H4: EIWIT-EIWITINTERACTIE & EIWIT-
LIGANDINTERACTIES
4.1. INLEIDING
Eiwit 1 + eiwit 2 = eiwit-eiwitcomplex
Eiwit 1 + ligand = eiwit-ligandcomplex
rol specifieke moleculaire herkenning
sterkte van de binding met bijhorende Kd-waarden variërend van 10-3 tot 10-12
Complexvorming:
= op contactplaats van een eiwit voor een
tweede eiwit
2 eiwitten kunnen elkaar ook contacteren
via meerdere contactopp = sterkere interactie
scaffold-functie van eiwitten = hierop zijn er
verschillende bindingspockets voor meerdere
eiwitten => multi-eiwitcomplex
Bv. voor signaalcomplexen in de cel; kinase 1
bindt op kinase 2 om te gaan fosforyleren
bindingsplaats voor kleinere moleculen kan
op het opp gelegen zijn in een depressie MAAR
bij ligand zullen meestal dieper gebonden
worden in een pocket of zelfs in het binnenste van het opgevouwen eiwit in de cavity
Een opgevouwen eiwitcomplex is geen star geheel => veel vorm- of
conformatievrdr ondergaan !
induced fit: ½ partners of beide partners passen zich vormelijk aan om in mekaar te
passen
Vb. Src eiwit; door fosforylatie is het eiwit in een gesloten vorm maar als die fosforylatie
wordt weggenomen dat zal het eiwit zich openvouwen en is er veel mogelijke voor de
aparte domeinen om elke een eigen fct uit te voeren = conformatievrdr na een vrdr in
de posttranslationele modificatie
4.2. SKELET- EN HARSTPIERCONTRACTIE (ALS VB VAN EIWITCOMPLEXEN)
= door de complexe multimere eenheid actine en myosine II
Actinefil = lange multimeren van veel actinemonomeren (subeenheden) = dunne
filamenten
binden spiraalsgewijs, niet-cov met tropomyosine en daarop liggen 3 troponines
Myosinefil = myosinemol die met mekaar gaan associeren tot een multimeer
componenten van quet structuur: 2 identieke zware pkk en 2 verschillende lichtere
pkk = dikke filamenten
dikke fil hebben hoofdjes gevormd door de glob domeinen van de zware ketens
waarmee ze contact maken met de actinefil => sliding-model die zorgt voor de
contractie
, => spiercontractie = spec herkenning tss opgevouwen eiwitten en de flexibiliteit van
hun opvouwing = show-case van eiwitwerking
4.3. STRUCTUUR-FUNCTIEVERBANDEN IN EIWITTEN BETROKKEN IN O2-BINDING
EN -TRANSPORT
Myoglobine (Myob) en hemoglobine (Hb) = eiwitten in de RBC en spierweefsel die
instaan voor het binden van O2
-- Hb in RBC zal O2 vervoeren door ons lichaam
-- Myob in hart- en skeletspiercellen zal de O2-mol die de cel binnenkomen (via diffusie
uit de bloedbaan) binden en beschikbaar stellen voor de mito’s = zij vervuiken dus O2
om ATP te genereren
MYOB EN HB BINDEN O2 VIA DE HEEMGROEP
Myob en Hb binden O2 niet rechtstreeks maar via een prostetische
groep = de heemgroep = org mol en een Fe2+-ion
org mol = protoporyfine 4 : 4 pyroolringen verbonden door
methyleenbruggen + aromatisch door afw dubbele bindingen
-- de N-atomen van de 4 mehtylgroepen kunnen 4 bindingen
vormen met Fe2+ - ion
-- het ion kan nog 2 bindingen aangaan loodrecht op het vlak (zie
onder)
MYOB EIWITSTRUCTUUR EN O2-BINDING
Myob = 153 AZ en 8 ᾳ-helices
tss helix E en F zit een sterk hydrofobe holte door een hydrofobe zijketen van een AZ
die gaat uitsteken – en daar zal die heemgroep op binden
+ door de polaire propionaatgroepen die steeds naar buiten gericht zijn wordt de
heemgroep op een unieke manier gepos in deze holte
De proximale His van de F-helix zorgt voor de 5 de binding met Fe-kation. Deze cov
bind licht loodrecht op het valk van de heemgroep en hierdoor wordt Fe2+ uit dat vlak
getrokken.
De distale His van de E-helix zorgt voor een opening tss zichzelf en het Fe-ion waarin
een O2-mol kan geplaatst worden een cov binding kan vormen met Fe. His zal H-
bruggen vormen met O2. En door deze binding wordt Fe terug in het vlak getrokken
LIGANDINTERACTIES
4.1. INLEIDING
Eiwit 1 + eiwit 2 = eiwit-eiwitcomplex
Eiwit 1 + ligand = eiwit-ligandcomplex
rol specifieke moleculaire herkenning
sterkte van de binding met bijhorende Kd-waarden variërend van 10-3 tot 10-12
Complexvorming:
= op contactplaats van een eiwit voor een
tweede eiwit
2 eiwitten kunnen elkaar ook contacteren
via meerdere contactopp = sterkere interactie
scaffold-functie van eiwitten = hierop zijn er
verschillende bindingspockets voor meerdere
eiwitten => multi-eiwitcomplex
Bv. voor signaalcomplexen in de cel; kinase 1
bindt op kinase 2 om te gaan fosforyleren
bindingsplaats voor kleinere moleculen kan
op het opp gelegen zijn in een depressie MAAR
bij ligand zullen meestal dieper gebonden
worden in een pocket of zelfs in het binnenste van het opgevouwen eiwit in de cavity
Een opgevouwen eiwitcomplex is geen star geheel => veel vorm- of
conformatievrdr ondergaan !
induced fit: ½ partners of beide partners passen zich vormelijk aan om in mekaar te
passen
Vb. Src eiwit; door fosforylatie is het eiwit in een gesloten vorm maar als die fosforylatie
wordt weggenomen dat zal het eiwit zich openvouwen en is er veel mogelijke voor de
aparte domeinen om elke een eigen fct uit te voeren = conformatievrdr na een vrdr in
de posttranslationele modificatie
4.2. SKELET- EN HARSTPIERCONTRACTIE (ALS VB VAN EIWITCOMPLEXEN)
= door de complexe multimere eenheid actine en myosine II
Actinefil = lange multimeren van veel actinemonomeren (subeenheden) = dunne
filamenten
binden spiraalsgewijs, niet-cov met tropomyosine en daarop liggen 3 troponines
Myosinefil = myosinemol die met mekaar gaan associeren tot een multimeer
componenten van quet structuur: 2 identieke zware pkk en 2 verschillende lichtere
pkk = dikke filamenten
dikke fil hebben hoofdjes gevormd door de glob domeinen van de zware ketens
waarmee ze contact maken met de actinefil => sliding-model die zorgt voor de
contractie
, => spiercontractie = spec herkenning tss opgevouwen eiwitten en de flexibiliteit van
hun opvouwing = show-case van eiwitwerking
4.3. STRUCTUUR-FUNCTIEVERBANDEN IN EIWITTEN BETROKKEN IN O2-BINDING
EN -TRANSPORT
Myoglobine (Myob) en hemoglobine (Hb) = eiwitten in de RBC en spierweefsel die
instaan voor het binden van O2
-- Hb in RBC zal O2 vervoeren door ons lichaam
-- Myob in hart- en skeletspiercellen zal de O2-mol die de cel binnenkomen (via diffusie
uit de bloedbaan) binden en beschikbaar stellen voor de mito’s = zij vervuiken dus O2
om ATP te genereren
MYOB EN HB BINDEN O2 VIA DE HEEMGROEP
Myob en Hb binden O2 niet rechtstreeks maar via een prostetische
groep = de heemgroep = org mol en een Fe2+-ion
org mol = protoporyfine 4 : 4 pyroolringen verbonden door
methyleenbruggen + aromatisch door afw dubbele bindingen
-- de N-atomen van de 4 mehtylgroepen kunnen 4 bindingen
vormen met Fe2+ - ion
-- het ion kan nog 2 bindingen aangaan loodrecht op het vlak (zie
onder)
MYOB EIWITSTRUCTUUR EN O2-BINDING
Myob = 153 AZ en 8 ᾳ-helices
tss helix E en F zit een sterk hydrofobe holte door een hydrofobe zijketen van een AZ
die gaat uitsteken – en daar zal die heemgroep op binden
+ door de polaire propionaatgroepen die steeds naar buiten gericht zijn wordt de
heemgroep op een unieke manier gepos in deze holte
De proximale His van de F-helix zorgt voor de 5 de binding met Fe-kation. Deze cov
bind licht loodrecht op het valk van de heemgroep en hierdoor wordt Fe2+ uit dat vlak
getrokken.
De distale His van de E-helix zorgt voor een opening tss zichzelf en het Fe-ion waarin
een O2-mol kan geplaatst worden een cov binding kan vormen met Fe. His zal H-
bruggen vormen met O2. En door deze binding wordt Fe terug in het vlak getrokken
