ZSO 4: TANDEM-MS PROTEOMICS
DATA ANALYSE
INSTALATIE SOFTWARE
DATASET EN PEAKLIST GENEREREN
1. KIJK EVEN WAT VOOR INFO ER OP DE PAGINA VAN DIE DATASET TE VINDEN IS. WAT
VOOR SAMPLE WERD ER GEANALYSEERD IN DE MASSASPECTROMETER?
http://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD011314
Het sample dat geanalyseerd werd is een bloed- en plasmastaal.
DATABASE GENEREREN
1. GA NAAR UNIPROT, ZOEK EEN LIJST MET: ALLE “REVIEWED” PROTEINEN VAN HET
“HOMO SAPIENS” PROTEOME. KLIK OP DOWNLOAD EN ZORG DAT VOLGENDE OPTIES
GESPECIFIEERD ZIJN: ‘ALL PROTEINS’, ‘FASTA’ FORMAAT, ‘UNCOMPRESSED’
2. OPEN HET BESTAND EN VALLIDEER
*bestand staat ook in het mapje ZSO 4*
PEPTIDE-TO-SPECTRUM MATCHING
DATA ANALYSE
INSTALATIE SOFTWARE
DATASET EN PEAKLIST GENEREREN
1. KIJK EVEN WAT VOOR INFO ER OP DE PAGINA VAN DIE DATASET TE VINDEN IS. WAT
VOOR SAMPLE WERD ER GEANALYSEERD IN DE MASSASPECTROMETER?
http://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD011314
Het sample dat geanalyseerd werd is een bloed- en plasmastaal.
DATABASE GENEREREN
1. GA NAAR UNIPROT, ZOEK EEN LIJST MET: ALLE “REVIEWED” PROTEINEN VAN HET
“HOMO SAPIENS” PROTEOME. KLIK OP DOWNLOAD EN ZORG DAT VOLGENDE OPTIES
GESPECIFIEERD ZIJN: ‘ALL PROTEINS’, ‘FASTA’ FORMAAT, ‘UNCOMPRESSED’
2. OPEN HET BESTAND EN VALLIDEER
*bestand staat ook in het mapje ZSO 4*
PEPTIDE-TO-SPECTRUM MATCHING
