Samenvatting Begrippenlijst Moleculaire Biologie

DNA: deoxyribonucleic acid
 Proteïnen = eiwitten
 Lipiden = vetten
 Carbohydraten = koolwaterstoffen
 Nucleïnezuren:
 Genen: informatie-bevattende elementen die de karakteristieken van een individu, maar ook
soort van het individu bevat, coderen voor erfelijke eigenschappen
 Alkaptonurie: erfelijke stofwisselingsziekte waarbij urine bij contact met lucht zwart kleurt
door hogere concentraties homogentisinezuur, recessief kenmerk waarbij 1 defect gen 1
defect enzym oplevert
 Chromosomen: dragers van de genen
 Differentiële (ultra)centrifugatie: steeds kleinere organellen worden naar de bodem van een
centrifugebuis gebracht door een toestel dat een hoge rotatiesnelheid gebruikt
 Pellet: blijft na centrifugatie op bodem
 Supernatans: bovenstaande oplossing na centrifugatie
 Densiteitscentrifugatie: centrifugatie waarbij gebruik wordt gemaakt van verschil in
dichtheid = densiteit
 Transformatie: wanneer bacteriën genen uit hun omgeving opnemen
 S-stam: kolonies van deze bacteriën hebben een gladde (=Smooth) vorm, veroorzaakt
longontsteking
 R-stam: kolonies van deze bacteriën hebben een ruwe (=Rough) vorm, niet in staat om
longontsteking te veroorzaken
 DNA: suiker + fosfaat + basen, hierin zitten de genen vervat
 Bacteriofagen: virussen die bacteriën infecteren door te parasiteren op reproductieve en
biosynthetische mechanismen, bestaat uit nucleïnezuurmolecule in een eiwitmantel
 Radioactief fosfaat: 32P
 Radioactief zwavel: 32S
 Deoxyribose = bèta-D-2 deoxyribose: suiker in DNA
 Nucleobasen: purines (adenine en guanine) en pyrimidines (thymine, cytosine, uracil) in DNA
 Nucleoside: nucleobase verbonden aan ribose via N-bèta-glycosidische binding
 Nucleotide: fosfaatgroep van een nucleoside is aan de 5’koolstof verbonden
 Deoxyribonucleoside-tri-fosfaten = dNTP’s: via fosfoanhydridebindingen kunnen tot 3
fosfaatgroepen in serie aan het 5’koolstofatoom gehangen worden
 Nucleotidetrifosfaten = NTP’s: dNTP’s waarvan de ribose niet gedeoxyleerd is, voornaamste
overdragers van biochemische energie = fosfaatenergie
 Fosfodiesterbindingen: 5’koolstof van de ene deoxyribose wordt via een fosfaatgroep met
de 3’koolstof van de vorige deoxyribose verbonden
 cAMP = cyclisch adenosine mofosfaat: signaalmolecule, gesynthetiseerd door
adenylaatcyclase
 Adenylaatcyclase: alfafosfaat van ATP verbinden met 3’OHuiteinde van eigen ribose
 cAMP fosfodiesterase: cAMP omzetten naar AMP, door hydrolyse van verbinding tss fosfaat
en 3’OH uiteinde van ribose
 S-adenosyl-methionine: donor voor methylgroep op basen en eiwitten
 Caffeïne: opwekkend middel in thee en koffie dat een inhibitor van fosfodiesterase is zodat
het de effecten van cAMP versterkt

, AZT: wordt gebruikt bij behandeling van AIDS (= acquired immune deficiency syndrome)
doordat het een reverse transcriptase inhibeert dat noodzakelijk is voor replicatie van HIV-
virus
 Coenzyme A: betrokken bij acyltranfer-reacties, biomolecule waarin basen en nucleosiden in
aanwezig zijn
 NAD = nicotinamide adenine dinucleotide: betrokken bij elektron transfer, biomolecule
waarin basen en nucleosiden in aanwezig zijn
 FAD = flavin adenine dinucleotide: betrokken bij elektron transfer, biomolecule waarin
basen en nucleosiden in aanwezig zijn
 Complementaire basen: 2 H-bruggen tussen A en T, 3 tussen G en C en de basenparen liggen
in een vlak bijna loodrecht op ruggengraat
 Palindromische sequentie: de onderste streng van DNA die we van 5’ naar 3’, van rechts
naar links lezen heeft dezelfde sequentie als de bovenste streng
 Escherichia coli (E. Coli): bacterie in de darm, talrijk aanwezig, wordt veel onderzocht,
prokaryoot (1 celkern)
 Hyperchromiciteit: de absorptie van een DNA-oplossing die bij een bepaalde temperatuur
toeneemt tot een volgende plateauwaarde
 Hybridisatie: fenomeen waarbij 2 complementaire DNA-strengen elkaar terugvinden op
voorwaarde dat het DNA-mengsel niet te complex is en de temperatuursdaling traag gebeurt
 DNA elektroforese: gebruikt om (1) DNA te bekijken, (2) DNA-moleculen van verschillende
lengte te scheiden, (3) DNA fragmenten opzuiveren mbv agarose.
 Agarose: hydrofiel, niet-ionisch, sterk gellerend polysaccharide dat uit zeewier wordt
gezuiverd en opgelost kan worden door opwarming
 Ethidiumbromide: gebruikt om DNA zichtbaar te maken doordat het na UV-belichting
fluoresceert het, is een planaire stof die zich tussen baseparen in dubbelstrengig DNA zet,
carcinogene stof
 Carcinogeen = kankerverwekkend
 SYBRSafe: vervanging van Ethidiumbromide omdat het minder gevaarlijk is

, DNA-replicatie
 DNA-replicatie: kopiëren van DNA
 Semi-conservatieve replicatie: bij de replicatie van DNA wordt één streng doorgegeven en
de andere behouden (afkomstig van de moedercel)
14
 N: normale N-isotoop
15
 N: zware isotoop van N dat niet radioactief is
 DNA polymerasen: staan in voor DNA synthese
 dNMP’s: =2’-deoxynucleotide monophosphate, op de 5’positie worden 2 bijkomende
fosfaatgroepen aangebracht door kinasen waardoor dNTP’s (=deoxyribonucleoside-
trifosfaten) ontstaan
 Pi: anorganisch fosfaat
 ORI: =origin of replication, hier start de replicatie van DNA (+/- 250 bp lang en rijk in A/T bp,
waarbij specifieke enzymen zijn betrokken zodat dubbele helix smelt en DNA pol-complexen
kunnen aangrijpen)
 Helicase: DNA-strengen uit elkaar halen doordat 1 van de 2 strengen door de ring van 6
moleculen gehaald word en hiervoor wordt E gebruikt uit ATP-hydrolyse (bij synthese van
DNA)
 Topoisomerase I: relaxeert superwinding door 1 streng open te knippen, waardoor andere
DNA-streng uit de helix vrij kan ronddraaien waarna de breuk gesloten wordt (bij synthese
van DNA)
 Topoisomerase II: introduceert een superwinding in DNA-helix doordat beiden DNA-
strengen in 1 dubbele helix verbroken worden, waarna een 2 de helix door de opening wordt
gehaald en dan wordt de geopende helix terug hersteld, ATP-verbruikend proces (bij
synthese van DNA)
 Camptothecin: uit schors van camptotheca-boom, is een anti-tumor agens dat
topoisomerase I inhibeert, waardoor de replicatie in snel-delende cellen bemoeilijkt wordt
 SSBP: =single stranded binding proteins, beschermd enkelstrengig DNA tegen afbraak (bij
synthese van DNA)
 Primase: RNA-polymerase, maakt 3’OHuiteinde (die door DNA-polymerasen worden
herkend als startposities voor DNA-synthese) door korte RNA fragmenten complementair
aan enkelstrengig DNA te maken (bij synthese van DNA)
 DNA-polymerase (DNA pol III voor E. coli, DNA pol delta bij EU): kan na herkenning van
3’OH als startpositie voor DNA-synthese DNA aanmaken in 5’-3’ richting
 Sliding clamp: DNA-polymerase vasthouden zodat het met het DNA geassocieerd blijft en
zodat DNA-polymerisatie processief gebeurt
 DNA pol I bij E. coli: RNA primertje gemaakt door primase vervangen door DNA aan de
uiteinden van de Okazaki fragmenten (bij synthese van DNA)
 3 enzymatische activiteiten van DNA polymerase (bij synthese van DNA):
o 5’-3’ polymerase activiteit
o 5’-3 exonuclease activiteit: verwijderen van RNA-primers
o 3’-5’ exonuclease activiteit: DNA streng die net aangemaakt is thv polymerase-
centrum terug te verwijderen, speelt een belangrijke rol voor proofreading
 Proofreading: foute nt zullen fout H-bruggen vormen en ontstaat een verwrongen helix,
waardoor het foute nucleotide niet meer in polymerase site maar in een exonuclease
centrum. Wanneer juiste nt in het polymerase centrum zit, dan is er juiste H-brugvorming
met template/matrijs, waardoor er een conformatieverandering plaatsvindt en polymerase
centrum kan werken