METHODEN: DATA-ANALYSE EN DATABANKEN
Enorm belang van bioinformatica in het biomedisch onderzoek. Rijkdom aan bioinformatische tools,
sommige zeer toegakelijk (websites), anderen vereisen kennis van een programmeertaal (R, Python,
Bash…) en/of zijn betalend. 2 aspecten die vaak aan mekaar gekoppeld zijn:
- Data opzoeken in databanken
- Data-analyse
Literatuur
Pubmed en Web of science: Peer reviewed artikels (onderzoeksartikels en literatuuroverzichten
(reviews)). Deze zijn toegankelijk door in te loggen via de bibliotheek van KUL. Ondanks dat KUL een
abonnement heeft moet je toch soms betalen voor sommige artikels.
Sci-hub: dit is gratis met >85 miljoen gepubliceerde artikels, ook artikels waarvoor via officiële
kanalen je voor moet betalen. Erg controversieel.
Google scholar: peer reviewed artikelen. Bevatten ook zeer recente publicaties.
Preprint servers: artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben → kwaliteit is zeer
variabel. Meer recente onderzoeksresultaten worden hier gratis gedeeld. Hier zijn veel opties van
servers (biorxiv, medrvis, zenodo…)
JoVE (journal of bisualized Experiments): peer reviewed video’s van metgoden en protocollen.
Slechts beperkt deel gratis toegankelijk.
Patenten (=octrooien): een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding.
Omvat ook een publicatie van de uitvinding. Te bekijken in specifieke databanken.
Data repositoria
Data portalen van waarop ‘ruwe’ (=nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload.
Zoeken via ‘accession number’ uit publicatie of via zoektermen. Laat toe om dure -omics datasets te
herbruiken voor nieuwe onderzoeksvragen.
GEO (gene expression Omnibus): RNA expressive datasets
PRIDE database: massa spectrometrie proteomics datasets
PDB (protein DataBase): 3D structuurinformatie van eiwitten
Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, bvaak op een visueel attractieve
manier. Laat toe om zaken makkelijk op te zoeken.
DNA
genome browsers: deze zijn vooral bedoelt om dingen in te kunnen zoeken in de dataplatformen.
Men kan genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten… van een gen gaan opzoeken.
Bv. Ensembl, UCSC kunnen hiervoor gebruikt worden. men kan ook data ENCODE raadplegen.
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen.
1
Enorm belang van bioinformatica in het biomedisch onderzoek. Rijkdom aan bioinformatische tools,
sommige zeer toegakelijk (websites), anderen vereisen kennis van een programmeertaal (R, Python,
Bash…) en/of zijn betalend. 2 aspecten die vaak aan mekaar gekoppeld zijn:
- Data opzoeken in databanken
- Data-analyse
Literatuur
Pubmed en Web of science: Peer reviewed artikels (onderzoeksartikels en literatuuroverzichten
(reviews)). Deze zijn toegankelijk door in te loggen via de bibliotheek van KUL. Ondanks dat KUL een
abonnement heeft moet je toch soms betalen voor sommige artikels.
Sci-hub: dit is gratis met >85 miljoen gepubliceerde artikels, ook artikels waarvoor via officiële
kanalen je voor moet betalen. Erg controversieel.
Google scholar: peer reviewed artikelen. Bevatten ook zeer recente publicaties.
Preprint servers: artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben → kwaliteit is zeer
variabel. Meer recente onderzoeksresultaten worden hier gratis gedeeld. Hier zijn veel opties van
servers (biorxiv, medrvis, zenodo…)
JoVE (journal of bisualized Experiments): peer reviewed video’s van metgoden en protocollen.
Slechts beperkt deel gratis toegankelijk.
Patenten (=octrooien): een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding.
Omvat ook een publicatie van de uitvinding. Te bekijken in specifieke databanken.
Data repositoria
Data portalen van waarop ‘ruwe’ (=nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload.
Zoeken via ‘accession number’ uit publicatie of via zoektermen. Laat toe om dure -omics datasets te
herbruiken voor nieuwe onderzoeksvragen.
GEO (gene expression Omnibus): RNA expressive datasets
PRIDE database: massa spectrometrie proteomics datasets
PDB (protein DataBase): 3D structuurinformatie van eiwitten
Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, bvaak op een visueel attractieve
manier. Laat toe om zaken makkelijk op te zoeken.
DNA
genome browsers: deze zijn vooral bedoelt om dingen in te kunnen zoeken in de dataplatformen.
Men kan genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten… van een gen gaan opzoeken.
Bv. Ensembl, UCSC kunnen hiervoor gebruikt worden. men kan ook data ENCODE raadplegen.
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen.
1
