Examenvragen Hoofdstuk 1. Nucleus-Genoom 3D organisatie
➢ Bespreek hogere orde 3D genoom organisatie-niveaus
Verschillende niveaus van organisatie
1. Eerste niveau van organisatie is dubbele helix van DNA.
2. Tweede niveau is de chromatide regulatie = DNA-methylatie + histonen.
a. 11nm = beads on a string, meestal actief euchromatine
b. 30 nm = solenoid, vezelstructuur, meestal inactief heterochromatine
3. Derde niveau zijn een aantal chromatine lussen die een regulatorische cluster vormen, welke
TADs (topological associated domain) heten.
a. Tad = Één plaats in de nucleus waar verschillende lussen/genloci samenkopen, soms ook
transcription factory genoemd
b. Actieve TADs komen meer voor naarmate je meer in centrum van kern komt (verder
verwijderd van lamines).
4. Vierde niveau zijn LADs (lamine associated domains)
a. Dit kunnen inactieve TADs zijn met heterochromatine structuur die contact maken met
lamines in de nucleaire periferie (kunnen soms meerdere inactieve TADs bevatten)
De chromosomen worden allen in sterk gecondenseerde lussen verpakt. Dit maakt dat er in de heel de
nucleus steeds gebiedjes zitten met deze gecondenseerde lussen (TADs), in die gebiedjes kunnen de
DNA sequenties met elkaar interageren, maar kunnen niet met andere gebiedjes (andere TADs)
interageren. De chromatine organisatie (hoe sterk gecondenseerd de lussen zijn) zorgt voor verschillen
in de nucleaire fluïditeit. Dit zorgt voor compartimentalisatie, zo kan je verschillende
genregulatie-transcriptie-bubbles creëren met verschillende families transcriptiefactoren zonder dat alles
opgemengd wordt, dit zorgt voor specialisatie in genregulatie.
Deze fluïditeit kan zorgen dat transcriptiefactoren aan of uit staan.
Als je een doorsnede van de nucleus maakt zie je een grotere gendensiteit van actieve TADS in het
midden van de nucleus, want actieve genen stulpen uit richting het midden van de nucleus en zitten hier
ook weer in TADs geclusterd.
Aan de randen is een kleinere densiteit, dit zijn dan ook inactieve genen in heterochromatine, welke in
LADS geclusterd zitten.
➢ Bespreek de rol van de nucleaire organisatie in 3D genoomorganisatie
Chromosomen worden in allemaal lussen verpakt. Dit maakt dat er in de kern steeds kleine gebiedjes
zitten met sterk gecondenseerde lussen, dit zijn TADs. In de TADs kunnen DNA sequenties met elkaar
interageren, maar kunnen niet met andere TADS interageren.
De chromatine organisatie draagt bij aan de slijmerigheid/stroperigheid (viscositeit) van de lussen en
gaat hiermee bepalen of transcriptiefactoren actief/inactief zijn in bepaalde micro domeinen van de kern.
De chromatine organisatie (hoe sterk gecondenseerd de lussen zijn) zorgt voor verschillen in de
nucleaire fluïditeit. Dit zorgt voor compartimentalisatie, zo kan je in parallel verschillende
genregulatie-transcriptie-bubbles creëren met verschillende families transcriptiefactoren zonder dat alles
opgemengd wordt , dit zorgt voor verbeterde coördinatie/specialisatie van genregulatie.
Als je doorsnede maakt in de kern zie je dat de densiteit in het midden veel groter is dan aan de randen.
In het midden van de nucleus zitten actieve genen die zijn geclusterd in TADs, deze genen zijn beter
bereikbaar voor transcriptiefactoren.
1
➢ Bespreek hogere orde 3D genoom organisatie-niveaus
Verschillende niveaus van organisatie
1. Eerste niveau van organisatie is dubbele helix van DNA.
2. Tweede niveau is de chromatide regulatie = DNA-methylatie + histonen.
a. 11nm = beads on a string, meestal actief euchromatine
b. 30 nm = solenoid, vezelstructuur, meestal inactief heterochromatine
3. Derde niveau zijn een aantal chromatine lussen die een regulatorische cluster vormen, welke
TADs (topological associated domain) heten.
a. Tad = Één plaats in de nucleus waar verschillende lussen/genloci samenkopen, soms ook
transcription factory genoemd
b. Actieve TADs komen meer voor naarmate je meer in centrum van kern komt (verder
verwijderd van lamines).
4. Vierde niveau zijn LADs (lamine associated domains)
a. Dit kunnen inactieve TADs zijn met heterochromatine structuur die contact maken met
lamines in de nucleaire periferie (kunnen soms meerdere inactieve TADs bevatten)
De chromosomen worden allen in sterk gecondenseerde lussen verpakt. Dit maakt dat er in de heel de
nucleus steeds gebiedjes zitten met deze gecondenseerde lussen (TADs), in die gebiedjes kunnen de
DNA sequenties met elkaar interageren, maar kunnen niet met andere gebiedjes (andere TADs)
interageren. De chromatine organisatie (hoe sterk gecondenseerd de lussen zijn) zorgt voor verschillen
in de nucleaire fluïditeit. Dit zorgt voor compartimentalisatie, zo kan je verschillende
genregulatie-transcriptie-bubbles creëren met verschillende families transcriptiefactoren zonder dat alles
opgemengd wordt, dit zorgt voor specialisatie in genregulatie.
Deze fluïditeit kan zorgen dat transcriptiefactoren aan of uit staan.
Als je een doorsnede van de nucleus maakt zie je een grotere gendensiteit van actieve TADS in het
midden van de nucleus, want actieve genen stulpen uit richting het midden van de nucleus en zitten hier
ook weer in TADs geclusterd.
Aan de randen is een kleinere densiteit, dit zijn dan ook inactieve genen in heterochromatine, welke in
LADS geclusterd zitten.
➢ Bespreek de rol van de nucleaire organisatie in 3D genoomorganisatie
Chromosomen worden in allemaal lussen verpakt. Dit maakt dat er in de kern steeds kleine gebiedjes
zitten met sterk gecondenseerde lussen, dit zijn TADs. In de TADs kunnen DNA sequenties met elkaar
interageren, maar kunnen niet met andere TADS interageren.
De chromatine organisatie draagt bij aan de slijmerigheid/stroperigheid (viscositeit) van de lussen en
gaat hiermee bepalen of transcriptiefactoren actief/inactief zijn in bepaalde micro domeinen van de kern.
De chromatine organisatie (hoe sterk gecondenseerd de lussen zijn) zorgt voor verschillen in de
nucleaire fluïditeit. Dit zorgt voor compartimentalisatie, zo kan je in parallel verschillende
genregulatie-transcriptie-bubbles creëren met verschillende families transcriptiefactoren zonder dat alles
opgemengd wordt , dit zorgt voor verbeterde coördinatie/specialisatie van genregulatie.
Als je doorsnede maakt in de kern zie je dat de densiteit in het midden veel groter is dan aan de randen.
In het midden van de nucleus zitten actieve genen die zijn geclusterd in TADs, deze genen zijn beter
bereikbaar voor transcriptiefactoren.
1
