Examenvragen
Moleculaire biologie
Cara Mestdag
kULEUVEN
Examenvragen
, 1
Inhoud
1) Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon .................................................................................................. 3
2) Bespreek de effecten van arbinose en glucose op de expressie van araoperon. Welke moleculaire
regelmechanismen liggen aan de basis hiervan?.............................................................................................................. 5
3) Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beïnvloeden ..................................................................................... 6
4) Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon. .................................................... 8
5) Een gelijkaardig mechanisme van homologe recombinatie wordt gebruikt voor DNA dubbelstrengbreuk herstel
in E. coli en voor meiotische homologe recombinatie in gist. Leg uit............................................................................... 9
6) Welk probleem stelt zich bij de replicatie van lineair DNA voor dat zich niet voordoet bij circulair DNA? Welke
oplossing(en) heeft de cel hiervoor? .............................................................................................................................. 12
7) Toon aan hoe de lambda faag zijn inbouw in het gastheergenoom reguleert en onderhoudt a.d.h.v. een schema
van de relevante moleculaire en genetische elementen. Hoe wordt lysogenie ongedaan gemaakt? ........................... 14
8) Wat is een Holiday-junctie? Hoe komt deze tot stand en hoe wordt deze ongedaan gemaakt? (Leg uit op
moleculair niveau)........................................................................................................................................................... 17
9) Bespreek de translatie-elongatiecyclus bij prokaryoten. Maak een schets en benoem de relevante spelers. Hoe
wordt de cyclus afgebroken? .......................................................................................................................................... 19
10) Bespreek de mechanismen van transcriptieterminatie bij eu- en prokaryoten. Vergelijk en maak een schets.
22
11) Bespreek het trombone model a.d.h.v. een figuur. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-
replicatie komen in dit model naar voor. ........................................................................................................................ 24
12) Bespreek V(D)J-recombinatie. Geef het moleculaire mechanisme. Welke belang heeft dit in de biologie? Wat
is het verband met transpositie? .................................................................................................................................... 25
13) Hoe wordt matuur mRNA gemaakt?.................................................................................................................. 27
14) Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? Welke algemene
moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren? ...................................................................................................... 27
15) Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties. Maak een schets en beschrijf het mechanisme. ............. 30
16) Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we
sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel. ................................................................................... 30
17) Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen? Verklaar op moleculair vlak. .......................................... 31
18) Leg alternatieve splicing uit. Geef een concreet voorstel. ................................................................................. 32
19) Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli. .................................................... 33
20) Bespreek de structuur van transcriptie activators en hun bindingsplekken in het DNA. .................................. 38
21) Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken? ...... 42
22) Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA? .............................. 44
23) Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter? ......... 45
24) Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen? ............. 46
25) Bespreek de link tussen transposase en immunoglobulinegenen..................................................................... 47
26) Bespreek translatie initiatie bij eukaryoten. Hoe wordt deze gereguleerd? Wat is het scanningscomplex? .... 48
27) Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie? .................................................................................. 51
28) Geef de structuur, biosynthese en functie van cap structuur van mRNA. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van
prokaroyten? ................................................................................................................................................................... 53
29) Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten. ......................... 54
, 2
30) Bespreek RNA-splicing. Beschrijf het mechanisme, de factoren en enzymen. Wat is intron-herkenning? ....... 56
31) Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors. .......................................... 58
32) Welke rol spelen prokaryote sigma-factoren bij transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. .................. 59
33) Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten. .............................................. 61
34) Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden? ......... 61
35) Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie. ....... 62
36) Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
67
37) Leg transcriptie bij eukaryoten uit. .................................................................................................................... 68
38) Wat is intron/extron splicing? Leg uit a.d.h.v. de figuur. .................................................................................... 70
39) Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases. ................................... 71
40) Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen DNA en eiwit te bestuderen en hoe werken
ze? 72
41) Bacteriële transposons: hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen? ............................................................. 74
42) Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II .................................................................. 76
43) Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor? ......................................................................................... 77
44) Bespreek hoe eukaryote ribosomen translatie temineren en hervatten. ......................................................... 78
45) Bespreek de Sanger-methode voor sequentie-analyse. .................................................................................... 79
46) Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit. Hoe doet men dit
experimenteel? ............................................................................................................................................................... 81
47) Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten. ................................................................................................. 82
48) Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme) ........................................... 86
49) Begrippen ........................................................................................................................................................... 87
, 3
1) Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon
Moleculaire biologie
Cara Mestdag
kULEUVEN
Examenvragen
, 1
Inhoud
1) Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon .................................................................................................. 3
2) Bespreek de effecten van arbinose en glucose op de expressie van araoperon. Welke moleculaire
regelmechanismen liggen aan de basis hiervan?.............................................................................................................. 5
3) Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beïnvloeden ..................................................................................... 6
4) Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon. .................................................... 8
5) Een gelijkaardig mechanisme van homologe recombinatie wordt gebruikt voor DNA dubbelstrengbreuk herstel
in E. coli en voor meiotische homologe recombinatie in gist. Leg uit............................................................................... 9
6) Welk probleem stelt zich bij de replicatie van lineair DNA voor dat zich niet voordoet bij circulair DNA? Welke
oplossing(en) heeft de cel hiervoor? .............................................................................................................................. 12
7) Toon aan hoe de lambda faag zijn inbouw in het gastheergenoom reguleert en onderhoudt a.d.h.v. een schema
van de relevante moleculaire en genetische elementen. Hoe wordt lysogenie ongedaan gemaakt? ........................... 14
8) Wat is een Holiday-junctie? Hoe komt deze tot stand en hoe wordt deze ongedaan gemaakt? (Leg uit op
moleculair niveau)........................................................................................................................................................... 17
9) Bespreek de translatie-elongatiecyclus bij prokaryoten. Maak een schets en benoem de relevante spelers. Hoe
wordt de cyclus afgebroken? .......................................................................................................................................... 19
10) Bespreek de mechanismen van transcriptieterminatie bij eu- en prokaryoten. Vergelijk en maak een schets.
22
11) Bespreek het trombone model a.d.h.v. een figuur. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-
replicatie komen in dit model naar voor. ........................................................................................................................ 24
12) Bespreek V(D)J-recombinatie. Geef het moleculaire mechanisme. Welke belang heeft dit in de biologie? Wat
is het verband met transpositie? .................................................................................................................................... 25
13) Hoe wordt matuur mRNA gemaakt?.................................................................................................................. 27
14) Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? Welke algemene
moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren? ...................................................................................................... 27
15) Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties. Maak een schets en beschrijf het mechanisme. ............. 30
16) Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we
sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel. ................................................................................... 30
17) Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen? Verklaar op moleculair vlak. .......................................... 31
18) Leg alternatieve splicing uit. Geef een concreet voorstel. ................................................................................. 32
19) Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli. .................................................... 33
20) Bespreek de structuur van transcriptie activators en hun bindingsplekken in het DNA. .................................. 38
21) Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken? ...... 42
22) Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA? .............................. 44
23) Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter? ......... 45
24) Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen? ............. 46
25) Bespreek de link tussen transposase en immunoglobulinegenen..................................................................... 47
26) Bespreek translatie initiatie bij eukaryoten. Hoe wordt deze gereguleerd? Wat is het scanningscomplex? .... 48
27) Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie? .................................................................................. 51
28) Geef de structuur, biosynthese en functie van cap structuur van mRNA. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van
prokaroyten? ................................................................................................................................................................... 53
29) Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten. ......................... 54
, 2
30) Bespreek RNA-splicing. Beschrijf het mechanisme, de factoren en enzymen. Wat is intron-herkenning? ....... 56
31) Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors. .......................................... 58
32) Welke rol spelen prokaryote sigma-factoren bij transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. .................. 59
33) Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten. .............................................. 61
34) Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden? ......... 61
35) Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie. ....... 62
36) Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
67
37) Leg transcriptie bij eukaryoten uit. .................................................................................................................... 68
38) Wat is intron/extron splicing? Leg uit a.d.h.v. de figuur. .................................................................................... 70
39) Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases. ................................... 71
40) Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen DNA en eiwit te bestuderen en hoe werken
ze? 72
41) Bacteriële transposons: hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen? ............................................................. 74
42) Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II .................................................................. 76
43) Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor? ......................................................................................... 77
44) Bespreek hoe eukaryote ribosomen translatie temineren en hervatten. ......................................................... 78
45) Bespreek de Sanger-methode voor sequentie-analyse. .................................................................................... 79
46) Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit. Hoe doet men dit
experimenteel? ............................................................................................................................................................... 81
47) Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten. ................................................................................................. 82
48) Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme) ........................................... 86
49) Begrippen ........................................................................................................................................................... 87
, 3
1) Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon
