ONLINE ZOEK- EN
ANALYSETOOLS
NCBI (National Center for Biological Information) = toegang tot biomedische en
genomische informatie
GEN TOOLS
Splign (onderdeel van NCBI) = een hulpprogramma voor het berekenen van cDNA-
naar-Genomic, of gesplitste sequentie-uitlijningen. De kern van het programma is
een vergelijkingsalgoritme dat mogelijke genduplicaties identificeert, en een verfijnd
uitlijningsalgoritme dat intronen en splitsingssignalen herkent.
Primer3Plus = kiest primers uit een DNA-sequentie met behulp van Primer3
PROTEIN TOOLS
Interpro = biedt functionele analyse van eiwitten door ze te classificeren in families
en door domeinen en belangrijke sites te voorspellen.
Uniprot = de wetenschappelijke gemeenschap te voorzien van een uitgebreide,
hoogwaardige en vrij toegankelijke bron van eiwitsequentie en functionele
informatie.
RCSB Protein Database = mogelijk maken van een open toegang tot de
accumulerende kennis van 3D structuur, functie en evolutie van biologische
macromoleculen, waardoor de grenzen van de fundamentele biologie, de
biogeneeskunde en de biotechnologie worden verlegd.
PeptideCutter = voorspelt potentiële splitsingsplaatsen die gesplitst worden door
proteasen of chemicaliën in een bepaalde eiwitsequentie. PeptideCutter retourneert
de query sequentie met de mogelijke splitsingsplaatsen in kaart gebracht en / of een
tabel van splitsingsplaats posities.
ProteomeXchange = biedt een standaardmethode voor het indienen van op
massaspectrometrie gebaseerde proteomicsgegevens bij publiek toegankelijke
opslagplaatsen. Zodra u uw gegevens bij het PX-invoerpunt heeft ingediend, worden
deze automatisch verspreid naar alle andere repositories in het consortium
PeptideShaker = zoekmachineonafhankelijk platform voor de interpretatie van
proteomics identificatie resultaten van meerdere zoekmachines, die momenteel X!
Tandem, MS-GF+, MS Amanda, OMSSA, MyriMatch, Comet, Tide, Mascot,
Andromeda en mzIdentML ondersteunen. Door de resultaten van meerdere
zoekmachines te combineren en tegelijkertijd de PTM-lokalisatiescores te
herberekenen en de proteïne-inferentie opnieuw te doen, probeert PeptideShaker u
het best mogelijke inzicht te geven in uw proteomics-data!
ANALYSETOOLS
NCBI (National Center for Biological Information) = toegang tot biomedische en
genomische informatie
GEN TOOLS
Splign (onderdeel van NCBI) = een hulpprogramma voor het berekenen van cDNA-
naar-Genomic, of gesplitste sequentie-uitlijningen. De kern van het programma is
een vergelijkingsalgoritme dat mogelijke genduplicaties identificeert, en een verfijnd
uitlijningsalgoritme dat intronen en splitsingssignalen herkent.
Primer3Plus = kiest primers uit een DNA-sequentie met behulp van Primer3
PROTEIN TOOLS
Interpro = biedt functionele analyse van eiwitten door ze te classificeren in families
en door domeinen en belangrijke sites te voorspellen.
Uniprot = de wetenschappelijke gemeenschap te voorzien van een uitgebreide,
hoogwaardige en vrij toegankelijke bron van eiwitsequentie en functionele
informatie.
RCSB Protein Database = mogelijk maken van een open toegang tot de
accumulerende kennis van 3D structuur, functie en evolutie van biologische
macromoleculen, waardoor de grenzen van de fundamentele biologie, de
biogeneeskunde en de biotechnologie worden verlegd.
PeptideCutter = voorspelt potentiële splitsingsplaatsen die gesplitst worden door
proteasen of chemicaliën in een bepaalde eiwitsequentie. PeptideCutter retourneert
de query sequentie met de mogelijke splitsingsplaatsen in kaart gebracht en / of een
tabel van splitsingsplaats posities.
ProteomeXchange = biedt een standaardmethode voor het indienen van op
massaspectrometrie gebaseerde proteomicsgegevens bij publiek toegankelijke
opslagplaatsen. Zodra u uw gegevens bij het PX-invoerpunt heeft ingediend, worden
deze automatisch verspreid naar alle andere repositories in het consortium
PeptideShaker = zoekmachineonafhankelijk platform voor de interpretatie van
proteomics identificatie resultaten van meerdere zoekmachines, die momenteel X!
Tandem, MS-GF+, MS Amanda, OMSSA, MyriMatch, Comet, Tide, Mascot,
Andromeda en mzIdentML ondersteunen. Door de resultaten van meerdere
zoekmachines te combineren en tegelijkertijd de PTM-lokalisatiescores te
herberekenen en de proteïne-inferentie opnieuw te doen, probeert PeptideShaker u
het best mogelijke inzicht te geven in uw proteomics-data!
