Samenvatting Natuur leven en techniek (nlt) eiwitkristallografie

NLT Eiwitkristallografie samenvatting

Hoofdstuk 1

Eiwit  bestaan uit een keten van 20 aminozuren (binas 67H)
Werking van het eiwit  bepaald door de 3D structuur van het eiwit, hiervoor zijn atomen nodig die
eiwitten zichtbaar maken

Atomen kunnen röntgenstraling verstrooien. Een elektron wordt op de juiste manier geraakt  gaat
ook straling uitzenden.

Uit een verstoringspatroon kan de positie van de elektronen worden bepaald en daarmee de positie
van de atomen worden berekend.

Waarom eerst een kristal maken, voordat röntgendiffractie kan worden toegepast?  elektronen
van 1 atoom geven onvoldoende verstrooiing. Je moet de atomen in een bepaalde richting zetten,
dus netjes stapelen.


Hoofdstuk 2

Fasen  deeltjes trekken elkaar aan en de deeltjes bewegen

Fases:
- Vaste fase  hele grote aantrekking, deeltjes bewegen rond een vast punt
- Vloeibare fase  grote aantrekking, deeltjes bewegen snel
- Gas fase  geen aantrekking, deeltjes bewegen heel snel

Amorf = deeltjes niet geordend
Kristallijn = deeltjes wel geordend
Polykristallijn = stof die is opgebouwd uit verschillende kristalgebieden

Polykristallijn ontstaan  Als je een vloeibare stof laat afkoelen, begint de overgang naar vloeibaar
op veel verschillende plaatsen waardoor er ook op veel verschillende plaatsen kristalgebieden
ontstaan

Om van de vloeibare fase naar de vaste fase te gaan, moeten deeltjes een vaste plaats innemen ten
opzichte van elkaar, dit kost tijd.

Eenkristal  alle deeltjes waaruit een kristal ontstaat, zijn perfect gerangschikt ten opzichte van
elkaar

Eenkristal proberen te maken:
- Gas laten rijpen
- Vloeistof laten stollen
- Opgeloste stof laten neerslaan
- Direct maken door een chemische reactie

Fasediagram  een diagram waarin staat in welke fase een stof heeft onder bepaalde
omstandigheden

, Factoren die kristalgroei beinvloeden:
- Tijd
- Snelheid van het afkoelen van de oplossing

Verzadigde oplossing  tussen deeltjes in de vaste stof en deeltjes in de oplossing is een evenwicht
Oververzadigde oplossing  er zijn meer ionen opgelost dan volgens het fasediagram zou kunnen,
waar zich dat bevindt heet het metastabiele gebied

Nucleatie = ontstaan van een beginpunt waar opgeloste ionen over kunnen gaan in de vaste fase

Eenheidscel = word gebruikt om de ordening van de deeltjes ten opzichte van elkaar zo goed
mogelijk te kunnen beschrijven, bevat zo min mogelijk deeltjes, symmetrie is heel belangrijk

Translatie = het opbouwen van de hele structuur door verschuiven van de eenheidscel (via de
horizontale of verticale as)

Hoekpunt  1/8
Ribben  ¼
Zijkant  ½

Eiwitkristallen erg kwetsbaar  ze bestaan nog voor een groot deel uit water

Hoofdstuk 3

Röntgendiffractie = met behulp van röntgenstraling de 3D structuur van een eiwit bepalen

Interferentie = verschijnsel van versterken en uitdoving. Versterken gebeurt als twee golftoppen of
golfdalen elkaar raken. Uitdoving gebeurt als een golftop een golfdal raakt

Uitdoven  faseverschil 180°
Versterken  faseverschil 0° of 360°

Frequentie = aantal trillingen per seconde
Trillingstijd = de tijd die nodig is om 1 trilling uit te voeren

Tralie = laagje metaal met krassen erin
Tralieconstante = afstand tussen twee spleten

Nulde orde  licht dat door de tralie op het scherm valt. Laserlicht is in fase, daardoor gaan de
spleten zich gedragen als lichtbronnen die in fase zijn, ze zijn dus in dezelfde fase en versterken
elkaar

Eerste orde  beide zijkanten naast de nulde orde, lichtgolven zijn in dezelfde fase en versterken
elkaar. Verschil in weglengte is 1 golflengte

λ
sin a=n
d

Tweede en hogere ordes  beide zijkanten naast de eerste orde, lichtgolven zijn ook in dezelfde fase
en versterken elkaar. Verschil in weglengte is twee golflengtes bij tweede orde en bij derde orde is
het verschil in weglengte drie golflengtes