerst werd het plasmide DNA
geïsoleerd vanuit stam W19. Dit werd gedaan door eerst een kolonie van W19 te
kweken in een LB-medium. Daarna werden de celwanden opengebroken, ook wel
lysis. Hierna zijn de overbodige cellen uit het LB-medium verwijderd. Toen werd er
bepaald hoeveel plasmide DNA er over was gebleven, dit wordt de
zuiverheidsbepaling genoemd. Dit is op twee manieren gedaan. Met het plasmide-
DNA werd een absorptiemeting gedaan en de opbrengst werd bepaald door middel
Studentnummer: 2488841 Assistenten: Cleo Demeester,
Groep: 1D1 X Romeo Schrage
Datum: 15 oktober 2019
DNA:
Plasmiden
en
nucleases
, Samenvatting
Het doel was om de bacterie E. Coli (Escherichia Coli) te transformeren en het
daarmee resistent te maken tegen een antibioticum. Er is een plasmide uit stam W19
van E. Coli geïsoleerd en gezuiverd. De zuiverheid is bepaald door een
absorbantiewaarde-meting en het A260/A280-ratio was 1,9. Hieruit bleek dat er geen
of weinig sprake was van eiwitverontreiniging. Door een Uv-foto van de agarose-gel
na elektroforese werd geconcludeerd dat het plasmide DNA overeenkwam met het
referentieplasmide pCTB2. Door dit resultaat werd er bepaald dat de restrictie-
enzymen EcoRI en HindIII gebruikt gingen worden voor het transformatieproces. Op
twee LB-agarplaten werden er opnieuw E. Colibacteriën gekweekt. Ditmaal bevatten
de bacteriën het ampicillineresistentie-gen. Dit was omdat pCTB2 het
ampicillineresistentie-gen bevat en de competente bacteriecellen het DNA plasmide
met dit gen hebben opgenomen. Eén LB-agarplaat bevatte wel antibioticum, de
ander niet. De volgende dag zijn er 244 kolonies geteld die resistent waren tegen het
antibioticum. De andere agar-plaat was volledig bedekt met bacteriën. Er is berekend
dat 1 op de 3,8 x 106 bacteriën waren getransformeerd. Hieruit blijkt dat deze
methode niet erg efficiënt is geweest om de bacteriën te voorzien van een nieuwe
eigenschap.
Inleiding
In dit onderzoek is onderzocht of een bacterie, E. Coli, een nieuwe eigenschap krijgt
door plasmide DNA van een andere bacterie op te nemen. Een plasmide is
cirkelvormig DNA en is makkelijk overdraagbaar. Dit houdt in dat de plasmiden
makkelijk worden opgenomen in ander DNA en eigenschappen dus makkelijk
overdraagbaar worden. Een eigenschap die op die manier overgedragen kan worden
is resistentie tegen een bepaald antibioticum. Eerst werd het plasmide DNA
geïsoleerd vanuit stam W19. Dit werd gedaan door eerst een kolonie van W19 te
kweken in een LB-medium. Daarna werden de celwanden opengebroken, ook wel
lysis. Hierna zijn de overbodige cellen uit het LB-medium verwijderd. Toen werd er
bepaald hoeveel plasmide DNA er over was gebleven, dit wordt de
zuiverheidsbepaling genoemd. Dit is op twee manieren gedaan. Met het plasmide-
DNA werd een absorptiemeting gedaan en de opbrengst werd bepaald door middel
