Samenvatting bacteriologie
Hoofdstuk 1: Inleiding ................................................................................................................... 4
1.1 -1.3 algemene doelstellingen ............................................................................................... 4
1.4 Taxonomie in de bacteriologie .............................................................................................. 4
1.5 Principes van ziekte, epidemiologie en microbiële pathogeniciteit: ........................................ 8
Hoofdstuk 2: microscopie ........................................................................................................... 13
2.1 De microscoop .................................................................................................................. 13
2.2 Kleuringen ......................................................................................................................... 13
Hoofdstuk 3 : Kweekmethoden .................................................................................................... 15
3.1 Algemene Inleiding ............................................................................................................ 15
3.2 Isolatiebodems ................................................................................................................. 15
3.3 Entingstechnieken ............................................................................................................. 18
3.5 Incubatieomstandigheden ................................................................................................. 19
Hoofdstuk 4: biochemische identificatiemethoden ...................................................................... 20
4.1 Biochemische testen binnen een strategie.......................................................................... 20
4.2 Primaire kenmerken........................................................................................................... 20
4.3 Secundaire kenmerken ...................................................................................................... 22
4.4 Gecombineerde Testmedia - multitestmedia ...................................................................... 25
4.5 Commerciële Biochemische Identificatiesystemen............................................................. 27
4.7 MALDI-TOF-MS .................................................................................................................. 27
Hoofdstuk 5: moleculaire technieken in de diagnostiek bij bacteriële infecties .............................. 28
5.4 Toepassing van Moleculaire Technieken in de Microbiologie ................................................ 28
5.5 Huidige diagnostiek ........................................................................................................... 30
Hoofdstuk 6: Enterobacteriaceae ................................................................................................ 31
6.1 Gram-negatieve bacteriën.................................................................................................. 31
6.2 Enterobacteriaceae: geslachten en algemene kenmerken ................................................... 32
6.3 Enterobacteriaceae: cultuur en biochemische identificatie ................................................. 32
6.4 Enteropathogenen ............................................................................................................. 33
6.5 Opportunistische pathogenen ............................................................................................ 38
hoofdstuk 7: Oxidase-positieve, fermenteerbare gram-negatieve bacillen ..................................... 41
7.1 Geslachten & Algemene eigenschappen ............................................................................. 41
7.2 Vibrio spp. ......................................................................................................................... 41
7.3 Aeromonas & Plesiomonas spp. ......................................................................................... 42
7.4 Pasteurella spp. ................................................................................................................ 42
Hoofdstuk 8: Niet-vergistende aërobe gram-negatieve bacillen .................................................... 44
8.1 geslachten en algemene eigenschappen ............................................................................ 44
1
, 8.2 pseudomonas spp. ............................................................................................................ 44
8.3 Xanthomonas spp. ............................................................................................................ 45
8.4 acinetobacter spp. ............................................................................................................ 45
8.5 alcaligenes spp. ................................................................................................................ 46
Hoofdstuk 10: Gram‐negatieve bacillen die speciale groeivoorwaarden vereisen .......................... 47
10.1 Geslachten en algemene kenmerken ................................................................................ 47
10.2 Brucella spp. ................................................................................................................... 47
10.3 Haemophilus spp. ........................................................................................................... 48
10.4 Legionella spp. ................................................................................................................ 49
10.5 Bordetella pertussis ......................................................................................................... 49
10.6 Campylobacter spp. ........................................................................................................ 50
10.7 Helicobacter pylori .......................................................................................................... 51
Hoofdstuk 11: Het antibiogram.................................................................................................... 52
11.1 Doel van het antibiogram ................................................................................................. 52
11.2 Gevoeligheid van bacteriën .............................................................................................. 52
11.3 MIC-bepaling via dilutiemethoden .................................................................................... 52
11.4 Diffusiemethode: Disk-diffusie / Kirby-Bauer ..................................................................... 53
11.5 Keuze van antibiotica ....................................................................................................... 54
11.6 Epsilometertest (E-test) ................................................................................................... 54
11.7 Veel voorkomende resistente stammen ............................................................................ 54
11.8 90/60-regel ...................................................................................................................... 55
11.9 Intrinsieke resistentie....................................................................................................... 55
Hoofstuk 12: Antibiotica.............................................................................................................. 56
12.1 Definitie antibiotica.......................................................................................................... 56
12.2 Algemene werkingsmechanismen .................................................................................... 56
12.3 Farmacokinetiek .............................................................................................................. 57
12.4 Spectrum van antimicrobiële activiteit......................................................................... 57
12.5 Algemene resistentiemechanismen.................................................................................. 58
12.6 Indeling van de antibiotica................................................................................................ 58
12.7 De keuze van het antibioticum.......................................................................................... 67
12.8 Resistentie tegen antibiotica bij bacteriën ......................................................................... 67
Hoofdstuk 13: Methoden om microbiële groei tegen te gaan ......................................................... 69
13.1 Belang van antimicrobiële behandeling............................................................................. 69
13.2 Controle van microbiële groei........................................................................................... 69
13.3 Sterilisatie door Fysische Middelen................................................................................... 70
13.4 Sterilisatie door Filtratie ................................................................................................... 71
13.5 Sterilisatie m.b.v. chemische middelen ............................................................................ 72
2
,13.6 Sanering met fysieke middelen ......................................................................................... 72
13.7 Ontsmetting m.b.v. chemische methoden ........................................................................ 73
3
, Hoofdstuk 1: Inleiding
1.1 -1.3 algemene doelstellingen
- Gewoon over hoe het vak werkt en wat doelstellingen zijn enz
1.4 Taxonomie in de bacteriologie
- Medische microbiologie
→ richt op micro-organismen aangepast aan de mens
→ 3 types aanpassing:
▪ Commensale flora: onschadelijk, leeft van afvalstoffen van de mens
• Microbiota
• Vb. E.coli
▪ Transiënte flora: tijdelijk aanwezig, normaal onschadelijk
• Vb. Pseudomonas
▪ (Opportunistische) pathogene flora: kan ziekte veroorzaken via toxines,
weefselbeschadiging of energieverbruik → virulentiefactoren
→ 5 groepen pathogenen:
▪ Virussen: <300 nm
▪ Bacteriën: prokaryoten, 2–3 µm
▪ Schimmels: meercellige eukaryoten
→ fungi
▪ Gisten: eencellige eukaryoten, ~10
µm→ fungi
▪ Parasieten: eukaryoten
• protozoa: eukaryote ééncelligen (10-100 µm)
• metazoa: eukaryote meercelligen: helminthes, arthropoda
Classificatie van micro-organismen → morfologische
- Morfologische classificatie
→ Gram-kleuring:
▪ Gram +: paars
▪ Gram -: rood
→ Vormen:
▪ Kokken (rond): Streptokokken, Stafylokokken, Neisseria, Veillonella
▪ Bacillen (staaf) : Mycobacterium, Bacillus, Clostridium, Corynebacterium,
Lactobacillus, Listeria, Enterobacteriaceae
▪ Vibrio's: Vibrio cholerae
▪ Spirillen: Campylobacter, Helicobacter
▪ Spirocheten: Borrelia, Treponema, Leptospira
→ Filamenteuze bacteriën!
▪ Actinomyces → Gram +, niet zuurvast, anaëroob
• Gingivitis, abcessen, infectie thv cervix,
abdomen: via een verwonding (trauma)
▪ Nocardia →Gram +, zuurvast, aëroob
• Grondbacterie, pneumonie, mycetomen
▪ Streptomyces →Gram +, niet zuurvast, aëroob
• Produktie Antibiotica, mycetomen
4
Hoofdstuk 1: Inleiding ................................................................................................................... 4
1.1 -1.3 algemene doelstellingen ............................................................................................... 4
1.4 Taxonomie in de bacteriologie .............................................................................................. 4
1.5 Principes van ziekte, epidemiologie en microbiële pathogeniciteit: ........................................ 8
Hoofdstuk 2: microscopie ........................................................................................................... 13
2.1 De microscoop .................................................................................................................. 13
2.2 Kleuringen ......................................................................................................................... 13
Hoofdstuk 3 : Kweekmethoden .................................................................................................... 15
3.1 Algemene Inleiding ............................................................................................................ 15
3.2 Isolatiebodems ................................................................................................................. 15
3.3 Entingstechnieken ............................................................................................................. 18
3.5 Incubatieomstandigheden ................................................................................................. 19
Hoofdstuk 4: biochemische identificatiemethoden ...................................................................... 20
4.1 Biochemische testen binnen een strategie.......................................................................... 20
4.2 Primaire kenmerken........................................................................................................... 20
4.3 Secundaire kenmerken ...................................................................................................... 22
4.4 Gecombineerde Testmedia - multitestmedia ...................................................................... 25
4.5 Commerciële Biochemische Identificatiesystemen............................................................. 27
4.7 MALDI-TOF-MS .................................................................................................................. 27
Hoofdstuk 5: moleculaire technieken in de diagnostiek bij bacteriële infecties .............................. 28
5.4 Toepassing van Moleculaire Technieken in de Microbiologie ................................................ 28
5.5 Huidige diagnostiek ........................................................................................................... 30
Hoofdstuk 6: Enterobacteriaceae ................................................................................................ 31
6.1 Gram-negatieve bacteriën.................................................................................................. 31
6.2 Enterobacteriaceae: geslachten en algemene kenmerken ................................................... 32
6.3 Enterobacteriaceae: cultuur en biochemische identificatie ................................................. 32
6.4 Enteropathogenen ............................................................................................................. 33
6.5 Opportunistische pathogenen ............................................................................................ 38
hoofdstuk 7: Oxidase-positieve, fermenteerbare gram-negatieve bacillen ..................................... 41
7.1 Geslachten & Algemene eigenschappen ............................................................................. 41
7.2 Vibrio spp. ......................................................................................................................... 41
7.3 Aeromonas & Plesiomonas spp. ......................................................................................... 42
7.4 Pasteurella spp. ................................................................................................................ 42
Hoofdstuk 8: Niet-vergistende aërobe gram-negatieve bacillen .................................................... 44
8.1 geslachten en algemene eigenschappen ............................................................................ 44
1
, 8.2 pseudomonas spp. ............................................................................................................ 44
8.3 Xanthomonas spp. ............................................................................................................ 45
8.4 acinetobacter spp. ............................................................................................................ 45
8.5 alcaligenes spp. ................................................................................................................ 46
Hoofdstuk 10: Gram‐negatieve bacillen die speciale groeivoorwaarden vereisen .......................... 47
10.1 Geslachten en algemene kenmerken ................................................................................ 47
10.2 Brucella spp. ................................................................................................................... 47
10.3 Haemophilus spp. ........................................................................................................... 48
10.4 Legionella spp. ................................................................................................................ 49
10.5 Bordetella pertussis ......................................................................................................... 49
10.6 Campylobacter spp. ........................................................................................................ 50
10.7 Helicobacter pylori .......................................................................................................... 51
Hoofdstuk 11: Het antibiogram.................................................................................................... 52
11.1 Doel van het antibiogram ................................................................................................. 52
11.2 Gevoeligheid van bacteriën .............................................................................................. 52
11.3 MIC-bepaling via dilutiemethoden .................................................................................... 52
11.4 Diffusiemethode: Disk-diffusie / Kirby-Bauer ..................................................................... 53
11.5 Keuze van antibiotica ....................................................................................................... 54
11.6 Epsilometertest (E-test) ................................................................................................... 54
11.7 Veel voorkomende resistente stammen ............................................................................ 54
11.8 90/60-regel ...................................................................................................................... 55
11.9 Intrinsieke resistentie....................................................................................................... 55
Hoofstuk 12: Antibiotica.............................................................................................................. 56
12.1 Definitie antibiotica.......................................................................................................... 56
12.2 Algemene werkingsmechanismen .................................................................................... 56
12.3 Farmacokinetiek .............................................................................................................. 57
12.4 Spectrum van antimicrobiële activiteit......................................................................... 57
12.5 Algemene resistentiemechanismen.................................................................................. 58
12.6 Indeling van de antibiotica................................................................................................ 58
12.7 De keuze van het antibioticum.......................................................................................... 67
12.8 Resistentie tegen antibiotica bij bacteriën ......................................................................... 67
Hoofdstuk 13: Methoden om microbiële groei tegen te gaan ......................................................... 69
13.1 Belang van antimicrobiële behandeling............................................................................. 69
13.2 Controle van microbiële groei........................................................................................... 69
13.3 Sterilisatie door Fysische Middelen................................................................................... 70
13.4 Sterilisatie door Filtratie ................................................................................................... 71
13.5 Sterilisatie m.b.v. chemische middelen ............................................................................ 72
2
,13.6 Sanering met fysieke middelen ......................................................................................... 72
13.7 Ontsmetting m.b.v. chemische methoden ........................................................................ 73
3
, Hoofdstuk 1: Inleiding
1.1 -1.3 algemene doelstellingen
- Gewoon over hoe het vak werkt en wat doelstellingen zijn enz
1.4 Taxonomie in de bacteriologie
- Medische microbiologie
→ richt op micro-organismen aangepast aan de mens
→ 3 types aanpassing:
▪ Commensale flora: onschadelijk, leeft van afvalstoffen van de mens
• Microbiota
• Vb. E.coli
▪ Transiënte flora: tijdelijk aanwezig, normaal onschadelijk
• Vb. Pseudomonas
▪ (Opportunistische) pathogene flora: kan ziekte veroorzaken via toxines,
weefselbeschadiging of energieverbruik → virulentiefactoren
→ 5 groepen pathogenen:
▪ Virussen: <300 nm
▪ Bacteriën: prokaryoten, 2–3 µm
▪ Schimmels: meercellige eukaryoten
→ fungi
▪ Gisten: eencellige eukaryoten, ~10
µm→ fungi
▪ Parasieten: eukaryoten
• protozoa: eukaryote ééncelligen (10-100 µm)
• metazoa: eukaryote meercelligen: helminthes, arthropoda
Classificatie van micro-organismen → morfologische
- Morfologische classificatie
→ Gram-kleuring:
▪ Gram +: paars
▪ Gram -: rood
→ Vormen:
▪ Kokken (rond): Streptokokken, Stafylokokken, Neisseria, Veillonella
▪ Bacillen (staaf) : Mycobacterium, Bacillus, Clostridium, Corynebacterium,
Lactobacillus, Listeria, Enterobacteriaceae
▪ Vibrio's: Vibrio cholerae
▪ Spirillen: Campylobacter, Helicobacter
▪ Spirocheten: Borrelia, Treponema, Leptospira
→ Filamenteuze bacteriën!
▪ Actinomyces → Gram +, niet zuurvast, anaëroob
• Gingivitis, abcessen, infectie thv cervix,
abdomen: via een verwonding (trauma)
▪ Nocardia →Gram +, zuurvast, aëroob
• Grondbacterie, pneumonie, mycetomen
▪ Streptomyces →Gram +, niet zuurvast, aëroob
• Produktie Antibiotica, mycetomen
4
