RNA Synthesis and Processing
Biochemistry – hoofdstuk 29
RNA synthese vindt plaats in drie stappen initiatie, verlenging en terminatie.
Er is een grote structurele overeenkomst tussen pro- en eukaryote polymerases,
ze hebben een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong.
29.1 alleen prokaryoten
Verlenging
De fundamentele reactie voor RNA synthese is het vormen van en fosfodiester
bond. De vrije 3’ OH-groep van de laatste nucleotide in de keten valt de α fosforyl
groep van de nieuwe nucleoside trifosfaat aan. Bij deze reactie komt pyrofosfaat
vrij.
RNA polymerase heeft altijd twee metaalionen in zijn active site. Een ion zit vast
aan het enzym, de andere komt binnen met een nieuwe nucleotide en gaat weg
met de pyrofosfaat die vrijkomt bij het vormen van de fosfodiester bond.
RNA polymerase bestaat uit meerdere subunits.
Transcriptie bubbel DNA is daar enkelstrengs en RNA wordt daar
gesynthetiseerd. De transcriptie bubbel zorgt ervoor dat enkelstrengs DNA stabiel
is en zorgt vervolgens dat het RNA molecuul uit polymerase gaat en DNA weer
dubbelstrengs wordt.
Coderende strand (+) sense
Template strand (-) antisense
RNA ketens worden ‘de novo’ gevormd er is geen primer voor nodig.
RNA heeft altijd drie fosfaten aan het 5’ eind.
RNA polymerase gebruikt de DNA template, het RNA transcript ziet er hetzelfde
uit als de coderende streng en wordt dus afgeschreven van de matrijs streng.
Translocatie DNA schuift een stukje omhoog, zodat het metaalion en de active
site ervoor zorgen dat er een nieuwe nucleotide ingebouwd kan worden, doordat
de active site is vrijgekomen. Dit is de meest voordelige situatie als er een goede
nucleotide is ingebouwd.
Backtracking Als er een foute base is ingebouwd, vindt backtracking plaats,
zodat de verkeerde base vervangen kan worden door de goede. Je raakt door
backtracking niet alleen de foute nucleotide kwijt, maar ook de nucleotide ervoor.
Dit komt doordat er hydrolyse plaatsvindt.
RNA polymerase losmaken van RNA streng
Een onderdeel van RNA polymerase duwt het RNA uit de transcriptie
bubbel, zodat DNA weer dubbelstrengs kan worden.
Biochemistry – hoofdstuk 29
RNA synthese vindt plaats in drie stappen initiatie, verlenging en terminatie.
Er is een grote structurele overeenkomst tussen pro- en eukaryote polymerases,
ze hebben een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong.
29.1 alleen prokaryoten
Verlenging
De fundamentele reactie voor RNA synthese is het vormen van en fosfodiester
bond. De vrije 3’ OH-groep van de laatste nucleotide in de keten valt de α fosforyl
groep van de nieuwe nucleoside trifosfaat aan. Bij deze reactie komt pyrofosfaat
vrij.
RNA polymerase heeft altijd twee metaalionen in zijn active site. Een ion zit vast
aan het enzym, de andere komt binnen met een nieuwe nucleotide en gaat weg
met de pyrofosfaat die vrijkomt bij het vormen van de fosfodiester bond.
RNA polymerase bestaat uit meerdere subunits.
Transcriptie bubbel DNA is daar enkelstrengs en RNA wordt daar
gesynthetiseerd. De transcriptie bubbel zorgt ervoor dat enkelstrengs DNA stabiel
is en zorgt vervolgens dat het RNA molecuul uit polymerase gaat en DNA weer
dubbelstrengs wordt.
Coderende strand (+) sense
Template strand (-) antisense
RNA ketens worden ‘de novo’ gevormd er is geen primer voor nodig.
RNA heeft altijd drie fosfaten aan het 5’ eind.
RNA polymerase gebruikt de DNA template, het RNA transcript ziet er hetzelfde
uit als de coderende streng en wordt dus afgeschreven van de matrijs streng.
Translocatie DNA schuift een stukje omhoog, zodat het metaalion en de active
site ervoor zorgen dat er een nieuwe nucleotide ingebouwd kan worden, doordat
de active site is vrijgekomen. Dit is de meest voordelige situatie als er een goede
nucleotide is ingebouwd.
Backtracking Als er een foute base is ingebouwd, vindt backtracking plaats,
zodat de verkeerde base vervangen kan worden door de goede. Je raakt door
backtracking niet alleen de foute nucleotide kwijt, maar ook de nucleotide ervoor.
Dit komt doordat er hydrolyse plaatsvindt.
RNA polymerase losmaken van RNA streng
Een onderdeel van RNA polymerase duwt het RNA uit de transcriptie
bubbel, zodat DNA weer dubbelstrengs kan worden.
