Moleculaire Epidemiologie
Inhoud
Les 1 – Inleiding moleculaire evolutie.......................................................................................................................3
De genetische variatie bij levende organismen uitleggen....................................................................................3
Het ontstaan van genetische variatie in populaties uitleggen..............................................................................3
De verschillende methoden van classificatie benoemen......................................................................................3
Het proces van evolutie en Darwin’s evolutie theorie uitleggen..........................................................................3
De invloed van natuurlijke selectie op de evolutie uitleggen...............................................................................4
Het concept van “the tree of life” en het begrip molecular clock uitleggen........................................................4
Het epidemiologisch effect van veranderingen in het genoom bij bacteriën benoemen....................................4
Selectie en antibiotica resistentie.....................................................................................................................4
De toepassingen van moleculaire technieken bij de bestudering van de verspreiding van infectieziekten
benoemen.............................................................................................................................................................4
Les 2 – Fylogenie.......................................................................................................................................................6
Het begrip fylogenie bij een phenetics of cladistics benadering uitleggen..........................................................6
Het belang van moleculaire markers binnen de fylogenie uitleggen...................................................................6
De betrouwbaarheid van een fylogenetische boom bepalen...............................................................................6
Toepassing van de fylogenetische bomen binnen de epidemiologie...................................................................7
De constructie en interpretatie van een minimum spanning tree.......................................................................7
Aantekeningen college......................................................................................................................................7
Les 3 – Bacterial typering by whole genome sequencing.........................................................................................8
SNP typing.............................................................................................................................................................8
MLST......................................................................................................................................................................8
Pair comparison of core genes..............................................................................................................................8
Accesory gene typing........................................................................................................................................9
Plasmide sequencing.........................................................................................................................................9
Het verschil tussen identificatie en typeren van bacterien..................................................................................9
Les 4 – Antibiotica resistentie.................................................................................................................................10
Mechansimen van antibiotica resistentie bij bacteriën benoemen...................................................................10
Verspreiding van een VRE wereldwijd en binnen het ziekenhuis uitleggen.......................................................10
Les 5: Moleculaire epidemiologie virussen.............................................................................................................12
Hepatitis B en C...................................................................................................................................................12
Genetische variatie bij HB en HC.........................................................................................................................12
Les 6 – HIV epidemie en evolutie van HIV resistentie.............................................................................................13
Artikelen – Hoorcollege’s........................................................................................................................................14
Les 2 TB................................................................................................................................................................14
,Les 3 – Bordetella pertussis.................................................................................................................................15
, LES 1 – INLEIDING MOLECULAIRE EVOLUTIE
Epidemiologie is de wetenschappelijke studie van het voorkomen en de verspreiding van ziekten onder de
bevolking. Er wordt niet rekening gehouden met diagnose en behandeling, maar met wie wordt getroffen en
welke factoren werken of niet.
Leerdoelen:
DE GENETISCHE VARIATIE BIJ LEVENDE ORGANISMEN UITLEGGEN
De genetische variatie binnen een soort vormt het uitgangsmateriaal voor evolutie via natuurlijke selectie.
Organismen die beter aangepast zijn hebben een selectievoordeel.
HET ONTSTAAN VAN GENETISCHE VARIATIE IN POPULATIES UITLEGGEN
De genetische variatie binnen een soort vormt het uitgangsmateriaal voor evolutie via natuurlijke selectie.
Genetische variatie ontstaat op 2 manieren:
1. Geslachtelijke voortplanting
Door het genetische materiaal van twee ouders te combineren wordt de helft van elk genetische genoom
overgenomen door de kinderen. Er is ook kans op crossing-over, waardoor er veel genetische variatie ontstaat.
2. Mutaties
Wijzigingen in de erfelijke eigenschappen van het genoom zorgen voor variatie. In principe zijn alle mutaties
toevallig, maar welke mutaties zijn gevoelig voor selectiedruk? De best aangepaste vogel zal zijn genen
doorgeven. Er zijn verschillende soorten mutaties:
- Insertie is een toevoeging van 1 of meerdere nucleotiden aan een DNA of RNA sequentie
- Deletie is een mutatie waarbij er 1 of meerdere nucleotiden worden verwijderd
Synonymous mutaties = Stille muaties = zorgen niet voor een verandering in de aminozuurvolgorde.
Selectiedruk heeft wel effect op nonsynomymous mutaties.
DE VERSCHILLENDE METHODEN VAN CLASSIFICATIE BENOEMEN
Carlos Linnaeus bracht het classificatiesysteem tot stand. Er zijn drie manieren:
1. Hiërarchisch classificatiesysteem
Soorten en geslacht
Familie en orde
Klasse en rijk
2. Onderlinge verwantschap
3. Systematiek; taxonomie
HET PROCES VAN EVOLUTIE EN DARWIN’S EVOLUTIE THEORIE UITLEGGEN
Charles Darwin is de grondlegger van de evolutietheorie, maar dit is nog steeds een theorie. Hij zag zoveel
variatie in de soorten om zich heen dat hij uiteindelijk op de tree of life is gekomen. Evolutie vind plaats door
middel van natuurlijke selectie. Organismen die beter aangepast zijn hebben een selectie voordeel Survivial
of the fittest.
Inhoud
Les 1 – Inleiding moleculaire evolutie.......................................................................................................................3
De genetische variatie bij levende organismen uitleggen....................................................................................3
Het ontstaan van genetische variatie in populaties uitleggen..............................................................................3
De verschillende methoden van classificatie benoemen......................................................................................3
Het proces van evolutie en Darwin’s evolutie theorie uitleggen..........................................................................3
De invloed van natuurlijke selectie op de evolutie uitleggen...............................................................................4
Het concept van “the tree of life” en het begrip molecular clock uitleggen........................................................4
Het epidemiologisch effect van veranderingen in het genoom bij bacteriën benoemen....................................4
Selectie en antibiotica resistentie.....................................................................................................................4
De toepassingen van moleculaire technieken bij de bestudering van de verspreiding van infectieziekten
benoemen.............................................................................................................................................................4
Les 2 – Fylogenie.......................................................................................................................................................6
Het begrip fylogenie bij een phenetics of cladistics benadering uitleggen..........................................................6
Het belang van moleculaire markers binnen de fylogenie uitleggen...................................................................6
De betrouwbaarheid van een fylogenetische boom bepalen...............................................................................6
Toepassing van de fylogenetische bomen binnen de epidemiologie...................................................................7
De constructie en interpretatie van een minimum spanning tree.......................................................................7
Aantekeningen college......................................................................................................................................7
Les 3 – Bacterial typering by whole genome sequencing.........................................................................................8
SNP typing.............................................................................................................................................................8
MLST......................................................................................................................................................................8
Pair comparison of core genes..............................................................................................................................8
Accesory gene typing........................................................................................................................................9
Plasmide sequencing.........................................................................................................................................9
Het verschil tussen identificatie en typeren van bacterien..................................................................................9
Les 4 – Antibiotica resistentie.................................................................................................................................10
Mechansimen van antibiotica resistentie bij bacteriën benoemen...................................................................10
Verspreiding van een VRE wereldwijd en binnen het ziekenhuis uitleggen.......................................................10
Les 5: Moleculaire epidemiologie virussen.............................................................................................................12
Hepatitis B en C...................................................................................................................................................12
Genetische variatie bij HB en HC.........................................................................................................................12
Les 6 – HIV epidemie en evolutie van HIV resistentie.............................................................................................13
Artikelen – Hoorcollege’s........................................................................................................................................14
Les 2 TB................................................................................................................................................................14
,Les 3 – Bordetella pertussis.................................................................................................................................15
, LES 1 – INLEIDING MOLECULAIRE EVOLUTIE
Epidemiologie is de wetenschappelijke studie van het voorkomen en de verspreiding van ziekten onder de
bevolking. Er wordt niet rekening gehouden met diagnose en behandeling, maar met wie wordt getroffen en
welke factoren werken of niet.
Leerdoelen:
DE GENETISCHE VARIATIE BIJ LEVENDE ORGANISMEN UITLEGGEN
De genetische variatie binnen een soort vormt het uitgangsmateriaal voor evolutie via natuurlijke selectie.
Organismen die beter aangepast zijn hebben een selectievoordeel.
HET ONTSTAAN VAN GENETISCHE VARIATIE IN POPULATIES UITLEGGEN
De genetische variatie binnen een soort vormt het uitgangsmateriaal voor evolutie via natuurlijke selectie.
Genetische variatie ontstaat op 2 manieren:
1. Geslachtelijke voortplanting
Door het genetische materiaal van twee ouders te combineren wordt de helft van elk genetische genoom
overgenomen door de kinderen. Er is ook kans op crossing-over, waardoor er veel genetische variatie ontstaat.
2. Mutaties
Wijzigingen in de erfelijke eigenschappen van het genoom zorgen voor variatie. In principe zijn alle mutaties
toevallig, maar welke mutaties zijn gevoelig voor selectiedruk? De best aangepaste vogel zal zijn genen
doorgeven. Er zijn verschillende soorten mutaties:
- Insertie is een toevoeging van 1 of meerdere nucleotiden aan een DNA of RNA sequentie
- Deletie is een mutatie waarbij er 1 of meerdere nucleotiden worden verwijderd
Synonymous mutaties = Stille muaties = zorgen niet voor een verandering in de aminozuurvolgorde.
Selectiedruk heeft wel effect op nonsynomymous mutaties.
DE VERSCHILLENDE METHODEN VAN CLASSIFICATIE BENOEMEN
Carlos Linnaeus bracht het classificatiesysteem tot stand. Er zijn drie manieren:
1. Hiërarchisch classificatiesysteem
Soorten en geslacht
Familie en orde
Klasse en rijk
2. Onderlinge verwantschap
3. Systematiek; taxonomie
HET PROCES VAN EVOLUTIE EN DARWIN’S EVOLUTIE THEORIE UITLEGGEN
Charles Darwin is de grondlegger van de evolutietheorie, maar dit is nog steeds een theorie. Hij zag zoveel
variatie in de soorten om zich heen dat hij uiteindelijk op de tree of life is gekomen. Evolutie vind plaats door
middel van natuurlijke selectie. Organismen die beter aangepast zijn hebben een selectie voordeel Survivial
of the fittest.
