ZSO 2 bioinformatica

ZSO 2 – BIOINFORMATICA
OPDRACHTEN

OEFENING 1


VOER EEN ALIGNMENT UIT VAN ONDERSTAANDE 2 NUCLEOTIDE SEQUENTIES MET ZOWEL BLAST
EN CLUSTAL OMEGA (HTTP://WWW.EBI.AC.UK/TOOLS/MSA/ ). VERGELIJK DE BEKOMEN
RESULTATEN. WAT IS HET VERSCHIL TUSSEN BEIDE ALIGNMENTS? WELK RESULTAAT DENK JE
DAT HET BESTE PAST EN WAAROM?

>seq1

AATGCTGTACGTACGCTAGCTA

>seq2

AATGCCGTACGCACACTAGCTCA

I. clustal omega

*de volledige sequenties zo kopiëren zoals ze hierboven staat om foutmeldingen te
vermijden, dan krijgen we: https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?
jobId=clustalo-I20191206-102411-0742-54290390-p2m




II. BLAST

*bij de BLAST naar onderaan scrollen en hier zoeken naar global alignment, daar de twee
sequenties ingeven: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

, OEFENING 2 - MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS


VOER EEN MULTIPLE ALIGNMENT UIT VAN ONDERSTAANDE 4 MIRNA PRECURSOREN MET
CLUSTAL OMEGA. BESPREEK DE FYLOGENETISCHE VERWANTSCHAP.

Globaal bekijken => clustal en we kunnen ook de fylogenie bekijken hiermee

>hsa-mir-377
UUGAGCAGAGGUUGCCCUUGGUGAAUUCGCUUUAUUUAUGUUGAAUCACACAAAGGCAACUUUUGUU
UG
>mmu-mir-377
UGAGCAGAGGUUGCCCUUGGUGAAUUCGCUUUAUUGAUGUUGAAUCACACAAAGGCAACUUUUGUUU
G
>rno-mir-377
CUUGAGCAGAGGUUGCCCUUGGUGAAUUCGCUUUAUUGAUGUUGAAUCACACAAAGGCAACUUUUGGU
UGAG
>hsa-mir-539
AUACUUGAGGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGUUCGCUUUAUUUAUGAUGAAUCAUACAAGGACAAUUUC
UUUUUGAGUA
*op de website voor clustal omega de vier mRNA sequenties ingeven (aanpassen naar RNA)
en dan krijgen we: https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=clustalo-
I20191206-104133-0907-67098636-p1m