P 2.3,
2022
Biochemie- Samenvatting
PERIODE 2.3, THEORIE BIOCHEMIE
CHEYENNE VAN KRAAIJ
AVANS HOGESCHOOL | Breda
,Biochemie samenvattint totaal, P 2.3, Cheyenne van Kraaij, Avans Hogeschool Breda
Doelstellingen
De cursus Biochemie draagt bij aan de beroepscompetentie onderzoeken. Aspecten die tijdens cursus aan
de orde komen staan centraal in het beroepenveld.
Na afloop van deze cursus moet je de onderstaande leerdoelen hebben bereikt:
Leerdoel 1 Je kunt de basisstructuur en eigenschappen van aminozuren beschrijven (BAS: body of
knowledge: moleculaire biologie, celbiologie, biochemie).
Leerdoel 2 Je kunt de aminozuur structuren herkennen (BAS: body of knowledge: moleculaire biologie,
celbiologie, biochemie).
Leerdoel 3 Je kunt de opbouw van eiwitten (primaire, secundair, tertaire en quarternaire structuur
beschrijven (BAS: body of knowledge: moleculaire biologie, celbiologie, biochemie).
Leerdoel 4 Je kunt het principe van het isoleren van eiwitten beschrijven
Leerdoel 5 Je kunt de principes van verschillende analyse methoden (1D electroforese (SDS Page en
natieve Page), 2D electroforese, Western blotting) van eiwitten beschrijven en resultaten interpreteren
Leerdoel 6 Je kunt de principes van Malditop en LC-MS/GC-MS beschrijven
Leerdoel 7 Je kunt de principes van zuiverings strategieën van eiwitten beschrijven en toepassen en de
resultaten analyseren. Bij deze zuivering strategieën horen:
▪ Titratiecurve en ionwisselingschromatografie
▪ Eiwit precipitatie (met ammoniumsulfaat) en hydrofobe interactiechromatografie
▪ Gelfiltratiechromatografie
▪ Affiniteitchromatografie
1
,Biochemie samenvattint totaal, P 2.3, Cheyenne van Kraaij, Avans Hogeschool Breda
Inhoud
Doelstellingen.................................................................................................................................................. 1
1 Samenvatting - les 1 ................................................................................................................................ 3
1a aminozuur ladingen berekenen (aanvulling).......................................................................................... 9
2 Samenvatting - les 2 .............................................................................................................................. 11
2a Eiwit analyse methode ......................................................................................................................... 11
1. UV methoden ............................................................................................................................... 12
2. Biureet methode........................................................................................................................... 13
3. Folin-Lowry methode.................................................................................................................... 13
4. Bradford method (Coomassie Dye) .............................................................................................. 13
5. Bicinchoninic acid (BCA) methode (Pierce) .................................................................................. 14
2b Eiwitelektroforese ................................................................................................................................ 14
1. Zone elektroforese ....................................................................................................................... 15
2. Isotachoforese (displacement elektroforese) = “gelijke snelheid migratie” ................................ 15
3. Isoelectrisch Focusing ................................................................................................................... 16
4. Natieve PAGE ................................................................................................................................ 16
5. SDS-PAGE ...................................................................................................................................... 16
6. Isoelectrisch focusing (IEF) ........................................................................................................... 18
7. 2D eiwit elektroforese .................................................................................................................. 18
3 Samenvatting – les 3 ............................................................................................................................. 20
4 Samenvatting – les 4 ............................................................................................................................. 25
4a Gel filtration chromatography – massa/vorm scheiding...................................................................... 25
4b Ion exchange chromatography (IEC) – lading ...................................................................................... 27
Vergelijking methodes IEC, HIC en gel-filtration ................................................................................... 29
5 Samenvatting – les 5 ............................................................................................................................. 30
5a Affiniteits chromotograpy .................................................................................................................... 30
Stapgewijze elutie en gradiënt elutie ................................................................................................... 32
5b western blotting ................................................................................................................................... 38
Eiwit identificatie m.b.v. massaspectrometrie ..................................................................................... 39
2
, Biochemie samenvattint totaal, P 2.3, Cheyenne van Kraaij, Avans Hogeschool Breda
Samenvatting - les 1
Eiwit en eiwit isolatie
Eiwitten zijn meer dan 50% van de droge massa van de meeste cellen. Eiwitten hebben een grote variatie
aan ruimtelijke structuur en dus aan functies. Voorbeelden van functies:
▪ Enzymen
▪ Antilichamen
▪ Energieopslag
▪ Transport functies (in het membraam)
▪ Hormonen (insuline)
▪ Receptoren
▪ Contractile en motorproteins (spieren bijv. actin en myosin)
▪ Structurele proteins (collageen)
Eiwitten zichtbaar maken bijv. antilichamen (ELISA), indicatoren/reporter
3
2022
Biochemie- Samenvatting
PERIODE 2.3, THEORIE BIOCHEMIE
CHEYENNE VAN KRAAIJ
AVANS HOGESCHOOL | Breda
,Biochemie samenvattint totaal, P 2.3, Cheyenne van Kraaij, Avans Hogeschool Breda
Doelstellingen
De cursus Biochemie draagt bij aan de beroepscompetentie onderzoeken. Aspecten die tijdens cursus aan
de orde komen staan centraal in het beroepenveld.
Na afloop van deze cursus moet je de onderstaande leerdoelen hebben bereikt:
Leerdoel 1 Je kunt de basisstructuur en eigenschappen van aminozuren beschrijven (BAS: body of
knowledge: moleculaire biologie, celbiologie, biochemie).
Leerdoel 2 Je kunt de aminozuur structuren herkennen (BAS: body of knowledge: moleculaire biologie,
celbiologie, biochemie).
Leerdoel 3 Je kunt de opbouw van eiwitten (primaire, secundair, tertaire en quarternaire structuur
beschrijven (BAS: body of knowledge: moleculaire biologie, celbiologie, biochemie).
Leerdoel 4 Je kunt het principe van het isoleren van eiwitten beschrijven
Leerdoel 5 Je kunt de principes van verschillende analyse methoden (1D electroforese (SDS Page en
natieve Page), 2D electroforese, Western blotting) van eiwitten beschrijven en resultaten interpreteren
Leerdoel 6 Je kunt de principes van Malditop en LC-MS/GC-MS beschrijven
Leerdoel 7 Je kunt de principes van zuiverings strategieën van eiwitten beschrijven en toepassen en de
resultaten analyseren. Bij deze zuivering strategieën horen:
▪ Titratiecurve en ionwisselingschromatografie
▪ Eiwit precipitatie (met ammoniumsulfaat) en hydrofobe interactiechromatografie
▪ Gelfiltratiechromatografie
▪ Affiniteitchromatografie
1
,Biochemie samenvattint totaal, P 2.3, Cheyenne van Kraaij, Avans Hogeschool Breda
Inhoud
Doelstellingen.................................................................................................................................................. 1
1 Samenvatting - les 1 ................................................................................................................................ 3
1a aminozuur ladingen berekenen (aanvulling).......................................................................................... 9
2 Samenvatting - les 2 .............................................................................................................................. 11
2a Eiwit analyse methode ......................................................................................................................... 11
1. UV methoden ............................................................................................................................... 12
2. Biureet methode........................................................................................................................... 13
3. Folin-Lowry methode.................................................................................................................... 13
4. Bradford method (Coomassie Dye) .............................................................................................. 13
5. Bicinchoninic acid (BCA) methode (Pierce) .................................................................................. 14
2b Eiwitelektroforese ................................................................................................................................ 14
1. Zone elektroforese ....................................................................................................................... 15
2. Isotachoforese (displacement elektroforese) = “gelijke snelheid migratie” ................................ 15
3. Isoelectrisch Focusing ................................................................................................................... 16
4. Natieve PAGE ................................................................................................................................ 16
5. SDS-PAGE ...................................................................................................................................... 16
6. Isoelectrisch focusing (IEF) ........................................................................................................... 18
7. 2D eiwit elektroforese .................................................................................................................. 18
3 Samenvatting – les 3 ............................................................................................................................. 20
4 Samenvatting – les 4 ............................................................................................................................. 25
4a Gel filtration chromatography – massa/vorm scheiding...................................................................... 25
4b Ion exchange chromatography (IEC) – lading ...................................................................................... 27
Vergelijking methodes IEC, HIC en gel-filtration ................................................................................... 29
5 Samenvatting – les 5 ............................................................................................................................. 30
5a Affiniteits chromotograpy .................................................................................................................... 30
Stapgewijze elutie en gradiënt elutie ................................................................................................... 32
5b western blotting ................................................................................................................................... 38
Eiwit identificatie m.b.v. massaspectrometrie ..................................................................................... 39
2
, Biochemie samenvattint totaal, P 2.3, Cheyenne van Kraaij, Avans Hogeschool Breda
Samenvatting - les 1
Eiwit en eiwit isolatie
Eiwitten zijn meer dan 50% van de droge massa van de meeste cellen. Eiwitten hebben een grote variatie
aan ruimtelijke structuur en dus aan functies. Voorbeelden van functies:
▪ Enzymen
▪ Antilichamen
▪ Energieopslag
▪ Transport functies (in het membraam)
▪ Hormonen (insuline)
▪ Receptoren
▪ Contractile en motorproteins (spieren bijv. actin en myosin)
▪ Structurele proteins (collageen)
Eiwitten zichtbaar maken bijv. antilichamen (ELISA), indicatoren/reporter
3
