Volledige samenvatting hoofdstuk 3 methoden in het biomedisch onderzoek 3

3.3. RNA
DNA = stabiel

RNA = onstabiel, boodschap moet niet
lang bestaan.



2’ OH  vatbaar voor afbraak door
RNasen (heel stabiel, geen co-factoren
nodig)




3 grote categorieën van RNA die te
maken hebben met DNA-RNA-eiwit
paradigma: mRNA, rRNA, tRNA
(laatste 2 niet coderend)

rRNA = ribosomaal RNA
(verschillende subunits)

tRNA = transfer RNA, fysische link
tussen mRNA en eiwit




Meerdere klassen van niet-coderend RNA ontdekt:

- miRNA
- piRNA = piwi-interacting RNA, interacts with piwi proteins
- siRNA = small interfering RNA, short interfering RNA, silencing RNA  bestuderen van
genexpressie
- lncRNA = long non-coding RNA
- circular RNA

, Northern blot: herhaling




Staal  RNA extraheren  gel  blotten op membraan  probes

Waarom op membraan en niet in gel?

 Probes kunnen er makkelijker bij en ook veel makkelijker om achtergrond ruis weg te doen

Grotendeels vervangen door RNA kwantificeren => kwantitatieve PCR

 Termen kennen: Southern (DNA), Northern (RNA), Western (eiwitten) blot



Herhaling: kwantitatieve PCR

Gewone PCR amplificatie met
een eindpunt detectie


kwantitatieve PCR met real-
time na elke cyclus


dPCR, 1 fragment of geen in
putje  # positieven tellen