Thema toets Course 5 Celbiologie, Moleculaire Biologie en Biochemie – overzicht theorie en praktijk (toetsvoorbereiding)

THEMA TOETS COURSE 5
In de context van:

- De praktijk casus betreffende klonerings-strategieën, eiwitexpressie en eiwitzuivering
- Celbiologie
- Moleculaire Biologie
- Biochemie
- Moleculaire en Biochemische technieken

Theorie:

De student:

- heeft kennis van de bio-informatica principes;
- heeft kennis van DNA technieken (moleculaire technieken);
- heeft kennis van Eiwit technieken (biochemische technieken);
- Kan zijn verworven theoretische kennis van en praktische vaardigheden met betrekking tot
celbiologie, moleculaire biologie, biochemie en bio-informatica toepassen in een theoretische
casus.

Verschillende onderdelen van de theorie, tutor en praktijk komen aan bod:

- ontwerpen: 25-45 %
- experimenteren: 25-45%
- resultaten analyseren en lab rekenen: 25-55%
- De toets omvat 40% DNA technieken, 40% eiwit technieken en 20% bio-informatica.

In toets:

 Verschillende onderdelen vector
 Verschil SV40 en pUC Ori
 Verschil in expressie: eukaryoot en prokaryoot
 Blast Database (Bio-informatica)
 Homoloog, Ortholoog, Paraloog
 Cel oriëntatie met fluorescente kleuren
 Primer design
 Waarom moet je normaliseren?
 Waarom zit er geen stopvcodon in primer
 Verschil tussen N en C terminus
 Zuiveringsmethoden

,Moleculaire biologie

 Experimenten en wetenschappers die bijdroegen aan het bewijs dat DNA het erfelijke materiaal
is en de structuur van DNA

 Replicatie

 Transcriptie

 RNA processing

 Translatie

 De genetische code

 Mutaties

 Eiwitvouwing

 Post-translationele modificaties

 Eiwit trafficking

Biochemie

 Lewis structuren, VSEPR, dipolen.

 Zwakke zuren en buffers

 Eigenschappen van eiwitten

 Scheidingstechnieken

Moleculaire en biochemiesche technieken

 Centrifugatie

 Electroforese

 Fluorescentie

Praktijkvaardigheden

 Isolatie nucleïnezuren en eiwitten

 Restrictie-enzym analyse

 PCR

 Agarose gelectroforese

 Scheiding eiwitten op lading en grootte

 Karakterisering eiwitten

 SDS-PAGE

Vaardigheden Bio-informatica

 Raadplegen van biologische databases

 Identificeren van gensequenties

 Nucleotide blast (Blastn)

, Restrictiekaarten maken en bepalen groottes restrictiefragmenten (CLC bio)

 In silico Gel electroforese (CLC bio)

 Eiwitsequenties analyseren m.b.v. Biologische databases en Bioinformatica tools

 Bepalen specificiteit primers en grootte van PCR producten

, Inhoud
Praktijk theorie......................................................................................................................................... 6
Insert maken......................................................................................................................................... 8
PCR..................................................................................................................................................... 8
Gel elektroforese................................................................................................................................ 8
Berekeningen:.................................................................................................................................... 8
Begrippen + controles........................................................................................................................ 9
Discussie............................................................................................................................................ 9
Creëren vector van plasmide DNA, analyse van insert en zuiveren plasmide.....................................10
Verwachte resultaten + controles.................................................................................................... 10
Hoeveelheden en berekeningen....................................................................................................... 10
Discussie.......................................................................................................................................... 11
Insert en vector samenvoegen en toevoegen aan E. coli TOP 10 cellen..............................................12
Verwachte resultaat + controles...................................................................................................... 12
Discussie.......................................................................................................................................... 13
Transformatie van plasmide uit E. coli TOP 10 cellen in BL21 (DE3) cellen.........................................14
Verwachte resultaten + controles.................................................................................................... 14
Berekeningen:.................................................................................................................................. 14
Discussie.......................................................................................................................................... 15
Blok 2 Overzicht.................................................................................................................................. 16
Kolonie PCR en Gel elektroforese........................................................................................................ 17
Doel + controles............................................................................................................................... 17
Eiwit isolatie en SDS Page................................................................................................................... 17
Doel + verwachte resultaten + controles.........................................................................................17
Discussie.......................................................................................................................................... 17
Eiwit zuivering en SDS Page................................................................................................................ 18
Principe Zuiveren GST Tagged proteins............................................................................................ 18
Principe zuiveren His Tagged proteins.............................................................................................. 18
Doel + verwachte resultaten + controles.........................................................................................19
Dialyse............................................................................................................................................. 19
BCA Assay........................................................................................................................................... 21
Principe............................................................................................................................................ 21
Doel + verwachte resultaten + Controles........................................................................................21
SDS Page en Western Blot................................................................................................................... 22
principe............................................................................................................................................ 22
Doel + verwachte resultaten + controles.........................................................................................24
Discussie.......................................................................................................................................... 24
Enzym activiteit Assay......................................................................................................................... 25
Doel + verwachte resultaten + controles.........................................................................................25
Discussie.......................................................................................................................................... 25
Moleculaire en biochemische technieken..............................................................................................26