PPT 1
DNA STRUCTUUR
De fundamentele drager van genetische informatie is het DNA-molecuul, dat georganiseerd is als een dubbele
helix. Deze structuur bestaat uit twee antiparallele strengen die rond een gemeenschappelijke as gewonden
zijn.
Antiparallele strengen: lopen tegen elkaar in, tegengestelde richting van elkaar. De ene loopt naar boven naar
beneden (van het 5’- einde naar het 3’ einde) en de ander van beneden naar boven.
De dubbele helix= twee antiparallele strengen en ze om elkaar heen draait tot een spiraal.
Nucleotide opbouw:
o Elk nucleotide bestaat uit drie componenten: een nucleobasen, een pentosuiker en een
fosfaatgroep.
o De suiker-fosfaat-ruggengraat vormt de structurele basis, terwijl de basen naar binnen zijn
gericht.
Basenparing:
o De specificiteit van de genetische code wordt gewaarborgd door complementaire
basenparing volgens de regels van Chargaff:
Adenine (A) Thymine (T) via twee waterstofbruggen binding
Guanine (G) Cytosine (C) via drie waterstofbruggen binding
o DNA-polymerase= enzym die reguleert of de base welk
complementaire zijn.
begint altijd bij een primer (=stukje RNA dat door primase
op oude streng wordt gezet als startpunt
Vanaf dat startpunt kan DNA-polymerase pas beginnen met
bouwen. Het bouwt altijd vanaf de 5'-kant naar de 3'-
kant van de nieuwe streng. Dat betekent dat het nieuwe
bouwstenen vastplakt aan het 3'-uiteinde van de groeiende
keten.
Je leest elke kant af vanaf waar de streng groeit, het groeit altijd van 3’
Antiparallele oriëntatie:
o De twee strengen tegengestelde richting, gedefinieerd door de 5'- en 3'- uiteinden van de
suikergroep (gerelateerd aan de positie van het koolstofatoom in de ribosoomring).
o Eén streng loopt van 5' naar 3', de andere van 3' naar 5'.
CHEMISCHE POLARITEIT
Het 5'-uiteinde van een DNA-streng eindigt met een fosfaatgroep, terwijl het 3'-uiteinde eindigt met een
hydroxylgroep (-OH). Deze polariteit is cruciaal voor de directionele werking van enzymen zoals DNA- en RNA-
polymerase.
DNA REPLICATIE
DNA-replicatie volgt een semi-conservatief model, waarbij elke nieuwe dubbele helix één ouderlijke streng en
één nieuw gesynthetiseerde dochterstreng bevat.
BELANGRIJKE ENZYMEN:
Helicase: Verbreekt de waterstofbruggen tussen de basenparen om de replicatievork te openen.
1
, DNA-polymerase: Katalyseert de synthese van nieuwe strengen door nucleotiden toe te voegen aan
het 3'-uiteinde.
Primase: Synthetiseert een kort RNA-primerfragment om als startpunt voor DNA-polymerase te
dienen.
Ligase: Verbindt Okazaki-fragmenten op de volgende streng door de suiker-fosfaat-ruggengraat te
herstellen.
Leidende en volgende streng: Vanwege de strikte 5' naar 3' syntheserichting van DNA-polymerase,
wordt de leidende streng continu gesynthetiseerd richting de replicatievork. De volgende streng wordt
discontinu aangemaakt in kleine segmenten, bekend als Okazaki-fragmenten.
DNA-REPLICATIE STAPPEN
Dit is simpelweg het verdubbelen van je DNA zodat elke nieuwe cel een volledige set informatie krijgt. Dit
gebeurt in de S-fase van de celcyclus 3
= Het proces waarbij een DNA-molecuul wordt gekopieerd om twee identieke DNA-moleculen te vormen.
STAPPEN REPLICATIE
1. Replicatiestartpunt (origin)
Initiator proteïnen binden hier wikkelen het DNA om zich heen creëren herkenningspunt
2. Replicatiebel vorming
DNA-helicase verbreekt de waterstofbruggen tss basen replicatiebel
Enzymen herkennen origin verbreken verbinding tussen 2 ketens= replicatiebel met 2
replicatievorken
Op einde bel replicatie plaats DNA-helicase zorgt voor afwikkelen einde van strengen
3. Voorkomen opnieuw waterstofbruggen
Single-strand bindingsproteïnen binden aan de twee afgewikkelde strengen
Dit om te voorzorgen dat de losgemaakte basen weer waterstofbruggen vormen
4. Voorkomen overwinding
Door afwikkelen dubbele helix strakker gedraaid
Topoïsomerase dubbele helix normale structuur behoud= geen overwinding
o door een zijde van de fosfaatsuiker streng te breken (scharnierpunt), te laten draaien en
weer te herstellen.
5. Plaatsen primers
2 enkelstrengs DNA-moleculen gebruikt voor aanmaak 2 nieuwe strengen, die complementaire zijn
aan de eerste
Primer= kort RNA-fragment
DNA-replicatie vereist DNA-polymerase III kan enkel nucleotiden toevoegen aan het 3’ van
bestaande suikergroep (er moet altijd een stukje DNA-streng aanwezig zijn waar hij zich aan kan
verder bouwen)
6. Synthese van nieuwe streng
Ander enzym (die geen voorafgaande nucleotide nodig heeft) aanmaken RNA (=primer)
gebeurd door DNA-primase
Vanaf hier kan DNA-polymerase III nucleotiden toevoegen aan 3’ uiteinde nieuwe streng vormen
Primer zal later verwijderd worden word ingevuld met DNA
7. Synthese leading en lagging streng
Losse nucleotiden (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) worden gebruikt om nieuw DNA te maken.
DNA-polymerase III bindt deze nucleotiden aan de DNA-streng.
o Bij de binding komt energie vrij door afsplitsing van pyrofosfaat(= dubbele fosfaatgroep)
2
, DNA-polymerase III kan alleen werken in de richting 5’ → 3’
Daarom wordt:
o de leading strand continu gemaakt
o de lagging strand in kleine stukjes gemaakt.
8. Lagging strand
De lagging strand moet ook in de richting 5’ → 3’ worden opgebouwd.
o Daarom wordt deze streng gemaakt in kleine stukjes= Okazaki-fragmenten.
DNA-primase maakt telkens een nieuwe primer DNA-helicase opent de dubbele helix verder
DNA-polymerase III verlengt vanaf de primer het DNA in de richting 5’ → 3’.
Het enzym stopt wanneer het de vorige primer bereikt.
Enkel op lagging streng!!!
9. Okazaki-fragmenten binden
De primers tussen de Okazaki-fragmenten verwijderd door een exonuclease.
DNA-polymerase I vult de lege stukken op met DNA.
DNA ligase verbindt daarna alle Okazaki-fragmenten tot één doorlopende DNA-streng.
(1-5= voorbereiding replicatie DNA; 6-9= eigenlijke replicatie)
VERSCHIL PRO- EN EUKARYOTEN
PROKARYOTEN
1 ori per DNA-molecule
1 replicatiebel, 2 replicatievorken
Lange Okazaki-fragmenten
Circulair
EUKARYOTEN
1000 ori in elke chromosoom
Meerdere replicatiebellen en vorken
Kortere Okazaki-fragmenten
Lineair: streng probleem plaatste primer
o Oplossing:
o einde chromosoom = telomeer (herhaling bepaalde sequentie)
o Telomerase: enzym die RNA sequentie bevat complementair aan telomeer hecht en
verlengt telomeer
3
, o Primer kan nu aangemaakt (primase + DNA pol III) worden en Okazaki-fragment kan gevormd
worden
EIWITSYNTHESE
TRANSCRIPTIE: DNA NAAR RNA
Transcriptie= het proces waarbij de informatie in een DNA-gen wordt gekopieerd naar een mRNA-molecuul.
STAPPEN TRANSCIPTIE DNARNA
1. RNA polymerase bindt aan een specifieke DNA-sequentie: de promotor op de antisense streng.
→ De DNA-helix opent en vormt een transcriptiebel.
2. De transcriptie start aan de transcriptiestartplaats (+1).
→ Vanaf hier wordt RNA gevormd.
3. De antisense streng dient als matrijs/template.
→ Daardoor wordt een RNA-streng gemaakt die complementair is aan de antisense streng en bijna gelijk
aan de sense streng.
4. RNA-polymerase schuift over de antisense streng in de richting 3’ → 5’.
→ Tegelijk wordt RNA gevormd in de richting 5’ → 3’.
→ Achter het enzym sluit de DNA-helix opnieuw.
5. Aan het terminatiesignaal stopt de transcriptie.
→ Het mRNA-molecule komt vrij.
TRANSLATIE (ONDERDEEL VAN EIWITSYNTHESE)
Eiwitsynthese bestaat uit twee grote stappen: transcriptie (DNA naar mRNA) en translatie (mRNA naar eiwit)
Translatie vindt plaats bij de ribosomen in het cytoplasma.
STAPPENPLAN TRANSLATIE:
1. Initiatie
mRNA bindt aan een ribosoom startcodon (meestal AUG) wordt herkend eerste tRNA met
methionine bindt aan het startcodon.
2. Elongatie
tRNA brengt aminozuren naar het ribosoom anticodon van tRNA bindt op het codon van mRNA
ribosoom koppelt de aminozuren aan elkaar tot keten.
3. Terminatie
Het ribosoom bereikt een stopcodon aminozuurketen komt vrij keten vouwt zich op tot een
functioneel eiwit.
ONTHOUD HET VERSCHIL
Transcriptie "overschrijven" van de code (in de kern).
Translatie "vertalen" van die code naar een echte bouwstof (buiten de kern).
4
DNA STRUCTUUR
De fundamentele drager van genetische informatie is het DNA-molecuul, dat georganiseerd is als een dubbele
helix. Deze structuur bestaat uit twee antiparallele strengen die rond een gemeenschappelijke as gewonden
zijn.
Antiparallele strengen: lopen tegen elkaar in, tegengestelde richting van elkaar. De ene loopt naar boven naar
beneden (van het 5’- einde naar het 3’ einde) en de ander van beneden naar boven.
De dubbele helix= twee antiparallele strengen en ze om elkaar heen draait tot een spiraal.
Nucleotide opbouw:
o Elk nucleotide bestaat uit drie componenten: een nucleobasen, een pentosuiker en een
fosfaatgroep.
o De suiker-fosfaat-ruggengraat vormt de structurele basis, terwijl de basen naar binnen zijn
gericht.
Basenparing:
o De specificiteit van de genetische code wordt gewaarborgd door complementaire
basenparing volgens de regels van Chargaff:
Adenine (A) Thymine (T) via twee waterstofbruggen binding
Guanine (G) Cytosine (C) via drie waterstofbruggen binding
o DNA-polymerase= enzym die reguleert of de base welk
complementaire zijn.
begint altijd bij een primer (=stukje RNA dat door primase
op oude streng wordt gezet als startpunt
Vanaf dat startpunt kan DNA-polymerase pas beginnen met
bouwen. Het bouwt altijd vanaf de 5'-kant naar de 3'-
kant van de nieuwe streng. Dat betekent dat het nieuwe
bouwstenen vastplakt aan het 3'-uiteinde van de groeiende
keten.
Je leest elke kant af vanaf waar de streng groeit, het groeit altijd van 3’
Antiparallele oriëntatie:
o De twee strengen tegengestelde richting, gedefinieerd door de 5'- en 3'- uiteinden van de
suikergroep (gerelateerd aan de positie van het koolstofatoom in de ribosoomring).
o Eén streng loopt van 5' naar 3', de andere van 3' naar 5'.
CHEMISCHE POLARITEIT
Het 5'-uiteinde van een DNA-streng eindigt met een fosfaatgroep, terwijl het 3'-uiteinde eindigt met een
hydroxylgroep (-OH). Deze polariteit is cruciaal voor de directionele werking van enzymen zoals DNA- en RNA-
polymerase.
DNA REPLICATIE
DNA-replicatie volgt een semi-conservatief model, waarbij elke nieuwe dubbele helix één ouderlijke streng en
één nieuw gesynthetiseerde dochterstreng bevat.
BELANGRIJKE ENZYMEN:
Helicase: Verbreekt de waterstofbruggen tussen de basenparen om de replicatievork te openen.
1
, DNA-polymerase: Katalyseert de synthese van nieuwe strengen door nucleotiden toe te voegen aan
het 3'-uiteinde.
Primase: Synthetiseert een kort RNA-primerfragment om als startpunt voor DNA-polymerase te
dienen.
Ligase: Verbindt Okazaki-fragmenten op de volgende streng door de suiker-fosfaat-ruggengraat te
herstellen.
Leidende en volgende streng: Vanwege de strikte 5' naar 3' syntheserichting van DNA-polymerase,
wordt de leidende streng continu gesynthetiseerd richting de replicatievork. De volgende streng wordt
discontinu aangemaakt in kleine segmenten, bekend als Okazaki-fragmenten.
DNA-REPLICATIE STAPPEN
Dit is simpelweg het verdubbelen van je DNA zodat elke nieuwe cel een volledige set informatie krijgt. Dit
gebeurt in de S-fase van de celcyclus 3
= Het proces waarbij een DNA-molecuul wordt gekopieerd om twee identieke DNA-moleculen te vormen.
STAPPEN REPLICATIE
1. Replicatiestartpunt (origin)
Initiator proteïnen binden hier wikkelen het DNA om zich heen creëren herkenningspunt
2. Replicatiebel vorming
DNA-helicase verbreekt de waterstofbruggen tss basen replicatiebel
Enzymen herkennen origin verbreken verbinding tussen 2 ketens= replicatiebel met 2
replicatievorken
Op einde bel replicatie plaats DNA-helicase zorgt voor afwikkelen einde van strengen
3. Voorkomen opnieuw waterstofbruggen
Single-strand bindingsproteïnen binden aan de twee afgewikkelde strengen
Dit om te voorzorgen dat de losgemaakte basen weer waterstofbruggen vormen
4. Voorkomen overwinding
Door afwikkelen dubbele helix strakker gedraaid
Topoïsomerase dubbele helix normale structuur behoud= geen overwinding
o door een zijde van de fosfaatsuiker streng te breken (scharnierpunt), te laten draaien en
weer te herstellen.
5. Plaatsen primers
2 enkelstrengs DNA-moleculen gebruikt voor aanmaak 2 nieuwe strengen, die complementaire zijn
aan de eerste
Primer= kort RNA-fragment
DNA-replicatie vereist DNA-polymerase III kan enkel nucleotiden toevoegen aan het 3’ van
bestaande suikergroep (er moet altijd een stukje DNA-streng aanwezig zijn waar hij zich aan kan
verder bouwen)
6. Synthese van nieuwe streng
Ander enzym (die geen voorafgaande nucleotide nodig heeft) aanmaken RNA (=primer)
gebeurd door DNA-primase
Vanaf hier kan DNA-polymerase III nucleotiden toevoegen aan 3’ uiteinde nieuwe streng vormen
Primer zal later verwijderd worden word ingevuld met DNA
7. Synthese leading en lagging streng
Losse nucleotiden (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) worden gebruikt om nieuw DNA te maken.
DNA-polymerase III bindt deze nucleotiden aan de DNA-streng.
o Bij de binding komt energie vrij door afsplitsing van pyrofosfaat(= dubbele fosfaatgroep)
2
, DNA-polymerase III kan alleen werken in de richting 5’ → 3’
Daarom wordt:
o de leading strand continu gemaakt
o de lagging strand in kleine stukjes gemaakt.
8. Lagging strand
De lagging strand moet ook in de richting 5’ → 3’ worden opgebouwd.
o Daarom wordt deze streng gemaakt in kleine stukjes= Okazaki-fragmenten.
DNA-primase maakt telkens een nieuwe primer DNA-helicase opent de dubbele helix verder
DNA-polymerase III verlengt vanaf de primer het DNA in de richting 5’ → 3’.
Het enzym stopt wanneer het de vorige primer bereikt.
Enkel op lagging streng!!!
9. Okazaki-fragmenten binden
De primers tussen de Okazaki-fragmenten verwijderd door een exonuclease.
DNA-polymerase I vult de lege stukken op met DNA.
DNA ligase verbindt daarna alle Okazaki-fragmenten tot één doorlopende DNA-streng.
(1-5= voorbereiding replicatie DNA; 6-9= eigenlijke replicatie)
VERSCHIL PRO- EN EUKARYOTEN
PROKARYOTEN
1 ori per DNA-molecule
1 replicatiebel, 2 replicatievorken
Lange Okazaki-fragmenten
Circulair
EUKARYOTEN
1000 ori in elke chromosoom
Meerdere replicatiebellen en vorken
Kortere Okazaki-fragmenten
Lineair: streng probleem plaatste primer
o Oplossing:
o einde chromosoom = telomeer (herhaling bepaalde sequentie)
o Telomerase: enzym die RNA sequentie bevat complementair aan telomeer hecht en
verlengt telomeer
3
, o Primer kan nu aangemaakt (primase + DNA pol III) worden en Okazaki-fragment kan gevormd
worden
EIWITSYNTHESE
TRANSCRIPTIE: DNA NAAR RNA
Transcriptie= het proces waarbij de informatie in een DNA-gen wordt gekopieerd naar een mRNA-molecuul.
STAPPEN TRANSCIPTIE DNARNA
1. RNA polymerase bindt aan een specifieke DNA-sequentie: de promotor op de antisense streng.
→ De DNA-helix opent en vormt een transcriptiebel.
2. De transcriptie start aan de transcriptiestartplaats (+1).
→ Vanaf hier wordt RNA gevormd.
3. De antisense streng dient als matrijs/template.
→ Daardoor wordt een RNA-streng gemaakt die complementair is aan de antisense streng en bijna gelijk
aan de sense streng.
4. RNA-polymerase schuift over de antisense streng in de richting 3’ → 5’.
→ Tegelijk wordt RNA gevormd in de richting 5’ → 3’.
→ Achter het enzym sluit de DNA-helix opnieuw.
5. Aan het terminatiesignaal stopt de transcriptie.
→ Het mRNA-molecule komt vrij.
TRANSLATIE (ONDERDEEL VAN EIWITSYNTHESE)
Eiwitsynthese bestaat uit twee grote stappen: transcriptie (DNA naar mRNA) en translatie (mRNA naar eiwit)
Translatie vindt plaats bij de ribosomen in het cytoplasma.
STAPPENPLAN TRANSLATIE:
1. Initiatie
mRNA bindt aan een ribosoom startcodon (meestal AUG) wordt herkend eerste tRNA met
methionine bindt aan het startcodon.
2. Elongatie
tRNA brengt aminozuren naar het ribosoom anticodon van tRNA bindt op het codon van mRNA
ribosoom koppelt de aminozuren aan elkaar tot keten.
3. Terminatie
Het ribosoom bereikt een stopcodon aminozuurketen komt vrij keten vouwt zich op tot een
functioneel eiwit.
ONTHOUD HET VERSCHIL
Transcriptie "overschrijven" van de code (in de kern).
Translatie "vertalen" van die code naar een echte bouwstof (buiten de kern).
4