Samenvatting Tentamen Biochemie 1, aminozuren, enzymen, eiwitten, structuren

Her-Biochemie 1
Les 1
Voorbeelden van functionele groepen
- Dubbele binding
- Hydroxyl groep
- Amino groep
- Sylfhyaryl groep
- Carboxyl groep
- Carbonyl groep

Dubbele binding heel belangrijk voor reactie koolstof maar ook voor structuur van eiwitten

Centrale dogma
DNA  Transcriptie (mRNA – rRna – tRNA)  ribosomen  translatie  Proteine

Prokaryoten
- 1 cellig
- Incl bacteria en cyanobacterium
- Cell membraan
- Ribosomen
Eukaryoten
- Eencellig: Gist, paramedium
- Multicellig; dieren, planten
- Nucleus
- Cell membraan
- Mitochondrien
- ER
- Ribosomen
- Chloroplast (planten)

Nucleus
DNA en RNA synthese. Locatie van erfelijk materiaal

Mitochondrien
Energie oxidatie reacties, heeft eigen DNA

Chloroplast
Fotosynthese in groene planten en alg, heeft eigen DNA

ER (endoplasmatisch reticulum)
Door de hele cel, het ruwe ER is vol met ribosomen, locatie van eiwit synthese

Golgi
Eiwitten + vetten uit ER verder verwerkt

Lysosomen
Membraan gebonden zakjes bevattend hydrolytische enzymen


1

,Peroxisomen
Zakjes die enzymen bevatten die betrokken zijn bij het metabolisme van waterstof peroxide.
Ontstaan binaire bindingen

Cell membraan
Scheid het van de buitenwereld

Cell wand
Extra laag bij planten

Vacuole
Membraan binding zak.

Archaea
Cel structuur en metabolisme lijken meer op die van de prokaryoten
Transcriptie en translocatie van genetische code lijken meer op eukaryoot
Klein verschil is het gebruik van biomoleculen in vergelijking met de pro en eu.

Polariteit
Elektronegativiteit: wanneer bijvoorbeeld de plus harder trekt aan het atoom dan de minus kant.
Een verbinding tussen atomen met verschillende electronegativiteit zorgt voor een verschuiving van
de electronen naar het atoom dat de hoogste electronegativiteit heeft. Hierdoor ontstaat er een
partiele positieve of negatieve lading in de binding = polaire binding genoemd.

Waterstofbruggen
= Door dat het water een polaire verbinding heeft kan deze een niet covalente bindin aangaan met
andere polaire groepen.
Waterstofdonor = de stof waar het H2O aan de brug bindt
Waterstofacceptor = tegen overgesteld.

Een waterstofbrug heeft veel impact op de fysieke conditie van
het watermolecuul.

Oplossing H2O
- Hydrofoob (apolair) = wanneer ze geen polaire binding hebben
- Hydrofiel (polair) = die uiteen vallen in positieve en negatieve deeltjes
- Amphipathic (beide)

Zuur en basen
- Zuur = molecuul is proton donor
- Base = moelcuu l is proton acceptor

Sterk zuur = een zuur dat compleet geioniseerd is in een oplossing ( HCl, HBr, HNO3, H2SO4)
Sterk base = een base dat compleet geioniseerd is in een oplossing ( LiOH, NaOH, KOH,
Ca(OH) en Ba(OH)2 )

Zwake zuren en basen vallen niet gelijk uit elkaar in een waterige oplossing. De sterkte van elk zuur
HA kan bepaald worden door de dissociatie constante Ka. Hoe groter de Ka hoe sterker het zuur

HA <> A- + H+
Zwakzuur geconjugeerd base


2

, Ka=¿ ¿

¿

Hoe groter Ka = sterker zuur


 Henderson – hasselbach
Weak acid
+¿=Ka× ¿
Conjugated acid
H

pH = -log [H] = -log Ka + log (WA / CB)

Hoe lager de pKa is hoe sterker het zuur.
pH = pKa : HA = A-
pH < pKa : HA > A-
pH > pKa : HA < A-

Met buffers is het te manipuleren

Zwakke zuren
Ka=¿ ¿
pH = -log [H3O+]


Les 2
Aminozuren bekendste bouwstenen van eiwitten en enzymen
Peptiden : reeks aminozuren aan elkaar
Chiraal = asymmetrisch
 1 chiraal atoom = 2 stereoisomeren factor van 2 N dus 3 chriaal = 8 atomen etc etc

 Fischer-projectie
o Hoogst geoxideerde c-atoom bovenaan
CO2 > -COOH > -CHO > -OH > CH4
o Horizontale bindingen naar boven wijzen
o Verticale bindingen naar achteren
o De aanduidingen D en L komen van deze projectie van
glyceraldehyde

 Aminozuur bestaat uit:
o Tenminste 1 chiraal centrum ( behalve glycine) = centraal a-koolstofatoom
o Carboxylgroep
o Restgroep (verschillend door chiraliteit)
 B-aminozuur ; zit de carboxylgroep aan het alfa-koolstofatoom en aminogroep aan het B-
koolstofatoom.

Zwitterionvorm = dipolair ion, draagt zowel
negatieve als positeve ladingen.


4 verschillende groeperingen voor aminozuren

3