Exam Questions Molecular Ecology:
H1: CITES & Nagoya Protocol
1) Explain CITES
CITES = Convention on International Trade in Endangered Species of wild fauna and flora => Een internationale
conventie (verdrag) dat voorkomt overexploitatie van wilde dieren en planten in de wereldwijde handel. Handel moet
legaal, duurzaam en traceerbaar zijn, als legale handel kan gunstig zijn voor het behoud van wilde soorten en voor
het levensonderhoud.
De conventie biedt een wettelijk kader en procedures aan om de handel in bedreigde soorten strikt te controleren en
te reguleren, meer dan 180 landen gebruiken dit systeem. CITES werkt in een georganiseerd kader dat internationale,
regionale en nationale bestuursniveaus omvat. De Conference of the Parties is het hoogste besluitvormingsorgaan
van CITES en bestaat uit alle lidstaten (aangeduid als "Parties"). CITES-teksten zijn niet wettelijk bindend en moeten
worden omgezet in nationale wetgeving. CITES wordt sinds 1984 in de EU (inclusief België) geïmplementeerd door
middel van gemeenschappelijke regelgeving. De EU-verordeningen leggen voor veel soorten strengere controles op
dan CITES zelf zou voorschrijven.
CITES controleert de handel in beschermde dieren en planten, levend of dood, en hun onderdelen, door middel van
vergunningen en certificaten. Deze worden alleen afgegeven als aan de voorwaarden wordt voldaan en moeten
worden getoond bij het binnenkomen of verlaten van een land. Je hebt altijd een exportcetificaat nodig van het land,
EU landen & VS vragen inportcertificaten.
Soorten die onder de CITES-regelgeving vallen, zijn onderverdeeld in 3 bijlagen/appendices. Als ze het hebben over
"Soorten", bedoelen ze elke soort, ondersoort of geografisch afzonderlijke populatie daarvan.
• Appendix I => Met uitsterven bedreigde soorten die door de handel kunnen worden beïnvloed.
Internationale handel van in het wild gevangen exemplaren is over het algemeen verboden (625 dieren en
301 plantensoorten).
• Appendix II => Soorten die niet met uitsterven worden bedreigd, maar waarvan de handel moet worden
gecontroleerd om te voorkomen dat ze uitsterven. Internationale handel is toegestaan maar gereguleerd
(4685 dieren en 29105 plantensoorten).
• Appendix III => Soorten waarvoor een land de partijen om hulp vraagt bij de bescherming. Internationale
handel is toegestaan maar gereguleerd, dit is minder beperkend dan appendix II (147 dieren en 119
plantensoorten).
Delen en afgeleide producten zijn opgenomen voor appendix I dier & plantensoorten en appendix II dieren.
Annotaties voor appendix II planten en appendix III dier & plantensoorten specificeren de opgenomen delen en
derivaten. Als er hiervoor geen annotatie bestaat, worden alle herkenbare delen en derivaten opgenomen.
2) Explain Nagoya protocol
Nagoya Protocol on Access to Genetic Resources and the Fair and Equitable Sharing of Benefits Arising from their
Utilization => Nagoya gaat niet over de bescherming van soorten, maar bestrijdt biopiracy.
Biopiracy = de praktijk van het commercieel exploiteren van natuurlijk biochemisch of genetisch materiaal, terwijl er
geen eerlijke compensatie wordt betaald aan de gemeenschap waar het materiaal vandaan komt.
Het Nagoya-protocol zal zorgen voor meer rechtszekerheid en transparantie voor zowel leveranciers als gebruikers
van deze bronnen door:
• Meer voorspelbare voorwaarden voor toegang tot genetische hulpbronnen vast te stellen.
• De verdeling van de voordelen te garanderen wanneer genetische hulpbronnen het land verlaten.
Een voorbeeld van biopiracy is het geval van de Neemboom => deze groeit in de droge zones van ongeveer 50 landen
(zoals India). De inheemse bevolking gebruikt deze boom al duizenden jaren voor anticonceptiemiddelen,
laxeermiddelen, tandpasta en pesticiden. Een patent werd toegekend aan het Amerikaanse bedrijf GRACE in de VS
voor een insecticide en in de Europese Unie voor een fungicide gebaseerd op traditionele kennis uit India.
, Negatieve gevolgen van de patenten voor India:
• Toenemende vraag naar en prijzen van neemzaden
• Bijna alle zaden werden opgekocht door het bedrijf
• Neemzaden werden ontoegankelijk voor lokale boeren en zij moesten de gepatenteerde producten kopen
• Hoge winsten voor het bedrijf door de verkoop van de insecticide en fungicide werden behaald zonder dat er
iets terugging naar het land van herkomst (India)
H2: History and Evolution of Molecular Ecology
1) Explain human genome
Pseudogenen = Het zijn niet-functionele kopieën van
genen die in de loop der tijd mutaties hebben
opgelopen, waardoor ze inactief zijn geworden.
Satelliet DNA = grote arrays van tandem herhalende,
niet-coderende DNA-sequenties. Deze worden
gevonden in de heterochromatine regio's van
chromosomen, zoals in centromeren.
Het genoom wordt verschillend overgeerfd in
verschillende organismen:
• Autosomale chromosomen => biparental
• Mitochondriaal DNA/mtDNA => maternal and biparental in bivalves
• Y-chromosoom => paternal
• Plastid DNA (in plants) => Maternal in angiosperms, paternal in gymnosperms & biparental in enkele planten.
Bij diploïde soorten is de effectieve populatiegrootte van mtDNA ¼ van het nucleaire DNA.
2) Tell more about mitochondrial DNA
Mitochondriaal DNA kan als moleculaire marker en in phylogeografie gebruikt worden, omdat mtDNA
• Meestal via de moeder doorgegeven, dus eenvoudiger om evolutionaire lijnen en afstammingen te traceren.
• Een hoge mutatiesnelheid heeft, wat zorgt voor meer genetische variatie die kan worden bestudeerd binnen
en tussen soorten.
• Geen recombinatie ondergaat & dus de genetische informatie is stabieler over generaties heen.
• Er is een uitgebreid intraspecifiek polymorfisme, wat betekent dat er veel genetische variatie is binnen een
soort. Dit maakt het mogelijk om verschillen tussen populaties en individuen te bestuderen.
3) Explain protein code of a eukaryote
DNA bestaat uit nucleotiden & elk nucleotide bestaat uit een fosfaatgroep, de suiker desoxyribose (ribose in RNA) en
1 van de 4 basen (A, T, C & G). De eiwit wordt bepaald door de aminozuurvolgorde & deze wordt bepaald door de
codons => codon = een triplet van nucleotiden dat wordt vertaald in mRNA & daarna in een aminozuur volgens de
genetische code. Er zijn 64 mogelijke codons, waarvan:
• 3 stop codons = UAA, UAG, UGA
• 61 sense codons voor 20 aminozuren => verschillende codons codederen voor hetzelfde aminozuur (=
synonymous codons).
• Start codon = AUG => maar codeert ook voor methionine
Mitochondriale genen gebruiken iets andere genetische codes. Sommige genetische codes wijken af van de
standaardcode in sommige organismen.
H1: CITES & Nagoya Protocol
1) Explain CITES
CITES = Convention on International Trade in Endangered Species of wild fauna and flora => Een internationale
conventie (verdrag) dat voorkomt overexploitatie van wilde dieren en planten in de wereldwijde handel. Handel moet
legaal, duurzaam en traceerbaar zijn, als legale handel kan gunstig zijn voor het behoud van wilde soorten en voor
het levensonderhoud.
De conventie biedt een wettelijk kader en procedures aan om de handel in bedreigde soorten strikt te controleren en
te reguleren, meer dan 180 landen gebruiken dit systeem. CITES werkt in een georganiseerd kader dat internationale,
regionale en nationale bestuursniveaus omvat. De Conference of the Parties is het hoogste besluitvormingsorgaan
van CITES en bestaat uit alle lidstaten (aangeduid als "Parties"). CITES-teksten zijn niet wettelijk bindend en moeten
worden omgezet in nationale wetgeving. CITES wordt sinds 1984 in de EU (inclusief België) geïmplementeerd door
middel van gemeenschappelijke regelgeving. De EU-verordeningen leggen voor veel soorten strengere controles op
dan CITES zelf zou voorschrijven.
CITES controleert de handel in beschermde dieren en planten, levend of dood, en hun onderdelen, door middel van
vergunningen en certificaten. Deze worden alleen afgegeven als aan de voorwaarden wordt voldaan en moeten
worden getoond bij het binnenkomen of verlaten van een land. Je hebt altijd een exportcetificaat nodig van het land,
EU landen & VS vragen inportcertificaten.
Soorten die onder de CITES-regelgeving vallen, zijn onderverdeeld in 3 bijlagen/appendices. Als ze het hebben over
"Soorten", bedoelen ze elke soort, ondersoort of geografisch afzonderlijke populatie daarvan.
• Appendix I => Met uitsterven bedreigde soorten die door de handel kunnen worden beïnvloed.
Internationale handel van in het wild gevangen exemplaren is over het algemeen verboden (625 dieren en
301 plantensoorten).
• Appendix II => Soorten die niet met uitsterven worden bedreigd, maar waarvan de handel moet worden
gecontroleerd om te voorkomen dat ze uitsterven. Internationale handel is toegestaan maar gereguleerd
(4685 dieren en 29105 plantensoorten).
• Appendix III => Soorten waarvoor een land de partijen om hulp vraagt bij de bescherming. Internationale
handel is toegestaan maar gereguleerd, dit is minder beperkend dan appendix II (147 dieren en 119
plantensoorten).
Delen en afgeleide producten zijn opgenomen voor appendix I dier & plantensoorten en appendix II dieren.
Annotaties voor appendix II planten en appendix III dier & plantensoorten specificeren de opgenomen delen en
derivaten. Als er hiervoor geen annotatie bestaat, worden alle herkenbare delen en derivaten opgenomen.
2) Explain Nagoya protocol
Nagoya Protocol on Access to Genetic Resources and the Fair and Equitable Sharing of Benefits Arising from their
Utilization => Nagoya gaat niet over de bescherming van soorten, maar bestrijdt biopiracy.
Biopiracy = de praktijk van het commercieel exploiteren van natuurlijk biochemisch of genetisch materiaal, terwijl er
geen eerlijke compensatie wordt betaald aan de gemeenschap waar het materiaal vandaan komt.
Het Nagoya-protocol zal zorgen voor meer rechtszekerheid en transparantie voor zowel leveranciers als gebruikers
van deze bronnen door:
• Meer voorspelbare voorwaarden voor toegang tot genetische hulpbronnen vast te stellen.
• De verdeling van de voordelen te garanderen wanneer genetische hulpbronnen het land verlaten.
Een voorbeeld van biopiracy is het geval van de Neemboom => deze groeit in de droge zones van ongeveer 50 landen
(zoals India). De inheemse bevolking gebruikt deze boom al duizenden jaren voor anticonceptiemiddelen,
laxeermiddelen, tandpasta en pesticiden. Een patent werd toegekend aan het Amerikaanse bedrijf GRACE in de VS
voor een insecticide en in de Europese Unie voor een fungicide gebaseerd op traditionele kennis uit India.
, Negatieve gevolgen van de patenten voor India:
• Toenemende vraag naar en prijzen van neemzaden
• Bijna alle zaden werden opgekocht door het bedrijf
• Neemzaden werden ontoegankelijk voor lokale boeren en zij moesten de gepatenteerde producten kopen
• Hoge winsten voor het bedrijf door de verkoop van de insecticide en fungicide werden behaald zonder dat er
iets terugging naar het land van herkomst (India)
H2: History and Evolution of Molecular Ecology
1) Explain human genome
Pseudogenen = Het zijn niet-functionele kopieën van
genen die in de loop der tijd mutaties hebben
opgelopen, waardoor ze inactief zijn geworden.
Satelliet DNA = grote arrays van tandem herhalende,
niet-coderende DNA-sequenties. Deze worden
gevonden in de heterochromatine regio's van
chromosomen, zoals in centromeren.
Het genoom wordt verschillend overgeerfd in
verschillende organismen:
• Autosomale chromosomen => biparental
• Mitochondriaal DNA/mtDNA => maternal and biparental in bivalves
• Y-chromosoom => paternal
• Plastid DNA (in plants) => Maternal in angiosperms, paternal in gymnosperms & biparental in enkele planten.
Bij diploïde soorten is de effectieve populatiegrootte van mtDNA ¼ van het nucleaire DNA.
2) Tell more about mitochondrial DNA
Mitochondriaal DNA kan als moleculaire marker en in phylogeografie gebruikt worden, omdat mtDNA
• Meestal via de moeder doorgegeven, dus eenvoudiger om evolutionaire lijnen en afstammingen te traceren.
• Een hoge mutatiesnelheid heeft, wat zorgt voor meer genetische variatie die kan worden bestudeerd binnen
en tussen soorten.
• Geen recombinatie ondergaat & dus de genetische informatie is stabieler over generaties heen.
• Er is een uitgebreid intraspecifiek polymorfisme, wat betekent dat er veel genetische variatie is binnen een
soort. Dit maakt het mogelijk om verschillen tussen populaties en individuen te bestuderen.
3) Explain protein code of a eukaryote
DNA bestaat uit nucleotiden & elk nucleotide bestaat uit een fosfaatgroep, de suiker desoxyribose (ribose in RNA) en
1 van de 4 basen (A, T, C & G). De eiwit wordt bepaald door de aminozuurvolgorde & deze wordt bepaald door de
codons => codon = een triplet van nucleotiden dat wordt vertaald in mRNA & daarna in een aminozuur volgens de
genetische code. Er zijn 64 mogelijke codons, waarvan:
• 3 stop codons = UAA, UAG, UGA
• 61 sense codons voor 20 aminozuren => verschillende codons codederen voor hetzelfde aminozuur (=
synonymous codons).
• Start codon = AUG => maar codeert ook voor methionine
Mitochondriale genen gebruiken iets andere genetische codes. Sommige genetische codes wijken af van de
standaardcode in sommige organismen.
