Begrippenlijst Moleculaire Cel Biologie 2021 Britte Geraets
College 1
telomeer Uiteinde van chromosoom
centromeer Chromosoom zitten hieraan elkaar vast
origin of replication Startpunt van replicatie (meerdere)
Heterochromatine dicht gepakt DNA, niet toegankelijk, niet actief
euchromatine los gepakt DNA, wel toegankelijk, actieve genen
Exon Codeert voor aminozuren, in mRNA
Intron Niet in het mRNA (meer dan exonen)
4 histon eiwitten H4-H3 en H2A-H2B
histoncore 8 histon eiwitten (2x 4 paren)
Nucleosoom DNA (-) + histonen (+) & heel dynamisch
N-terminus van histonen Steekt uit en bevat mutaties
Chromatine remodeling complex Verplaatsen van nucleosoom core (ATP)
Chaperone Haalt histonen heel uit het DNA
kinetogoor Herkent histoneiwit in centrosoom en trekt samen
Epigenetica Modificaties worden bij geslachtcellen gewist
Genetica Modificaties blijven bij geslachtscellen
Modificaties N-termini (lysine) Zijn reversibel! & verspreiden via kettingreactie
Acetylering (C2H2O): + naar neutraal
Methylering (CH3): blijft +, maar meer hydrofoob
Ubiquitylering: + naar neutraal
Fosforylering (PO3) (serine): neutraal naar -
Core-reader complex Leest de histoncode (bindt aan modificaties)
Het gaat om een bepaald aminozuur in de context
van de andere aminozuren
,Begrippenlijst Moleculaire Cel Biologie 2021 Britte Geraets
College 2
Transposons Stukken DNA die zichzelf kunnen verplaatsen in het
genoom.
Junk DNA Wordt niet gebruikt, maar wel gedupliceerd
Pseudogenen Genen die inactief zijn (in junk DNA)
Biologische klok Snelheid dat DNA verandert in evolutie (constant)
Purifying selection Sequenties van coderend DNA veranderen veel
minder, vanwege evolutionaire druk. Is heel krachtig;
bijv. overeenkomsten in DNA van gist en mens.
Intronen bevatten veel meer mutaties dan exonen.
DNA in mitochondriën Snelheid van mutaties veel hoger dan normaal DNA
Eiwitdomeinen Exonen komen vaak overeen met één domein en zo
makkelijk uitwisseling/recombinatie van exonen.
Single nucleotide polymorfism Posities op het genoom, waarbij er variatie is tussen
(SNP) verschillende individuen (fingerprint)
Copy number polymorfism Verschillend aantal kopieën van genen als bvb je
vader (identificeren individuen)
Mutatiesnelheid Mutaties in basen paren. Snelheid is laag.
DNA replicatie Single template strand
DNA polymerase gaat van 5’ naar 3’
Weinig fouten in DNA replicatie 1. DNA polymerase
2. Exonucleotytic proofreading
3. Strand directed mismatch repair
Tautomere vorm Verkeerde base, waardoor verkeerd aantal H-bruggen
DNA helicase Opent DNA als ritssluiting
Sliding clamb eiwitten Houden DNA polymerase vast
RNA primer Stukje DNA op de lagging strand (Okazaki fragment)
Strand directed mismatch repair Gaat opzoek naar een mismatch tussen twee basen.
MutS herkent de mismatch en MutL knipt de strand
eruit.
Topoisomerase Haalt DNA uit de knoop en zorgt voor minder stress
I Knipt één strand door en maakt een nick (geen ATP)
II Knipt beide strands door en plakt weer aan elkaar
Probleem uiteindes replicatie Lagging strand kan niet helemaal afgemaakt worden,
want er is geen plek voor een primer (en dus geen 3‘
OH). Telomerases verlengen dit stukje en vormen een
T-loop.
, Begrippenlijst Moleculaire Cel Biologie 2021 Britte Geraets
College 3
DNA schade 1. Spontane hydrolyse
2. Reactieve radicalen (redox)
3. Stralingsschade (UV, radioactiviteit)
Hydrolyse reacties Depurinering: aanvallen op ribose – base (vaak!) en
base verdwijnt
Deaminering: aanvallen op aminegroep van base en
er ontstaat een =O groep (C wordt uracil)
Base excision repair Op zoek naar een base die vreemd is. Glycosylade
haal de base eruit en de ribose en backbone wordt
verwijderd. Er ontstaat een gat dat wordt gemaakt
door DNA polymerase.
Flipping out Scannen dubbelstrands DNA en de base eruit
draaien, waardoor het enzym hem goed kan zien.
Nucleotide excision repair Herkent dat de structuur van het DNA is veranderd
(dubbel strands). Bvb T’s kunnen covalente binding
vormen. Helicase knipt stukje eruit.
Deaminering Adenine hypoxanthine
Guanine xanthine
Cytosine uracil (daarom wordt thymine gebruikt)
5-metyl cytosine thymine
Thymine niet mogelijk!
Probleem Als cytosine wordt gemethyleerd vorm je geen uracil,
maar thymide. (puntmutatie)
Reparatie dubbelstrands breuk Nonhomologous end joining: quick and dirty. Heel
snel, want de strands worden gewoon aan elkaar
geplakt.
Homologous recombination: veel preciezer, want
zusterchromatine wordt gebruikt om de schade te
herstellen.
Reparatie gebroken replicatie vork Homologe recombinatie. Plaatje!!
Gene conversion Stukje DNA waar de ene strand van de vader en
andere van de moeder. Geen voorkeur welke “goed”.
Transposons DNA-only, retroviral-like & non-retroviral.
Coderen allemaal voor minstens een eiwit/enzym wat
verplaatsing/vermenigvuldiging katalyseert en
bevatten een inverted sequentie.
DNA-only Geen RNA bij betrokken. Vormen een loop.
Retroviral-like Werken met reversed transcriptase: RNA DNA. Dit
DNA kan geïntegreerd worden in het genoom.
Non-retroviral RNA stukje dat op het target DNA gaat zitten (alu AAA
aan uiteinde)
Conservatieve specifieke integratie Alleen op bepaalde herkenningssequenties. Belangrijk
om genen aan/uit te schakelen. Mechanisme via
inversie loop of via loop integratie/excision
College 1
telomeer Uiteinde van chromosoom
centromeer Chromosoom zitten hieraan elkaar vast
origin of replication Startpunt van replicatie (meerdere)
Heterochromatine dicht gepakt DNA, niet toegankelijk, niet actief
euchromatine los gepakt DNA, wel toegankelijk, actieve genen
Exon Codeert voor aminozuren, in mRNA
Intron Niet in het mRNA (meer dan exonen)
4 histon eiwitten H4-H3 en H2A-H2B
histoncore 8 histon eiwitten (2x 4 paren)
Nucleosoom DNA (-) + histonen (+) & heel dynamisch
N-terminus van histonen Steekt uit en bevat mutaties
Chromatine remodeling complex Verplaatsen van nucleosoom core (ATP)
Chaperone Haalt histonen heel uit het DNA
kinetogoor Herkent histoneiwit in centrosoom en trekt samen
Epigenetica Modificaties worden bij geslachtcellen gewist
Genetica Modificaties blijven bij geslachtscellen
Modificaties N-termini (lysine) Zijn reversibel! & verspreiden via kettingreactie
Acetylering (C2H2O): + naar neutraal
Methylering (CH3): blijft +, maar meer hydrofoob
Ubiquitylering: + naar neutraal
Fosforylering (PO3) (serine): neutraal naar -
Core-reader complex Leest de histoncode (bindt aan modificaties)
Het gaat om een bepaald aminozuur in de context
van de andere aminozuren
,Begrippenlijst Moleculaire Cel Biologie 2021 Britte Geraets
College 2
Transposons Stukken DNA die zichzelf kunnen verplaatsen in het
genoom.
Junk DNA Wordt niet gebruikt, maar wel gedupliceerd
Pseudogenen Genen die inactief zijn (in junk DNA)
Biologische klok Snelheid dat DNA verandert in evolutie (constant)
Purifying selection Sequenties van coderend DNA veranderen veel
minder, vanwege evolutionaire druk. Is heel krachtig;
bijv. overeenkomsten in DNA van gist en mens.
Intronen bevatten veel meer mutaties dan exonen.
DNA in mitochondriën Snelheid van mutaties veel hoger dan normaal DNA
Eiwitdomeinen Exonen komen vaak overeen met één domein en zo
makkelijk uitwisseling/recombinatie van exonen.
Single nucleotide polymorfism Posities op het genoom, waarbij er variatie is tussen
(SNP) verschillende individuen (fingerprint)
Copy number polymorfism Verschillend aantal kopieën van genen als bvb je
vader (identificeren individuen)
Mutatiesnelheid Mutaties in basen paren. Snelheid is laag.
DNA replicatie Single template strand
DNA polymerase gaat van 5’ naar 3’
Weinig fouten in DNA replicatie 1. DNA polymerase
2. Exonucleotytic proofreading
3. Strand directed mismatch repair
Tautomere vorm Verkeerde base, waardoor verkeerd aantal H-bruggen
DNA helicase Opent DNA als ritssluiting
Sliding clamb eiwitten Houden DNA polymerase vast
RNA primer Stukje DNA op de lagging strand (Okazaki fragment)
Strand directed mismatch repair Gaat opzoek naar een mismatch tussen twee basen.
MutS herkent de mismatch en MutL knipt de strand
eruit.
Topoisomerase Haalt DNA uit de knoop en zorgt voor minder stress
I Knipt één strand door en maakt een nick (geen ATP)
II Knipt beide strands door en plakt weer aan elkaar
Probleem uiteindes replicatie Lagging strand kan niet helemaal afgemaakt worden,
want er is geen plek voor een primer (en dus geen 3‘
OH). Telomerases verlengen dit stukje en vormen een
T-loop.
, Begrippenlijst Moleculaire Cel Biologie 2021 Britte Geraets
College 3
DNA schade 1. Spontane hydrolyse
2. Reactieve radicalen (redox)
3. Stralingsschade (UV, radioactiviteit)
Hydrolyse reacties Depurinering: aanvallen op ribose – base (vaak!) en
base verdwijnt
Deaminering: aanvallen op aminegroep van base en
er ontstaat een =O groep (C wordt uracil)
Base excision repair Op zoek naar een base die vreemd is. Glycosylade
haal de base eruit en de ribose en backbone wordt
verwijderd. Er ontstaat een gat dat wordt gemaakt
door DNA polymerase.
Flipping out Scannen dubbelstrands DNA en de base eruit
draaien, waardoor het enzym hem goed kan zien.
Nucleotide excision repair Herkent dat de structuur van het DNA is veranderd
(dubbel strands). Bvb T’s kunnen covalente binding
vormen. Helicase knipt stukje eruit.
Deaminering Adenine hypoxanthine
Guanine xanthine
Cytosine uracil (daarom wordt thymine gebruikt)
5-metyl cytosine thymine
Thymine niet mogelijk!
Probleem Als cytosine wordt gemethyleerd vorm je geen uracil,
maar thymide. (puntmutatie)
Reparatie dubbelstrands breuk Nonhomologous end joining: quick and dirty. Heel
snel, want de strands worden gewoon aan elkaar
geplakt.
Homologous recombination: veel preciezer, want
zusterchromatine wordt gebruikt om de schade te
herstellen.
Reparatie gebroken replicatie vork Homologe recombinatie. Plaatje!!
Gene conversion Stukje DNA waar de ene strand van de vader en
andere van de moeder. Geen voorkeur welke “goed”.
Transposons DNA-only, retroviral-like & non-retroviral.
Coderen allemaal voor minstens een eiwit/enzym wat
verplaatsing/vermenigvuldiging katalyseert en
bevatten een inverted sequentie.
DNA-only Geen RNA bij betrokken. Vormen een loop.
Retroviral-like Werken met reversed transcriptase: RNA DNA. Dit
DNA kan geïntegreerd worden in het genoom.
Non-retroviral RNA stukje dat op het target DNA gaat zitten (alu AAA
aan uiteinde)
Conservatieve specifieke integratie Alleen op bepaalde herkenningssequenties. Belangrijk
om genen aan/uit te schakelen. Mechanisme via
inversie loop of via loop integratie/excision
